# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1903 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.164 0.066 0.043 0.092 0.072 0.077 0.110 0.101 0.107 0.096 0.071 2 S 0.159 0.136 0.041 0.110 0.092 0.088 0.127 0.084 0.072 0.058 0.033 3 D 0.483 0.194 0.071 0.117 0.053 0.034 0.022 0.011 0.008 0.004 0.003 4 N 0.129 0.054 0.014 0.042 0.050 0.082 0.148 0.132 0.126 0.112 0.112 5 S 0.281 0.333 0.115 0.134 0.055 0.030 0.022 0.010 0.009 0.006 0.005 6 K 0.458 0.173 0.080 0.156 0.077 0.030 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 7 T 0.127 0.165 0.131 0.245 0.163 0.076 0.053 0.022 0.011 0.005 0.003 8 R 0.001 0.003 0.008 0.054 0.157 0.248 0.280 0.156 0.063 0.023 0.008 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 0.126 0.256 0.258 0.190 0.138 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.086 0.210 0.241 0.235 0.212 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.093 0.213 0.333 0.339 12 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.076 0.185 0.291 0.422 13 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.032 0.093 0.197 0.299 0.372 14 S 0.002 0.004 0.003 0.024 0.045 0.072 0.193 0.229 0.199 0.134 0.094 15 G 0.014 0.022 0.009 0.067 0.095 0.114 0.200 0.189 0.141 0.095 0.053 16 G 0.014 0.017 0.009 0.051 0.097 0.121 0.162 0.160 0.171 0.123 0.075 17 V 0.005 0.009 0.006 0.034 0.066 0.105 0.179 0.180 0.188 0.131 0.097 18 D 0.001 0.003 0.002 0.008 0.021 0.053 0.137 0.188 0.247 0.192 0.149 19 S 0.001 0.003 0.002 0.008 0.013 0.027 0.105 0.166 0.234 0.233 0.208 20 S 0.002 0.003 0.003 0.018 0.039 0.066 0.136 0.169 0.208 0.185 0.170 21 V 0.001 0.001 0.006 0.011 0.012 0.017 0.063 0.129 0.248 0.254 0.258 22 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.032 0.091 0.207 0.300 0.361 23 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.074 0.085 0.167 0.254 0.401 24 L 0.001 0.001 0.013 0.020 0.034 0.080 0.266 0.182 0.188 0.130 0.088 25 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.024 0.146 0.212 0.219 0.217 0.171 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.039 0.146 0.328 0.476 27 K 0.001 0.001 0.002 0.019 0.064 0.149 0.315 0.226 0.143 0.058 0.024 28 E 0.002 0.012 0.096 0.125 0.155 0.236 0.220 0.080 0.048 0.016 0.008 29 Q 0.002 0.005 0.003 0.026 0.048 0.172 0.451 0.184 0.071 0.030 0.008 30 G 0.625 0.232 0.034 0.077 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.005 0.019 0.013 0.050 0.076 0.112 0.195 0.195 0.152 0.110 0.072 32 D 0.216 0.269 0.073 0.234 0.131 0.050 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 33 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.068 0.147 0.271 0.266 0.229 34 I 0.003 0.007 0.005 0.044 0.083 0.151 0.273 0.179 0.129 0.075 0.051 35 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.018 0.062 0.112 0.199 0.247 0.346 36 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.054 0.127 0.230 0.316 0.253 37 F 0.001 0.002 0.002 0.015 0.027 0.052 0.163 0.215 0.242 0.163 0.118 38 M 0.001 0.002 0.003 0.007 0.008 0.016 0.057 0.122 0.230 0.307 0.248 39 K 0.003 0.007 0.008 0.055 0.098 0.131 0.221 0.201 0.155 0.080 0.040 40 N 0.012 0.021 0.016 0.047 0.047 0.067 0.147 0.174 0.194 0.172 0.103 41 W 0.010 0.015 0.013 0.065 0.095 0.124 0.181 0.171 0.151 0.115 0.061 42 D 0.032 0.063 0.029 0.115 0.114 0.118 0.172 0.144 0.112 0.065 0.037 43 D 0.147 0.090 0.050 0.122 0.123 0.108 0.121 0.089 0.068 0.055 0.026 44 T 0.151 0.137 0.046 0.141 0.105 0.083 0.116 0.079 0.065 0.048 0.030 45 D 0.154 0.090 0.034 0.112 0.114 0.113 0.126 0.090 0.082 0.056 0.029 46 E 0.374 0.139 0.053 0.113 0.077 0.060 0.063 0.041 0.035 0.026 0.019 47 N 0.107 0.096 0.038 0.125 0.111 0.101 0.142 0.096 0.087 0.063 0.034 48 G 0.153 0.084 0.031 0.084 0.094 0.104 0.135 0.104 0.099 0.071 0.040 49 V 0.066 0.087 0.045 0.161 0.136 0.109 0.131 0.089 0.081 0.059 0.036 50 C 0.026 0.021 0.019 0.044 0.064 0.083 0.162 0.167 0.175 0.143 0.095 51 T 0.067 0.159 0.067 0.187 0.173 0.114 0.109 0.055 0.038 0.021 0.011 52 A 0.084 0.085 0.047 0.110 0.131 0.138 0.160 0.099 0.070 0.049 0.026 53 T 0.409 0.176 0.086 0.157 0.085 0.042 0.027 0.009 0.006 0.002 0.001 54 E 0.225 0.144 0.110 0.171 0.119 0.078 0.078 0.035 0.023 0.010 0.006 55 D 0.027 0.149 0.074 0.127 0.081 0.103 0.171 0.105 0.075 0.053 0.036 56 Y 0.002 0.006 0.011 0.039 0.113 0.224 0.310 0.147 0.085 0.041 0.022 57 K 0.393 0.150 0.333 0.088 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.002 0.021 0.044 0.259 0.269 0.224 0.130 0.034 0.011 0.004 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.082 0.222 0.318 0.353 60 V 0.001 0.001 0.018 0.127 0.274 0.346 0.172 0.039 0.016 0.005 0.002 61 A 0.003 0.024 0.737 0.139 0.061 0.024 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.017 0.068 0.291 0.240 0.174 0.122 0.079 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.116 0.256 0.317 0.269 64 D 0.011 0.026 0.567 0.274 0.096 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.002 0.024 0.286 0.148 0.182 0.202 0.119 0.023 0.009 0.003 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.028 0.140 0.196 0.220 0.218 0.187 67 G 0.643 0.244 0.028 0.053 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 68 I 0.001 0.002 0.004 0.009 0.014 0.027 0.084 0.143 0.243 0.256 0.218 69 P 0.340 0.340 0.058 0.165 0.063 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 70 Y 0.002 0.003 0.001 0.008 0.014 0.031 0.104 0.145 0.242 0.228 0.221 71 Y 0.016 0.043 0.022 0.119 0.163 0.185 0.193 0.100 0.077 0.046 0.037 72 S 0.010 0.021 0.015 0.072 0.081 0.107 0.173 0.150 0.156 0.118 0.097 73 V 0.008 0.009 0.009 0.044 0.071 0.113 0.214 0.171 0.171 0.119 0.072 74 N 0.208 0.268 0.106 0.230 0.107 0.044 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 75 F 0.002 0.005 0.002 0.008 0.013 0.025 0.086 0.132 0.225 0.269 0.232 76 E 0.077 0.254 0.081 0.261 0.179 0.080 0.042 0.013 0.007 0.003 0.001 77 K 0.321 0.191 0.092 0.225 0.098 0.041 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 78 E 0.330 0.140 0.114 0.171 0.089 0.063 0.047 0.021 0.014 0.007 0.005 79 Y 0.004 0.006 0.005 0.019 0.031 0.096 0.223 0.220 0.193 0.133 0.071 80 W 0.003 0.008 0.020 0.046 0.089 0.158 0.261 0.176 0.129 0.072 0.037 81 D 0.054 0.090 0.610 0.146 0.058 0.024 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 82 R 0.063 0.069 0.096 0.245 0.202 0.162 0.109 0.031 0.014 0.006 0.002 83 V 0.003 0.004 0.003 0.006 0.007 0.014 0.057 0.116 0.243 0.287 0.260 84 F 0.005 0.010 0.019 0.057 0.114 0.221 0.278 0.141 0.094 0.043 0.019 85 E 0.087 0.105 0.507 0.177 0.067 0.028 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 86 Y 0.011 0.025 0.024 0.070 0.109 0.185 0.290 0.142 0.078 0.047 0.019 87 F 0.010 0.009 0.005 0.013 0.015 0.029 0.085 0.140 0.236 0.254 0.205 88 L 0.010 0.021 0.020 0.063 0.098 0.165 0.222 0.146 0.128 0.082 0.045 89 A 0.132 0.118 0.364 0.192 0.086 0.043 0.030 0.014 0.011 0.006 0.003 90 E 0.122 0.083 0.068 0.144 0.141 0.130 0.151 0.075 0.048 0.025 0.014 91 Y 0.012 0.010 0.010 0.027 0.033 0.077 0.182 0.197 0.198 0.152 0.100 92 R 0.051 0.091 0.123 0.174 0.157 0.140 0.128 0.061 0.040 0.023 0.012 93 A 0.094 0.132 0.305 0.159 0.090 0.066 0.069 0.036 0.025 0.015 0.010 94 G 0.550 0.143 0.058 0.098 0.057 0.034 0.029 0.013 0.009 0.006 0.003 95 R 0.261 0.140 0.046 0.115 0.094 0.091 0.091 0.054 0.046 0.035 0.028 96 T 0.051 0.100 0.029 0.103 0.121 0.125 0.153 0.117 0.103 0.064 0.035 97 P 0.323 0.090 0.035 0.087 0.085 0.083 0.091 0.066 0.063 0.043 0.033 98 N 0.094 0.057 0.022 0.082 0.093 0.098 0.174 0.139 0.114 0.082 0.046 99 P 0.029 0.044 0.020 0.077 0.081 0.097 0.141 0.146 0.156 0.128 0.082 100 D 0.037 0.065 0.039 0.150 0.161 0.177 0.150 0.089 0.064 0.042 0.027 101 V 0.026 0.026 0.017 0.053 0.063 0.089 0.182 0.175 0.173 0.125 0.071 102 M 0.019 0.028 0.018 0.087 0.117 0.132 0.205 0.162 0.127 0.071 0.036 103 C 0.002 0.003 0.003 0.009 0.012 0.019 0.069 0.124 0.215 0.260 0.283 104 N 0.004 0.011 0.016 0.084 0.158 0.198 0.217 0.134 0.103 0.050 0.026 105 K 0.020 0.045 0.079 0.166 0.136 0.153 0.186 0.099 0.068 0.035 0.014 106 E 0.013 0.023 0.042 0.135 0.142 0.154 0.202 0.116 0.094 0.052 0.025 107 I 0.004 0.003 0.013 0.013 0.011 0.017 0.078 0.162 0.253 0.250 0.195 108 K 0.001 0.003 0.024 0.049 0.070 0.120 0.234 0.187 0.153 0.102 0.057 109 F 0.001 0.001 0.021 0.017 0.031 0.078 0.237 0.191 0.203 0.141 0.081 110 K 0.007 0.018 0.087 0.210 0.233 0.202 0.149 0.055 0.025 0.010 0.004 111 A 0.001 0.002 0.009 0.025 0.039 0.072 0.219 0.230 0.228 0.124 0.052 112 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.070 0.201 0.314 0.387 113 L 0.001 0.001 0.011 0.033 0.104 0.236 0.358 0.131 0.076 0.035 0.016 114 D 0.004 0.022 0.396 0.243 0.158 0.099 0.052 0.015 0.007 0.002 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.069 0.322 0.243 0.183 0.108 0.049 116 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.044 0.162 0.357 0.426 117 I 0.001 0.003 0.059 0.156 0.261 0.267 0.166 0.054 0.021 0.008 0.005 118 T 0.004 0.025 0.537 0.160 0.110 0.094 0.048 0.012 0.006 0.002 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.068 0.343 0.234 0.152 0.125 0.059 120 G 0.388 0.310 0.052 0.123 0.053 0.029 0.024 0.009 0.006 0.003 0.002 121 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.020 0.059 0.161 0.243 0.506 122 D 0.086 0.163 0.134 0.291 0.173 0.094 0.045 0.010 0.003 0.001 0.001 123 Y 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.065 0.261 0.273 0.209 0.105 0.061 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.057 0.141 0.271 0.513 125 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.034 0.086 0.218 0.281 0.372 126 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.031 0.088 0.209 0.311 0.351 127 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.025 0.092 0.162 0.215 0.253 0.241 128 H 0.003 0.006 0.006 0.026 0.041 0.063 0.152 0.210 0.212 0.171 0.111 129 Y 0.003 0.006 0.004 0.025 0.041 0.057 0.132 0.180 0.221 0.192 0.140 130 A 0.006 0.012 0.012 0.051 0.069 0.096 0.158 0.151 0.180 0.142 0.121 131 R 0.022 0.031 0.019 0.127 0.162 0.164 0.176 0.125 0.095 0.053 0.026 132 V 0.007 0.014 0.012 0.047 0.069 0.114 0.186 0.185 0.179 0.121 0.065 133 A 0.035 0.052 0.041 0.107 0.100 0.104 0.152 0.122 0.116 0.105 0.065 134 R 0.098 0.067 0.032 0.110 0.108 0.104 0.166 0.124 0.094 0.063 0.034 135 D 0.131 0.102 0.053 0.133 0.113 0.109 0.118 0.087 0.075 0.052 0.028 136 E 0.134 0.147 0.062 0.144 0.102 0.092 0.103 0.070 0.062 0.051 0.032 137 D 0.229 0.133 0.039 0.117 0.092 0.081 0.097 0.068 0.067 0.050 0.027 138 G 0.299 0.096 0.033 0.083 0.076 0.074 0.090 0.071 0.080 0.060 0.036 139 T 0.043 0.042 0.023 0.079 0.080 0.105 0.169 0.134 0.144 0.102 0.079 140 V 0.021 0.015 0.025 0.061 0.063 0.102 0.162 0.166 0.175 0.134 0.075 141 H 0.012 0.024 0.064 0.129 0.152 0.152 0.170 0.125 0.090 0.053 0.030 142 M 0.011 0.017 0.068 0.055 0.049 0.063 0.121 0.141 0.182 0.163 0.129 143 L 0.007 0.010 0.023 0.052 0.069 0.116 0.192 0.168 0.170 0.126 0.067 144 R 0.015 0.033 0.059 0.091 0.095 0.118 0.179 0.141 0.132 0.092 0.045 145 G 0.071 0.073 0.077 0.101 0.087 0.089 0.136 0.109 0.104 0.092 0.061 146 V 0.073 0.048 0.038 0.090 0.096 0.110 0.178 0.116 0.113 0.084 0.054 147 D 0.172 0.110 0.060 0.106 0.081 0.085 0.106 0.080 0.085 0.067 0.048 148 N 0.181 0.154 0.064 0.133 0.107 0.088 0.092 0.063 0.057 0.040 0.022 149 G 0.349 0.130 0.047 0.082 0.062 0.057 0.074 0.056 0.058 0.049 0.037 150 K 0.092 0.072 0.038 0.113 0.131 0.133 0.158 0.102 0.078 0.054 0.028 151 D 0.205 0.146 0.100 0.176 0.121 0.084 0.065 0.038 0.032 0.020 0.012 152 Q 0.042 0.045 0.035 0.112 0.117 0.124 0.165 0.123 0.114 0.074 0.047 153 T 0.032 0.016 0.016 0.032 0.035 0.053 0.125 0.158 0.201 0.188 0.144 154 Y 0.028 0.037 0.047 0.107 0.124 0.138 0.176 0.128 0.109 0.069 0.036 155 F 0.014 0.025 0.049 0.066 0.064 0.082 0.151 0.149 0.176 0.131 0.093 156 L 0.011 0.011 0.018 0.050 0.072 0.095 0.189 0.168 0.172 0.136 0.079 157 S 0.068 0.055 0.058 0.121 0.099 0.104 0.168 0.121 0.112 0.066 0.027 158 Q 0.104 0.075 0.101 0.146 0.131 0.135 0.143 0.074 0.053 0.027 0.011 159 L 0.008 0.007 0.006 0.010 0.015 0.032 0.087 0.135 0.184 0.265 0.249 160 S 0.050 0.387 0.061 0.137 0.095 0.070 0.075 0.045 0.039 0.028 0.012 161 Q 0.364 0.105 0.093 0.181 0.130 0.068 0.034 0.012 0.008 0.003 0.001 162 E 0.753 0.101 0.050 0.052 0.019 0.010 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 163 Q 0.015 0.014 0.032 0.097 0.096 0.166 0.253 0.153 0.107 0.047 0.021 164 L 0.014 0.011 0.027 0.039 0.047 0.098 0.211 0.193 0.178 0.118 0.064 165 Q 0.008 0.030 0.565 0.124 0.094 0.085 0.055 0.021 0.011 0.005 0.002 166 K 0.026 0.065 0.337 0.261 0.142 0.088 0.048 0.017 0.010 0.005 0.002 167 T 0.015 0.016 0.021 0.042 0.063 0.105 0.200 0.154 0.172 0.135 0.077 168 M 0.009 0.012 0.018 0.041 0.054 0.088 0.186 0.190 0.191 0.129 0.083 169 F 0.012 0.035 0.083 0.113 0.150 0.159 0.173 0.117 0.087 0.048 0.022 170 P 0.032 0.043 0.066 0.110 0.107 0.120 0.186 0.127 0.112 0.065 0.032 171 L 0.013 0.009 0.007 0.018 0.027 0.036 0.111 0.154 0.226 0.215 0.184 172 G 0.084 0.088 0.059 0.132 0.121 0.119 0.150 0.097 0.082 0.046 0.022 173 H 0.160 0.078 0.055 0.164 0.135 0.135 0.145 0.062 0.041 0.018 0.007 174 L 0.007 0.005 0.004 0.009 0.015 0.026 0.104 0.179 0.241 0.240 0.169 175 E 0.043 0.493 0.092 0.173 0.076 0.046 0.035 0.018 0.012 0.008 0.004 176 K 0.039 0.065 0.028 0.113 0.186 0.223 0.173 0.082 0.050 0.027 0.012 177 P 0.839 0.099 0.025 0.020 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 178 E 0.009 0.040 0.054 0.354 0.284 0.138 0.085 0.025 0.009 0.002 0.001 179 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.005 0.042 0.115 0.241 0.302 0.289 180 R 0.001 0.001 0.020 0.115 0.238 0.333 0.185 0.062 0.029 0.012 0.005 181 R 0.003 0.019 0.744 0.148 0.056 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 182 L 0.001 0.001 0.003 0.015 0.035 0.150 0.397 0.206 0.108 0.058 0.026 183 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.084 0.232 0.356 0.303 184 E 0.002 0.010 0.389 0.264 0.207 0.087 0.031 0.007 0.002 0.001 0.001 185 E 0.002 0.018 0.667 0.119 0.097 0.057 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 186 A 0.001 0.001 0.002 0.008 0.021 0.083 0.309 0.211 0.171 0.129 0.064 187 G 0.568 0.247 0.047 0.075 0.029 0.016 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 188 L 0.001 0.002 0.003 0.006 0.008 0.015 0.053 0.106 0.201 0.254 0.350 189 S 0.254 0.346 0.121 0.163 0.067 0.030 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 190 T 0.115 0.140 0.044 0.134 0.123 0.116 0.153 0.076 0.054 0.028 0.017 191 A 0.019 0.010 0.005 0.019 0.028 0.052 0.111 0.120 0.183 0.204 0.248 192 K 0.094 0.184 0.090 0.213 0.167 0.100 0.075 0.033 0.023 0.012 0.010 193 K 0.167 0.142 0.079 0.182 0.130 0.100 0.099 0.047 0.028 0.017 0.010 194 K 0.306 0.135 0.086 0.143 0.098 0.076 0.066 0.035 0.024 0.018 0.013 195 D 0.215 0.169 0.056 0.152 0.116 0.080 0.091 0.049 0.037 0.022 0.011 196 S 0.155 0.079 0.038 0.095 0.094 0.095 0.124 0.100 0.098 0.071 0.052 197 T 0.101 0.108 0.041 0.123 0.117 0.114 0.153 0.092 0.074 0.047 0.029 198 G 0.167 0.116 0.056 0.146 0.118 0.106 0.102 0.067 0.058 0.039 0.024 199 I 0.046 0.047 0.022 0.075 0.085 0.094 0.139 0.143 0.150 0.122 0.078 200 C 0.069 0.084 0.043 0.120 0.120 0.110 0.142 0.114 0.096 0.065 0.038 201 F 0.049 0.050 0.030 0.082 0.106 0.112 0.172 0.147 0.124 0.085 0.044 202 I 0.076 0.087 0.050 0.152 0.137 0.114 0.139 0.095 0.073 0.049 0.029 203 G 0.183 0.099 0.059 0.121 0.107 0.100 0.114 0.077 0.066 0.047 0.026 204 E 0.452 0.196 0.064 0.116 0.062 0.039 0.031 0.016 0.012 0.008 0.004 205 K 0.326 0.148 0.047 0.101 0.081 0.070 0.083 0.055 0.042 0.030 0.017