# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2446 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.062 0.418 0.277 0.045 0.125 0.017 0.014 0.008 0.026 0.008 0.001 2 S 0.077 0.318 0.459 0.034 0.031 0.048 0.004 0.003 0.017 0.006 0.001 3 D 0.115 0.413 0.219 0.078 0.054 0.044 0.018 0.006 0.043 0.009 0.001 4 N 0.154 0.099 0.140 0.139 0.064 0.055 0.220 0.030 0.077 0.021 0.001 5 S 0.317 0.055 0.178 0.235 0.057 0.020 0.055 0.034 0.012 0.033 0.004 6 K 0.181 0.068 0.139 0.334 0.039 0.028 0.134 0.051 0.015 0.010 0.002 7 T 0.047 0.392 0.349 0.074 0.083 0.015 0.016 0.003 0.019 0.003 0.001 8 R 0.008 0.491 0.391 0.010 0.045 0.030 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 9 V 0.002 0.745 0.199 0.002 0.013 0.021 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 10 V 0.001 0.842 0.110 0.001 0.011 0.019 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 11 V 0.002 0.814 0.124 0.001 0.005 0.035 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 12 G 0.002 0.729 0.142 0.002 0.044 0.045 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 13 M 0.014 0.752 0.084 0.017 0.065 0.033 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 14 S 0.028 0.240 0.116 0.041 0.510 0.022 0.004 0.002 0.012 0.022 0.003 15 G 0.198 0.052 0.116 0.260 0.117 0.015 0.104 0.039 0.017 0.079 0.002 16 G 0.213 0.021 0.277 0.024 0.108 0.012 0.017 0.123 0.005 0.174 0.026 17 V 0.872 0.007 0.016 0.077 0.001 0.007 0.009 0.007 0.002 0.001 0.002 18 D 0.875 0.013 0.035 0.044 0.004 0.010 0.005 0.004 0.003 0.005 0.001 19 S 0.989 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 S 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.926 0.002 0.002 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.159 0.003 0.014 0.816 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 30 G 0.005 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.268 0.682 0.002 0.034 0.001 31 Y 0.025 0.263 0.571 0.023 0.068 0.022 0.010 0.002 0.013 0.004 0.001 32 D 0.027 0.209 0.501 0.052 0.015 0.149 0.017 0.001 0.026 0.001 0.002 33 V 0.002 0.548 0.386 0.001 0.018 0.032 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 34 I 0.153 0.542 0.091 0.140 0.010 0.038 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 35 G 0.001 0.797 0.099 0.001 0.092 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 36 I 0.001 0.902 0.025 0.001 0.029 0.009 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 37 F 0.002 0.682 0.209 0.002 0.022 0.052 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 38 M 0.016 0.641 0.128 0.010 0.107 0.047 0.002 0.001 0.048 0.001 0.001 39 K 0.169 0.134 0.411 0.104 0.011 0.133 0.010 0.001 0.022 0.002 0.002 40 N 0.113 0.297 0.131 0.185 0.146 0.022 0.061 0.006 0.034 0.003 0.002 41 W 0.263 0.129 0.199 0.084 0.132 0.025 0.055 0.049 0.019 0.043 0.002 42 D 0.259 0.180 0.206 0.203 0.048 0.042 0.015 0.010 0.030 0.005 0.002 43 D 0.224 0.136 0.210 0.207 0.057 0.072 0.037 0.013 0.033 0.009 0.002 44 T 0.230 0.157 0.220 0.251 0.033 0.059 0.011 0.005 0.028 0.006 0.001 45 D 0.134 0.099 0.384 0.118 0.037 0.120 0.038 0.003 0.059 0.008 0.001 46 E 0.758 0.021 0.046 0.118 0.006 0.012 0.019 0.009 0.006 0.003 0.001 47 N 0.238 0.018 0.070 0.562 0.006 0.010 0.076 0.008 0.008 0.002 0.001 48 G 0.047 0.010 0.051 0.057 0.049 0.006 0.209 0.502 0.004 0.065 0.001 49 V 0.228 0.319 0.267 0.101 0.042 0.018 0.006 0.002 0.014 0.004 0.001 50 C 0.111 0.220 0.427 0.065 0.043 0.072 0.017 0.005 0.030 0.010 0.001 51 T 0.109 0.340 0.277 0.126 0.074 0.033 0.009 0.003 0.025 0.003 0.001 52 A 0.144 0.170 0.458 0.037 0.109 0.028 0.010 0.005 0.023 0.016 0.001 53 T 0.607 0.052 0.193 0.076 0.018 0.018 0.010 0.009 0.006 0.010 0.001 54 E 0.769 0.033 0.067 0.079 0.015 0.009 0.011 0.009 0.004 0.003 0.001 55 D 0.630 0.046 0.148 0.072 0.022 0.038 0.006 0.005 0.023 0.009 0.001 56 Y 0.981 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.986 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.977 0.001 0.002 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 59 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 I 0.120 0.001 0.002 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.647 0.343 0.001 0.005 0.001 68 I 0.004 0.362 0.566 0.001 0.012 0.017 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 69 P 0.017 0.005 0.818 0.003 0.001 0.145 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 70 Y 0.034 0.618 0.166 0.026 0.095 0.029 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 71 Y 0.018 0.750 0.079 0.008 0.100 0.019 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 72 S 0.011 0.568 0.327 0.013 0.020 0.040 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 73 V 0.024 0.740 0.108 0.009 0.045 0.037 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 74 N 0.014 0.139 0.438 0.012 0.011 0.292 0.017 0.001 0.075 0.001 0.001 75 F 0.513 0.096 0.139 0.159 0.023 0.030 0.011 0.004 0.022 0.002 0.001 76 E 0.524 0.062 0.280 0.055 0.016 0.028 0.009 0.003 0.012 0.010 0.001 77 K 0.915 0.006 0.018 0.035 0.002 0.004 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 78 E 0.924 0.006 0.020 0.036 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 79 Y 0.805 0.009 0.018 0.134 0.003 0.009 0.007 0.005 0.007 0.002 0.001 80 W 0.924 0.007 0.017 0.031 0.002 0.004 0.010 0.001 0.002 0.002 0.001 81 D 0.951 0.005 0.011 0.021 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 82 R 0.907 0.004 0.007 0.069 0.002 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 83 V 0.902 0.006 0.010 0.071 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 84 F 0.952 0.008 0.015 0.015 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.980 0.002 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.954 0.002 0.002 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 F 0.904 0.006 0.009 0.069 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 88 L 0.937 0.009 0.020 0.018 0.002 0.005 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 89 A 0.957 0.004 0.012 0.018 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.921 0.004 0.007 0.060 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 Y 0.810 0.026 0.036 0.107 0.004 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 92 R 0.796 0.031 0.052 0.067 0.007 0.012 0.022 0.003 0.007 0.004 0.001 93 A 0.341 0.042 0.170 0.376 0.011 0.013 0.028 0.005 0.010 0.004 0.001 94 G 0.043 0.006 0.020 0.054 0.023 0.003 0.257 0.565 0.002 0.028 0.001 95 R 0.130 0.241 0.317 0.145 0.034 0.068 0.025 0.002 0.033 0.003 0.001 96 T 0.008 0.279 0.443 0.001 0.027 0.026 0.016 0.001 0.198 0.001 0.001 97 P 0.410 0.003 0.386 0.071 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 98 N 0.041 0.196 0.414 0.008 0.070 0.055 0.010 0.001 0.203 0.002 0.001 99 P 0.679 0.007 0.229 0.050 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 100 D 0.530 0.067 0.123 0.173 0.022 0.046 0.007 0.007 0.022 0.002 0.001 101 V 0.549 0.179 0.105 0.085 0.023 0.024 0.007 0.004 0.023 0.002 0.001 102 M 0.648 0.039 0.143 0.090 0.004 0.043 0.017 0.003 0.011 0.002 0.001 103 C 0.534 0.074 0.098 0.183 0.025 0.023 0.028 0.012 0.017 0.006 0.001 104 N 0.569 0.020 0.098 0.071 0.017 0.038 0.137 0.018 0.013 0.017 0.001 105 K 0.927 0.006 0.010 0.040 0.001 0.005 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 106 E 0.943 0.008 0.009 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 I 0.947 0.016 0.011 0.019 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 108 K 0.969 0.006 0.008 0.008 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 109 F 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 K 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 F 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 T 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 L 0.153 0.001 0.002 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.829 0.001 0.003 0.001 121 A 0.002 0.035 0.913 0.001 0.011 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 D 0.651 0.001 0.001 0.349 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Y 0.001 0.604 0.002 0.001 0.392 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.005 0.922 0.025 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 125 A 0.007 0.715 0.080 0.003 0.115 0.038 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 126 T 0.017 0.674 0.048 0.032 0.143 0.032 0.005 0.001 0.048 0.002 0.001 127 G 0.061 0.148 0.277 0.055 0.230 0.027 0.043 0.039 0.020 0.098 0.002 128 H 0.187 0.390 0.130 0.072 0.149 0.019 0.027 0.002 0.014 0.009 0.001 129 Y 0.146 0.286 0.276 0.074 0.047 0.077 0.043 0.004 0.042 0.003 0.003 130 A 0.153 0.326 0.217 0.067 0.148 0.022 0.023 0.011 0.022 0.011 0.001 131 R 0.137 0.412 0.245 0.039 0.073 0.041 0.019 0.005 0.025 0.004 0.001 132 V 0.206 0.290 0.348 0.051 0.015 0.049 0.009 0.001 0.029 0.001 0.001 133 A 0.326 0.191 0.289 0.049 0.046 0.037 0.015 0.008 0.022 0.015 0.001 134 R 0.325 0.138 0.229 0.121 0.056 0.051 0.034 0.008 0.026 0.011 0.001 135 D 0.432 0.060 0.140 0.188 0.045 0.045 0.036 0.019 0.024 0.009 0.002 136 E 0.562 0.088 0.086 0.209 0.012 0.019 0.008 0.003 0.011 0.001 0.001 137 D 0.248 0.081 0.146 0.360 0.038 0.020 0.069 0.008 0.025 0.005 0.001 138 G 0.073 0.045 0.150 0.057 0.147 0.010 0.089 0.353 0.006 0.070 0.001 139 T 0.162 0.333 0.297 0.053 0.073 0.038 0.007 0.002 0.030 0.005 0.001 140 V 0.374 0.195 0.237 0.083 0.023 0.048 0.008 0.003 0.022 0.004 0.001 141 H 0.369 0.127 0.136 0.162 0.022 0.087 0.045 0.003 0.046 0.002 0.001 142 M 0.400 0.125 0.178 0.173 0.029 0.040 0.023 0.005 0.024 0.002 0.001 143 L 0.362 0.198 0.228 0.092 0.027 0.032 0.021 0.005 0.029 0.004 0.001 144 R 0.233 0.087 0.273 0.157 0.057 0.027 0.085 0.038 0.018 0.022 0.001 145 G 0.170 0.045 0.168 0.049 0.129 0.010 0.037 0.177 0.006 0.208 0.001 146 V 0.394 0.198 0.211 0.114 0.025 0.031 0.005 0.003 0.015 0.005 0.001 147 D 0.382 0.108 0.103 0.210 0.029 0.060 0.055 0.006 0.038 0.009 0.001 148 N 0.293 0.046 0.086 0.313 0.025 0.031 0.167 0.012 0.023 0.003 0.001 149 G 0.321 0.038 0.179 0.186 0.049 0.017 0.041 0.133 0.010 0.025 0.001 150 K 0.670 0.043 0.179 0.071 0.008 0.009 0.008 0.002 0.005 0.004 0.001 151 D 0.229 0.014 0.067 0.429 0.007 0.044 0.147 0.035 0.025 0.002 0.001 152 Q 0.138 0.204 0.473 0.077 0.024 0.039 0.013 0.003 0.028 0.001 0.001 153 T 0.242 0.261 0.348 0.056 0.040 0.027 0.007 0.003 0.012 0.003 0.001 154 Y 0.322 0.259 0.195 0.070 0.075 0.029 0.016 0.006 0.023 0.006 0.001 155 F 0.328 0.217 0.226 0.059 0.029 0.080 0.016 0.003 0.038 0.002 0.001 156 L 0.512 0.124 0.123 0.137 0.014 0.049 0.010 0.001 0.029 0.001 0.001 157 S 0.601 0.061 0.112 0.104 0.047 0.014 0.017 0.017 0.006 0.020 0.001 158 Q 0.514 0.098 0.095 0.141 0.043 0.027 0.045 0.011 0.020 0.004 0.001 159 L 0.481 0.129 0.211 0.104 0.015 0.026 0.008 0.002 0.021 0.003 0.001 160 S 0.450 0.058 0.257 0.063 0.037 0.047 0.022 0.009 0.021 0.034 0.002 161 Q 0.800 0.012 0.030 0.118 0.005 0.009 0.015 0.004 0.003 0.002 0.001 162 E 0.757 0.017 0.045 0.122 0.010 0.007 0.021 0.013 0.005 0.003 0.001 163 Q 0.807 0.018 0.041 0.089 0.006 0.009 0.017 0.005 0.006 0.003 0.001 164 L 0.677 0.039 0.073 0.131 0.007 0.026 0.028 0.005 0.010 0.002 0.001 165 Q 0.586 0.109 0.124 0.097 0.030 0.020 0.016 0.004 0.011 0.002 0.001 166 K 0.570 0.117 0.143 0.091 0.023 0.021 0.019 0.004 0.010 0.001 0.001 167 T 0.540 0.196 0.112 0.093 0.026 0.018 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 168 M 0.304 0.277 0.200 0.112 0.017 0.046 0.007 0.001 0.036 0.001 0.001 169 F 0.142 0.291 0.253 0.003 0.036 0.022 0.012 0.001 0.231 0.009 0.001 170 P 0.314 0.005 0.539 0.006 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 171 L 0.481 0.039 0.197 0.217 0.004 0.036 0.009 0.003 0.009 0.001 0.005 172 G 0.226 0.053 0.131 0.099 0.116 0.007 0.089 0.164 0.004 0.112 0.001 173 H 0.094 0.055 0.062 0.321 0.022 0.062 0.332 0.016 0.033 0.003 0.001 174 L 0.013 0.323 0.549 0.013 0.033 0.038 0.011 0.001 0.019 0.001 0.001 175 E 0.016 0.076 0.755 0.012 0.008 0.116 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 176 K 0.798 0.032 0.133 0.004 0.009 0.007 0.002 0.002 0.010 0.003 0.001 177 P 0.996 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 179 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 185 E 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 186 A 0.139 0.001 0.002 0.858 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.601 0.394 0.001 0.001 0.001 188 L 0.016 0.232 0.670 0.011 0.010 0.048 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 189 S 0.080 0.113 0.588 0.044 0.032 0.119 0.007 0.002 0.012 0.002 0.001 190 T 0.086 0.523 0.166 0.076 0.084 0.026 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 191 A 0.106 0.381 0.326 0.026 0.085 0.032 0.006 0.002 0.033 0.003 0.001 192 K 0.144 0.302 0.351 0.070 0.027 0.069 0.006 0.001 0.027 0.002 0.001 193 K 0.086 0.329 0.368 0.049 0.048 0.052 0.015 0.003 0.047 0.002 0.001 194 K 0.136 0.171 0.537 0.030 0.029 0.041 0.010 0.006 0.024 0.014 0.002 195 D 0.163 0.116 0.420 0.101 0.050 0.069 0.025 0.008 0.031 0.011 0.004 196 S 0.220 0.088 0.235 0.183 0.110 0.045 0.048 0.024 0.025 0.017 0.005 197 T 0.305 0.071 0.207 0.347 0.028 0.012 0.012 0.008 0.007 0.003 0.001 198 G 0.084 0.037 0.176 0.053 0.147 0.011 0.074 0.190 0.014 0.212 0.001 199 I 0.250 0.210 0.320 0.124 0.029 0.037 0.006 0.003 0.016 0.002 0.004 200 C 0.186 0.224 0.178 0.174 0.104 0.038 0.037 0.014 0.031 0.013 0.001 201 F 0.124 0.229 0.260 0.141 0.092 0.049 0.047 0.019 0.032 0.007 0.001 202 I 0.107 0.386 0.274 0.109 0.050 0.028 0.009 0.002 0.033 0.002 0.001 203 G 0.053 0.046 0.135 0.016 0.150 0.007 0.021 0.084 0.005 0.481 0.001 204 E 0.265 0.145 0.237 0.215 0.036 0.041 0.021 0.006 0.024 0.006 0.003 205 K 0.186 0.145 0.217 0.136 0.089 0.031 0.097 0.037 0.029 0.032 0.001