# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2446 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.002 0.002 0.014 0.062 0.072 0.117 0.005 0.001 0.070 0.628 2 S 0.026 0.001 0.001 0.003 0.009 0.010 0.078 0.001 0.001 0.027 0.845 3 D 0.087 0.001 0.001 0.003 0.009 0.010 0.102 0.008 0.001 0.040 0.738 4 N 0.192 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.102 0.002 0.001 0.051 0.641 5 S 0.023 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.137 0.001 0.001 0.018 0.809 6 K 0.005 0.001 0.001 0.015 0.010 0.011 0.177 0.002 0.001 0.012 0.768 7 T 0.005 0.002 0.001 0.202 0.038 0.032 0.132 0.001 0.001 0.034 0.554 8 R 0.001 0.001 0.001 0.658 0.053 0.065 0.035 0.001 0.001 0.052 0.135 9 V 0.001 0.001 0.001 0.755 0.048 0.040 0.016 0.001 0.001 0.034 0.106 10 V 0.001 0.001 0.001 0.940 0.023 0.010 0.004 0.001 0.001 0.011 0.013 11 V 0.001 0.001 0.001 0.945 0.013 0.010 0.004 0.001 0.001 0.014 0.013 12 G 0.002 0.001 0.001 0.893 0.011 0.025 0.014 0.001 0.001 0.019 0.036 13 M 0.017 0.002 0.001 0.583 0.013 0.053 0.088 0.001 0.001 0.060 0.182 14 S 0.051 0.015 0.001 0.232 0.021 0.062 0.177 0.002 0.002 0.109 0.328 15 G 0.036 0.078 0.002 0.086 0.017 0.035 0.224 0.003 0.002 0.103 0.416 16 G 0.066 0.254 0.002 0.019 0.019 0.024 0.149 0.005 0.001 0.171 0.290 17 V 0.037 0.501 0.001 0.008 0.006 0.011 0.077 0.008 0.001 0.121 0.230 18 D 0.009 0.213 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 0.001 0.001 0.710 0.043 19 S 0.002 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.084 0.013 20 S 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 21 V 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 22 T 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 24 L 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 25 L 0.008 0.800 0.010 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.005 0.134 0.031 26 L 0.016 0.014 0.556 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.282 0.104 0.016 27 K 0.794 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 0.014 0.006 0.047 0.107 28 E 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.014 0.910 29 Q 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.069 0.001 0.001 0.005 0.914 30 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.018 0.161 0.002 0.001 0.020 0.787 31 Y 0.007 0.001 0.001 0.024 0.017 0.022 0.118 0.001 0.001 0.069 0.741 32 D 0.002 0.001 0.001 0.539 0.040 0.108 0.051 0.001 0.001 0.080 0.180 33 V 0.001 0.001 0.001 0.275 0.037 0.086 0.054 0.001 0.001 0.063 0.485 34 I 0.001 0.001 0.001 0.704 0.121 0.122 0.005 0.001 0.001 0.030 0.017 35 G 0.001 0.001 0.001 0.554 0.124 0.134 0.012 0.001 0.001 0.050 0.125 36 I 0.001 0.001 0.001 0.672 0.156 0.114 0.006 0.001 0.001 0.015 0.037 37 F 0.004 0.001 0.001 0.546 0.075 0.150 0.041 0.001 0.001 0.075 0.109 38 M 0.021 0.001 0.001 0.293 0.159 0.151 0.069 0.001 0.001 0.087 0.217 39 K 0.061 0.003 0.001 0.143 0.034 0.072 0.174 0.003 0.001 0.065 0.444 40 N 0.040 0.003 0.001 0.054 0.015 0.032 0.194 0.002 0.001 0.058 0.599 41 W 0.022 0.006 0.001 0.039 0.019 0.044 0.180 0.003 0.001 0.061 0.624 42 D 0.052 0.020 0.002 0.017 0.020 0.035 0.151 0.003 0.001 0.076 0.623 43 D 0.095 0.043 0.005 0.011 0.024 0.037 0.157 0.005 0.003 0.107 0.514 44 T 0.091 0.022 0.009 0.007 0.007 0.013 0.124 0.006 0.005 0.080 0.637 45 D 0.347 0.013 0.003 0.003 0.005 0.010 0.070 0.010 0.002 0.074 0.464 46 E 0.189 0.007 0.001 0.004 0.004 0.007 0.081 0.004 0.001 0.068 0.636 47 N 0.018 0.002 0.001 0.005 0.006 0.016 0.114 0.002 0.001 0.031 0.804 48 G 0.017 0.003 0.001 0.016 0.030 0.053 0.128 0.004 0.001 0.054 0.693 49 V 0.019 0.002 0.001 0.014 0.049 0.043 0.144 0.001 0.001 0.037 0.692 50 C 0.005 0.002 0.001 0.030 0.052 0.063 0.169 0.001 0.001 0.025 0.651 51 T 0.034 0.032 0.001 0.028 0.026 0.032 0.159 0.003 0.001 0.054 0.631 52 A 0.078 0.294 0.001 0.014 0.006 0.009 0.094 0.023 0.001 0.047 0.433 53 T 0.105 0.551 0.002 0.006 0.001 0.002 0.036 0.006 0.001 0.077 0.214 54 E 0.020 0.543 0.006 0.006 0.002 0.003 0.034 0.003 0.001 0.203 0.179 55 D 0.013 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.055 0.051 56 Y 0.010 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.017 57 K 0.008 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.037 0.017 58 D 0.001 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.021 0.014 59 V 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 60 V 0.002 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.054 0.010 61 A 0.003 0.956 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.013 62 V 0.013 0.903 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.003 0.044 0.019 63 A 0.005 0.007 0.468 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.479 0.030 0.008 64 D 0.858 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.001 0.011 0.105 65 Q 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.002 0.019 0.916 66 I 0.016 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.125 0.001 0.001 0.009 0.842 67 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.007 0.119 0.001 0.001 0.017 0.843 68 I 0.007 0.001 0.001 0.019 0.020 0.012 0.168 0.002 0.001 0.071 0.700 69 P 0.004 0.002 0.001 0.597 0.026 0.066 0.044 0.001 0.001 0.100 0.161 70 Y 0.004 0.002 0.001 0.212 0.027 0.071 0.057 0.001 0.001 0.039 0.587 71 Y 0.001 0.001 0.001 0.646 0.117 0.094 0.026 0.001 0.001 0.022 0.093 72 S 0.008 0.001 0.001 0.356 0.082 0.093 0.059 0.001 0.001 0.042 0.358 73 V 0.003 0.001 0.001 0.262 0.085 0.096 0.083 0.001 0.001 0.018 0.448 74 N 0.061 0.042 0.002 0.115 0.025 0.040 0.136 0.002 0.003 0.033 0.540 75 F 0.056 0.240 0.010 0.031 0.015 0.015 0.072 0.012 0.004 0.032 0.512 76 E 0.164 0.625 0.003 0.002 0.003 0.004 0.018 0.017 0.001 0.015 0.149 77 K 0.126 0.595 0.005 0.003 0.004 0.004 0.019 0.007 0.002 0.041 0.194 78 E 0.049 0.577 0.009 0.003 0.006 0.009 0.038 0.007 0.003 0.059 0.240 79 Y 0.180 0.484 0.012 0.003 0.009 0.009 0.031 0.025 0.004 0.054 0.189 80 W 0.180 0.445 0.004 0.004 0.007 0.009 0.039 0.018 0.002 0.030 0.261 81 D 0.097 0.375 0.005 0.008 0.010 0.023 0.056 0.005 0.002 0.022 0.396 82 R 0.041 0.408 0.012 0.013 0.012 0.027 0.063 0.005 0.004 0.025 0.391 83 V 0.079 0.514 0.009 0.006 0.012 0.014 0.052 0.017 0.003 0.029 0.265 84 F 0.199 0.531 0.002 0.006 0.008 0.011 0.034 0.023 0.001 0.018 0.166 85 E 0.107 0.309 0.002 0.013 0.008 0.019 0.054 0.004 0.001 0.024 0.458 86 Y 0.021 0.338 0.013 0.023 0.016 0.028 0.095 0.002 0.004 0.031 0.428 87 F 0.017 0.568 0.006 0.010 0.014 0.009 0.041 0.007 0.002 0.011 0.314 88 L 0.101 0.842 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.017 0.001 0.002 0.029 89 A 0.013 0.842 0.002 0.002 0.001 0.003 0.010 0.002 0.001 0.019 0.105 90 E 0.014 0.293 0.396 0.001 0.002 0.006 0.014 0.002 0.106 0.053 0.113 91 Y 0.670 0.082 0.012 0.001 0.006 0.006 0.014 0.056 0.005 0.062 0.089 92 R 0.380 0.008 0.001 0.002 0.002 0.004 0.023 0.013 0.002 0.043 0.521 93 A 0.032 0.003 0.001 0.009 0.001 0.003 0.042 0.001 0.001 0.008 0.901 94 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.020 0.065 0.001 0.001 0.010 0.889 95 R 0.011 0.001 0.001 0.003 0.016 0.007 0.099 0.001 0.001 0.023 0.839 96 T 0.039 0.002 0.001 0.020 0.021 0.013 0.171 0.005 0.001 0.056 0.673 97 P 0.072 0.017 0.001 0.008 0.002 0.003 0.128 0.004 0.001 0.021 0.744 98 N 0.266 0.106 0.001 0.016 0.005 0.008 0.135 0.022 0.001 0.028 0.411 99 P 0.059 0.130 0.002 0.026 0.008 0.017 0.128 0.013 0.001 0.039 0.578 100 D 0.137 0.125 0.007 0.035 0.017 0.035 0.091 0.006 0.003 0.088 0.455 101 V 0.098 0.302 0.003 0.038 0.033 0.035 0.073 0.008 0.001 0.086 0.322 102 M 0.155 0.362 0.006 0.016 0.020 0.030 0.072 0.006 0.003 0.045 0.287 103 C 0.027 0.648 0.002 0.019 0.013 0.023 0.040 0.004 0.001 0.015 0.207 104 N 0.025 0.718 0.001 0.004 0.009 0.013 0.030 0.003 0.001 0.044 0.152 105 K 0.005 0.904 0.001 0.004 0.006 0.006 0.010 0.002 0.001 0.028 0.035 106 E 0.004 0.935 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.027 0.022 107 I 0.003 0.880 0.001 0.003 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.088 0.014 108 K 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 109 F 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 110 K 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 111 A 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 112 F 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 114 D 0.002 0.089 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.891 0.012 115 Y 0.013 0.676 0.031 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 0.012 0.195 0.046 116 A 0.078 0.018 0.508 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.264 0.049 0.046 117 I 0.650 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 0.006 0.003 0.025 0.265 118 T 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.006 0.924 119 L 0.011 0.009 0.008 0.008 0.001 0.001 0.114 0.002 0.001 0.021 0.824 120 G 0.021 0.015 0.001 0.021 0.007 0.007 0.216 0.005 0.001 0.035 0.672 121 A 0.011 0.028 0.001 0.064 0.007 0.008 0.102 0.001 0.001 0.043 0.734 122 D 0.004 0.020 0.001 0.546 0.027 0.034 0.056 0.002 0.001 0.177 0.134 123 Y 0.003 0.011 0.001 0.717 0.023 0.043 0.028 0.001 0.001 0.066 0.108 124 V 0.003 0.004 0.001 0.824 0.043 0.033 0.013 0.001 0.001 0.030 0.048 125 A 0.006 0.003 0.001 0.749 0.038 0.045 0.025 0.001 0.001 0.037 0.096 126 T 0.051 0.015 0.002 0.412 0.041 0.089 0.073 0.004 0.002 0.068 0.243 127 G 0.120 0.046 0.005 0.117 0.031 0.060 0.124 0.006 0.004 0.049 0.438 128 H 0.051 0.090 0.003 0.042 0.067 0.101 0.125 0.010 0.002 0.034 0.477 129 Y 0.086 0.362 0.003 0.023 0.048 0.082 0.080 0.014 0.002 0.028 0.271 130 A 0.152 0.190 0.013 0.024 0.074 0.071 0.078 0.014 0.006 0.048 0.330 131 R 0.078 0.190 0.006 0.020 0.053 0.074 0.090 0.013 0.003 0.039 0.434 132 V 0.157 0.214 0.003 0.012 0.026 0.047 0.077 0.011 0.001 0.037 0.415 133 A 0.073 0.256 0.015 0.022 0.020 0.033 0.081 0.006 0.006 0.043 0.447 134 R 0.054 0.188 0.021 0.012 0.010 0.024 0.078 0.006 0.007 0.042 0.558 135 D 0.234 0.079 0.005 0.007 0.015 0.017 0.048 0.011 0.002 0.258 0.325 136 E 0.091 0.235 0.004 0.008 0.009 0.013 0.061 0.009 0.001 0.123 0.446 137 D 0.083 0.251 0.009 0.009 0.006 0.012 0.063 0.004 0.002 0.027 0.536 138 G 0.058 0.246 0.005 0.014 0.033 0.043 0.075 0.017 0.002 0.038 0.469 139 T 0.152 0.370 0.001 0.004 0.015 0.023 0.059 0.014 0.001 0.023 0.339 140 V 0.169 0.237 0.008 0.021 0.029 0.042 0.077 0.015 0.004 0.048 0.349 141 H 0.070 0.183 0.010 0.024 0.022 0.041 0.146 0.007 0.006 0.031 0.461 142 M 0.122 0.141 0.004 0.018 0.017 0.030 0.106 0.013 0.002 0.038 0.509 143 L 0.249 0.080 0.003 0.023 0.024 0.023 0.102 0.008 0.001 0.070 0.416 144 R 0.020 0.026 0.003 0.032 0.015 0.036 0.133 0.002 0.001 0.036 0.695 145 G 0.041 0.087 0.007 0.033 0.021 0.043 0.106 0.005 0.003 0.050 0.605 146 V 0.272 0.111 0.005 0.013 0.025 0.018 0.080 0.014 0.002 0.089 0.370 147 D 0.147 0.069 0.004 0.015 0.011 0.020 0.115 0.008 0.002 0.058 0.552 148 N 0.078 0.079 0.002 0.021 0.009 0.027 0.103 0.006 0.001 0.051 0.622 149 G 0.151 0.023 0.004 0.025 0.020 0.031 0.116 0.004 0.002 0.154 0.471 150 K 0.033 0.068 0.003 0.037 0.045 0.061 0.144 0.007 0.001 0.074 0.528 151 D 0.081 0.075 0.003 0.023 0.030 0.051 0.113 0.006 0.001 0.038 0.579 152 Q 0.047 0.066 0.002 0.044 0.083 0.102 0.119 0.019 0.001 0.063 0.453 153 T 0.072 0.045 0.002 0.032 0.039 0.077 0.116 0.004 0.001 0.123 0.489 154 Y 0.031 0.064 0.010 0.084 0.066 0.105 0.111 0.008 0.003 0.098 0.420 155 F 0.142 0.123 0.006 0.047 0.040 0.072 0.101 0.015 0.003 0.071 0.382 156 L 0.171 0.064 0.005 0.044 0.049 0.063 0.093 0.009 0.002 0.092 0.407 157 S 0.030 0.056 0.002 0.039 0.050 0.098 0.126 0.004 0.001 0.043 0.552 158 Q 0.087 0.104 0.009 0.024 0.034 0.063 0.110 0.006 0.004 0.041 0.519 159 L 0.088 0.183 0.008 0.020 0.039 0.039 0.104 0.016 0.005 0.038 0.461 160 S 0.267 0.211 0.007 0.006 0.010 0.017 0.060 0.013 0.005 0.041 0.363 161 Q 0.227 0.265 0.009 0.009 0.010 0.018 0.050 0.018 0.003 0.041 0.349 162 E 0.164 0.096 0.008 0.011 0.015 0.033 0.075 0.006 0.003 0.038 0.552 163 Q 0.066 0.075 0.005 0.031 0.063 0.093 0.093 0.004 0.001 0.055 0.514 164 L 0.038 0.062 0.003 0.041 0.060 0.089 0.122 0.006 0.001 0.059 0.519 165 Q 0.040 0.054 0.003 0.048 0.090 0.089 0.102 0.008 0.001 0.037 0.527 166 K 0.038 0.018 0.001 0.072 0.135 0.179 0.089 0.003 0.001 0.068 0.397 167 T 0.005 0.019 0.001 0.067 0.139 0.222 0.066 0.001 0.001 0.033 0.446 168 M 0.022 0.050 0.009 0.102 0.119 0.162 0.072 0.005 0.003 0.050 0.406 169 F 0.120 0.043 0.014 0.065 0.168 0.116 0.073 0.023 0.007 0.095 0.276 170 P 0.197 0.050 0.004 0.043 0.026 0.044 0.069 0.010 0.003 0.050 0.503 171 L 0.178 0.032 0.005 0.043 0.022 0.047 0.082 0.011 0.002 0.046 0.532 172 G 0.047 0.012 0.002 0.035 0.022 0.044 0.105 0.004 0.001 0.032 0.695 173 H 0.055 0.011 0.001 0.026 0.034 0.041 0.113 0.001 0.001 0.033 0.685 174 L 0.010 0.012 0.001 0.030 0.035 0.026 0.131 0.002 0.001 0.039 0.713 175 E 0.030 0.466 0.001 0.007 0.007 0.007 0.070 0.006 0.001 0.034 0.371 176 K 0.021 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.014 0.056 177 P 0.007 0.940 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.012 0.030 178 E 0.002 0.931 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.039 0.016 179 V 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 180 R 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 181 R 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 182 L 0.003 0.945 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.033 0.008 183 A 0.002 0.005 0.594 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.375 0.019 0.002 184 E 0.902 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.003 0.016 0.056 185 E 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.010 0.938 186 A 0.012 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.063 0.001 0.001 0.007 0.909 187 G 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.094 0.003 0.001 0.016 0.867 188 L 0.026 0.001 0.001 0.002 0.009 0.005 0.107 0.005 0.001 0.017 0.827 189 S 0.072 0.034 0.001 0.157 0.012 0.019 0.107 0.005 0.001 0.042 0.551 190 T 0.149 0.018 0.001 0.037 0.005 0.017 0.084 0.004 0.001 0.048 0.636 191 A 0.039 0.009 0.001 0.165 0.023 0.034 0.130 0.007 0.001 0.040 0.551 192 K 0.013 0.005 0.001 0.131 0.012 0.024 0.090 0.001 0.001 0.021 0.702 193 K 0.040 0.006 0.003 0.106 0.032 0.033 0.094 0.002 0.001 0.050 0.633 194 K 0.032 0.004 0.002 0.028 0.010 0.012 0.121 0.002 0.001 0.029 0.760 195 D 0.105 0.008 0.001 0.013 0.014 0.017 0.107 0.008 0.001 0.052 0.674 196 S 0.178 0.020 0.001 0.014 0.007 0.010 0.114 0.004 0.001 0.059 0.592 197 T 0.038 0.009 0.001 0.013 0.012 0.025 0.130 0.005 0.001 0.038 0.728 198 G 0.037 0.023 0.001 0.026 0.038 0.068 0.132 0.006 0.001 0.047 0.622 199 I 0.045 0.016 0.001 0.037 0.087 0.124 0.126 0.004 0.001 0.053 0.505 200 C 0.025 0.013 0.002 0.055 0.104 0.179 0.125 0.002 0.001 0.045 0.449 201 F 0.032 0.010 0.003 0.048 0.081 0.147 0.114 0.003 0.002 0.044 0.517 202 I 0.145 0.010 0.003 0.028 0.041 0.061 0.103 0.007 0.002 0.059 0.539 203 G 0.166 0.009 0.002 0.013 0.014 0.023 0.087 0.005 0.001 0.042 0.639 204 E 0.029 0.005 0.001 0.008 0.010 0.020 0.091 0.003 0.001 0.024 0.809 205 K 0.023 0.008 0.001 0.011 0.027 0.039 0.109 0.004 0.001 0.031 0.747