# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1903 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 2 S 0.062 0.042 0.019 0.050 0.005 0.045 0.778 3 D 0.047 0.014 0.068 0.044 0.119 0.132 0.576 4 N 0.058 0.005 0.089 0.032 0.186 0.229 0.401 5 S 0.045 0.004 0.090 0.023 0.224 0.294 0.321 6 K 0.048 0.003 0.035 0.003 0.290 0.301 0.319 7 T 0.082 0.002 0.004 0.001 0.227 0.046 0.638 8 R 0.683 0.007 0.001 0.001 0.046 0.009 0.254 9 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 10 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 13 M 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.055 14 S 0.582 0.006 0.001 0.001 0.046 0.010 0.354 15 G 0.135 0.006 0.005 0.002 0.359 0.062 0.431 16 G 0.065 0.013 0.029 0.039 0.333 0.126 0.394 17 V 0.030 0.015 0.067 0.369 0.149 0.199 0.171 18 D 0.007 0.004 0.039 0.705 0.037 0.108 0.100 19 S 0.001 0.001 0.009 0.940 0.007 0.021 0.021 20 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.950 0.002 0.046 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.002 0.237 0.005 0.755 0.002 30 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.957 0.025 31 Y 0.010 0.001 0.001 0.001 0.071 0.008 0.909 32 D 0.365 0.015 0.004 0.001 0.087 0.011 0.518 33 V 0.852 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.135 34 I 0.958 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.032 35 G 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 36 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 37 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 38 M 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 39 K 0.886 0.001 0.001 0.001 0.026 0.005 0.081 40 N 0.804 0.005 0.002 0.003 0.035 0.016 0.134 41 W 0.464 0.017 0.013 0.007 0.159 0.078 0.262 42 D 0.315 0.010 0.020 0.009 0.180 0.101 0.365 43 D 0.194 0.029 0.037 0.018 0.247 0.216 0.260 44 T 0.123 0.044 0.035 0.020 0.176 0.167 0.435 45 D 0.050 0.011 0.054 0.026 0.318 0.332 0.208 46 E 0.040 0.012 0.070 0.037 0.154 0.531 0.156 47 N 0.039 0.021 0.083 0.045 0.216 0.475 0.122 48 G 0.052 0.030 0.059 0.037 0.232 0.296 0.293 49 V 0.100 0.061 0.047 0.043 0.146 0.160 0.444 50 C 0.095 0.077 0.044 0.047 0.146 0.166 0.426 51 T 0.051 0.035 0.033 0.051 0.189 0.113 0.528 52 A 0.037 0.014 0.028 0.108 0.235 0.089 0.490 53 T 0.010 0.004 0.068 0.628 0.067 0.074 0.150 54 E 0.006 0.003 0.062 0.745 0.047 0.058 0.079 55 D 0.003 0.003 0.032 0.827 0.014 0.035 0.086 56 Y 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.005 0.004 57 K 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.002 0.961 0.004 0.032 0.001 66 I 0.001 0.001 0.003 0.409 0.007 0.578 0.003 67 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.911 0.056 68 I 0.010 0.001 0.001 0.001 0.051 0.002 0.935 69 P 0.194 0.005 0.003 0.001 0.030 0.003 0.766 70 Y 0.919 0.002 0.002 0.001 0.013 0.003 0.062 71 Y 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 72 S 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 73 V 0.933 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.054 74 N 0.479 0.007 0.001 0.003 0.054 0.005 0.452 75 F 0.072 0.008 0.047 0.131 0.118 0.267 0.357 76 E 0.018 0.005 0.113 0.316 0.066 0.277 0.205 77 K 0.008 0.001 0.179 0.612 0.047 0.087 0.065 78 E 0.009 0.004 0.062 0.815 0.021 0.055 0.034 79 Y 0.009 0.004 0.049 0.843 0.007 0.062 0.026 80 W 0.004 0.001 0.021 0.929 0.005 0.023 0.017 81 D 0.001 0.001 0.016 0.961 0.003 0.017 0.002 82 R 0.001 0.001 0.010 0.965 0.002 0.019 0.002 83 V 0.001 0.001 0.008 0.961 0.001 0.025 0.003 84 F 0.002 0.001 0.006 0.968 0.002 0.018 0.004 85 E 0.003 0.001 0.008 0.962 0.004 0.020 0.004 86 Y 0.003 0.001 0.007 0.955 0.005 0.023 0.006 87 F 0.004 0.002 0.006 0.938 0.004 0.034 0.012 88 L 0.002 0.001 0.007 0.958 0.003 0.016 0.013 89 A 0.002 0.001 0.013 0.954 0.003 0.019 0.009 90 E 0.002 0.001 0.017 0.945 0.003 0.027 0.005 91 Y 0.005 0.002 0.020 0.911 0.007 0.041 0.013 92 R 0.013 0.007 0.030 0.765 0.017 0.127 0.040 93 A 0.004 0.002 0.024 0.335 0.018 0.599 0.018 94 G 0.005 0.002 0.009 0.056 0.059 0.800 0.069 95 R 0.025 0.026 0.011 0.027 0.293 0.125 0.493 96 T 0.049 0.036 0.003 0.004 0.299 0.019 0.591 97 P 0.042 0.038 0.005 0.006 0.224 0.124 0.561 98 N 0.034 0.029 0.005 0.009 0.174 0.076 0.673 99 P 0.035 0.014 0.035 0.127 0.212 0.211 0.366 100 D 0.069 0.021 0.062 0.247 0.156 0.165 0.281 101 V 0.129 0.037 0.093 0.387 0.132 0.078 0.144 102 M 0.118 0.028 0.057 0.427 0.067 0.108 0.194 103 C 0.069 0.035 0.031 0.349 0.102 0.223 0.191 104 N 0.017 0.007 0.021 0.390 0.109 0.085 0.370 105 K 0.002 0.001 0.016 0.855 0.038 0.071 0.018 106 E 0.001 0.001 0.007 0.957 0.006 0.022 0.006 107 I 0.004 0.003 0.005 0.967 0.004 0.009 0.008 108 K 0.002 0.001 0.002 0.977 0.003 0.009 0.007 109 F 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.007 0.002 110 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 112 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 117 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.965 0.001 0.033 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.376 0.002 0.620 0.001 120 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.947 0.035 121 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.981 122 D 0.042 0.001 0.004 0.001 0.749 0.007 0.196 123 Y 0.957 0.001 0.003 0.003 0.015 0.007 0.013 124 V 0.989 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 125 A 0.991 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 126 T 0.912 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 0.069 127 G 0.503 0.001 0.006 0.009 0.091 0.021 0.368 128 H 0.224 0.005 0.018 0.029 0.233 0.088 0.403 129 Y 0.143 0.027 0.047 0.095 0.182 0.150 0.356 130 A 0.166 0.010 0.084 0.279 0.126 0.120 0.215 131 R 0.121 0.010 0.087 0.436 0.083 0.126 0.136 132 V 0.103 0.007 0.112 0.476 0.050 0.137 0.115 133 A 0.126 0.020 0.097 0.466 0.044 0.166 0.081 134 R 0.084 0.011 0.082 0.351 0.060 0.316 0.096 135 D 0.058 0.006 0.053 0.248 0.110 0.357 0.168 136 E 0.079 0.012 0.050 0.177 0.241 0.143 0.299 137 D 0.032 0.004 0.085 0.167 0.125 0.501 0.086 138 G 0.051 0.005 0.064 0.120 0.162 0.499 0.100 139 T 0.225 0.043 0.046 0.225 0.102 0.088 0.271 140 V 0.381 0.039 0.032 0.239 0.061 0.043 0.206 141 H 0.390 0.010 0.063 0.271 0.052 0.073 0.141 142 M 0.330 0.011 0.086 0.316 0.042 0.111 0.105 143 L 0.225 0.020 0.081 0.319 0.064 0.160 0.131 144 R 0.129 0.019 0.045 0.194 0.113 0.330 0.170 145 G 0.067 0.009 0.051 0.096 0.152 0.254 0.369 146 V 0.070 0.023 0.093 0.157 0.152 0.215 0.290 147 D 0.046 0.017 0.138 0.151 0.099 0.251 0.298 148 N 0.026 0.010 0.118 0.114 0.126 0.426 0.180 149 G 0.024 0.012 0.095 0.118 0.139 0.350 0.263 150 K 0.033 0.012 0.104 0.155 0.203 0.160 0.333 151 D 0.031 0.006 0.157 0.186 0.098 0.317 0.207 152 Q 0.067 0.011 0.170 0.239 0.093 0.237 0.184 153 T 0.153 0.021 0.119 0.243 0.091 0.107 0.266 154 Y 0.224 0.026 0.081 0.258 0.094 0.106 0.210 155 F 0.201 0.020 0.062 0.268 0.057 0.080 0.312 156 L 0.146 0.031 0.100 0.229 0.070 0.082 0.342 157 S 0.113 0.008 0.079 0.172 0.156 0.177 0.295 158 Q 0.069 0.015 0.054 0.125 0.124 0.205 0.408 159 L 0.038 0.035 0.015 0.084 0.143 0.039 0.645 160 S 0.026 0.011 0.013 0.084 0.045 0.035 0.786 161 Q 0.003 0.001 0.103 0.652 0.020 0.191 0.029 162 E 0.002 0.001 0.115 0.617 0.023 0.219 0.024 163 Q 0.006 0.004 0.194 0.548 0.042 0.144 0.063 164 L 0.016 0.011 0.052 0.709 0.033 0.091 0.088 165 Q 0.049 0.007 0.089 0.579 0.033 0.101 0.142 166 K 0.142 0.013 0.093 0.469 0.085 0.093 0.107 167 T 0.246 0.011 0.078 0.386 0.067 0.116 0.095 168 M 0.541 0.056 0.024 0.129 0.073 0.061 0.116 169 F 0.432 0.017 0.037 0.167 0.092 0.047 0.208 170 P 0.294 0.025 0.051 0.125 0.056 0.082 0.367 171 L 0.032 0.008 0.390 0.155 0.029 0.112 0.273 172 G 0.019 0.003 0.374 0.081 0.094 0.319 0.111 173 H 0.019 0.004 0.319 0.052 0.112 0.356 0.137 174 L 0.055 0.034 0.009 0.020 0.316 0.022 0.544 175 E 0.015 0.012 0.002 0.015 0.056 0.009 0.891 176 K 0.001 0.001 0.007 0.965 0.007 0.010 0.010 177 P 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 178 E 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 179 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 180 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 181 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 183 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 184 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 185 E 0.001 0.001 0.001 0.961 0.002 0.034 0.001 186 A 0.001 0.001 0.001 0.391 0.003 0.602 0.001 187 G 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.943 0.032 188 L 0.004 0.003 0.002 0.002 0.041 0.003 0.946 189 S 0.086 0.019 0.029 0.009 0.039 0.008 0.810 190 T 0.349 0.039 0.097 0.034 0.110 0.037 0.334 191 A 0.376 0.016 0.068 0.029 0.072 0.032 0.408 192 K 0.454 0.050 0.041 0.041 0.081 0.041 0.293 193 K 0.254 0.024 0.014 0.019 0.127 0.028 0.534 194 K 0.125 0.016 0.022 0.016 0.196 0.128 0.497 195 D 0.083 0.019 0.022 0.009 0.224 0.127 0.516 196 S 0.082 0.023 0.043 0.021 0.244 0.249 0.337 197 T 0.077 0.025 0.045 0.031 0.208 0.284 0.329 198 G 0.146 0.034 0.042 0.037 0.254 0.109 0.378 199 I 0.215 0.038 0.053 0.055 0.105 0.088 0.446 200 C 0.320 0.049 0.063 0.073 0.087 0.114 0.294 201 F 0.291 0.040 0.063 0.070 0.124 0.142 0.270 202 I 0.176 0.030 0.053 0.064 0.155 0.160 0.362 203 G 0.088 0.017 0.035 0.039 0.249 0.228 0.344 204 E 0.043 0.012 0.028 0.026 0.070 0.191 0.630 205 K 0.012 0.003 0.005 0.005 0.024 0.010 0.941