# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1903 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.005 0.003 0.016 0.036 0.048 0.109 0.002 0.001 0.055 0.704 2 S 0.031 0.001 0.001 0.004 0.028 0.024 0.091 0.003 0.001 0.041 0.775 3 D 0.124 0.001 0.001 0.004 0.009 0.009 0.095 0.005 0.001 0.051 0.701 4 N 0.138 0.001 0.001 0.007 0.003 0.006 0.127 0.002 0.001 0.055 0.660 5 S 0.032 0.001 0.001 0.008 0.002 0.004 0.135 0.001 0.001 0.021 0.795 6 K 0.005 0.001 0.001 0.017 0.011 0.011 0.190 0.002 0.001 0.013 0.751 7 T 0.004 0.002 0.001 0.188 0.042 0.036 0.131 0.001 0.001 0.038 0.559 8 R 0.001 0.001 0.001 0.668 0.057 0.072 0.030 0.001 0.001 0.055 0.115 9 V 0.001 0.001 0.001 0.741 0.048 0.042 0.016 0.001 0.001 0.038 0.114 10 V 0.001 0.001 0.001 0.936 0.027 0.012 0.003 0.001 0.001 0.011 0.011 11 V 0.001 0.001 0.001 0.934 0.017 0.013 0.004 0.001 0.001 0.017 0.015 12 G 0.001 0.001 0.001 0.886 0.015 0.029 0.013 0.001 0.001 0.019 0.036 13 M 0.017 0.002 0.001 0.560 0.015 0.067 0.088 0.001 0.001 0.066 0.184 14 S 0.052 0.016 0.001 0.219 0.024 0.072 0.168 0.002 0.002 0.117 0.326 15 G 0.035 0.090 0.002 0.087 0.019 0.038 0.211 0.003 0.002 0.103 0.410 16 G 0.062 0.303 0.002 0.017 0.018 0.023 0.138 0.005 0.001 0.163 0.267 17 V 0.035 0.554 0.001 0.008 0.006 0.010 0.066 0.007 0.001 0.113 0.200 18 D 0.008 0.234 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.696 0.039 19 S 0.001 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.069 0.010 20 S 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 21 V 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 22 T 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 24 L 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 25 L 0.007 0.806 0.010 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.005 0.134 0.026 26 L 0.016 0.016 0.553 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.284 0.104 0.016 27 K 0.795 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.018 0.015 0.007 0.047 0.106 28 E 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.014 0.907 29 Q 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.067 0.001 0.001 0.006 0.914 30 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.016 0.149 0.002 0.001 0.022 0.799 31 Y 0.010 0.001 0.001 0.016 0.015 0.019 0.111 0.001 0.001 0.061 0.765 32 D 0.004 0.001 0.001 0.367 0.047 0.122 0.076 0.001 0.001 0.080 0.302 33 V 0.001 0.001 0.001 0.142 0.039 0.110 0.067 0.001 0.001 0.044 0.597 34 I 0.001 0.001 0.001 0.477 0.190 0.254 0.012 0.001 0.001 0.034 0.033 35 G 0.001 0.001 0.001 0.416 0.142 0.215 0.016 0.001 0.001 0.053 0.158 36 I 0.001 0.001 0.001 0.400 0.279 0.262 0.004 0.001 0.001 0.021 0.033 37 F 0.001 0.001 0.001 0.298 0.224 0.337 0.014 0.001 0.001 0.047 0.079 38 M 0.001 0.001 0.001 0.129 0.463 0.301 0.011 0.001 0.001 0.029 0.067 39 K 0.004 0.001 0.001 0.213 0.227 0.364 0.035 0.001 0.001 0.054 0.101 40 N 0.069 0.001 0.001 0.119 0.120 0.181 0.090 0.001 0.001 0.083 0.333 41 W 0.021 0.001 0.001 0.061 0.073 0.143 0.128 0.003 0.001 0.053 0.516 42 D 0.021 0.006 0.001 0.023 0.022 0.044 0.138 0.001 0.001 0.031 0.713 43 D 0.023 0.009 0.006 0.020 0.033 0.048 0.154 0.005 0.004 0.051 0.648 44 T 0.252 0.014 0.007 0.006 0.009 0.009 0.084 0.010 0.005 0.088 0.516 45 D 0.287 0.005 0.001 0.003 0.005 0.008 0.064 0.010 0.001 0.086 0.530 46 E 0.079 0.004 0.001 0.006 0.003 0.009 0.094 0.002 0.001 0.042 0.761 47 N 0.011 0.003 0.001 0.011 0.011 0.029 0.126 0.002 0.001 0.032 0.775 48 G 0.014 0.004 0.001 0.020 0.054 0.078 0.149 0.004 0.001 0.074 0.603 49 V 0.019 0.003 0.001 0.019 0.067 0.059 0.142 0.001 0.001 0.046 0.643 50 C 0.005 0.004 0.001 0.037 0.060 0.079 0.189 0.001 0.001 0.031 0.593 51 T 0.052 0.043 0.001 0.031 0.029 0.044 0.161 0.005 0.001 0.078 0.555 52 A 0.101 0.257 0.002 0.015 0.007 0.010 0.092 0.021 0.001 0.069 0.424 53 T 0.131 0.387 0.003 0.007 0.003 0.005 0.051 0.006 0.001 0.089 0.318 54 E 0.021 0.427 0.005 0.008 0.003 0.005 0.051 0.004 0.001 0.171 0.305 55 D 0.017 0.856 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.052 0.057 56 Y 0.011 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.019 57 K 0.009 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.041 0.020 58 D 0.001 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 0.014 59 V 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 60 V 0.002 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.056 0.010 61 A 0.003 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.013 62 V 0.012 0.910 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.002 0.040 0.017 63 A 0.004 0.006 0.462 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.489 0.027 0.007 64 D 0.863 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.001 0.010 0.101 65 Q 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.003 0.020 0.915 66 I 0.015 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.129 0.001 0.001 0.009 0.839 67 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.007 0.122 0.001 0.001 0.017 0.841 68 I 0.006 0.001 0.001 0.021 0.021 0.013 0.174 0.002 0.001 0.075 0.686 69 P 0.003 0.002 0.001 0.591 0.028 0.082 0.041 0.001 0.001 0.106 0.146 70 Y 0.003 0.003 0.001 0.233 0.035 0.092 0.051 0.001 0.001 0.043 0.539 71 Y 0.001 0.002 0.001 0.598 0.152 0.102 0.023 0.001 0.001 0.019 0.104 72 S 0.009 0.006 0.001 0.293 0.111 0.102 0.051 0.001 0.001 0.041 0.384 73 V 0.005 0.006 0.001 0.265 0.079 0.073 0.064 0.004 0.001 0.033 0.470 74 N 0.141 0.324 0.006 0.058 0.014 0.020 0.075 0.009 0.006 0.083 0.266 75 F 0.099 0.569 0.021 0.015 0.007 0.006 0.029 0.013 0.005 0.050 0.186 76 E 0.075 0.629 0.003 0.003 0.006 0.008 0.021 0.016 0.001 0.024 0.213 77 K 0.078 0.627 0.003 0.003 0.006 0.008 0.020 0.007 0.001 0.058 0.188 78 E 0.026 0.724 0.010 0.004 0.004 0.006 0.024 0.008 0.004 0.052 0.137 79 Y 0.131 0.569 0.026 0.003 0.006 0.007 0.028 0.022 0.008 0.042 0.158 80 W 0.175 0.441 0.008 0.005 0.007 0.012 0.039 0.014 0.004 0.037 0.257 81 D 0.130 0.296 0.008 0.010 0.007 0.019 0.071 0.008 0.004 0.040 0.407 82 R 0.090 0.217 0.016 0.026 0.011 0.026 0.089 0.009 0.005 0.040 0.472 83 V 0.112 0.137 0.007 0.019 0.016 0.026 0.112 0.014 0.003 0.045 0.510 84 F 0.118 0.147 0.002 0.031 0.022 0.037 0.107 0.013 0.001 0.036 0.486 85 E 0.074 0.059 0.002 0.027 0.015 0.032 0.097 0.002 0.001 0.030 0.662 86 Y 0.011 0.059 0.003 0.042 0.045 0.059 0.152 0.002 0.002 0.026 0.598 87 F 0.015 0.326 0.004 0.022 0.015 0.014 0.062 0.004 0.002 0.009 0.526 88 L 0.121 0.817 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.019 0.001 0.003 0.031 89 A 0.028 0.780 0.003 0.002 0.001 0.003 0.013 0.003 0.001 0.034 0.132 90 E 0.024 0.272 0.347 0.002 0.003 0.007 0.020 0.002 0.092 0.080 0.151 91 Y 0.663 0.058 0.011 0.001 0.007 0.007 0.018 0.048 0.005 0.066 0.117 92 R 0.441 0.007 0.001 0.002 0.002 0.004 0.023 0.014 0.002 0.040 0.465 93 A 0.033 0.003 0.001 0.007 0.001 0.003 0.046 0.001 0.001 0.008 0.898 94 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.023 0.067 0.001 0.001 0.010 0.884 95 R 0.012 0.001 0.001 0.003 0.017 0.010 0.106 0.001 0.001 0.027 0.823 96 T 0.032 0.002 0.001 0.027 0.025 0.018 0.166 0.004 0.001 0.058 0.668 97 P 0.090 0.021 0.001 0.013 0.002 0.004 0.131 0.004 0.001 0.028 0.704 98 N 0.254 0.119 0.001 0.020 0.005 0.008 0.144 0.024 0.001 0.037 0.388 99 P 0.069 0.150 0.002 0.028 0.007 0.016 0.132 0.012 0.001 0.040 0.543 100 D 0.085 0.134 0.005 0.051 0.018 0.040 0.101 0.005 0.001 0.113 0.447 101 V 0.051 0.363 0.003 0.043 0.033 0.036 0.071 0.006 0.001 0.119 0.273 102 M 0.087 0.626 0.005 0.012 0.014 0.020 0.039 0.005 0.002 0.035 0.155 103 C 0.019 0.759 0.002 0.014 0.010 0.017 0.025 0.003 0.001 0.020 0.131 104 N 0.015 0.748 0.001 0.004 0.006 0.010 0.021 0.002 0.001 0.104 0.089 105 K 0.004 0.936 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.029 0.018 106 E 0.003 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.022 0.013 107 I 0.003 0.908 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.071 0.010 108 K 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 109 F 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 110 K 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 111 A 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.005 112 F 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 114 D 0.001 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.918 0.010 115 Y 0.014 0.645 0.032 0.001 0.001 0.001 0.018 0.006 0.012 0.226 0.045 116 A 0.088 0.019 0.498 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.254 0.053 0.049 117 I 0.603 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.006 0.004 0.027 0.303 118 T 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.005 0.920 119 L 0.010 0.012 0.008 0.008 0.001 0.001 0.115 0.002 0.001 0.023 0.819 120 G 0.029 0.019 0.001 0.019 0.007 0.007 0.210 0.005 0.001 0.041 0.662 121 A 0.014 0.035 0.001 0.072 0.009 0.010 0.109 0.002 0.001 0.045 0.704 122 D 0.006 0.021 0.001 0.484 0.024 0.035 0.064 0.002 0.001 0.216 0.147 123 Y 0.003 0.009 0.001 0.719 0.025 0.048 0.027 0.001 0.001 0.082 0.085 124 V 0.003 0.003 0.001 0.787 0.051 0.043 0.016 0.001 0.001 0.032 0.062 125 A 0.006 0.003 0.001 0.694 0.054 0.070 0.026 0.001 0.001 0.029 0.114 126 T 0.040 0.012 0.001 0.332 0.053 0.125 0.079 0.004 0.001 0.059 0.293 127 G 0.105 0.024 0.004 0.079 0.058 0.096 0.129 0.004 0.005 0.039 0.455 128 H 0.023 0.027 0.002 0.035 0.083 0.121 0.130 0.008 0.002 0.017 0.551 129 Y 0.266 0.195 0.003 0.015 0.043 0.058 0.072 0.014 0.002 0.023 0.309 130 A 0.183 0.144 0.008 0.021 0.053 0.059 0.074 0.013 0.003 0.041 0.400 131 R 0.040 0.125 0.006 0.014 0.031 0.067 0.089 0.008 0.003 0.030 0.585 132 V 0.154 0.182 0.004 0.022 0.054 0.090 0.081 0.018 0.002 0.073 0.320 133 A 0.140 0.056 0.004 0.032 0.055 0.075 0.093 0.005 0.002 0.076 0.462 134 R 0.021 0.028 0.005 0.040 0.041 0.083 0.116 0.001 0.002 0.030 0.633 135 D 0.048 0.024 0.004 0.028 0.043 0.062 0.092 0.003 0.002 0.058 0.635 136 E 0.210 0.114 0.003 0.014 0.021 0.021 0.093 0.016 0.002 0.105 0.401 137 D 0.121 0.211 0.003 0.009 0.009 0.014 0.087 0.011 0.001 0.034 0.501 138 G 0.065 0.302 0.005 0.014 0.013 0.024 0.077 0.009 0.001 0.021 0.469 139 T 0.080 0.430 0.002 0.012 0.043 0.062 0.064 0.016 0.001 0.024 0.265 140 V 0.143 0.312 0.005 0.025 0.038 0.047 0.060 0.014 0.002 0.061 0.291 141 H 0.095 0.198 0.017 0.042 0.047 0.058 0.100 0.011 0.007 0.062 0.364 142 M 0.115 0.166 0.005 0.032 0.036 0.062 0.098 0.011 0.002 0.041 0.431 143 L 0.102 0.112 0.004 0.035 0.043 0.064 0.093 0.007 0.002 0.059 0.479 144 R 0.026 0.068 0.006 0.044 0.041 0.072 0.124 0.004 0.002 0.057 0.555 145 G 0.085 0.113 0.011 0.031 0.038 0.069 0.107 0.010 0.006 0.091 0.438 146 V 0.218 0.129 0.006 0.017 0.023 0.025 0.079 0.015 0.003 0.078 0.408 147 D 0.206 0.086 0.004 0.015 0.014 0.026 0.097 0.007 0.002 0.049 0.494 148 N 0.044 0.064 0.004 0.024 0.008 0.024 0.102 0.005 0.001 0.035 0.689 149 G 0.129 0.031 0.005 0.022 0.020 0.030 0.108 0.006 0.002 0.137 0.510 150 K 0.077 0.087 0.004 0.032 0.031 0.037 0.122 0.010 0.002 0.106 0.492 151 D 0.104 0.073 0.003 0.023 0.018 0.034 0.115 0.006 0.001 0.039 0.584 152 Q 0.042 0.065 0.003 0.062 0.062 0.097 0.119 0.013 0.001 0.057 0.478 153 T 0.049 0.039 0.001 0.044 0.048 0.090 0.117 0.005 0.001 0.098 0.509 154 Y 0.032 0.038 0.007 0.106 0.086 0.117 0.113 0.006 0.002 0.092 0.400 155 F 0.070 0.048 0.004 0.079 0.048 0.090 0.125 0.008 0.002 0.064 0.460 156 L 0.126 0.034 0.003 0.052 0.052 0.073 0.100 0.007 0.002 0.114 0.438 157 S 0.028 0.036 0.001 0.043 0.046 0.088 0.133 0.004 0.001 0.058 0.562 158 Q 0.072 0.090 0.008 0.024 0.032 0.061 0.117 0.004 0.004 0.042 0.546 159 L 0.058 0.135 0.009 0.019 0.041 0.045 0.102 0.013 0.005 0.039 0.533 160 S 0.351 0.207 0.005 0.004 0.009 0.013 0.048 0.014 0.004 0.040 0.305 161 Q 0.290 0.272 0.008 0.006 0.006 0.010 0.041 0.019 0.003 0.038 0.309 162 E 0.147 0.102 0.006 0.008 0.009 0.022 0.072 0.005 0.002 0.029 0.600 163 Q 0.052 0.101 0.004 0.027 0.061 0.098 0.095 0.004 0.001 0.057 0.500 164 L 0.035 0.075 0.003 0.038 0.074 0.104 0.127 0.007 0.001 0.070 0.467 165 Q 0.038 0.073 0.003 0.046 0.105 0.100 0.095 0.008 0.001 0.037 0.493 166 K 0.044 0.022 0.001 0.065 0.161 0.205 0.080 0.003 0.001 0.073 0.346 167 T 0.005 0.019 0.001 0.067 0.133 0.223 0.066 0.001 0.001 0.035 0.450 168 M 0.021 0.049 0.010 0.109 0.120 0.168 0.074 0.006 0.004 0.054 0.384 169 F 0.154 0.040 0.015 0.065 0.157 0.101 0.071 0.024 0.008 0.099 0.267 170 P 0.177 0.042 0.003 0.045 0.026 0.043 0.071 0.010 0.002 0.048 0.532 171 L 0.143 0.031 0.004 0.048 0.023 0.051 0.091 0.011 0.002 0.044 0.554 172 G 0.043 0.015 0.002 0.049 0.027 0.054 0.115 0.005 0.001 0.033 0.657 173 H 0.055 0.012 0.001 0.032 0.041 0.048 0.122 0.002 0.001 0.039 0.647 174 L 0.008 0.012 0.001 0.037 0.040 0.028 0.131 0.002 0.001 0.045 0.696 175 E 0.026 0.495 0.001 0.008 0.007 0.007 0.066 0.006 0.001 0.037 0.347 176 K 0.021 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.016 0.044 177 P 0.008 0.944 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.014 0.026 178 E 0.002 0.931 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.040 0.016 179 V 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 R 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 181 R 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 182 L 0.003 0.946 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.033 0.007 183 A 0.002 0.005 0.588 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.380 0.019 0.002 184 E 0.903 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.002 0.016 0.055 185 E 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.010 0.939 186 A 0.012 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.064 0.001 0.001 0.007 0.907 187 G 0.002 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.098 0.003 0.001 0.018 0.858 188 L 0.028 0.002 0.001 0.003 0.008 0.004 0.106 0.005 0.001 0.018 0.826 189 S 0.082 0.036 0.001 0.162 0.013 0.020 0.105 0.006 0.001 0.052 0.521 190 T 0.142 0.014 0.001 0.040 0.005 0.017 0.085 0.004 0.001 0.050 0.642 191 A 0.023 0.007 0.001 0.189 0.023 0.038 0.128 0.006 0.001 0.031 0.553 192 K 0.018 0.005 0.001 0.149 0.014 0.024 0.082 0.001 0.001 0.023 0.681 193 K 0.025 0.005 0.003 0.114 0.037 0.038 0.108 0.002 0.001 0.049 0.616 194 K 0.030 0.004 0.001 0.029 0.008 0.012 0.116 0.003 0.001 0.022 0.774 195 D 0.238 0.018 0.002 0.017 0.016 0.017 0.098 0.012 0.001 0.068 0.512 196 S 0.118 0.024 0.001 0.015 0.007 0.011 0.115 0.004 0.001 0.053 0.652 197 T 0.032 0.013 0.001 0.014 0.018 0.042 0.120 0.005 0.001 0.032 0.723 198 G 0.037 0.038 0.001 0.028 0.060 0.099 0.125 0.005 0.001 0.050 0.556 199 I 0.057 0.029 0.002 0.032 0.084 0.124 0.121 0.005 0.001 0.062 0.483 200 C 0.074 0.021 0.004 0.038 0.097 0.155 0.111 0.005 0.002 0.063 0.430 201 F 0.063 0.009 0.003 0.027 0.042 0.088 0.108 0.004 0.002 0.045 0.610 202 I 0.142 0.007 0.003 0.017 0.022 0.039 0.089 0.005 0.002 0.047 0.628 203 G 0.073 0.004 0.001 0.008 0.013 0.019 0.083 0.003 0.001 0.032 0.763 204 E 0.016 0.002 0.001 0.005 0.014 0.021 0.096 0.003 0.001 0.019 0.823 205 K 0.020 0.005 0.001 0.011 0.035 0.041 0.118 0.004 0.001 0.032 0.732