# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2446 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.744 0.173 0.056 0.020 0.005 0.001 0.001 2 S 0.716 0.192 0.066 0.021 0.004 0.001 0.001 3 D 0.665 0.229 0.076 0.026 0.005 0.001 0.001 4 N 0.738 0.184 0.050 0.020 0.006 0.001 0.001 5 S 0.650 0.240 0.077 0.027 0.005 0.001 0.001 6 K 0.370 0.441 0.151 0.035 0.004 0.001 0.001 7 T 0.017 0.215 0.369 0.304 0.087 0.009 0.001 8 R 0.001 0.012 0.095 0.359 0.426 0.103 0.005 9 V 0.001 0.001 0.002 0.014 0.125 0.665 0.194 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.310 0.671 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.073 0.924 12 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.959 13 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.083 0.912 14 S 0.001 0.001 0.001 0.009 0.050 0.257 0.682 15 G 0.001 0.002 0.007 0.030 0.119 0.369 0.474 16 G 0.001 0.004 0.015 0.054 0.157 0.416 0.354 17 V 0.001 0.007 0.031 0.100 0.235 0.394 0.232 18 D 0.001 0.004 0.013 0.041 0.127 0.355 0.459 19 S 0.001 0.001 0.003 0.009 0.038 0.218 0.731 20 S 0.001 0.001 0.004 0.024 0.100 0.343 0.528 21 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.048 0.279 0.665 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.095 0.901 23 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.259 0.713 24 L 0.001 0.005 0.028 0.111 0.256 0.404 0.195 25 L 0.001 0.001 0.005 0.040 0.211 0.578 0.166 26 L 0.001 0.001 0.003 0.024 0.183 0.683 0.106 27 K 0.004 0.085 0.289 0.410 0.187 0.025 0.001 28 E 0.170 0.520 0.229 0.070 0.010 0.001 0.001 29 Q 0.115 0.413 0.304 0.140 0.025 0.002 0.001 30 G 0.425 0.426 0.118 0.027 0.004 0.001 0.001 31 Y 0.003 0.056 0.242 0.461 0.219 0.020 0.001 32 D 0.024 0.212 0.363 0.283 0.103 0.014 0.001 33 V 0.001 0.001 0.006 0.040 0.251 0.635 0.067 34 I 0.001 0.001 0.006 0.046 0.206 0.554 0.187 35 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.351 0.618 36 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.192 0.791 37 F 0.001 0.001 0.002 0.009 0.053 0.289 0.647 38 M 0.001 0.001 0.001 0.006 0.053 0.341 0.599 39 K 0.001 0.007 0.039 0.146 0.299 0.385 0.123 40 N 0.003 0.024 0.066 0.158 0.309 0.360 0.080 41 W 0.030 0.094 0.192 0.275 0.252 0.137 0.020 42 D 0.136 0.204 0.221 0.222 0.146 0.063 0.008 43 D 0.361 0.290 0.179 0.106 0.047 0.015 0.002 44 T 0.587 0.236 0.100 0.053 0.019 0.005 0.001 45 D 0.612 0.213 0.102 0.050 0.018 0.005 0.001 46 E 0.772 0.153 0.048 0.019 0.006 0.002 0.001 47 N 0.635 0.226 0.090 0.036 0.010 0.002 0.001 48 G 0.350 0.258 0.198 0.129 0.052 0.012 0.001 49 V 0.230 0.240 0.215 0.180 0.100 0.031 0.003 50 C 0.099 0.123 0.183 0.255 0.216 0.109 0.014 51 T 0.194 0.250 0.234 0.177 0.091 0.046 0.008 52 A 0.222 0.243 0.212 0.176 0.098 0.045 0.005 53 T 0.556 0.256 0.096 0.050 0.027 0.013 0.002 54 E 0.572 0.310 0.082 0.026 0.008 0.002 0.001 55 D 0.066 0.198 0.279 0.302 0.131 0.023 0.001 56 Y 0.016 0.108 0.346 0.387 0.130 0.013 0.001 57 K 0.416 0.477 0.092 0.013 0.002 0.001 0.001 58 D 0.020 0.219 0.447 0.263 0.047 0.004 0.001 59 V 0.001 0.001 0.006 0.088 0.509 0.384 0.011 60 V 0.010 0.166 0.421 0.324 0.072 0.008 0.001 61 A 0.138 0.670 0.167 0.023 0.002 0.001 0.001 62 V 0.003 0.029 0.148 0.433 0.325 0.061 0.001 63 A 0.003 0.013 0.066 0.318 0.483 0.115 0.001 64 D 0.342 0.526 0.113 0.016 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.413 0.436 0.124 0.024 0.002 0.001 0.001 66 I 0.013 0.086 0.253 0.383 0.223 0.041 0.001 67 G 0.223 0.394 0.242 0.108 0.028 0.004 0.001 68 I 0.012 0.034 0.095 0.295 0.392 0.164 0.008 69 P 0.072 0.283 0.315 0.215 0.085 0.026 0.002 70 Y 0.015 0.048 0.102 0.212 0.316 0.276 0.032 71 Y 0.020 0.056 0.121 0.251 0.302 0.226 0.024 72 S 0.017 0.091 0.179 0.262 0.270 0.165 0.017 73 V 0.012 0.033 0.085 0.218 0.349 0.271 0.033 74 N 0.056 0.242 0.292 0.235 0.124 0.047 0.004 75 F 0.016 0.037 0.121 0.307 0.358 0.150 0.010 76 E 0.228 0.381 0.228 0.114 0.038 0.010 0.001 77 K 0.443 0.341 0.138 0.056 0.017 0.005 0.001 78 E 0.347 0.335 0.180 0.094 0.035 0.009 0.001 79 Y 0.056 0.106 0.190 0.317 0.252 0.076 0.003 80 W 0.085 0.188 0.277 0.264 0.139 0.043 0.003 81 D 0.307 0.418 0.186 0.068 0.018 0.003 0.001 82 R 0.082 0.209 0.327 0.264 0.098 0.020 0.001 83 V 0.019 0.030 0.050 0.162 0.392 0.327 0.019 84 F 0.018 0.088 0.226 0.349 0.240 0.074 0.004 85 E 0.230 0.419 0.211 0.099 0.031 0.009 0.001 86 Y 0.018 0.084 0.234 0.339 0.227 0.091 0.008 87 F 0.014 0.038 0.086 0.200 0.326 0.303 0.032 88 L 0.051 0.159 0.254 0.275 0.185 0.070 0.006 89 A 0.263 0.313 0.204 0.130 0.064 0.022 0.003 90 E 0.197 0.316 0.220 0.153 0.078 0.033 0.005 91 Y 0.055 0.109 0.208 0.321 0.231 0.072 0.004 92 R 0.305 0.329 0.210 0.115 0.035 0.006 0.001 93 A 0.647 0.215 0.082 0.040 0.013 0.004 0.001 94 G 0.565 0.254 0.110 0.051 0.016 0.004 0.001 95 R 0.327 0.279 0.197 0.131 0.053 0.012 0.001 96 T 0.189 0.191 0.181 0.201 0.154 0.075 0.009 97 P 0.178 0.193 0.190 0.195 0.150 0.080 0.014 98 N 0.188 0.204 0.213 0.190 0.123 0.069 0.014 99 P 0.128 0.154 0.177 0.214 0.183 0.119 0.025 100 D 0.118 0.151 0.177 0.186 0.161 0.146 0.061 101 V 0.149 0.166 0.145 0.157 0.155 0.164 0.064 102 M 0.094 0.166 0.190 0.212 0.160 0.125 0.054 103 C 0.039 0.045 0.062 0.156 0.272 0.316 0.111 104 N 0.033 0.093 0.153 0.218 0.229 0.211 0.063 105 K 0.069 0.164 0.187 0.209 0.173 0.141 0.058 106 E 0.037 0.114 0.171 0.217 0.218 0.184 0.058 107 I 0.008 0.031 0.079 0.208 0.305 0.297 0.072 108 K 0.003 0.014 0.029 0.068 0.181 0.469 0.235 109 F 0.001 0.004 0.012 0.048 0.184 0.529 0.223 110 K 0.015 0.079 0.227 0.319 0.230 0.109 0.020 111 A 0.004 0.023 0.080 0.214 0.333 0.289 0.057 112 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.050 0.506 0.439 113 L 0.001 0.011 0.072 0.276 0.392 0.231 0.017 114 D 0.012 0.216 0.383 0.262 0.096 0.030 0.002 115 Y 0.001 0.016 0.103 0.348 0.377 0.147 0.009 116 A 0.001 0.004 0.016 0.117 0.440 0.398 0.023 117 I 0.053 0.395 0.352 0.159 0.037 0.004 0.001 118 T 0.254 0.502 0.181 0.054 0.009 0.001 0.001 119 L 0.005 0.098 0.330 0.412 0.139 0.015 0.001 120 G 0.081 0.408 0.330 0.146 0.031 0.004 0.001 121 A 0.001 0.005 0.032 0.201 0.518 0.236 0.007 122 D 0.001 0.030 0.158 0.393 0.320 0.086 0.011 123 Y 0.001 0.001 0.003 0.016 0.106 0.601 0.273 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.253 0.736 125 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.097 0.896 126 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.074 0.922 127 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.176 0.803 128 H 0.001 0.001 0.002 0.014 0.074 0.367 0.543 129 Y 0.001 0.002 0.009 0.040 0.164 0.470 0.315 130 A 0.001 0.006 0.019 0.071 0.212 0.485 0.206 131 R 0.008 0.049 0.131 0.235 0.290 0.234 0.053 132 V 0.027 0.098 0.181 0.240 0.238 0.173 0.043 133 A 0.137 0.183 0.163 0.168 0.160 0.134 0.054 134 R 0.253 0.265 0.194 0.139 0.086 0.048 0.014 135 D 0.220 0.202 0.178 0.171 0.136 0.077 0.015 136 E 0.305 0.243 0.170 0.134 0.089 0.048 0.011 137 D 0.289 0.232 0.164 0.137 0.095 0.063 0.019 138 G 0.114 0.160 0.195 0.223 0.178 0.108 0.022 139 T 0.124 0.157 0.181 0.205 0.176 0.121 0.035 140 V 0.066 0.077 0.104 0.166 0.230 0.274 0.082 141 H 0.063 0.126 0.200 0.234 0.195 0.144 0.040 142 M 0.060 0.070 0.093 0.170 0.255 0.272 0.079 143 L 0.063 0.097 0.135 0.221 0.258 0.191 0.035 144 R 0.181 0.259 0.230 0.175 0.094 0.048 0.013 145 G 0.197 0.207 0.178 0.177 0.132 0.087 0.023 146 V 0.130 0.142 0.170 0.223 0.191 0.120 0.024 147 D 0.245 0.249 0.191 0.149 0.095 0.054 0.017 148 N 0.246 0.247 0.178 0.139 0.098 0.069 0.023 149 G 0.164 0.157 0.154 0.187 0.171 0.130 0.039 150 K 0.159 0.194 0.194 0.186 0.138 0.097 0.033 151 D 0.126 0.155 0.158 0.169 0.163 0.161 0.069 152 Q 0.045 0.070 0.108 0.179 0.231 0.262 0.105 153 T 0.080 0.109 0.123 0.164 0.191 0.228 0.106 154 Y 0.041 0.056 0.079 0.147 0.218 0.300 0.159 155 F 0.059 0.092 0.128 0.182 0.207 0.230 0.103 156 L 0.054 0.059 0.080 0.133 0.207 0.310 0.157 157 S 0.121 0.138 0.165 0.198 0.183 0.149 0.047 158 Q 0.229 0.241 0.197 0.153 0.101 0.062 0.017 159 L 0.189 0.144 0.159 0.203 0.179 0.107 0.019 160 S 0.392 0.270 0.159 0.102 0.051 0.022 0.005 161 Q 0.470 0.270 0.137 0.076 0.032 0.012 0.003 162 E 0.536 0.240 0.108 0.068 0.032 0.013 0.003 163 Q 0.273 0.246 0.183 0.159 0.093 0.039 0.006 164 L 0.160 0.165 0.174 0.205 0.167 0.110 0.018 165 Q 0.170 0.185 0.171 0.188 0.156 0.102 0.029 166 K 0.099 0.150 0.191 0.220 0.175 0.129 0.037 167 T 0.030 0.046 0.076 0.145 0.239 0.343 0.121 168 M 0.039 0.052 0.072 0.131 0.202 0.334 0.169 169 F 0.047 0.060 0.093 0.147 0.180 0.271 0.201 170 P 0.062 0.054 0.060 0.096 0.163 0.343 0.221 171 L 0.027 0.032 0.045 0.089 0.170 0.347 0.289 172 G 0.045 0.072 0.105 0.174 0.234 0.270 0.100 173 H 0.035 0.104 0.153 0.213 0.232 0.202 0.061 174 L 0.013 0.033 0.086 0.206 0.307 0.277 0.079 175 E 0.087 0.337 0.267 0.158 0.085 0.054 0.011 176 K 0.015 0.074 0.193 0.323 0.258 0.120 0.017 177 P 0.325 0.393 0.164 0.066 0.033 0.017 0.002 178 E 0.025 0.199 0.326 0.301 0.124 0.023 0.001 179 V 0.001 0.002 0.007 0.068 0.380 0.487 0.057 180 R 0.007 0.111 0.354 0.384 0.128 0.016 0.001 181 R 0.069 0.609 0.265 0.049 0.007 0.001 0.001 182 L 0.001 0.016 0.135 0.455 0.334 0.058 0.001 183 A 0.001 0.003 0.016 0.141 0.521 0.310 0.008 184 E 0.072 0.504 0.314 0.094 0.014 0.001 0.001 185 E 0.326 0.491 0.141 0.037 0.004 0.001 0.001 186 A 0.010 0.124 0.389 0.366 0.099 0.011 0.001 187 G 0.159 0.402 0.284 0.123 0.029 0.004 0.001 188 L 0.022 0.059 0.132 0.310 0.360 0.113 0.004 189 S 0.169 0.374 0.259 0.128 0.052 0.017 0.002 190 T 0.084 0.160 0.221 0.264 0.194 0.072 0.004 191 A 0.065 0.088 0.130 0.259 0.305 0.144 0.010 192 K 0.233 0.352 0.233 0.129 0.043 0.009 0.001 193 K 0.200 0.261 0.239 0.190 0.082 0.026 0.002 194 K 0.312 0.281 0.193 0.138 0.058 0.016 0.002 195 D 0.284 0.282 0.216 0.142 0.055 0.018 0.002 196 S 0.201 0.171 0.160 0.176 0.165 0.114 0.013 197 T 0.193 0.203 0.187 0.188 0.136 0.079 0.014 198 G 0.167 0.211 0.216 0.187 0.123 0.078 0.018 199 I 0.088 0.077 0.091 0.161 0.235 0.279 0.069 200 C 0.119 0.159 0.190 0.211 0.163 0.126 0.033 201 F 0.216 0.147 0.143 0.172 0.154 0.134 0.033 202 I 0.239 0.209 0.194 0.195 0.109 0.048 0.006 203 G 0.292 0.259 0.224 0.155 0.056 0.013 0.001 204 E 0.713 0.196 0.061 0.023 0.006 0.001 0.001 205 K 0.758 0.172 0.047 0.017 0.004 0.001 0.001