# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2446 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.367 0.254 0.012 0.223 0.005 0.014 0.026 0.009 0.005 0.013 2 S 0.054 0.406 0.144 0.013 0.189 0.016 0.023 0.058 0.042 0.034 0.021 3 D 0.094 0.123 0.048 0.022 0.128 0.032 0.071 0.152 0.168 0.109 0.052 4 N 0.053 0.050 0.080 0.056 0.047 0.033 0.023 0.094 0.180 0.298 0.085 5 S 0.030 0.112 0.073 0.072 0.080 0.055 0.142 0.205 0.153 0.062 0.017 6 K 0.065 0.030 0.017 0.011 0.048 0.011 0.021 0.050 0.132 0.478 0.138 7 T 0.040 0.379 0.129 0.026 0.210 0.014 0.027 0.052 0.040 0.065 0.019 8 R 0.364 0.078 0.009 0.002 0.477 0.001 0.002 0.003 0.003 0.013 0.046 9 V 0.187 0.090 0.006 0.001 0.710 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 10 V 0.221 0.031 0.001 0.001 0.736 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 11 V 0.299 0.039 0.003 0.002 0.607 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.043 12 G 0.324 0.076 0.012 0.002 0.460 0.002 0.003 0.003 0.001 0.016 0.100 13 M 0.319 0.082 0.023 0.016 0.297 0.019 0.018 0.015 0.009 0.047 0.156 14 S 0.098 0.151 0.091 0.107 0.162 0.051 0.048 0.046 0.046 0.120 0.080 15 G 0.020 0.071 0.127 0.218 0.031 0.086 0.043 0.042 0.080 0.248 0.034 16 G 0.030 0.105 0.167 0.145 0.056 0.055 0.037 0.093 0.077 0.197 0.039 17 V 0.019 0.074 0.039 0.019 0.045 0.032 0.069 0.445 0.192 0.049 0.017 18 D 0.016 0.048 0.029 0.012 0.033 0.009 0.023 0.595 0.139 0.079 0.016 19 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.857 0.133 0.004 0.001 20 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.042 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.043 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.013 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.969 0.028 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.907 0.081 0.002 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.081 0.823 0.083 0.008 0.001 29 Q 0.001 0.679 0.288 0.004 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 30 G 0.030 0.004 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.004 0.011 0.479 0.459 31 Y 0.029 0.581 0.132 0.002 0.222 0.001 0.002 0.006 0.007 0.010 0.007 32 D 0.192 0.109 0.011 0.002 0.593 0.003 0.007 0.013 0.016 0.027 0.026 33 V 0.488 0.060 0.009 0.001 0.404 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 34 I 0.210 0.058 0.010 0.028 0.583 0.025 0.029 0.004 0.002 0.010 0.042 35 G 0.189 0.114 0.026 0.006 0.648 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 36 I 0.227 0.062 0.002 0.001 0.684 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 37 F 0.384 0.039 0.006 0.001 0.412 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.138 38 M 0.086 0.372 0.159 0.014 0.320 0.003 0.003 0.006 0.003 0.010 0.022 39 K 0.111 0.111 0.044 0.037 0.158 0.096 0.188 0.064 0.048 0.081 0.063 40 N 0.122 0.177 0.167 0.032 0.230 0.008 0.016 0.033 0.052 0.092 0.072 41 W 0.042 0.106 0.058 0.035 0.080 0.038 0.043 0.173 0.230 0.164 0.030 42 D 0.119 0.082 0.051 0.022 0.214 0.030 0.062 0.104 0.083 0.152 0.081 43 D 0.167 0.097 0.026 0.007 0.239 0.010 0.025 0.114 0.080 0.135 0.101 44 T 0.033 0.163 0.067 0.012 0.162 0.010 0.030 0.222 0.136 0.150 0.016 45 D 0.051 0.116 0.245 0.019 0.058 0.011 0.032 0.267 0.111 0.057 0.032 46 E 0.009 0.022 0.022 0.015 0.013 0.035 0.138 0.547 0.151 0.041 0.008 47 N 0.004 0.612 0.170 0.061 0.053 0.015 0.025 0.019 0.010 0.025 0.006 48 G 0.045 0.021 0.027 0.032 0.020 0.012 0.006 0.015 0.033 0.523 0.265 49 V 0.041 0.326 0.132 0.019 0.181 0.016 0.032 0.107 0.076 0.054 0.016 50 C 0.228 0.175 0.055 0.007 0.268 0.005 0.014 0.039 0.044 0.063 0.100 51 T 0.059 0.275 0.222 0.048 0.140 0.023 0.039 0.060 0.047 0.058 0.030 52 A 0.046 0.376 0.181 0.013 0.117 0.004 0.007 0.112 0.068 0.052 0.022 53 T 0.027 0.052 0.027 0.009 0.042 0.018 0.030 0.371 0.329 0.072 0.023 54 E 0.011 0.044 0.030 0.010 0.023 0.011 0.044 0.577 0.186 0.055 0.011 55 D 0.028 0.076 0.025 0.003 0.040 0.002 0.010 0.548 0.099 0.151 0.018 56 Y 0.004 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.813 0.151 0.015 0.003 57 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.943 0.045 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.033 0.017 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.041 0.004 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.016 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.006 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.023 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.879 0.114 0.002 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.869 0.070 0.004 0.001 66 I 0.001 0.741 0.217 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.069 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.345 0.573 68 I 0.010 0.656 0.201 0.001 0.131 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 P 0.194 0.140 0.019 0.011 0.433 0.017 0.044 0.037 0.021 0.030 0.054 70 Y 0.303 0.160 0.023 0.005 0.435 0.005 0.007 0.006 0.011 0.007 0.039 71 Y 0.110 0.122 0.008 0.001 0.719 0.002 0.004 0.007 0.003 0.006 0.018 72 S 0.372 0.038 0.004 0.001 0.508 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.057 73 V 0.091 0.353 0.060 0.009 0.410 0.010 0.013 0.012 0.004 0.010 0.028 74 N 0.405 0.073 0.012 0.001 0.410 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.091 75 F 0.041 0.059 0.016 0.005 0.057 0.004 0.005 0.190 0.342 0.239 0.042 76 E 0.017 0.158 0.098 0.028 0.047 0.025 0.040 0.392 0.125 0.062 0.007 77 K 0.005 0.012 0.005 0.004 0.011 0.005 0.015 0.769 0.153 0.017 0.003 78 E 0.005 0.009 0.007 0.002 0.009 0.006 0.037 0.825 0.081 0.015 0.004 79 Y 0.004 0.006 0.003 0.002 0.004 0.001 0.004 0.804 0.098 0.069 0.005 80 W 0.004 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.003 0.837 0.116 0.022 0.002 81 D 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.006 0.028 0.872 0.078 0.007 0.001 82 R 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.027 0.845 0.079 0.034 0.002 83 V 0.006 0.006 0.002 0.001 0.006 0.002 0.010 0.785 0.127 0.053 0.004 84 F 0.007 0.020 0.004 0.002 0.013 0.001 0.004 0.817 0.109 0.020 0.003 85 E 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.005 0.025 0.875 0.075 0.005 0.001 86 Y 0.003 0.006 0.005 0.001 0.005 0.002 0.024 0.882 0.054 0.014 0.003 87 F 0.007 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.005 0.818 0.106 0.044 0.004 88 L 0.007 0.018 0.003 0.002 0.012 0.002 0.006 0.796 0.136 0.017 0.003 89 A 0.002 0.009 0.004 0.002 0.005 0.003 0.020 0.865 0.084 0.005 0.001 90 E 0.003 0.007 0.005 0.002 0.011 0.006 0.062 0.798 0.080 0.024 0.002 91 Y 0.026 0.032 0.018 0.004 0.018 0.005 0.026 0.672 0.126 0.053 0.021 92 R 0.025 0.026 0.020 0.011 0.030 0.016 0.046 0.527 0.189 0.091 0.021 93 A 0.003 0.498 0.162 0.073 0.049 0.046 0.071 0.066 0.020 0.010 0.001 94 G 0.029 0.012 0.015 0.021 0.013 0.008 0.015 0.034 0.054 0.582 0.218 95 R 0.088 0.250 0.157 0.019 0.197 0.019 0.078 0.053 0.042 0.056 0.040 96 T 0.042 0.501 0.168 0.007 0.220 0.003 0.007 0.029 0.010 0.006 0.008 97 P 0.063 0.202 0.135 0.038 0.115 0.069 0.096 0.083 0.079 0.078 0.042 98 N 0.238 0.151 0.069 0.008 0.332 0.005 0.012 0.027 0.019 0.037 0.102 99 P 0.040 0.111 0.032 0.006 0.112 0.006 0.011 0.196 0.268 0.185 0.032 100 D 0.128 0.095 0.040 0.006 0.189 0.008 0.026 0.192 0.105 0.168 0.042 101 V 0.033 0.072 0.022 0.006 0.095 0.008 0.021 0.518 0.177 0.035 0.012 102 M 0.044 0.032 0.020 0.008 0.045 0.010 0.042 0.611 0.087 0.064 0.037 103 C 0.014 0.039 0.021 0.016 0.021 0.018 0.031 0.461 0.173 0.190 0.016 104 N 0.019 0.090 0.053 0.025 0.045 0.013 0.017 0.587 0.099 0.038 0.014 105 K 0.005 0.012 0.004 0.002 0.009 0.005 0.016 0.762 0.141 0.039 0.004 106 E 0.004 0.013 0.004 0.002 0.010 0.005 0.026 0.860 0.050 0.024 0.003 107 I 0.017 0.012 0.003 0.001 0.018 0.001 0.004 0.854 0.054 0.024 0.012 108 K 0.006 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.928 0.039 0.007 0.003 109 F 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.928 0.050 0.006 0.002 110 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.943 0.035 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.943 0.041 0.007 0.001 112 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.063 0.008 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.029 0.001 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.013 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.020 0.003 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.028 0.001 0.001 117 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.856 0.136 0.002 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.883 0.069 0.004 0.001 119 L 0.001 0.649 0.290 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.145 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.729 121 A 0.233 0.188 0.030 0.002 0.485 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.046 122 D 0.002 0.001 0.001 0.018 0.004 0.195 0.619 0.142 0.018 0.002 0.001 123 Y 0.172 0.152 0.014 0.001 0.641 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.009 124 V 0.251 0.029 0.001 0.001 0.685 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.025 125 A 0.274 0.037 0.011 0.005 0.409 0.003 0.004 0.016 0.005 0.043 0.192 126 T 0.139 0.143 0.027 0.023 0.166 0.020 0.033 0.020 0.022 0.218 0.189 127 G 0.061 0.121 0.133 0.199 0.081 0.088 0.029 0.032 0.043 0.163 0.050 128 H 0.134 0.146 0.075 0.030 0.184 0.037 0.071 0.142 0.071 0.056 0.055 129 Y 0.135 0.081 0.039 0.039 0.130 0.042 0.053 0.116 0.098 0.175 0.091 130 A 0.113 0.254 0.066 0.023 0.266 0.019 0.022 0.093 0.069 0.045 0.032 131 R 0.138 0.182 0.049 0.006 0.293 0.008 0.034 0.161 0.061 0.040 0.029 132 V 0.201 0.134 0.036 0.017 0.211 0.016 0.034 0.161 0.069 0.059 0.061 133 A 0.059 0.190 0.079 0.046 0.166 0.048 0.067 0.215 0.079 0.032 0.019 134 R 0.078 0.168 0.066 0.026 0.170 0.030 0.047 0.170 0.090 0.108 0.046 135 D 0.171 0.122 0.080 0.011 0.182 0.005 0.019 0.200 0.079 0.066 0.065 136 E 0.036 0.038 0.027 0.023 0.034 0.038 0.056 0.390 0.221 0.112 0.026 137 D 0.037 0.239 0.083 0.073 0.110 0.052 0.095 0.188 0.064 0.043 0.018 138 G 0.052 0.038 0.025 0.025 0.043 0.020 0.018 0.101 0.091 0.467 0.120 139 T 0.072 0.294 0.103 0.012 0.221 0.008 0.019 0.167 0.045 0.041 0.018 140 V 0.253 0.093 0.016 0.004 0.304 0.006 0.010 0.152 0.062 0.033 0.067 141 H 0.101 0.145 0.049 0.021 0.198 0.027 0.058 0.254 0.071 0.042 0.033 142 M 0.171 0.096 0.041 0.014 0.155 0.011 0.029 0.280 0.064 0.079 0.060 143 L 0.081 0.102 0.059 0.053 0.130 0.049 0.056 0.305 0.081 0.054 0.031 144 R 0.027 0.115 0.100 0.087 0.048 0.062 0.095 0.255 0.106 0.084 0.020 145 G 0.047 0.073 0.098 0.099 0.054 0.039 0.042 0.260 0.073 0.165 0.051 146 V 0.092 0.132 0.048 0.023 0.138 0.039 0.051 0.214 0.110 0.097 0.056 147 D 0.083 0.085 0.046 0.045 0.126 0.059 0.084 0.260 0.083 0.078 0.050 148 N 0.042 0.082 0.092 0.036 0.050 0.013 0.024 0.229 0.146 0.241 0.046 149 G 0.028 0.057 0.052 0.045 0.037 0.024 0.026 0.393 0.160 0.149 0.029 150 K 0.023 0.090 0.021 0.011 0.059 0.040 0.069 0.474 0.164 0.035 0.013 151 D 0.101 0.032 0.012 0.005 0.086 0.006 0.029 0.277 0.095 0.240 0.115 152 Q 0.064 0.151 0.051 0.008 0.128 0.006 0.016 0.301 0.124 0.126 0.024 153 T 0.062 0.083 0.030 0.007 0.114 0.006 0.013 0.496 0.130 0.038 0.020 154 Y 0.027 0.053 0.017 0.007 0.052 0.013 0.041 0.649 0.114 0.019 0.008 155 F 0.063 0.037 0.016 0.006 0.065 0.007 0.038 0.599 0.075 0.063 0.032 156 L 0.045 0.038 0.010 0.013 0.050 0.022 0.043 0.525 0.154 0.076 0.023 157 S 0.022 0.069 0.029 0.027 0.046 0.037 0.055 0.460 0.166 0.075 0.014 158 Q 0.066 0.049 0.022 0.006 0.075 0.008 0.046 0.405 0.112 0.175 0.035 159 L 0.057 0.182 0.089 0.021 0.108 0.016 0.032 0.277 0.092 0.090 0.035 160 S 0.042 0.278 0.189 0.044 0.104 0.019 0.017 0.208 0.044 0.038 0.017 161 Q 0.017 0.030 0.014 0.008 0.027 0.010 0.021 0.591 0.213 0.056 0.012 162 E 0.019 0.046 0.031 0.011 0.037 0.011 0.031 0.584 0.143 0.070 0.018 163 Q 0.015 0.022 0.012 0.006 0.018 0.008 0.033 0.712 0.115 0.050 0.009 164 L 0.028 0.026 0.010 0.006 0.034 0.010 0.030 0.599 0.146 0.096 0.017 165 Q 0.032 0.097 0.025 0.012 0.084 0.014 0.029 0.485 0.131 0.075 0.016 166 K 0.048 0.073 0.024 0.008 0.092 0.014 0.060 0.467 0.128 0.063 0.021 167 T 0.088 0.118 0.023 0.006 0.221 0.007 0.046 0.321 0.087 0.059 0.024 168 M 0.151 0.090 0.020 0.011 0.210 0.015 0.043 0.205 0.114 0.091 0.050 169 F 0.062 0.233 0.161 0.029 0.154 0.012 0.050 0.218 0.052 0.014 0.016 170 P 0.051 0.262 0.131 0.029 0.127 0.017 0.048 0.226 0.059 0.027 0.023 171 L 0.029 0.082 0.034 0.030 0.054 0.043 0.067 0.259 0.297 0.090 0.016 172 G 0.007 0.049 0.044 0.065 0.017 0.060 0.059 0.423 0.230 0.039 0.007 173 H 0.038 0.020 0.011 0.002 0.026 0.013 0.050 0.087 0.108 0.573 0.072 174 L 0.081 0.320 0.096 0.009 0.262 0.004 0.021 0.085 0.035 0.045 0.042 175 E 0.009 0.407 0.282 0.012 0.039 0.003 0.004 0.025 0.021 0.192 0.007 176 K 0.002 0.012 0.013 0.002 0.008 0.001 0.001 0.856 0.102 0.001 0.001 177 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.037 0.001 0.001 178 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.018 0.003 0.001 179 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.020 0.003 0.001 180 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.017 0.001 0.001 181 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 183 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 184 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.870 0.126 0.001 0.001 185 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.873 0.050 0.002 0.001 186 A 0.001 0.743 0.234 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 G 0.060 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.308 0.623 188 L 0.067 0.477 0.143 0.003 0.274 0.002 0.002 0.006 0.005 0.007 0.015 189 S 0.062 0.162 0.064 0.048 0.202 0.050 0.083 0.157 0.084 0.051 0.037 190 T 0.153 0.162 0.095 0.013 0.176 0.011 0.022 0.074 0.152 0.081 0.059 191 A 0.094 0.197 0.059 0.011 0.278 0.010 0.024 0.121 0.102 0.060 0.045 192 K 0.088 0.121 0.053 0.018 0.197 0.019 0.064 0.137 0.100 0.141 0.060 193 K 0.092 0.289 0.139 0.021 0.252 0.008 0.022 0.050 0.031 0.055 0.040 194 K 0.084 0.234 0.108 0.029 0.177 0.032 0.055 0.104 0.071 0.067 0.039 195 D 0.144 0.162 0.105 0.023 0.221 0.020 0.050 0.058 0.042 0.088 0.089 196 S 0.109 0.163 0.084 0.029 0.190 0.013 0.019 0.112 0.103 0.114 0.062 197 T 0.018 0.043 0.025 0.031 0.027 0.075 0.189 0.234 0.221 0.121 0.015 198 G 0.027 0.082 0.100 0.122 0.049 0.042 0.039 0.082 0.088 0.326 0.042 199 I 0.206 0.085 0.026 0.013 0.209 0.024 0.049 0.103 0.092 0.097 0.095 200 C 0.132 0.162 0.061 0.023 0.244 0.027 0.044 0.094 0.064 0.078 0.071 201 F 0.217 0.115 0.057 0.023 0.214 0.019 0.034 0.076 0.055 0.105 0.085 202 I 0.098 0.183 0.135 0.088 0.145 0.045 0.053 0.075 0.048 0.080 0.050 203 G 0.040 0.174 0.196 0.164 0.094 0.045 0.026 0.083 0.066 0.083 0.030 204 E 0.051 0.108 0.076 0.046 0.083 0.043 0.079 0.196 0.161 0.123 0.033 205 K 0.061 0.190 0.128 0.041 0.131 0.023 0.048 0.149 0.082 0.101 0.046