# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2446 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.280 0.084 0.061 0.104 0.082 0.076 0.090 0.069 0.068 0.050 0.034 2 S 0.168 0.224 0.051 0.113 0.083 0.071 0.094 0.062 0.059 0.042 0.034 3 D 0.318 0.171 0.062 0.145 0.091 0.074 0.062 0.030 0.023 0.014 0.010 4 N 0.484 0.179 0.032 0.088 0.054 0.042 0.046 0.024 0.024 0.014 0.013 5 S 0.327 0.232 0.131 0.169 0.065 0.033 0.023 0.008 0.006 0.004 0.003 6 K 0.374 0.221 0.073 0.181 0.083 0.036 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 7 T 0.050 0.101 0.083 0.216 0.222 0.153 0.108 0.038 0.020 0.007 0.003 8 R 0.001 0.005 0.010 0.076 0.181 0.243 0.278 0.121 0.056 0.022 0.006 9 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.019 0.107 0.209 0.266 0.223 0.166 10 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.088 0.179 0.239 0.239 0.237 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.082 0.217 0.335 0.339 12 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.034 0.088 0.212 0.295 0.361 13 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.041 0.095 0.207 0.282 0.356 14 S 0.004 0.011 0.008 0.037 0.051 0.077 0.196 0.197 0.197 0.127 0.094 15 G 0.015 0.028 0.012 0.064 0.093 0.122 0.192 0.160 0.148 0.100 0.066 16 G 0.007 0.015 0.006 0.045 0.090 0.132 0.198 0.158 0.160 0.119 0.071 17 V 0.002 0.006 0.003 0.025 0.075 0.140 0.206 0.183 0.168 0.115 0.077 18 D 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.042 0.110 0.166 0.250 0.233 0.177 19 S 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.013 0.064 0.113 0.260 0.279 0.258 20 S 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.024 0.073 0.110 0.230 0.267 0.277 21 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.010 0.044 0.096 0.208 0.284 0.344 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.065 0.209 0.300 0.405 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.026 0.053 0.140 0.258 0.515 24 L 0.001 0.001 0.004 0.008 0.016 0.052 0.232 0.188 0.218 0.180 0.100 25 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.028 0.174 0.210 0.227 0.190 0.163 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.099 0.298 0.583 27 K 0.001 0.001 0.001 0.010 0.051 0.116 0.323 0.258 0.152 0.061 0.030 28 E 0.005 0.040 0.224 0.190 0.150 0.164 0.134 0.046 0.026 0.012 0.009 29 Q 0.001 0.002 0.002 0.024 0.068 0.223 0.481 0.137 0.041 0.015 0.005 30 G 0.816 0.129 0.025 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.001 0.002 0.001 0.010 0.024 0.071 0.238 0.241 0.203 0.133 0.077 32 D 0.210 0.309 0.114 0.247 0.089 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.077 0.210 0.289 0.402 34 I 0.001 0.006 0.008 0.059 0.149 0.225 0.292 0.127 0.075 0.034 0.023 35 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.081 0.187 0.270 0.426 36 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.058 0.138 0.239 0.300 0.249 37 F 0.001 0.002 0.003 0.015 0.024 0.043 0.134 0.179 0.243 0.189 0.167 38 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.045 0.108 0.216 0.307 0.305 39 K 0.006 0.022 0.024 0.159 0.189 0.178 0.201 0.108 0.069 0.029 0.014 40 N 0.012 0.024 0.013 0.048 0.063 0.087 0.166 0.160 0.165 0.151 0.112 41 W 0.021 0.047 0.036 0.165 0.180 0.158 0.156 0.084 0.069 0.051 0.032 42 D 0.037 0.078 0.035 0.143 0.141 0.123 0.167 0.097 0.079 0.058 0.042 43 D 0.084 0.108 0.061 0.200 0.162 0.115 0.107 0.060 0.046 0.034 0.022 44 T 0.113 0.130 0.053 0.199 0.156 0.105 0.099 0.048 0.042 0.030 0.025 45 D 0.213 0.177 0.064 0.229 0.137 0.080 0.052 0.020 0.014 0.008 0.005 46 E 0.609 0.144 0.062 0.098 0.041 0.020 0.012 0.005 0.004 0.002 0.002 47 N 0.379 0.257 0.085 0.139 0.065 0.035 0.023 0.008 0.005 0.003 0.002 48 G 0.295 0.153 0.067 0.119 0.090 0.083 0.078 0.041 0.037 0.024 0.013 49 V 0.076 0.166 0.078 0.225 0.171 0.115 0.089 0.035 0.026 0.012 0.006 50 C 0.027 0.023 0.031 0.047 0.063 0.077 0.152 0.142 0.184 0.148 0.105 51 T 0.054 0.174 0.075 0.229 0.193 0.121 0.084 0.033 0.021 0.010 0.006 52 A 0.067 0.087 0.052 0.123 0.137 0.134 0.160 0.093 0.074 0.048 0.024 53 T 0.370 0.168 0.079 0.168 0.108 0.055 0.035 0.010 0.005 0.002 0.001 54 E 0.440 0.183 0.104 0.149 0.065 0.030 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 55 D 0.013 0.046 0.038 0.067 0.072 0.124 0.233 0.157 0.128 0.075 0.045 56 Y 0.002 0.003 0.008 0.023 0.084 0.210 0.338 0.172 0.098 0.042 0.020 57 K 0.160 0.098 0.562 0.131 0.031 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.001 0.012 0.086 0.264 0.286 0.202 0.106 0.026 0.011 0.004 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.057 0.191 0.305 0.427 60 V 0.001 0.002 0.030 0.158 0.303 0.311 0.152 0.029 0.011 0.004 0.001 61 A 0.005 0.026 0.788 0.109 0.042 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.003 0.010 0.026 0.081 0.323 0.203 0.169 0.110 0.073 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.086 0.227 0.337 0.317 64 D 0.005 0.027 0.494 0.329 0.116 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.002 0.020 0.349 0.142 0.175 0.185 0.101 0.017 0.006 0.002 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.025 0.152 0.199 0.248 0.219 0.148 67 G 0.537 0.273 0.047 0.088 0.031 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 68 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.017 0.072 0.132 0.250 0.262 0.252 69 P 0.297 0.332 0.080 0.175 0.070 0.029 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 70 Y 0.001 0.002 0.001 0.007 0.011 0.026 0.089 0.145 0.244 0.256 0.219 71 Y 0.016 0.042 0.030 0.128 0.170 0.186 0.197 0.096 0.071 0.038 0.025 72 S 0.010 0.023 0.016 0.078 0.092 0.110 0.195 0.162 0.153 0.094 0.067 73 V 0.005 0.007 0.006 0.027 0.050 0.082 0.202 0.186 0.197 0.147 0.092 74 N 0.187 0.258 0.117 0.234 0.115 0.047 0.026 0.008 0.005 0.002 0.001 75 F 0.005 0.009 0.003 0.013 0.018 0.032 0.101 0.132 0.215 0.242 0.229 76 E 0.088 0.369 0.088 0.226 0.123 0.056 0.031 0.010 0.006 0.002 0.001 77 K 0.335 0.170 0.083 0.229 0.108 0.043 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 78 E 0.505 0.143 0.080 0.120 0.059 0.036 0.028 0.013 0.009 0.004 0.002 79 Y 0.003 0.006 0.005 0.016 0.034 0.106 0.255 0.211 0.190 0.112 0.062 80 W 0.002 0.004 0.010 0.029 0.079 0.169 0.294 0.182 0.129 0.070 0.031 81 D 0.045 0.084 0.650 0.138 0.050 0.019 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 82 R 0.013 0.037 0.102 0.208 0.206 0.206 0.155 0.042 0.020 0.008 0.003 83 V 0.002 0.002 0.003 0.004 0.004 0.008 0.039 0.086 0.230 0.310 0.312 84 F 0.002 0.007 0.018 0.050 0.124 0.208 0.303 0.150 0.089 0.037 0.012 85 E 0.085 0.101 0.577 0.156 0.050 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 86 Y 0.011 0.015 0.016 0.052 0.095 0.189 0.321 0.150 0.090 0.045 0.017 87 F 0.005 0.005 0.004 0.008 0.010 0.022 0.076 0.123 0.236 0.269 0.243 88 L 0.009 0.023 0.035 0.077 0.128 0.188 0.237 0.126 0.096 0.054 0.028 89 A 0.146 0.118 0.418 0.153 0.067 0.034 0.029 0.013 0.011 0.007 0.004 90 E 0.084 0.067 0.062 0.129 0.130 0.160 0.188 0.082 0.054 0.028 0.014 91 Y 0.005 0.005 0.007 0.019 0.022 0.042 0.121 0.146 0.204 0.212 0.217 92 R 0.039 0.100 0.158 0.173 0.166 0.143 0.121 0.045 0.030 0.017 0.009 93 A 0.080 0.100 0.282 0.166 0.101 0.078 0.079 0.041 0.035 0.023 0.014 94 G 0.474 0.142 0.059 0.113 0.067 0.049 0.045 0.020 0.015 0.010 0.007 95 R 0.150 0.146 0.060 0.169 0.130 0.105 0.100 0.052 0.044 0.028 0.017 96 T 0.078 0.085 0.026 0.084 0.088 0.094 0.137 0.118 0.133 0.094 0.062 97 P 0.297 0.102 0.045 0.087 0.080 0.083 0.097 0.065 0.066 0.046 0.034 98 N 0.193 0.133 0.043 0.117 0.107 0.094 0.111 0.075 0.066 0.041 0.020 99 P 0.159 0.116 0.049 0.133 0.116 0.099 0.103 0.071 0.072 0.051 0.031 100 D 0.107 0.098 0.048 0.132 0.131 0.121 0.130 0.084 0.073 0.047 0.029 101 V 0.082 0.065 0.046 0.105 0.102 0.108 0.161 0.123 0.108 0.068 0.032 102 M 0.062 0.068 0.049 0.138 0.143 0.143 0.165 0.098 0.075 0.040 0.020 103 C 0.018 0.013 0.013 0.029 0.035 0.051 0.126 0.145 0.205 0.197 0.168 104 N 0.043 0.103 0.077 0.219 0.201 0.139 0.113 0.050 0.034 0.015 0.007 105 K 0.043 0.054 0.055 0.109 0.101 0.124 0.178 0.119 0.112 0.071 0.034 106 E 0.040 0.058 0.068 0.162 0.191 0.178 0.161 0.071 0.044 0.018 0.008 107 I 0.031 0.027 0.050 0.058 0.051 0.080 0.200 0.187 0.172 0.098 0.045 108 K 0.001 0.004 0.024 0.060 0.109 0.152 0.245 0.154 0.140 0.075 0.036 109 F 0.001 0.001 0.010 0.008 0.012 0.027 0.120 0.154 0.244 0.242 0.182 110 K 0.004 0.011 0.101 0.339 0.272 0.148 0.082 0.023 0.013 0.005 0.002 111 A 0.001 0.004 0.027 0.033 0.058 0.106 0.249 0.203 0.168 0.103 0.049 112 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.032 0.082 0.248 0.314 0.314 113 L 0.001 0.001 0.005 0.010 0.032 0.114 0.350 0.206 0.160 0.087 0.035 114 D 0.002 0.013 0.389 0.294 0.161 0.077 0.040 0.012 0.007 0.003 0.002 115 Y 0.001 0.001 0.003 0.008 0.020 0.074 0.349 0.223 0.168 0.102 0.051 116 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.139 0.344 0.480 117 I 0.001 0.005 0.044 0.157 0.281 0.252 0.172 0.051 0.022 0.010 0.006 118 T 0.006 0.029 0.528 0.190 0.114 0.078 0.038 0.010 0.005 0.002 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.080 0.402 0.239 0.143 0.083 0.030 120 G 0.325 0.342 0.087 0.143 0.053 0.024 0.017 0.004 0.003 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.038 0.144 0.241 0.562 122 D 0.082 0.201 0.104 0.268 0.176 0.102 0.049 0.011 0.005 0.002 0.001 123 Y 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.060 0.250 0.293 0.225 0.108 0.038 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.066 0.146 0.256 0.504 125 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.037 0.088 0.196 0.285 0.386 126 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.040 0.095 0.227 0.295 0.326 127 G 0.001 0.003 0.002 0.011 0.016 0.034 0.096 0.142 0.223 0.244 0.227 128 H 0.005 0.013 0.010 0.048 0.064 0.094 0.193 0.189 0.181 0.128 0.076 129 Y 0.017 0.029 0.023 0.088 0.106 0.124 0.187 0.146 0.133 0.087 0.060 130 A 0.015 0.016 0.011 0.032 0.043 0.061 0.134 0.145 0.207 0.186 0.151 131 R 0.033 0.050 0.033 0.148 0.167 0.167 0.170 0.092 0.079 0.042 0.019 132 V 0.025 0.032 0.023 0.065 0.084 0.111 0.169 0.139 0.160 0.120 0.074 133 A 0.153 0.124 0.074 0.137 0.112 0.100 0.112 0.068 0.060 0.038 0.023 134 R 0.226 0.140 0.065 0.137 0.107 0.091 0.098 0.051 0.042 0.027 0.016 135 D 0.054 0.065 0.028 0.080 0.077 0.087 0.142 0.132 0.142 0.115 0.079 136 E 0.214 0.153 0.062 0.147 0.112 0.086 0.084 0.049 0.044 0.029 0.018 137 D 0.294 0.134 0.065 0.137 0.101 0.079 0.077 0.042 0.036 0.022 0.012 138 G 0.112 0.046 0.028 0.066 0.066 0.082 0.135 0.121 0.146 0.117 0.079 139 T 0.040 0.087 0.055 0.159 0.142 0.127 0.145 0.096 0.078 0.046 0.027 140 V 0.030 0.033 0.034 0.070 0.079 0.102 0.153 0.135 0.158 0.130 0.078 141 H 0.051 0.068 0.061 0.165 0.168 0.142 0.152 0.083 0.060 0.034 0.018 142 M 0.014 0.016 0.018 0.045 0.052 0.073 0.154 0.161 0.202 0.163 0.103 143 L 0.017 0.024 0.033 0.082 0.097 0.114 0.178 0.143 0.137 0.104 0.070 144 R 0.070 0.094 0.075 0.166 0.156 0.131 0.140 0.074 0.054 0.029 0.012 145 G 0.159 0.115 0.055 0.113 0.092 0.094 0.117 0.085 0.080 0.057 0.035 146 V 0.094 0.059 0.036 0.093 0.080 0.080 0.123 0.100 0.118 0.108 0.109 147 D 0.202 0.183 0.075 0.135 0.098 0.076 0.085 0.050 0.046 0.030 0.020 148 N 0.154 0.204 0.080 0.199 0.125 0.084 0.069 0.035 0.027 0.015 0.008 149 G 0.363 0.109 0.048 0.088 0.066 0.059 0.071 0.052 0.057 0.047 0.040 150 K 0.109 0.098 0.063 0.188 0.175 0.134 0.116 0.052 0.036 0.019 0.009 151 D 0.093 0.142 0.105 0.199 0.148 0.105 0.090 0.046 0.039 0.022 0.012 152 Q 0.014 0.016 0.015 0.044 0.061 0.093 0.178 0.163 0.184 0.140 0.093 153 T 0.040 0.045 0.046 0.106 0.131 0.137 0.180 0.125 0.100 0.060 0.030 154 Y 0.031 0.041 0.063 0.113 0.114 0.119 0.166 0.116 0.117 0.079 0.040 155 F 0.019 0.025 0.034 0.069 0.076 0.106 0.212 0.156 0.150 0.099 0.056 156 L 0.006 0.006 0.008 0.024 0.031 0.047 0.118 0.160 0.236 0.208 0.157 157 S 0.033 0.046 0.060 0.105 0.120 0.125 0.187 0.119 0.108 0.066 0.031 158 Q 0.103 0.103 0.135 0.206 0.149 0.115 0.096 0.044 0.030 0.014 0.006 159 L 0.011 0.009 0.007 0.017 0.027 0.053 0.150 0.168 0.203 0.204 0.150 160 S 0.065 0.368 0.082 0.154 0.090 0.065 0.066 0.040 0.036 0.022 0.013 161 Q 0.324 0.105 0.097 0.182 0.135 0.078 0.046 0.016 0.010 0.005 0.002 162 E 0.635 0.140 0.073 0.080 0.032 0.016 0.012 0.005 0.004 0.002 0.001 163 Q 0.035 0.044 0.061 0.141 0.129 0.162 0.193 0.109 0.073 0.034 0.018 164 L 0.032 0.017 0.022 0.047 0.061 0.115 0.226 0.162 0.145 0.102 0.072 165 Q 0.019 0.079 0.462 0.165 0.119 0.078 0.047 0.015 0.009 0.004 0.002 166 K 0.023 0.066 0.283 0.239 0.149 0.103 0.073 0.027 0.021 0.012 0.005 167 T 0.016 0.016 0.014 0.055 0.069 0.101 0.194 0.158 0.168 0.127 0.080 168 M 0.009 0.013 0.018 0.052 0.068 0.086 0.184 0.172 0.182 0.133 0.083 169 F 0.007 0.024 0.040 0.105 0.137 0.148 0.212 0.133 0.106 0.062 0.026 170 P 0.022 0.035 0.040 0.072 0.078 0.092 0.173 0.158 0.159 0.108 0.062 171 L 0.009 0.007 0.005 0.019 0.026 0.040 0.103 0.136 0.227 0.215 0.212 172 G 0.065 0.070 0.047 0.133 0.136 0.135 0.180 0.096 0.075 0.041 0.023 173 H 0.089 0.095 0.055 0.186 0.148 0.127 0.143 0.075 0.050 0.022 0.010 174 L 0.004 0.003 0.003 0.008 0.014 0.026 0.093 0.157 0.237 0.237 0.218 175 E 0.043 0.582 0.090 0.159 0.064 0.030 0.017 0.006 0.005 0.002 0.002 176 K 0.033 0.039 0.020 0.106 0.212 0.231 0.190 0.088 0.050 0.022 0.009 177 P 0.812 0.104 0.028 0.031 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 178 E 0.004 0.035 0.040 0.343 0.271 0.161 0.096 0.031 0.012 0.004 0.002 179 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.080 0.228 0.304 0.357 180 R 0.001 0.001 0.016 0.089 0.215 0.338 0.210 0.068 0.040 0.017 0.005 181 R 0.002 0.019 0.640 0.189 0.078 0.037 0.022 0.005 0.004 0.002 0.001 182 L 0.001 0.001 0.002 0.010 0.027 0.088 0.309 0.218 0.167 0.109 0.070 183 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.050 0.183 0.356 0.397 184 E 0.001 0.007 0.196 0.309 0.297 0.128 0.049 0.009 0.003 0.001 0.001 185 E 0.001 0.016 0.476 0.137 0.143 0.134 0.071 0.013 0.006 0.002 0.001 186 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.068 0.330 0.247 0.176 0.114 0.043 187 G 0.585 0.255 0.045 0.077 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 188 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.035 0.083 0.203 0.273 0.394 189 S 0.280 0.394 0.081 0.131 0.054 0.032 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 190 T 0.063 0.097 0.030 0.115 0.108 0.127 0.186 0.113 0.091 0.046 0.024 191 A 0.026 0.015 0.007 0.023 0.032 0.052 0.111 0.118 0.190 0.197 0.229 192 K 0.153 0.266 0.094 0.211 0.122 0.069 0.047 0.018 0.011 0.006 0.005 193 K 0.118 0.112 0.047 0.140 0.116 0.107 0.136 0.084 0.068 0.044 0.030 194 K 0.231 0.155 0.078 0.160 0.116 0.090 0.073 0.036 0.029 0.019 0.013 195 D 0.192 0.185 0.074 0.218 0.131 0.085 0.064 0.023 0.016 0.008 0.004 196 S 0.128 0.057 0.027 0.073 0.074 0.083 0.134 0.118 0.128 0.103 0.076 197 T 0.174 0.149 0.061 0.149 0.130 0.108 0.103 0.052 0.039 0.022 0.012 198 G 0.202 0.150 0.066 0.162 0.122 0.098 0.087 0.043 0.036 0.022 0.011 199 I 0.036 0.037 0.024 0.078 0.094 0.110 0.159 0.133 0.143 0.112 0.074 200 C 0.030 0.044 0.033 0.091 0.105 0.115 0.166 0.133 0.128 0.092 0.061 201 F 0.029 0.043 0.033 0.082 0.100 0.111 0.166 0.132 0.137 0.102 0.065 202 I 0.059 0.061 0.042 0.115 0.117 0.116 0.164 0.115 0.101 0.068 0.042 203 G 0.187 0.100 0.046 0.125 0.118 0.105 0.118 0.074 0.062 0.041 0.024 204 E 0.477 0.225 0.061 0.117 0.056 0.028 0.018 0.008 0.006 0.004 0.002 205 K 0.328 0.137 0.045 0.111 0.089 0.082 0.078 0.046 0.040 0.027 0.016