# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2446 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.010 0.015 0.018 0.021 0.027 0.018 0.005 0.001 0.002 0.809 2 S 0.026 0.002 0.005 0.019 0.045 0.044 0.087 0.002 0.001 0.002 0.768 3 D 0.038 0.001 0.004 0.017 0.018 0.026 0.061 0.001 0.001 0.004 0.830 4 N 0.019 0.002 0.001 0.024 0.023 0.030 0.170 0.001 0.001 0.003 0.728 5 S 0.066 0.001 0.001 0.008 0.007 0.008 0.186 0.001 0.001 0.014 0.709 6 K 0.198 0.002 0.001 0.014 0.006 0.008 0.215 0.001 0.001 0.037 0.518 7 T 0.331 0.001 0.009 0.047 0.023 0.018 0.208 0.001 0.001 0.052 0.310 8 R 0.056 0.001 0.026 0.260 0.118 0.096 0.175 0.001 0.001 0.017 0.252 9 V 0.001 0.001 0.003 0.466 0.231 0.249 0.018 0.001 0.001 0.001 0.030 10 V 0.001 0.001 0.001 0.594 0.175 0.222 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 11 V 0.001 0.001 0.001 0.643 0.154 0.194 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 12 G 0.001 0.001 0.001 0.801 0.069 0.124 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 13 M 0.001 0.001 0.001 0.806 0.071 0.104 0.006 0.001 0.001 0.001 0.012 14 S 0.001 0.001 0.001 0.574 0.094 0.192 0.041 0.001 0.001 0.003 0.096 15 G 0.004 0.001 0.001 0.182 0.039 0.111 0.171 0.001 0.001 0.009 0.481 16 G 0.036 0.002 0.002 0.037 0.012 0.020 0.303 0.001 0.001 0.026 0.561 17 V 0.079 0.010 0.036 0.021 0.006 0.014 0.287 0.001 0.001 0.014 0.533 18 D 0.014 0.022 0.002 0.017 0.005 0.012 0.194 0.001 0.001 0.002 0.731 19 S 0.042 0.048 0.001 0.004 0.002 0.002 0.076 0.001 0.001 0.003 0.820 20 S 0.017 0.169 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.001 0.001 0.001 0.709 21 V 0.007 0.391 0.001 0.001 0.001 0.001 0.238 0.002 0.001 0.002 0.359 22 T 0.003 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.033 23 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 24 L 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 28 E 0.083 0.886 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.013 29 Q 0.069 0.559 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.339 0.001 0.001 0.027 30 G 0.465 0.035 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.421 0.001 0.002 0.064 31 Y 0.003 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 32 D 0.003 0.001 0.022 0.298 0.037 0.025 0.088 0.001 0.001 0.001 0.525 33 V 0.006 0.001 0.011 0.210 0.006 0.011 0.014 0.001 0.001 0.001 0.741 34 I 0.001 0.001 0.001 0.901 0.038 0.046 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 35 G 0.002 0.001 0.001 0.698 0.027 0.037 0.019 0.001 0.001 0.001 0.216 36 I 0.001 0.001 0.001 0.900 0.042 0.049 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 37 F 0.001 0.001 0.001 0.614 0.086 0.147 0.024 0.001 0.001 0.001 0.127 38 M 0.002 0.001 0.001 0.457 0.154 0.246 0.026 0.001 0.001 0.003 0.110 39 K 0.003 0.001 0.001 0.141 0.126 0.314 0.078 0.001 0.001 0.005 0.332 40 N 0.009 0.002 0.001 0.057 0.064 0.136 0.081 0.001 0.001 0.009 0.640 41 W 0.036 0.003 0.003 0.033 0.071 0.113 0.158 0.001 0.001 0.018 0.565 42 D 0.060 0.006 0.002 0.013 0.057 0.064 0.143 0.001 0.001 0.013 0.641 43 D 0.069 0.013 0.002 0.013 0.093 0.081 0.141 0.001 0.001 0.010 0.577 44 T 0.070 0.035 0.002 0.015 0.094 0.126 0.253 0.001 0.001 0.015 0.386 45 D 0.063 0.089 0.002 0.020 0.121 0.118 0.289 0.003 0.001 0.020 0.274 46 E 0.166 0.127 0.004 0.008 0.035 0.049 0.294 0.006 0.001 0.046 0.266 47 N 0.245 0.124 0.010 0.009 0.022 0.032 0.309 0.012 0.001 0.052 0.184 48 G 0.312 0.067 0.028 0.013 0.024 0.021 0.243 0.020 0.001 0.054 0.218 49 V 0.125 0.041 0.191 0.013 0.018 0.026 0.209 0.003 0.001 0.016 0.358 50 C 0.012 0.014 0.012 0.023 0.032 0.067 0.112 0.002 0.001 0.003 0.723 51 T 0.039 0.010 0.003 0.025 0.049 0.099 0.103 0.001 0.001 0.005 0.665 52 A 0.064 0.015 0.002 0.009 0.016 0.033 0.108 0.001 0.001 0.004 0.747 53 T 0.069 0.032 0.002 0.017 0.011 0.021 0.205 0.002 0.001 0.009 0.632 54 E 0.062 0.034 0.003 0.008 0.002 0.004 0.248 0.001 0.001 0.008 0.629 55 D 0.094 0.107 0.002 0.008 0.003 0.006 0.424 0.004 0.001 0.008 0.343 56 Y 0.141 0.347 0.003 0.009 0.002 0.005 0.129 0.007 0.001 0.011 0.345 57 K 0.023 0.645 0.002 0.001 0.001 0.001 0.085 0.001 0.001 0.002 0.240 58 D 0.025 0.645 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.005 0.001 0.001 0.289 59 V 0.011 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 60 V 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.008 61 A 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 62 V 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 63 A 0.007 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.032 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.008 66 I 0.097 0.812 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.001 0.001 0.007 67 G 0.389 0.068 0.027 0.001 0.001 0.001 0.003 0.445 0.001 0.002 0.064 68 I 0.003 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 69 P 0.001 0.001 0.005 0.019 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.964 70 Y 0.005 0.001 0.006 0.154 0.007 0.012 0.035 0.001 0.001 0.001 0.780 71 Y 0.017 0.001 0.001 0.752 0.029 0.041 0.056 0.001 0.001 0.003 0.102 72 S 0.020 0.001 0.001 0.481 0.013 0.021 0.042 0.001 0.001 0.003 0.419 73 V 0.004 0.001 0.001 0.841 0.017 0.035 0.026 0.001 0.001 0.001 0.075 74 N 0.014 0.002 0.001 0.393 0.028 0.054 0.152 0.001 0.001 0.004 0.352 75 F 0.013 0.004 0.002 0.140 0.024 0.047 0.083 0.001 0.001 0.005 0.681 76 E 0.011 0.009 0.001 0.055 0.029 0.078 0.308 0.001 0.001 0.006 0.503 77 K 0.057 0.033 0.001 0.015 0.008 0.017 0.168 0.001 0.001 0.012 0.687 78 E 0.124 0.192 0.002 0.004 0.005 0.006 0.130 0.001 0.001 0.005 0.533 79 Y 0.145 0.427 0.003 0.005 0.012 0.018 0.114 0.005 0.001 0.009 0.261 80 W 0.073 0.727 0.005 0.004 0.005 0.014 0.024 0.003 0.001 0.002 0.143 81 D 0.028 0.679 0.001 0.002 0.004 0.007 0.014 0.008 0.001 0.001 0.257 82 R 0.122 0.715 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.010 0.001 0.001 0.138 83 V 0.114 0.756 0.008 0.002 0.003 0.004 0.012 0.016 0.001 0.001 0.083 84 F 0.040 0.786 0.019 0.007 0.008 0.016 0.010 0.009 0.001 0.001 0.105 85 E 0.047 0.605 0.004 0.007 0.004 0.012 0.014 0.013 0.001 0.001 0.294 86 Y 0.184 0.527 0.008 0.005 0.004 0.004 0.008 0.011 0.001 0.001 0.247 87 F 0.124 0.634 0.011 0.010 0.006 0.011 0.025 0.011 0.001 0.002 0.166 88 L 0.043 0.491 0.016 0.019 0.011 0.030 0.050 0.007 0.001 0.002 0.332 89 A 0.034 0.392 0.002 0.008 0.006 0.009 0.023 0.004 0.001 0.001 0.522 90 E 0.148 0.467 0.002 0.007 0.009 0.013 0.046 0.010 0.001 0.002 0.298 91 Y 0.155 0.592 0.007 0.006 0.007 0.014 0.031 0.009 0.001 0.003 0.177 92 R 0.108 0.633 0.012 0.006 0.010 0.016 0.019 0.007 0.001 0.001 0.187 93 A 0.085 0.422 0.005 0.009 0.015 0.026 0.023 0.022 0.001 0.001 0.392 94 G 0.314 0.085 0.002 0.010 0.016 0.009 0.020 0.099 0.001 0.002 0.443 95 R 0.463 0.041 0.253 0.010 0.003 0.005 0.029 0.010 0.001 0.007 0.179 96 T 0.043 0.007 0.031 0.057 0.044 0.036 0.201 0.011 0.001 0.002 0.566 97 P 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.987 98 N 0.013 0.001 0.001 0.064 0.013 0.031 0.473 0.001 0.001 0.003 0.403 99 P 0.034 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.944 100 D 0.032 0.002 0.001 0.066 0.006 0.010 0.296 0.001 0.001 0.004 0.583 101 V 0.231 0.005 0.001 0.050 0.005 0.010 0.139 0.001 0.001 0.016 0.542 102 M 0.076 0.087 0.001 0.088 0.010 0.016 0.232 0.001 0.001 0.005 0.485 103 C 0.095 0.136 0.003 0.029 0.012 0.032 0.268 0.001 0.001 0.009 0.415 104 N 0.078 0.455 0.002 0.027 0.009 0.023 0.086 0.003 0.001 0.004 0.312 105 K 0.040 0.510 0.002 0.002 0.003 0.004 0.069 0.002 0.001 0.002 0.364 106 E 0.061 0.707 0.003 0.002 0.002 0.003 0.053 0.005 0.001 0.003 0.161 107 I 0.030 0.834 0.003 0.001 0.001 0.002 0.018 0.004 0.001 0.001 0.106 108 K 0.025 0.906 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.046 109 F 0.012 0.953 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 110 K 0.004 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.055 111 A 0.014 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.035 112 F 0.002 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 113 L 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 114 D 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 115 Y 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 116 A 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 117 I 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 118 T 0.025 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 119 L 0.095 0.730 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.001 0.001 0.022 120 G 0.615 0.069 0.028 0.001 0.001 0.001 0.005 0.211 0.001 0.004 0.066 121 A 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 122 D 0.004 0.002 0.008 0.386 0.064 0.055 0.067 0.003 0.001 0.001 0.410 123 Y 0.038 0.001 0.009 0.602 0.026 0.026 0.024 0.001 0.001 0.003 0.272 124 V 0.002 0.004 0.001 0.760 0.045 0.086 0.036 0.001 0.001 0.001 0.066 125 A 0.002 0.002 0.001 0.859 0.035 0.051 0.016 0.001 0.001 0.001 0.033 126 T 0.005 0.010 0.001 0.682 0.042 0.080 0.035 0.001 0.001 0.002 0.144 127 G 0.025 0.013 0.002 0.385 0.113 0.171 0.057 0.002 0.001 0.010 0.221 128 H 0.030 0.018 0.004 0.141 0.077 0.133 0.223 0.001 0.001 0.012 0.361 129 Y 0.024 0.012 0.004 0.060 0.056 0.108 0.142 0.002 0.001 0.013 0.579 130 A 0.102 0.063 0.015 0.071 0.095 0.145 0.142 0.002 0.001 0.012 0.353 131 R 0.060 0.116 0.004 0.047 0.062 0.115 0.093 0.004 0.001 0.008 0.491 132 V 0.109 0.116 0.010 0.030 0.079 0.143 0.058 0.004 0.001 0.004 0.447 133 A 0.048 0.058 0.004 0.024 0.033 0.068 0.029 0.004 0.001 0.002 0.731 134 R 0.063 0.046 0.003 0.026 0.056 0.114 0.074 0.008 0.001 0.005 0.604 135 D 0.156 0.045 0.007 0.010 0.020 0.022 0.099 0.005 0.001 0.006 0.630 136 E 0.102 0.095 0.005 0.015 0.017 0.021 0.143 0.006 0.001 0.006 0.590 137 D 0.116 0.105 0.006 0.017 0.015 0.023 0.194 0.005 0.001 0.017 0.502 138 G 0.154 0.104 0.009 0.010 0.017 0.021 0.317 0.005 0.001 0.023 0.341 139 T 0.192 0.195 0.013 0.013 0.017 0.029 0.208 0.004 0.001 0.011 0.319 140 V 0.057 0.170 0.008 0.020 0.027 0.024 0.059 0.004 0.001 0.004 0.627 141 H 0.049 0.166 0.006 0.017 0.040 0.067 0.166 0.003 0.001 0.009 0.476 142 M 0.151 0.204 0.007 0.018 0.051 0.110 0.116 0.013 0.001 0.011 0.319 143 L 0.260 0.303 0.009 0.027 0.028 0.050 0.041 0.018 0.001 0.007 0.257 144 R 0.132 0.105 0.017 0.012 0.017 0.026 0.059 0.013 0.001 0.005 0.613 145 G 0.133 0.034 0.017 0.021 0.023 0.028 0.079 0.017 0.001 0.007 0.640 146 V 0.111 0.025 0.039 0.024 0.010 0.019 0.099 0.004 0.001 0.007 0.661 147 D 0.018 0.015 0.003 0.020 0.014 0.016 0.145 0.002 0.001 0.003 0.765 148 N 0.078 0.022 0.002 0.014 0.010 0.014 0.147 0.002 0.001 0.010 0.703 149 G 0.185 0.059 0.003 0.019 0.017 0.026 0.304 0.004 0.001 0.027 0.355 150 K 0.198 0.127 0.007 0.021 0.016 0.029 0.259 0.005 0.001 0.021 0.318 151 D 0.146 0.185 0.005 0.027 0.019 0.027 0.111 0.014 0.001 0.010 0.456 152 Q 0.295 0.208 0.013 0.022 0.022 0.022 0.062 0.014 0.001 0.014 0.329 153 T 0.205 0.137 0.022 0.023 0.029 0.039 0.168 0.018 0.001 0.015 0.344 154 Y 0.049 0.052 0.043 0.036 0.034 0.052 0.061 0.005 0.001 0.005 0.663 155 F 0.041 0.060 0.007 0.062 0.079 0.124 0.173 0.004 0.001 0.007 0.443 156 L 0.096 0.091 0.009 0.058 0.068 0.117 0.080 0.004 0.001 0.011 0.465 157 S 0.065 0.156 0.004 0.096 0.089 0.154 0.107 0.009 0.001 0.007 0.313 158 Q 0.175 0.080 0.009 0.041 0.037 0.051 0.111 0.012 0.001 0.014 0.469 159 L 0.212 0.107 0.020 0.064 0.055 0.085 0.140 0.009 0.001 0.015 0.292 160 S 0.053 0.057 0.010 0.039 0.045 0.049 0.235 0.008 0.001 0.009 0.495 161 Q 0.038 0.044 0.006 0.011 0.011 0.012 0.134 0.002 0.001 0.008 0.733 162 E 0.089 0.061 0.003 0.009 0.011 0.019 0.388 0.006 0.001 0.034 0.380 163 Q 0.274 0.068 0.008 0.009 0.015 0.018 0.373 0.008 0.001 0.046 0.180 164 L 0.159 0.213 0.018 0.020 0.029 0.038 0.143 0.007 0.001 0.014 0.359 165 Q 0.095 0.239 0.013 0.041 0.057 0.084 0.054 0.005 0.001 0.006 0.405 166 K 0.086 0.126 0.005 0.055 0.103 0.118 0.045 0.010 0.001 0.003 0.449 167 T 0.101 0.099 0.009 0.062 0.104 0.156 0.051 0.013 0.001 0.004 0.401 168 M 0.086 0.087 0.019 0.151 0.125 0.251 0.049 0.009 0.001 0.004 0.219 169 F 0.022 0.027 0.007 0.159 0.114 0.244 0.063 0.002 0.001 0.002 0.359 170 P 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.964 171 L 0.019 0.007 0.001 0.138 0.064 0.242 0.100 0.001 0.001 0.004 0.424 172 G 0.147 0.027 0.001 0.080 0.037 0.063 0.065 0.002 0.001 0.004 0.573 173 H 0.241 0.063 0.001 0.034 0.019 0.019 0.055 0.005 0.001 0.003 0.562 174 L 0.330 0.044 0.015 0.048 0.014 0.041 0.069 0.003 0.001 0.007 0.428 175 E 0.127 0.022 0.009 0.039 0.017 0.032 0.155 0.005 0.001 0.004 0.590 176 K 0.047 0.006 0.017 0.013 0.002 0.009 0.056 0.001 0.001 0.002 0.848 177 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.990 178 E 0.011 0.004 0.001 0.006 0.001 0.002 0.335 0.001 0.001 0.001 0.639 179 V 0.096 0.298 0.001 0.007 0.001 0.007 0.116 0.001 0.001 0.003 0.470 180 R 0.014 0.924 0.001 0.003 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.045 181 R 0.011 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.042 182 L 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 183 A 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 184 E 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 185 E 0.051 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 186 A 0.080 0.751 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.001 0.001 0.017 187 G 0.565 0.108 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.258 0.001 0.002 0.048 188 L 0.003 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 189 S 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.965 190 T 0.023 0.001 0.002 0.029 0.002 0.003 0.048 0.001 0.001 0.002 0.891 191 A 0.165 0.027 0.001 0.076 0.010 0.020 0.152 0.001 0.001 0.011 0.537 192 K 0.152 0.049 0.002 0.088 0.019 0.040 0.192 0.002 0.001 0.012 0.444 193 K 0.289 0.049 0.002 0.062 0.019 0.031 0.055 0.002 0.001 0.006 0.484 194 K 0.136 0.077 0.003 0.062 0.045 0.061 0.051 0.004 0.001 0.005 0.556 195 D 0.093 0.069 0.003 0.033 0.053 0.057 0.124 0.011 0.001 0.007 0.550 196 S 0.199 0.062 0.008 0.019 0.027 0.032 0.112 0.010 0.001 0.012 0.520 197 T 0.157 0.057 0.010 0.016 0.015 0.024 0.212 0.007 0.001 0.018 0.482 198 G 0.214 0.024 0.013 0.017 0.021 0.026 0.275 0.005 0.001 0.033 0.371 199 I 0.202 0.033 0.044 0.036 0.034 0.045 0.167 0.002 0.001 0.019 0.418 200 C 0.031 0.027 0.009 0.063 0.099 0.128 0.150 0.002 0.001 0.005 0.487 201 F 0.039 0.020 0.004 0.062 0.131 0.220 0.066 0.001 0.001 0.004 0.452 202 I 0.036 0.028 0.002 0.059 0.139 0.268 0.070 0.002 0.001 0.003 0.393 203 G 0.037 0.021 0.002 0.036 0.093 0.158 0.087 0.002 0.001 0.005 0.558 204 E 0.056 0.019 0.004 0.034 0.047 0.087 0.126 0.002 0.001 0.010 0.617 205 K 0.065 0.018 0.004 0.023 0.024 0.039 0.232 0.003 0.001 0.014 0.579