# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2446 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 S 0.021 0.026 0.008 0.027 0.004 0.026 0.888 3 D 0.020 0.014 0.060 0.052 0.134 0.151 0.570 4 N 0.024 0.002 0.088 0.024 0.192 0.254 0.415 5 S 0.018 0.002 0.125 0.024 0.252 0.425 0.154 6 K 0.048 0.004 0.039 0.004 0.269 0.264 0.373 7 T 0.071 0.002 0.003 0.001 0.163 0.022 0.738 8 R 0.620 0.008 0.001 0.001 0.058 0.013 0.300 9 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 10 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 13 M 0.933 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.062 14 S 0.540 0.006 0.001 0.001 0.050 0.011 0.391 15 G 0.125 0.006 0.005 0.002 0.356 0.064 0.442 16 G 0.065 0.012 0.027 0.041 0.327 0.116 0.411 17 V 0.029 0.016 0.059 0.391 0.144 0.185 0.176 18 D 0.008 0.004 0.034 0.731 0.034 0.095 0.096 19 S 0.001 0.001 0.008 0.946 0.007 0.018 0.019 20 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.958 0.002 0.038 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.002 0.238 0.004 0.754 0.001 30 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.951 0.031 31 Y 0.011 0.001 0.001 0.001 0.044 0.004 0.940 32 D 0.419 0.009 0.002 0.001 0.076 0.009 0.486 33 V 0.934 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.062 34 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 35 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 37 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 38 M 0.906 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.086 39 K 0.520 0.006 0.001 0.001 0.072 0.016 0.384 40 N 0.191 0.015 0.006 0.002 0.330 0.082 0.375 41 W 0.058 0.018 0.030 0.005 0.281 0.134 0.473 42 D 0.046 0.015 0.089 0.011 0.262 0.197 0.380 43 D 0.055 0.033 0.100 0.026 0.239 0.228 0.319 44 T 0.061 0.045 0.109 0.026 0.213 0.223 0.322 45 D 0.044 0.028 0.058 0.014 0.239 0.121 0.497 46 E 0.024 0.009 0.078 0.017 0.162 0.591 0.119 47 N 0.011 0.006 0.057 0.009 0.162 0.684 0.071 48 G 0.032 0.017 0.053 0.014 0.399 0.282 0.204 49 V 0.089 0.061 0.036 0.024 0.158 0.109 0.524 50 C 0.106 0.135 0.027 0.025 0.124 0.078 0.505 51 T 0.065 0.049 0.021 0.035 0.131 0.071 0.627 52 A 0.032 0.016 0.018 0.086 0.189 0.054 0.604 53 T 0.004 0.002 0.052 0.764 0.037 0.043 0.098 54 E 0.002 0.001 0.052 0.861 0.018 0.038 0.028 55 D 0.001 0.001 0.028 0.914 0.006 0.023 0.026 56 Y 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.004 0.003 57 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.002 0.960 0.004 0.033 0.001 66 I 0.001 0.001 0.003 0.393 0.008 0.593 0.003 67 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.905 0.061 68 I 0.010 0.002 0.001 0.001 0.051 0.002 0.935 69 P 0.196 0.005 0.003 0.001 0.035 0.003 0.757 70 Y 0.905 0.002 0.002 0.001 0.015 0.003 0.072 71 Y 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 72 S 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 73 V 0.949 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.040 74 N 0.545 0.009 0.001 0.002 0.046 0.005 0.394 75 F 0.094 0.013 0.015 0.017 0.176 0.189 0.496 76 E 0.019 0.007 0.063 0.069 0.113 0.206 0.522 77 K 0.003 0.001 0.272 0.506 0.055 0.115 0.048 78 E 0.003 0.002 0.140 0.726 0.015 0.087 0.027 79 Y 0.004 0.003 0.127 0.764 0.005 0.074 0.022 80 W 0.003 0.002 0.030 0.915 0.005 0.030 0.016 81 D 0.001 0.001 0.015 0.957 0.003 0.023 0.002 82 R 0.001 0.001 0.008 0.965 0.002 0.021 0.002 83 V 0.001 0.001 0.006 0.971 0.001 0.018 0.003 84 F 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.009 0.003 85 E 0.001 0.001 0.005 0.981 0.001 0.010 0.002 86 Y 0.001 0.001 0.005 0.978 0.001 0.013 0.002 87 F 0.001 0.001 0.003 0.972 0.001 0.018 0.004 88 L 0.001 0.001 0.003 0.977 0.001 0.012 0.006 89 A 0.001 0.001 0.004 0.977 0.002 0.013 0.003 90 E 0.001 0.001 0.007 0.967 0.002 0.020 0.003 91 Y 0.002 0.002 0.011 0.938 0.006 0.030 0.010 92 R 0.008 0.006 0.024 0.798 0.014 0.114 0.036 93 A 0.003 0.002 0.027 0.384 0.015 0.554 0.015 94 G 0.003 0.001 0.012 0.077 0.049 0.794 0.064 95 R 0.019 0.020 0.017 0.039 0.283 0.160 0.462 96 T 0.043 0.034 0.003 0.004 0.306 0.017 0.593 97 P 0.042 0.034 0.004 0.005 0.220 0.099 0.596 98 N 0.037 0.031 0.004 0.006 0.218 0.076 0.629 99 P 0.038 0.013 0.032 0.098 0.221 0.219 0.379 100 D 0.082 0.022 0.065 0.185 0.162 0.155 0.329 101 V 0.147 0.041 0.112 0.308 0.132 0.088 0.172 102 M 0.152 0.028 0.075 0.328 0.078 0.144 0.195 103 C 0.095 0.036 0.041 0.288 0.097 0.256 0.186 104 N 0.029 0.006 0.028 0.250 0.124 0.190 0.373 105 K 0.012 0.001 0.020 0.628 0.097 0.156 0.087 106 E 0.012 0.001 0.007 0.906 0.017 0.033 0.023 107 I 0.026 0.005 0.002 0.933 0.010 0.005 0.019 108 K 0.010 0.001 0.001 0.968 0.003 0.005 0.012 109 F 0.002 0.001 0.001 0.988 0.002 0.003 0.004 110 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 111 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.001 112 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 117 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.969 0.001 0.028 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.415 0.002 0.581 0.001 120 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.946 0.036 121 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.981 122 D 0.062 0.001 0.004 0.001 0.676 0.008 0.249 123 Y 0.955 0.001 0.003 0.002 0.017 0.007 0.015 124 V 0.988 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 125 A 0.989 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 126 T 0.888 0.001 0.001 0.007 0.007 0.002 0.095 127 G 0.406 0.002 0.008 0.006 0.118 0.024 0.436 128 H 0.264 0.004 0.041 0.028 0.225 0.142 0.296 129 Y 0.233 0.032 0.103 0.056 0.184 0.147 0.245 130 A 0.330 0.014 0.127 0.077 0.096 0.080 0.276 131 R 0.340 0.039 0.071 0.099 0.097 0.133 0.221 132 V 0.188 0.029 0.033 0.047 0.021 0.057 0.624 133 A 0.019 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.969 134 R 0.086 0.039 0.070 0.068 0.018 0.070 0.649 135 D 0.063 0.016 0.149 0.114 0.084 0.167 0.407 136 E 0.037 0.009 0.219 0.169 0.066 0.298 0.201 137 D 0.043 0.007 0.127 0.244 0.113 0.308 0.158 138 G 0.086 0.008 0.058 0.211 0.188 0.230 0.219 139 T 0.178 0.027 0.036 0.287 0.108 0.084 0.280 140 V 0.260 0.038 0.044 0.359 0.067 0.061 0.171 141 H 0.302 0.012 0.073 0.340 0.050 0.079 0.145 142 M 0.244 0.014 0.084 0.380 0.048 0.107 0.123 143 L 0.218 0.026 0.092 0.279 0.078 0.166 0.141 144 R 0.098 0.010 0.061 0.120 0.108 0.478 0.125 145 G 0.076 0.009 0.060 0.069 0.137 0.348 0.302 146 V 0.099 0.047 0.080 0.101 0.152 0.180 0.341 147 D 0.057 0.020 0.119 0.091 0.106 0.293 0.314 148 N 0.034 0.010 0.121 0.079 0.145 0.430 0.182 149 G 0.033 0.010 0.153 0.092 0.149 0.287 0.275 150 K 0.038 0.010 0.119 0.135 0.189 0.331 0.178 151 D 0.062 0.013 0.088 0.168 0.116 0.303 0.250 152 Q 0.134 0.022 0.036 0.196 0.103 0.053 0.457 153 T 0.192 0.018 0.037 0.250 0.067 0.039 0.397 154 Y 0.201 0.013 0.067 0.445 0.074 0.075 0.124 155 F 0.151 0.014 0.057 0.539 0.038 0.076 0.124 156 L 0.086 0.021 0.110 0.478 0.044 0.082 0.179 157 S 0.051 0.005 0.102 0.393 0.073 0.223 0.153 158 Q 0.034 0.006 0.076 0.434 0.085 0.258 0.108 159 L 0.032 0.016 0.040 0.372 0.122 0.081 0.338 160 S 0.026 0.009 0.038 0.347 0.043 0.086 0.452 161 Q 0.007 0.001 0.093 0.697 0.023 0.134 0.043 162 E 0.007 0.001 0.115 0.694 0.030 0.120 0.033 163 Q 0.011 0.003 0.145 0.644 0.025 0.112 0.060 164 L 0.025 0.008 0.069 0.679 0.031 0.102 0.086 165 Q 0.080 0.007 0.088 0.545 0.043 0.108 0.130 166 K 0.161 0.008 0.076 0.475 0.070 0.119 0.090 167 T 0.272 0.013 0.047 0.373 0.056 0.140 0.100 168 M 0.507 0.056 0.020 0.116 0.079 0.071 0.151 169 F 0.443 0.020 0.025 0.108 0.132 0.043 0.229 170 P 0.293 0.037 0.032 0.071 0.059 0.063 0.445 171 L 0.017 0.005 0.497 0.148 0.022 0.105 0.205 172 G 0.011 0.002 0.496 0.081 0.072 0.266 0.073 173 H 0.010 0.003 0.465 0.050 0.086 0.285 0.101 174 L 0.039 0.034 0.011 0.018 0.406 0.021 0.471 175 E 0.011 0.012 0.002 0.012 0.060 0.010 0.892 176 K 0.001 0.001 0.009 0.958 0.008 0.012 0.011 177 P 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.003 0.001 178 E 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 179 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 180 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 181 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 183 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 184 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 185 E 0.001 0.001 0.001 0.960 0.003 0.035 0.001 186 A 0.001 0.001 0.001 0.359 0.004 0.634 0.002 187 G 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.938 0.036 188 L 0.003 0.003 0.002 0.001 0.037 0.002 0.951 189 S 0.060 0.022 0.027 0.006 0.037 0.007 0.842 190 T 0.240 0.051 0.113 0.030 0.112 0.039 0.415 191 A 0.196 0.017 0.099 0.024 0.091 0.036 0.536 192 K 0.240 0.051 0.067 0.036 0.110 0.075 0.421 193 K 0.114 0.030 0.026 0.020 0.148 0.038 0.624 194 K 0.071 0.020 0.033 0.017 0.192 0.116 0.552 195 D 0.043 0.014 0.039 0.014 0.212 0.218 0.460 196 S 0.063 0.024 0.057 0.023 0.286 0.202 0.345 197 T 0.076 0.026 0.063 0.037 0.207 0.238 0.353 198 G 0.144 0.027 0.055 0.032 0.245 0.147 0.350 199 I 0.256 0.044 0.061 0.044 0.097 0.067 0.431 200 C 0.359 0.047 0.059 0.054 0.077 0.086 0.317 201 F 0.345 0.036 0.057 0.050 0.130 0.115 0.267 202 I 0.214 0.030 0.043 0.042 0.148 0.102 0.422 203 G 0.119 0.024 0.034 0.036 0.217 0.168 0.402 204 E 0.049 0.013 0.028 0.027 0.088 0.180 0.615 205 K 0.015 0.003 0.009 0.009 0.039 0.019 0.905