# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1903 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.114 0.017 0.014 0.017 0.019 0.024 0.022 0.007 0.001 0.003 0.763 2 S 0.049 0.005 0.011 0.024 0.051 0.053 0.072 0.004 0.001 0.003 0.729 3 D 0.030 0.001 0.004 0.017 0.019 0.025 0.056 0.001 0.001 0.002 0.845 4 N 0.021 0.002 0.001 0.026 0.027 0.037 0.127 0.001 0.001 0.003 0.755 5 S 0.049 0.001 0.001 0.013 0.012 0.013 0.195 0.001 0.001 0.009 0.707 6 K 0.103 0.001 0.001 0.010 0.005 0.007 0.159 0.001 0.001 0.025 0.689 7 T 0.329 0.001 0.007 0.048 0.022 0.018 0.193 0.001 0.001 0.054 0.327 8 R 0.090 0.001 0.026 0.263 0.102 0.073 0.186 0.001 0.001 0.023 0.235 9 V 0.001 0.001 0.004 0.507 0.221 0.218 0.020 0.001 0.001 0.001 0.029 10 V 0.001 0.001 0.001 0.622 0.162 0.209 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 11 V 0.001 0.001 0.001 0.709 0.127 0.157 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 12 G 0.001 0.001 0.001 0.802 0.070 0.124 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 13 M 0.001 0.001 0.001 0.811 0.072 0.101 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 14 S 0.001 0.001 0.001 0.596 0.095 0.197 0.033 0.001 0.001 0.002 0.075 15 G 0.003 0.001 0.001 0.191 0.040 0.120 0.169 0.001 0.001 0.009 0.466 16 G 0.034 0.002 0.002 0.037 0.012 0.020 0.308 0.001 0.001 0.028 0.555 17 V 0.078 0.010 0.044 0.023 0.006 0.014 0.301 0.001 0.001 0.015 0.509 18 D 0.013 0.021 0.002 0.017 0.005 0.012 0.196 0.001 0.001 0.002 0.731 19 S 0.041 0.047 0.001 0.004 0.002 0.002 0.082 0.001 0.001 0.003 0.817 20 S 0.015 0.165 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.001 0.001 0.001 0.715 21 V 0.006 0.390 0.001 0.001 0.001 0.001 0.248 0.002 0.001 0.002 0.350 22 T 0.003 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.031 23 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 24 L 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 28 E 0.073 0.905 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.010 29 Q 0.052 0.662 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.254 0.001 0.001 0.026 30 G 0.467 0.049 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.419 0.001 0.002 0.052 31 Y 0.002 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 32 D 0.004 0.002 0.019 0.240 0.036 0.025 0.082 0.002 0.001 0.001 0.588 33 V 0.017 0.001 0.013 0.175 0.007 0.012 0.018 0.001 0.001 0.002 0.755 34 I 0.001 0.001 0.001 0.836 0.058 0.065 0.022 0.001 0.001 0.001 0.016 35 G 0.006 0.001 0.001 0.408 0.023 0.039 0.037 0.001 0.001 0.002 0.482 36 I 0.002 0.001 0.001 0.841 0.062 0.075 0.006 0.001 0.001 0.001 0.013 37 F 0.002 0.002 0.001 0.500 0.115 0.195 0.044 0.001 0.001 0.002 0.139 38 M 0.003 0.003 0.001 0.378 0.190 0.310 0.022 0.001 0.001 0.003 0.091 39 K 0.003 0.004 0.001 0.200 0.197 0.452 0.045 0.001 0.001 0.003 0.095 40 N 0.015 0.011 0.002 0.109 0.159 0.269 0.062 0.002 0.001 0.008 0.363 41 W 0.025 0.017 0.007 0.098 0.200 0.322 0.078 0.002 0.001 0.010 0.241 42 D 0.019 0.016 0.003 0.052 0.191 0.255 0.099 0.002 0.001 0.008 0.355 43 D 0.042 0.021 0.004 0.038 0.179 0.195 0.115 0.002 0.001 0.011 0.393 44 T 0.058 0.038 0.004 0.034 0.143 0.213 0.233 0.003 0.001 0.014 0.260 45 D 0.060 0.075 0.005 0.046 0.133 0.127 0.201 0.005 0.001 0.018 0.330 46 E 0.120 0.086 0.007 0.012 0.034 0.046 0.369 0.004 0.001 0.040 0.280 47 N 0.161 0.071 0.014 0.013 0.023 0.031 0.284 0.008 0.001 0.039 0.357 48 G 0.229 0.051 0.017 0.014 0.022 0.022 0.270 0.011 0.001 0.048 0.316 49 V 0.163 0.035 0.105 0.009 0.014 0.022 0.257 0.002 0.001 0.024 0.368 50 C 0.014 0.022 0.009 0.017 0.021 0.042 0.093 0.001 0.001 0.003 0.778 51 T 0.056 0.020 0.003 0.025 0.046 0.086 0.144 0.002 0.001 0.007 0.611 52 A 0.100 0.033 0.003 0.008 0.012 0.026 0.100 0.002 0.001 0.005 0.711 53 T 0.087 0.082 0.002 0.017 0.012 0.022 0.196 0.005 0.001 0.008 0.568 54 E 0.077 0.068 0.005 0.005 0.002 0.003 0.181 0.002 0.001 0.007 0.652 55 D 0.101 0.188 0.003 0.006 0.004 0.006 0.343 0.007 0.001 0.007 0.335 56 Y 0.149 0.404 0.005 0.007 0.002 0.004 0.100 0.010 0.001 0.010 0.310 57 K 0.019 0.682 0.002 0.001 0.001 0.001 0.068 0.001 0.001 0.001 0.225 58 D 0.023 0.681 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.006 0.001 0.001 0.260 59 V 0.010 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 60 V 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 61 A 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 62 V 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 63 A 0.007 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 65 Q 0.035 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.009 66 I 0.098 0.812 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.001 0.001 0.007 67 G 0.392 0.066 0.028 0.001 0.001 0.001 0.004 0.444 0.001 0.002 0.064 68 I 0.003 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 69 P 0.001 0.001 0.005 0.021 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.960 70 Y 0.006 0.001 0.007 0.166 0.007 0.011 0.034 0.001 0.001 0.001 0.768 71 Y 0.015 0.001 0.001 0.768 0.027 0.040 0.055 0.001 0.001 0.002 0.091 72 S 0.020 0.001 0.001 0.500 0.013 0.021 0.043 0.001 0.001 0.003 0.398 73 V 0.004 0.001 0.001 0.857 0.015 0.032 0.025 0.001 0.001 0.001 0.064 74 N 0.015 0.003 0.001 0.363 0.022 0.045 0.176 0.001 0.001 0.004 0.372 75 F 0.015 0.006 0.002 0.130 0.019 0.037 0.082 0.001 0.001 0.005 0.703 76 E 0.012 0.014 0.001 0.052 0.026 0.074 0.356 0.001 0.001 0.007 0.457 77 K 0.070 0.048 0.001 0.012 0.007 0.015 0.169 0.001 0.001 0.011 0.665 78 E 0.128 0.299 0.002 0.003 0.004 0.004 0.081 0.001 0.001 0.003 0.474 79 Y 0.124 0.524 0.003 0.004 0.010 0.014 0.091 0.005 0.001 0.008 0.217 80 W 0.057 0.786 0.006 0.003 0.005 0.015 0.016 0.002 0.001 0.002 0.107 81 D 0.022 0.749 0.001 0.002 0.005 0.010 0.008 0.009 0.001 0.001 0.194 82 R 0.137 0.730 0.002 0.001 0.003 0.004 0.004 0.014 0.001 0.001 0.105 83 V 0.131 0.726 0.008 0.003 0.004 0.005 0.008 0.026 0.001 0.001 0.088 84 F 0.065 0.726 0.037 0.012 0.011 0.020 0.010 0.014 0.001 0.001 0.104 85 E 0.072 0.446 0.010 0.015 0.009 0.027 0.025 0.019 0.001 0.001 0.376 86 Y 0.153 0.252 0.017 0.018 0.008 0.011 0.011 0.012 0.001 0.001 0.516 87 F 0.129 0.269 0.014 0.025 0.010 0.020 0.062 0.009 0.001 0.003 0.460 88 L 0.050 0.198 0.013 0.029 0.013 0.036 0.102 0.004 0.001 0.003 0.553 89 A 0.028 0.210 0.001 0.012 0.007 0.010 0.037 0.002 0.001 0.001 0.693 90 E 0.133 0.325 0.001 0.009 0.012 0.023 0.115 0.005 0.001 0.004 0.373 91 Y 0.159 0.525 0.004 0.008 0.010 0.021 0.044 0.007 0.001 0.004 0.218 92 R 0.148 0.598 0.010 0.004 0.008 0.011 0.017 0.005 0.001 0.001 0.198 93 A 0.076 0.427 0.005 0.008 0.017 0.028 0.025 0.020 0.001 0.001 0.393 94 G 0.285 0.060 0.002 0.009 0.017 0.008 0.018 0.118 0.001 0.003 0.478 95 R 0.446 0.026 0.353 0.007 0.002 0.003 0.020 0.006 0.001 0.006 0.130 96 T 0.033 0.006 0.025 0.075 0.058 0.046 0.207 0.011 0.001 0.002 0.537 97 P 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.988 98 N 0.012 0.001 0.001 0.105 0.024 0.048 0.457 0.001 0.001 0.004 0.350 99 P 0.035 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.003 0.941 100 D 0.032 0.001 0.001 0.126 0.010 0.015 0.272 0.001 0.001 0.004 0.541 101 V 0.206 0.002 0.002 0.106 0.009 0.017 0.134 0.001 0.001 0.018 0.507 102 M 0.050 0.029 0.001 0.236 0.022 0.037 0.220 0.001 0.001 0.004 0.400 103 C 0.054 0.045 0.002 0.082 0.023 0.061 0.217 0.001 0.001 0.007 0.508 104 N 0.052 0.191 0.002 0.074 0.018 0.059 0.139 0.001 0.001 0.006 0.457 105 K 0.044 0.228 0.001 0.008 0.008 0.011 0.094 0.002 0.001 0.003 0.600 106 E 0.072 0.508 0.003 0.005 0.005 0.011 0.122 0.003 0.001 0.005 0.266 107 I 0.034 0.737 0.003 0.003 0.003 0.004 0.032 0.003 0.001 0.001 0.180 108 K 0.020 0.897 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.060 109 F 0.012 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.034 110 K 0.007 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.055 111 A 0.013 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.032 112 F 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 113 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 114 D 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 115 Y 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 116 A 0.007 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 117 I 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 118 T 0.023 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 119 L 0.096 0.758 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.001 0.001 0.020 120 G 0.624 0.087 0.028 0.001 0.001 0.001 0.005 0.180 0.001 0.004 0.071 121 A 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 122 D 0.004 0.004 0.008 0.367 0.066 0.056 0.070 0.004 0.001 0.001 0.420 123 Y 0.047 0.003 0.009 0.569 0.023 0.024 0.027 0.001 0.001 0.003 0.294 124 V 0.003 0.010 0.001 0.702 0.044 0.095 0.048 0.001 0.001 0.001 0.097 125 A 0.002 0.004 0.001 0.851 0.041 0.058 0.016 0.001 0.001 0.001 0.027 126 T 0.006 0.021 0.001 0.625 0.044 0.088 0.040 0.001 0.001 0.002 0.173 127 G 0.034 0.029 0.002 0.437 0.098 0.130 0.043 0.002 0.001 0.006 0.218 128 H 0.038 0.054 0.005 0.133 0.051 0.110 0.238 0.002 0.001 0.011 0.358 129 Y 0.040 0.038 0.006 0.069 0.058 0.104 0.168 0.004 0.001 0.010 0.503 130 A 0.047 0.100 0.015 0.040 0.032 0.073 0.099 0.002 0.001 0.006 0.584 131 R 0.049 0.146 0.002 0.021 0.029 0.081 0.101 0.005 0.001 0.010 0.553 132 V 0.221 0.223 0.007 0.008 0.018 0.029 0.050 0.005 0.001 0.005 0.433 133 A 0.138 0.431 0.004 0.012 0.025 0.026 0.024 0.010 0.001 0.002 0.328 134 R 0.125 0.370 0.009 0.018 0.053 0.077 0.032 0.011 0.001 0.004 0.302 135 D 0.092 0.299 0.009 0.017 0.048 0.068 0.067 0.015 0.001 0.003 0.383 136 E 0.229 0.270 0.013 0.016 0.024 0.040 0.067 0.017 0.001 0.005 0.320 137 D 0.135 0.172 0.022 0.012 0.013 0.018 0.113 0.009 0.001 0.008 0.497 138 G 0.083 0.068 0.017 0.014 0.020 0.024 0.220 0.007 0.001 0.020 0.527 139 T 0.170 0.091 0.035 0.022 0.020 0.041 0.264 0.004 0.001 0.025 0.327 140 V 0.089 0.162 0.009 0.055 0.061 0.054 0.130 0.005 0.001 0.006 0.428 141 H 0.042 0.152 0.007 0.027 0.034 0.057 0.067 0.002 0.001 0.004 0.609 142 M 0.047 0.219 0.005 0.047 0.119 0.236 0.061 0.004 0.001 0.005 0.259 143 L 0.091 0.256 0.004 0.039 0.072 0.155 0.056 0.009 0.001 0.006 0.311 144 R 0.129 0.197 0.009 0.027 0.052 0.083 0.057 0.015 0.001 0.005 0.427 145 G 0.126 0.072 0.017 0.031 0.039 0.052 0.070 0.015 0.001 0.008 0.570 146 V 0.090 0.058 0.048 0.044 0.030 0.052 0.142 0.006 0.001 0.008 0.523 147 D 0.031 0.039 0.006 0.031 0.020 0.032 0.143 0.006 0.001 0.004 0.689 148 N 0.097 0.045 0.005 0.019 0.012 0.017 0.094 0.004 0.001 0.007 0.700 149 G 0.181 0.031 0.003 0.009 0.012 0.013 0.314 0.006 0.001 0.023 0.409 150 K 0.268 0.063 0.034 0.014 0.008 0.015 0.177 0.002 0.001 0.018 0.401 151 D 0.025 0.077 0.003 0.019 0.014 0.019 0.117 0.004 0.001 0.004 0.718 152 Q 0.183 0.115 0.004 0.017 0.025 0.033 0.155 0.009 0.001 0.027 0.433 153 T 0.379 0.165 0.007 0.018 0.021 0.029 0.102 0.019 0.001 0.014 0.247 154 Y 0.162 0.161 0.039 0.051 0.048 0.054 0.064 0.012 0.001 0.009 0.399 155 F 0.060 0.084 0.014 0.060 0.090 0.135 0.103 0.007 0.001 0.006 0.439 156 L 0.076 0.077 0.017 0.098 0.101 0.195 0.048 0.007 0.001 0.006 0.375 157 S 0.054 0.072 0.006 0.137 0.101 0.170 0.091 0.009 0.001 0.004 0.356 158 Q 0.056 0.019 0.007 0.039 0.025 0.035 0.050 0.004 0.001 0.004 0.761 159 L 0.097 0.028 0.010 0.084 0.066 0.116 0.200 0.004 0.001 0.013 0.381 160 S 0.056 0.022 0.004 0.034 0.035 0.043 0.288 0.003 0.001 0.009 0.506 161 Q 0.031 0.032 0.002 0.013 0.011 0.012 0.128 0.001 0.001 0.007 0.763 162 E 0.080 0.051 0.002 0.007 0.010 0.017 0.400 0.002 0.001 0.034 0.396 163 Q 0.265 0.061 0.004 0.006 0.014 0.017 0.404 0.006 0.001 0.046 0.177 164 L 0.188 0.234 0.019 0.014 0.023 0.028 0.113 0.006 0.001 0.012 0.362 165 Q 0.085 0.259 0.013 0.029 0.054 0.076 0.058 0.004 0.001 0.006 0.415 166 K 0.075 0.133 0.006 0.043 0.101 0.126 0.049 0.009 0.001 0.003 0.456 167 T 0.103 0.117 0.008 0.052 0.098 0.145 0.049 0.013 0.001 0.003 0.411 168 M 0.100 0.112 0.019 0.127 0.116 0.234 0.051 0.010 0.001 0.005 0.226 169 F 0.024 0.031 0.008 0.139 0.116 0.252 0.059 0.002 0.001 0.002 0.366 170 P 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.965 171 L 0.021 0.007 0.001 0.139 0.057 0.224 0.101 0.001 0.001 0.004 0.446 172 G 0.166 0.026 0.001 0.085 0.037 0.051 0.056 0.002 0.001 0.004 0.573 173 H 0.244 0.068 0.001 0.041 0.018 0.019 0.055 0.004 0.001 0.003 0.547 174 L 0.319 0.046 0.017 0.064 0.017 0.051 0.077 0.003 0.001 0.007 0.399 175 E 0.137 0.024 0.009 0.052 0.018 0.036 0.165 0.005 0.001 0.004 0.550 176 K 0.038 0.005 0.016 0.014 0.002 0.008 0.052 0.001 0.001 0.002 0.863 177 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.990 178 E 0.010 0.004 0.001 0.005 0.001 0.002 0.371 0.001 0.001 0.001 0.605 179 V 0.092 0.306 0.001 0.007 0.001 0.007 0.122 0.001 0.001 0.003 0.460 180 R 0.015 0.929 0.001 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.042 181 R 0.010 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.036 182 L 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 183 A 0.006 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 184 E 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 185 E 0.049 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 186 A 0.074 0.767 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.001 0.001 0.016 187 G 0.569 0.111 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.255 0.001 0.002 0.045 188 L 0.003 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 189 S 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.968 190 T 0.024 0.001 0.002 0.037 0.002 0.003 0.047 0.001 0.001 0.002 0.882 191 A 0.179 0.025 0.001 0.102 0.013 0.024 0.150 0.001 0.001 0.012 0.492 192 K 0.144 0.047 0.002 0.129 0.023 0.046 0.190 0.003 0.001 0.011 0.404 193 K 0.275 0.034 0.002 0.087 0.024 0.036 0.055 0.003 0.001 0.006 0.478 194 K 0.112 0.038 0.004 0.071 0.037 0.055 0.052 0.003 0.001 0.005 0.622 195 D 0.070 0.030 0.003 0.041 0.058 0.071 0.153 0.007 0.001 0.007 0.560 196 S 0.092 0.022 0.007 0.021 0.021 0.028 0.068 0.004 0.001 0.007 0.731 197 T 0.110 0.031 0.005 0.021 0.023 0.039 0.260 0.004 0.001 0.017 0.491 198 G 0.315 0.018 0.009 0.018 0.020 0.026 0.186 0.003 0.001 0.031 0.375 199 I 0.180 0.035 0.024 0.039 0.041 0.051 0.155 0.002 0.001 0.013 0.460 200 C 0.031 0.021 0.007 0.051 0.087 0.123 0.142 0.001 0.001 0.004 0.532 201 F 0.041 0.023 0.003 0.065 0.121 0.224 0.070 0.001 0.001 0.004 0.448 202 I 0.037 0.031 0.002 0.046 0.111 0.213 0.094 0.002 0.001 0.004 0.461 203 G 0.055 0.021 0.002 0.023 0.063 0.104 0.104 0.003 0.001 0.007 0.618 204 E 0.106 0.022 0.006 0.024 0.034 0.057 0.155 0.002 0.001 0.014 0.579 205 K 0.074 0.021 0.006 0.020 0.024 0.034 0.229 0.002 0.001 0.013 0.576