# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.3157 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.235 0.295 0.244 0.115 0.043 0.031 0.007 0.002 0.025 0.002 0.001 2 S 0.234 0.257 0.268 0.107 0.050 0.037 0.009 0.005 0.025 0.007 0.001 3 D 0.246 0.201 0.198 0.208 0.038 0.046 0.016 0.003 0.038 0.005 0.001 4 N 0.153 0.090 0.172 0.257 0.035 0.071 0.112 0.011 0.088 0.009 0.001 5 S 0.296 0.037 0.147 0.286 0.028 0.019 0.114 0.041 0.008 0.021 0.001 6 K 0.146 0.091 0.151 0.365 0.036 0.025 0.118 0.051 0.012 0.004 0.001 7 T 0.023 0.511 0.322 0.049 0.057 0.015 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 8 R 0.003 0.581 0.347 0.003 0.033 0.018 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 9 V 0.001 0.823 0.142 0.001 0.012 0.010 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 10 V 0.001 0.698 0.256 0.001 0.005 0.027 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 11 V 0.001 0.816 0.108 0.001 0.009 0.036 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 12 G 0.003 0.721 0.147 0.002 0.048 0.048 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 13 M 0.020 0.570 0.197 0.028 0.096 0.048 0.006 0.001 0.033 0.002 0.001 14 S 0.029 0.281 0.207 0.027 0.379 0.023 0.007 0.004 0.012 0.030 0.001 15 G 0.151 0.063 0.140 0.184 0.184 0.016 0.064 0.052 0.021 0.122 0.002 16 G 0.176 0.027 0.203 0.059 0.109 0.027 0.047 0.119 0.009 0.213 0.009 17 V 0.711 0.039 0.039 0.139 0.006 0.029 0.016 0.007 0.008 0.004 0.001 18 D 0.791 0.020 0.049 0.066 0.007 0.026 0.021 0.005 0.008 0.007 0.001 19 S 0.984 0.001 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.965 0.001 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.317 0.002 0.013 0.665 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 G 0.031 0.001 0.005 0.011 0.002 0.001 0.269 0.643 0.002 0.036 0.001 31 Y 0.110 0.191 0.543 0.044 0.053 0.029 0.008 0.003 0.009 0.010 0.001 32 D 0.175 0.117 0.389 0.089 0.023 0.136 0.042 0.005 0.018 0.001 0.004 33 V 0.099 0.508 0.273 0.008 0.016 0.062 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 34 I 0.560 0.201 0.075 0.126 0.005 0.019 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 35 G 0.121 0.261 0.159 0.017 0.392 0.011 0.013 0.011 0.005 0.009 0.001 36 I 0.111 0.702 0.069 0.014 0.071 0.014 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 37 F 0.154 0.562 0.124 0.036 0.045 0.034 0.003 0.001 0.038 0.002 0.001 38 M 0.145 0.410 0.224 0.067 0.077 0.039 0.006 0.002 0.028 0.002 0.001 39 K 0.235 0.269 0.283 0.057 0.054 0.045 0.025 0.005 0.023 0.004 0.001 40 N 0.186 0.112 0.145 0.233 0.045 0.079 0.141 0.006 0.049 0.003 0.002 41 W 0.181 0.272 0.294 0.114 0.066 0.038 0.006 0.004 0.021 0.003 0.001 42 D 0.150 0.212 0.227 0.150 0.065 0.107 0.026 0.007 0.047 0.009 0.001 43 D 0.276 0.143 0.151 0.273 0.039 0.044 0.025 0.007 0.036 0.005 0.001 44 T 0.290 0.120 0.163 0.288 0.040 0.042 0.018 0.009 0.023 0.006 0.001 45 D 0.294 0.059 0.189 0.274 0.030 0.047 0.054 0.016 0.026 0.011 0.001 46 E 0.510 0.061 0.076 0.236 0.016 0.021 0.043 0.015 0.015 0.005 0.001 47 N 0.183 0.050 0.112 0.495 0.014 0.013 0.105 0.010 0.015 0.003 0.001 48 G 0.053 0.016 0.072 0.057 0.069 0.004 0.159 0.480 0.002 0.086 0.001 49 V 0.162 0.340 0.294 0.106 0.056 0.019 0.008 0.002 0.010 0.003 0.001 50 C 0.089 0.373 0.346 0.045 0.051 0.052 0.008 0.002 0.031 0.003 0.001 51 T 0.138 0.286 0.334 0.105 0.072 0.038 0.007 0.002 0.017 0.002 0.001 52 A 0.205 0.201 0.286 0.075 0.149 0.025 0.012 0.010 0.015 0.021 0.001 53 T 0.462 0.163 0.162 0.099 0.065 0.019 0.006 0.005 0.012 0.006 0.001 54 E 0.702 0.042 0.094 0.096 0.033 0.009 0.009 0.005 0.005 0.004 0.001 55 D 0.315 0.050 0.210 0.111 0.028 0.164 0.014 0.003 0.098 0.007 0.002 56 Y 0.968 0.001 0.003 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.989 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.964 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.980 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 I 0.135 0.001 0.005 0.859 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.653 0.337 0.001 0.004 0.001 68 I 0.002 0.372 0.560 0.001 0.008 0.022 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 69 P 0.018 0.009 0.850 0.002 0.001 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 70 Y 0.065 0.590 0.162 0.027 0.077 0.036 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 71 Y 0.035 0.703 0.102 0.013 0.072 0.032 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 72 S 0.027 0.588 0.276 0.021 0.040 0.032 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 73 V 0.035 0.682 0.132 0.015 0.063 0.038 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 74 N 0.019 0.120 0.286 0.019 0.047 0.356 0.017 0.001 0.130 0.004 0.001 75 F 0.619 0.025 0.032 0.228 0.011 0.038 0.021 0.005 0.018 0.003 0.002 76 E 0.814 0.029 0.074 0.065 0.004 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 77 K 0.937 0.004 0.008 0.027 0.002 0.003 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 78 E 0.952 0.003 0.010 0.028 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Y 0.934 0.004 0.005 0.049 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 80 W 0.992 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 R 0.978 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 F 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 F 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.979 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 Y 0.939 0.001 0.004 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 R 0.957 0.005 0.008 0.023 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 93 A 0.211 0.004 0.026 0.745 0.002 0.002 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 94 G 0.011 0.002 0.025 0.015 0.009 0.002 0.306 0.604 0.001 0.025 0.001 95 R 0.175 0.195 0.306 0.223 0.018 0.057 0.011 0.001 0.011 0.001 0.001 96 T 0.008 0.279 0.498 0.001 0.065 0.023 0.009 0.001 0.113 0.003 0.001 97 P 0.402 0.005 0.472 0.042 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 98 N 0.042 0.179 0.371 0.011 0.095 0.043 0.009 0.001 0.246 0.003 0.001 99 P 0.534 0.012 0.376 0.035 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 100 D 0.339 0.086 0.270 0.150 0.026 0.070 0.012 0.013 0.031 0.002 0.001 101 V 0.382 0.290 0.153 0.092 0.025 0.034 0.003 0.003 0.016 0.001 0.001 102 M 0.496 0.146 0.173 0.092 0.011 0.038 0.017 0.003 0.021 0.002 0.001 103 C 0.502 0.096 0.132 0.167 0.039 0.015 0.017 0.007 0.015 0.010 0.001 104 N 0.482 0.012 0.102 0.110 0.017 0.047 0.157 0.044 0.012 0.014 0.002 105 K 0.864 0.023 0.034 0.058 0.004 0.007 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 106 E 0.783 0.046 0.056 0.086 0.002 0.015 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 107 I 0.517 0.224 0.136 0.059 0.016 0.024 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 108 K 0.470 0.154 0.187 0.020 0.019 0.095 0.013 0.002 0.037 0.003 0.001 109 F 0.973 0.004 0.007 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 K 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 F 0.974 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 D 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 I 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 T 0.977 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 L 0.234 0.002 0.007 0.753 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.205 0.776 0.001 0.010 0.001 121 A 0.019 0.055 0.849 0.003 0.016 0.050 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 122 D 0.741 0.001 0.006 0.249 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Y 0.018 0.707 0.019 0.006 0.235 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 124 V 0.037 0.814 0.077 0.005 0.005 0.023 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 125 A 0.074 0.526 0.129 0.018 0.155 0.052 0.004 0.002 0.037 0.002 0.001 126 T 0.082 0.527 0.096 0.083 0.126 0.037 0.005 0.001 0.039 0.003 0.001 127 G 0.195 0.075 0.162 0.083 0.183 0.024 0.064 0.107 0.013 0.092 0.002 128 H 0.324 0.253 0.150 0.093 0.089 0.036 0.034 0.003 0.012 0.005 0.001 129 Y 0.319 0.321 0.167 0.082 0.033 0.037 0.013 0.002 0.023 0.001 0.001 130 A 0.321 0.300 0.167 0.068 0.099 0.013 0.012 0.004 0.010 0.006 0.001 131 R 0.210 0.341 0.192 0.067 0.096 0.037 0.028 0.004 0.024 0.002 0.001 132 V 0.205 0.438 0.223 0.057 0.024 0.028 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 133 A 0.118 0.539 0.190 0.035 0.055 0.025 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 134 R 0.133 0.315 0.388 0.056 0.025 0.053 0.005 0.001 0.021 0.002 0.001 135 D 0.126 0.169 0.436 0.066 0.068 0.059 0.020 0.005 0.041 0.010 0.001 136 E 0.748 0.047 0.033 0.109 0.011 0.014 0.012 0.006 0.012 0.008 0.001 137 D 0.081 0.011 0.043 0.586 0.005 0.008 0.245 0.004 0.015 0.002 0.001 138 G 0.006 0.001 0.016 0.012 0.014 0.001 0.133 0.790 0.001 0.027 0.001 139 T 0.083 0.487 0.317 0.049 0.028 0.021 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 140 V 0.024 0.537 0.350 0.010 0.025 0.027 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 141 H 0.048 0.664 0.173 0.013 0.042 0.030 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 142 M 0.068 0.302 0.502 0.016 0.027 0.061 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 143 L 0.125 0.508 0.197 0.036 0.066 0.036 0.004 0.002 0.022 0.001 0.002 144 R 0.077 0.515 0.174 0.050 0.113 0.017 0.008 0.003 0.041 0.002 0.001 145 G 0.100 0.135 0.356 0.042 0.190 0.019 0.021 0.058 0.006 0.072 0.002 146 V 0.171 0.474 0.163 0.091 0.055 0.023 0.002 0.001 0.017 0.002 0.001 147 D 0.074 0.151 0.311 0.088 0.076 0.139 0.045 0.002 0.103 0.010 0.001 148 N 0.557 0.013 0.093 0.249 0.007 0.011 0.055 0.006 0.005 0.003 0.001 149 G 0.190 0.007 0.031 0.262 0.010 0.004 0.104 0.370 0.003 0.018 0.001 150 K 0.219 0.129 0.415 0.117 0.025 0.033 0.032 0.006 0.021 0.003 0.001 151 D 0.083 0.128 0.441 0.098 0.031 0.106 0.069 0.007 0.035 0.003 0.002 152 Q 0.348 0.205 0.176 0.148 0.033 0.051 0.016 0.004 0.018 0.001 0.001 153 T 0.291 0.378 0.151 0.097 0.055 0.014 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 154 Y 0.399 0.283 0.122 0.070 0.080 0.014 0.008 0.003 0.017 0.003 0.001 155 F 0.348 0.294 0.197 0.031 0.046 0.048 0.008 0.002 0.025 0.002 0.001 156 L 0.444 0.176 0.170 0.138 0.017 0.033 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 157 S 0.505 0.150 0.225 0.055 0.029 0.013 0.011 0.003 0.007 0.002 0.001 158 Q 0.279 0.103 0.127 0.285 0.036 0.038 0.080 0.022 0.027 0.003 0.001 159 L 0.029 0.197 0.693 0.020 0.009 0.037 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 160 S 0.012 0.122 0.751 0.002 0.036 0.050 0.001 0.001 0.020 0.004 0.001 161 Q 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 E 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 Q 0.945 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 L 0.949 0.002 0.012 0.028 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 165 Q 0.959 0.004 0.011 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 166 K 0.869 0.014 0.017 0.081 0.008 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 167 T 0.648 0.060 0.043 0.226 0.007 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 168 M 0.452 0.128 0.119 0.177 0.010 0.053 0.022 0.003 0.034 0.002 0.001 169 F 0.137 0.280 0.325 0.010 0.037 0.022 0.020 0.001 0.157 0.009 0.001 170 P 0.353 0.007 0.538 0.011 0.001 0.042 0.001 0.001 0.003 0.001 0.045 171 L 0.438 0.030 0.248 0.234 0.004 0.025 0.009 0.003 0.007 0.001 0.002 172 G 0.105 0.008 0.038 0.055 0.043 0.002 0.134 0.453 0.001 0.162 0.001 173 H 0.157 0.042 0.097 0.412 0.018 0.053 0.186 0.017 0.015 0.003 0.001 174 L 0.023 0.275 0.582 0.020 0.030 0.032 0.016 0.001 0.019 0.001 0.001 175 E 0.030 0.074 0.779 0.021 0.004 0.080 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 176 K 0.214 0.122 0.567 0.003 0.045 0.011 0.001 0.001 0.027 0.008 0.001 177 P 0.994 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 E 0.985 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 179 V 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 E 0.985 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 A 0.190 0.001 0.004 0.804 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 G 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.416 0.571 0.001 0.004 0.001 188 L 0.015 0.162 0.725 0.011 0.007 0.067 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 189 S 0.191 0.114 0.505 0.074 0.029 0.066 0.009 0.003 0.005 0.002 0.001 190 T 0.179 0.406 0.139 0.132 0.090 0.021 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 191 A 0.169 0.297 0.308 0.069 0.087 0.026 0.010 0.004 0.025 0.004 0.001 192 K 0.103 0.171 0.382 0.129 0.031 0.122 0.021 0.003 0.036 0.002 0.001 193 K 0.072 0.217 0.546 0.033 0.024 0.045 0.008 0.002 0.053 0.001 0.001 194 K 0.393 0.086 0.424 0.020 0.024 0.015 0.006 0.007 0.007 0.017 0.002 195 D 0.281 0.047 0.139 0.416 0.030 0.024 0.036 0.011 0.013 0.002 0.001 196 S 0.065 0.135 0.499 0.057 0.176 0.026 0.007 0.014 0.006 0.013 0.001 197 T 0.129 0.314 0.088 0.382 0.065 0.006 0.004 0.002 0.008 0.001 0.001 198 G 0.011 0.084 0.088 0.015 0.555 0.003 0.026 0.045 0.006 0.167 0.001 199 I 0.004 0.764 0.161 0.002 0.048 0.011 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 200 C 0.008 0.756 0.112 0.005 0.020 0.044 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 201 F 0.007 0.582 0.263 0.006 0.040 0.066 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 202 I 0.037 0.552 0.196 0.046 0.030 0.054 0.005 0.001 0.079 0.001 0.001 203 G 0.042 0.060 0.171 0.024 0.288 0.014 0.022 0.044 0.005 0.328 0.002 204 E 0.226 0.144 0.165 0.285 0.046 0.041 0.039 0.008 0.036 0.005 0.003 205 K 0.206 0.088 0.183 0.158 0.082 0.018 0.104 0.082 0.016 0.063 0.001