# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 340 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.348 0.313 0.201 0.106 0.026 0.005 0.001 2 S 0.293 0.327 0.193 0.121 0.052 0.014 0.001 3 D 0.081 0.122 0.199 0.308 0.231 0.056 0.003 4 N 0.485 0.261 0.133 0.087 0.030 0.005 0.001 5 S 0.711 0.230 0.047 0.010 0.001 0.001 0.001 6 K 0.507 0.399 0.077 0.015 0.001 0.001 0.001 7 T 0.026 0.279 0.363 0.275 0.055 0.003 0.001 8 R 0.001 0.015 0.092 0.348 0.419 0.123 0.002 9 V 0.001 0.001 0.004 0.035 0.207 0.639 0.115 10 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.326 0.640 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.094 0.902 12 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.078 0.917 13 M 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.160 0.811 14 S 0.001 0.001 0.003 0.013 0.058 0.265 0.659 15 G 0.001 0.003 0.009 0.030 0.098 0.317 0.543 16 G 0.002 0.010 0.023 0.066 0.184 0.338 0.377 17 V 0.001 0.005 0.016 0.057 0.142 0.313 0.464 18 D 0.001 0.001 0.002 0.009 0.044 0.223 0.722 19 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.117 0.869 20 S 0.001 0.001 0.002 0.010 0.047 0.261 0.680 21 V 0.001 0.001 0.003 0.018 0.059 0.217 0.701 22 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.092 0.896 23 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.275 0.689 24 L 0.001 0.006 0.017 0.072 0.241 0.474 0.190 25 L 0.001 0.002 0.015 0.094 0.277 0.475 0.135 26 L 0.001 0.004 0.011 0.043 0.202 0.563 0.177 27 K 0.003 0.034 0.116 0.325 0.352 0.155 0.015 28 E 0.035 0.250 0.294 0.259 0.130 0.028 0.002 29 Q 0.036 0.158 0.352 0.328 0.106 0.019 0.001 30 G 0.153 0.391 0.230 0.141 0.069 0.015 0.001 31 Y 0.017 0.111 0.255 0.354 0.215 0.045 0.003 32 D 0.058 0.233 0.284 0.255 0.127 0.039 0.003 33 V 0.002 0.004 0.015 0.063 0.265 0.503 0.147 34 I 0.005 0.029 0.070 0.174 0.279 0.334 0.109 35 G 0.002 0.007 0.023 0.067 0.149 0.407 0.345 36 I 0.001 0.002 0.007 0.028 0.092 0.365 0.507 37 F 0.001 0.005 0.013 0.042 0.139 0.420 0.380 38 M 0.001 0.002 0.008 0.033 0.101 0.420 0.436 39 K 0.002 0.016 0.057 0.165 0.269 0.366 0.124 40 N 0.002 0.009 0.025 0.081 0.244 0.466 0.173 41 W 0.002 0.013 0.039 0.139 0.419 0.363 0.024 42 D 0.024 0.182 0.319 0.309 0.138 0.027 0.001 43 D 0.160 0.322 0.293 0.163 0.050 0.012 0.001 44 T 0.551 0.270 0.106 0.052 0.017 0.004 0.001 45 D 0.630 0.224 0.095 0.039 0.010 0.002 0.001 46 E 0.788 0.143 0.046 0.017 0.005 0.001 0.001 47 N 0.653 0.214 0.086 0.035 0.010 0.002 0.001 48 G 0.590 0.255 0.100 0.042 0.011 0.002 0.001 49 V 0.225 0.282 0.219 0.178 0.076 0.018 0.001 50 C 0.101 0.153 0.186 0.249 0.211 0.091 0.009 51 T 0.087 0.145 0.195 0.246 0.214 0.101 0.013 52 A 0.067 0.119 0.169 0.280 0.239 0.113 0.013 53 T 0.105 0.206 0.195 0.216 0.173 0.090 0.016 54 E 0.133 0.252 0.211 0.188 0.137 0.063 0.016 55 D 0.013 0.076 0.142 0.237 0.273 0.210 0.048 56 Y 0.003 0.032 0.117 0.244 0.374 0.206 0.024 57 K 0.045 0.301 0.363 0.195 0.066 0.028 0.003 58 D 0.002 0.023 0.102 0.265 0.350 0.221 0.036 59 V 0.001 0.001 0.002 0.018 0.169 0.629 0.181 60 V 0.002 0.033 0.180 0.397 0.298 0.086 0.004 61 A 0.017 0.197 0.353 0.305 0.106 0.022 0.001 62 V 0.002 0.009 0.018 0.085 0.340 0.506 0.040 63 A 0.002 0.008 0.043 0.232 0.457 0.246 0.012 64 D 0.135 0.556 0.252 0.051 0.006 0.001 0.001 65 Q 0.222 0.401 0.232 0.119 0.023 0.002 0.001 66 I 0.014 0.076 0.204 0.360 0.269 0.073 0.004 67 G 0.229 0.439 0.220 0.081 0.026 0.005 0.001 68 I 0.032 0.053 0.111 0.286 0.317 0.177 0.024 69 P 0.098 0.208 0.244 0.252 0.150 0.043 0.003 70 Y 0.031 0.071 0.144 0.228 0.315 0.183 0.027 71 Y 0.041 0.126 0.167 0.234 0.232 0.169 0.032 72 S 0.022 0.088 0.165 0.256 0.261 0.184 0.025 73 V 0.019 0.050 0.103 0.228 0.316 0.252 0.032 74 N 0.074 0.234 0.277 0.233 0.132 0.047 0.004 75 F 0.025 0.068 0.145 0.327 0.330 0.099 0.006 76 E 0.153 0.367 0.272 0.152 0.046 0.009 0.001 77 K 0.444 0.428 0.101 0.023 0.004 0.001 0.001 78 E 0.133 0.401 0.320 0.118 0.024 0.003 0.001 79 Y 0.004 0.024 0.087 0.274 0.464 0.144 0.003 80 W 0.018 0.151 0.305 0.335 0.158 0.032 0.001 81 D 0.161 0.557 0.215 0.058 0.009 0.001 0.001 82 R 0.022 0.142 0.398 0.349 0.082 0.007 0.001 83 V 0.004 0.016 0.028 0.110 0.406 0.411 0.025 84 F 0.006 0.041 0.133 0.351 0.354 0.110 0.005 85 E 0.045 0.408 0.383 0.136 0.025 0.003 0.001 86 Y 0.012 0.097 0.297 0.406 0.163 0.025 0.001 87 F 0.004 0.011 0.019 0.081 0.359 0.491 0.035 88 L 0.019 0.087 0.202 0.384 0.251 0.056 0.002 89 A 0.169 0.552 0.211 0.056 0.010 0.002 0.001 90 E 0.073 0.228 0.311 0.285 0.090 0.013 0.001 91 Y 0.027 0.074 0.152 0.300 0.354 0.090 0.003 92 R 0.309 0.327 0.206 0.119 0.033 0.005 0.001 93 A 0.598 0.301 0.072 0.023 0.005 0.001 0.001 94 G 0.383 0.333 0.175 0.080 0.025 0.004 0.001 95 R 0.134 0.277 0.283 0.196 0.088 0.020 0.002 96 T 0.097 0.115 0.144 0.250 0.252 0.129 0.014 97 P 0.049 0.067 0.101 0.188 0.283 0.252 0.059 98 N 0.056 0.057 0.076 0.150 0.235 0.302 0.124 99 P 0.023 0.034 0.054 0.124 0.213 0.306 0.247 100 D 0.022 0.044 0.061 0.102 0.164 0.316 0.291 101 V 0.021 0.049 0.085 0.157 0.223 0.278 0.187 102 M 0.021 0.049 0.079 0.175 0.248 0.285 0.142 103 C 0.014 0.020 0.031 0.069 0.200 0.414 0.252 104 N 0.036 0.064 0.097 0.181 0.237 0.265 0.121 105 K 0.024 0.088 0.145 0.256 0.231 0.198 0.058 106 E 0.017 0.048 0.097 0.199 0.315 0.265 0.060 107 I 0.003 0.010 0.022 0.063 0.185 0.454 0.263 108 K 0.004 0.025 0.061 0.167 0.257 0.345 0.141 109 F 0.001 0.006 0.018 0.056 0.196 0.471 0.251 110 K 0.016 0.091 0.197 0.272 0.204 0.177 0.043 111 A 0.003 0.039 0.119 0.262 0.285 0.206 0.086 112 F 0.001 0.001 0.002 0.012 0.109 0.581 0.294 113 L 0.001 0.006 0.034 0.223 0.445 0.270 0.021 114 D 0.013 0.317 0.366 0.212 0.076 0.014 0.001 115 Y 0.001 0.013 0.106 0.393 0.354 0.129 0.004 116 A 0.002 0.010 0.021 0.123 0.507 0.329 0.009 117 I 0.107 0.449 0.331 0.102 0.010 0.001 0.001 118 T 0.434 0.451 0.087 0.022 0.004 0.001 0.001 119 L 0.011 0.093 0.275 0.403 0.196 0.022 0.001 120 G 0.098 0.437 0.320 0.114 0.028 0.003 0.001 121 A 0.004 0.012 0.052 0.185 0.395 0.327 0.024 122 D 0.002 0.017 0.063 0.263 0.433 0.206 0.018 123 Y 0.001 0.002 0.007 0.029 0.140 0.529 0.292 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.167 0.821 125 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.122 0.865 126 T 0.001 0.002 0.005 0.015 0.032 0.155 0.792 127 G 0.001 0.002 0.005 0.015 0.046 0.247 0.683 128 H 0.001 0.006 0.018 0.055 0.123 0.343 0.453 129 Y 0.002 0.005 0.019 0.071 0.233 0.456 0.215 130 A 0.002 0.004 0.011 0.040 0.170 0.537 0.236 131 R 0.008 0.040 0.109 0.250 0.347 0.222 0.023 132 V 0.025 0.121 0.201 0.265 0.271 0.109 0.008 133 A 0.054 0.145 0.245 0.307 0.186 0.059 0.003 134 R 0.219 0.326 0.231 0.162 0.052 0.010 0.001 135 D 0.515 0.295 0.122 0.051 0.015 0.002 0.001 136 E 0.824 0.121 0.039 0.013 0.003 0.001 0.001 137 D 0.838 0.121 0.028 0.010 0.003 0.001 0.001 138 G 0.623 0.242 0.093 0.033 0.007 0.001 0.001 139 T 0.354 0.341 0.181 0.094 0.026 0.004 0.001 140 V 0.118 0.208 0.214 0.249 0.159 0.049 0.004 141 H 0.086 0.159 0.242 0.288 0.170 0.052 0.003 142 M 0.040 0.040 0.079 0.191 0.305 0.303 0.042 143 L 0.060 0.091 0.129 0.226 0.275 0.188 0.030 144 R 0.091 0.143 0.175 0.215 0.190 0.149 0.038 145 G 0.095 0.116 0.130 0.201 0.235 0.180 0.043 146 V 0.166 0.247 0.213 0.178 0.116 0.064 0.016 147 D 0.213 0.208 0.185 0.187 0.133 0.062 0.012 148 N 0.261 0.235 0.170 0.149 0.105 0.065 0.015 149 G 0.327 0.226 0.162 0.132 0.087 0.053 0.014 150 K 0.111 0.145 0.166 0.202 0.205 0.134 0.037 151 D 0.047 0.067 0.099 0.171 0.275 0.269 0.073 152 Q 0.034 0.052 0.074 0.151 0.233 0.338 0.117 153 T 0.065 0.096 0.123 0.177 0.198 0.250 0.090 154 Y 0.050 0.059 0.089 0.156 0.219 0.284 0.143 155 F 0.034 0.039 0.050 0.109 0.246 0.366 0.156 156 L 0.054 0.044 0.069 0.143 0.224 0.346 0.121 157 S 0.087 0.183 0.183 0.214 0.171 0.132 0.030 158 Q 0.105 0.172 0.207 0.231 0.173 0.098 0.014 159 L 0.054 0.090 0.142 0.254 0.304 0.143 0.013 160 S 0.297 0.355 0.204 0.109 0.030 0.006 0.001 161 Q 0.474 0.327 0.131 0.053 0.013 0.002 0.001 162 E 0.535 0.322 0.104 0.030 0.007 0.002 0.001 163 Q 0.133 0.194 0.228 0.256 0.147 0.040 0.003 164 L 0.051 0.084 0.166 0.274 0.300 0.117 0.008 165 Q 0.202 0.303 0.227 0.155 0.079 0.029 0.003 166 K 0.165 0.236 0.225 0.200 0.112 0.053 0.008 167 T 0.068 0.080 0.116 0.200 0.268 0.229 0.038 168 M 0.088 0.128 0.174 0.234 0.222 0.133 0.021 169 F 0.274 0.205 0.164 0.156 0.124 0.065 0.012 170 P 0.360 0.256 0.167 0.120 0.063 0.029 0.005 171 L 0.325 0.187 0.157 0.163 0.107 0.053 0.008 172 G 0.368 0.261 0.155 0.127 0.066 0.021 0.003 173 H 0.510 0.283 0.122 0.058 0.021 0.006 0.001 174 L 0.120 0.153 0.200 0.253 0.194 0.072 0.007 175 E 0.211 0.379 0.218 0.131 0.047 0.012 0.001 176 K 0.049 0.164 0.301 0.312 0.141 0.031 0.003 177 P 0.479 0.388 0.109 0.020 0.003 0.001 0.001 178 E 0.050 0.230 0.292 0.272 0.131 0.022 0.002 179 V 0.009 0.021 0.057 0.189 0.421 0.289 0.014 180 R 0.031 0.201 0.321 0.324 0.109 0.014 0.001 181 R 0.147 0.589 0.204 0.050 0.009 0.001 0.001 182 L 0.006 0.036 0.189 0.484 0.256 0.029 0.001 183 A 0.031 0.071 0.109 0.308 0.386 0.094 0.002 184 E 0.306 0.459 0.185 0.044 0.005 0.001 0.001 185 E 0.495 0.385 0.092 0.023 0.004 0.001 0.001 186 A 0.105 0.251 0.327 0.230 0.076 0.010 0.001 187 G 0.362 0.401 0.166 0.055 0.014 0.002 0.001 188 L 0.186 0.161 0.215 0.256 0.143 0.036 0.002 189 S 0.340 0.336 0.175 0.103 0.038 0.007 0.001 190 T 0.191 0.257 0.251 0.192 0.089 0.020 0.001 191 A 0.142 0.149 0.176 0.257 0.204 0.065 0.006 192 K 0.351 0.361 0.172 0.084 0.026 0.006 0.001 193 K 0.256 0.276 0.189 0.165 0.087 0.023 0.004 194 K 0.274 0.312 0.209 0.134 0.052 0.017 0.003 195 D 0.299 0.282 0.191 0.136 0.068 0.022 0.003 196 S 0.167 0.165 0.189 0.217 0.175 0.080 0.008 197 T 0.213 0.235 0.199 0.189 0.118 0.041 0.003 198 G 0.149 0.255 0.273 0.198 0.090 0.031 0.004 199 I 0.035 0.053 0.089 0.193 0.340 0.259 0.031 200 C 0.042 0.095 0.204 0.289 0.232 0.120 0.019 201 F 0.083 0.098 0.129 0.206 0.244 0.211 0.029 202 I 0.146 0.148 0.158 0.205 0.219 0.118 0.007 203 G 0.333 0.247 0.190 0.162 0.057 0.011 0.001 204 E 0.719 0.200 0.057 0.019 0.004 0.001 0.001 205 K 0.812 0.142 0.033 0.010 0.002 0.001 0.001