# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1903 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.176 0.161 0.058 0.012 0.226 0.015 0.033 0.095 0.068 0.095 0.061 2 S 0.048 0.372 0.202 0.024 0.204 0.023 0.017 0.048 0.028 0.023 0.013 3 D 0.156 0.125 0.055 0.016 0.186 0.022 0.060 0.140 0.079 0.091 0.070 4 N 0.086 0.114 0.089 0.057 0.102 0.028 0.033 0.088 0.119 0.200 0.084 5 S 0.035 0.122 0.117 0.087 0.083 0.056 0.087 0.171 0.154 0.066 0.022 6 K 0.032 0.040 0.023 0.014 0.044 0.019 0.090 0.159 0.232 0.288 0.059 7 T 0.080 0.267 0.079 0.013 0.227 0.009 0.021 0.032 0.042 0.171 0.060 8 R 0.251 0.103 0.011 0.002 0.601 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 0.020 9 V 0.157 0.067 0.003 0.001 0.768 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 10 V 0.208 0.031 0.001 0.001 0.748 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 11 V 0.249 0.039 0.003 0.003 0.660 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.037 12 G 0.300 0.084 0.015 0.008 0.397 0.011 0.013 0.007 0.003 0.027 0.136 13 M 0.249 0.114 0.041 0.019 0.280 0.010 0.014 0.013 0.011 0.075 0.175 14 S 0.095 0.200 0.108 0.086 0.216 0.048 0.031 0.034 0.028 0.090 0.064 15 G 0.033 0.076 0.085 0.216 0.045 0.111 0.065 0.043 0.081 0.201 0.044 16 G 0.045 0.062 0.125 0.167 0.064 0.081 0.041 0.093 0.086 0.178 0.059 17 V 0.016 0.044 0.031 0.018 0.033 0.036 0.076 0.435 0.224 0.070 0.016 18 D 0.026 0.057 0.035 0.011 0.042 0.011 0.037 0.516 0.169 0.075 0.021 19 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.758 0.219 0.010 0.001 20 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.927 0.067 0.002 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.044 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.034 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.014 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.034 0.002 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.894 0.095 0.002 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.086 0.842 0.058 0.009 0.001 29 Q 0.001 0.618 0.335 0.009 0.023 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 30 G 0.048 0.005 0.004 0.008 0.005 0.003 0.002 0.005 0.008 0.407 0.504 31 Y 0.033 0.588 0.125 0.006 0.186 0.003 0.004 0.013 0.012 0.018 0.011 32 D 0.196 0.117 0.016 0.003 0.479 0.006 0.020 0.037 0.034 0.039 0.053 33 V 0.494 0.056 0.008 0.002 0.380 0.003 0.003 0.002 0.002 0.006 0.046 34 I 0.142 0.105 0.024 0.075 0.473 0.052 0.063 0.016 0.008 0.015 0.028 35 G 0.256 0.091 0.024 0.014 0.574 0.006 0.002 0.001 0.001 0.006 0.025 36 I 0.213 0.097 0.005 0.002 0.659 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 37 F 0.320 0.051 0.004 0.001 0.557 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.058 38 M 0.379 0.080 0.015 0.006 0.394 0.007 0.005 0.004 0.006 0.018 0.086 39 K 0.174 0.131 0.030 0.033 0.304 0.058 0.091 0.043 0.033 0.048 0.056 40 N 0.244 0.157 0.082 0.008 0.310 0.004 0.007 0.021 0.018 0.072 0.076 41 W 0.121 0.214 0.062 0.044 0.217 0.038 0.040 0.052 0.069 0.091 0.052 42 D 0.097 0.202 0.213 0.080 0.223 0.040 0.026 0.039 0.022 0.030 0.029 43 D 0.087 0.127 0.034 0.013 0.193 0.024 0.060 0.171 0.099 0.128 0.064 44 T 0.075 0.149 0.102 0.023 0.252 0.016 0.029 0.059 0.049 0.196 0.049 45 D 0.057 0.084 0.212 0.034 0.060 0.017 0.043 0.275 0.132 0.055 0.030 46 E 0.010 0.025 0.027 0.020 0.015 0.044 0.187 0.439 0.136 0.085 0.012 47 N 0.007 0.597 0.185 0.060 0.060 0.008 0.017 0.015 0.009 0.033 0.010 48 G 0.029 0.020 0.045 0.049 0.017 0.018 0.004 0.020 0.037 0.524 0.239 49 V 0.056 0.336 0.104 0.007 0.237 0.007 0.024 0.108 0.066 0.038 0.015 50 C 0.138 0.235 0.083 0.009 0.245 0.007 0.022 0.078 0.055 0.061 0.066 51 T 0.060 0.326 0.237 0.031 0.136 0.012 0.022 0.062 0.046 0.041 0.026 52 A 0.048 0.194 0.075 0.014 0.098 0.016 0.033 0.250 0.169 0.070 0.032 53 T 0.042 0.130 0.066 0.014 0.065 0.015 0.022 0.182 0.233 0.174 0.056 54 E 0.020 0.159 0.086 0.017 0.058 0.021 0.056 0.329 0.155 0.083 0.017 55 D 0.038 0.336 0.098 0.003 0.077 0.001 0.006 0.258 0.056 0.108 0.019 56 Y 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.805 0.169 0.009 0.002 57 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.951 0.041 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.027 0.005 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.042 0.005 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.017 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.034 0.002 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.863 0.129 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.065 0.866 0.059 0.007 0.001 66 I 0.001 0.774 0.190 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.095 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.301 0.592 68 I 0.005 0.736 0.162 0.001 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 P 0.236 0.142 0.024 0.008 0.456 0.008 0.020 0.020 0.010 0.014 0.062 70 Y 0.228 0.185 0.028 0.007 0.479 0.013 0.012 0.005 0.011 0.008 0.026 71 Y 0.095 0.139 0.011 0.001 0.712 0.002 0.003 0.007 0.004 0.005 0.022 72 S 0.411 0.040 0.008 0.001 0.470 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.054 73 V 0.069 0.330 0.070 0.021 0.319 0.033 0.052 0.027 0.009 0.027 0.043 74 N 0.319 0.169 0.031 0.001 0.411 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.063 75 F 0.045 0.028 0.006 0.002 0.037 0.003 0.002 0.234 0.444 0.149 0.049 76 E 0.009 0.095 0.047 0.017 0.026 0.017 0.033 0.496 0.206 0.051 0.004 77 K 0.008 0.016 0.005 0.004 0.016 0.004 0.024 0.806 0.095 0.018 0.005 78 E 0.007 0.019 0.010 0.005 0.016 0.010 0.042 0.787 0.075 0.025 0.005 79 Y 0.010 0.007 0.004 0.002 0.007 0.004 0.006 0.802 0.086 0.063 0.010 80 W 0.005 0.007 0.002 0.001 0.008 0.002 0.003 0.797 0.150 0.021 0.004 81 D 0.001 0.004 0.002 0.002 0.003 0.005 0.027 0.860 0.087 0.008 0.001 82 R 0.002 0.005 0.004 0.002 0.005 0.003 0.047 0.787 0.100 0.043 0.002 83 V 0.014 0.010 0.004 0.002 0.011 0.004 0.022 0.760 0.118 0.048 0.008 84 F 0.012 0.029 0.008 0.007 0.019 0.010 0.021 0.620 0.173 0.089 0.011 85 E 0.010 0.038 0.019 0.012 0.032 0.020 0.045 0.646 0.136 0.036 0.008 86 Y 0.026 0.038 0.022 0.007 0.034 0.012 0.056 0.619 0.099 0.068 0.019 87 F 0.027 0.034 0.017 0.008 0.030 0.006 0.021 0.584 0.125 0.129 0.019 88 L 0.024 0.069 0.017 0.004 0.043 0.004 0.008 0.635 0.144 0.040 0.010 89 A 0.002 0.013 0.005 0.002 0.006 0.003 0.013 0.797 0.151 0.007 0.001 90 E 0.004 0.011 0.006 0.001 0.013 0.004 0.043 0.810 0.083 0.023 0.002 91 Y 0.024 0.045 0.025 0.003 0.027 0.005 0.035 0.623 0.129 0.071 0.012 92 R 0.024 0.024 0.028 0.015 0.023 0.016 0.032 0.551 0.163 0.103 0.022 93 A 0.004 0.398 0.171 0.065 0.039 0.058 0.093 0.119 0.037 0.014 0.002 94 G 0.018 0.014 0.020 0.037 0.013 0.011 0.018 0.044 0.058 0.603 0.164 95 R 0.099 0.243 0.118 0.014 0.232 0.013 0.042 0.069 0.057 0.075 0.038 96 T 0.043 0.469 0.147 0.004 0.282 0.002 0.005 0.025 0.009 0.006 0.007 97 P 0.045 0.273 0.231 0.034 0.125 0.035 0.075 0.067 0.048 0.046 0.021 98 N 0.237 0.181 0.083 0.006 0.337 0.004 0.011 0.025 0.013 0.020 0.084 99 P 0.028 0.084 0.021 0.003 0.080 0.004 0.008 0.287 0.370 0.095 0.021 100 D 0.038 0.044 0.013 0.004 0.057 0.012 0.054 0.391 0.184 0.184 0.019 101 V 0.040 0.072 0.018 0.005 0.106 0.004 0.016 0.544 0.141 0.042 0.012 102 M 0.037 0.049 0.019 0.007 0.055 0.013 0.038 0.633 0.083 0.047 0.019 103 C 0.018 0.045 0.023 0.009 0.027 0.008 0.018 0.495 0.166 0.170 0.021 104 N 0.014 0.051 0.018 0.004 0.035 0.005 0.010 0.712 0.124 0.019 0.009 105 K 0.002 0.007 0.002 0.001 0.004 0.003 0.014 0.782 0.161 0.020 0.003 106 E 0.001 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.025 0.872 0.066 0.020 0.001 107 I 0.018 0.034 0.007 0.001 0.025 0.002 0.008 0.798 0.075 0.025 0.009 108 K 0.012 0.011 0.005 0.002 0.010 0.002 0.006 0.832 0.075 0.033 0.012 109 F 0.002 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.003 0.881 0.088 0.008 0.002 110 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.898 0.056 0.002 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.930 0.052 0.010 0.001 112 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.906 0.078 0.012 0.001 113 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.037 0.001 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.982 0.010 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.010 0.002 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.024 0.002 0.001 117 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.837 0.155 0.001 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.916 0.038 0.003 0.001 119 L 0.001 0.484 0.466 0.001 0.044 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 120 G 0.276 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.658 121 A 0.274 0.118 0.012 0.001 0.455 0.001 0.001 0.007 0.014 0.026 0.091 122 D 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.234 0.530 0.174 0.039 0.005 0.001 123 Y 0.137 0.155 0.018 0.003 0.661 0.002 0.002 0.004 0.004 0.006 0.007 124 V 0.256 0.025 0.001 0.001 0.671 0.002 0.002 0.006 0.002 0.002 0.033 125 A 0.245 0.050 0.012 0.005 0.494 0.004 0.005 0.012 0.004 0.039 0.130 126 T 0.108 0.106 0.022 0.029 0.150 0.021 0.028 0.024 0.018 0.283 0.211 127 G 0.086 0.110 0.084 0.133 0.101 0.071 0.036 0.026 0.031 0.244 0.078 128 H 0.115 0.149 0.084 0.030 0.196 0.021 0.045 0.115 0.073 0.093 0.079 129 Y 0.078 0.263 0.134 0.029 0.144 0.014 0.017 0.113 0.073 0.101 0.032 130 A 0.029 0.133 0.064 0.023 0.090 0.027 0.043 0.366 0.177 0.035 0.012 131 R 0.074 0.063 0.027 0.011 0.101 0.016 0.051 0.398 0.127 0.082 0.049 132 V 0.080 0.046 0.016 0.004 0.096 0.005 0.023 0.387 0.171 0.132 0.038 133 A 0.050 0.043 0.015 0.004 0.069 0.008 0.023 0.448 0.228 0.087 0.025 134 R 0.040 0.095 0.028 0.010 0.089 0.023 0.079 0.425 0.143 0.054 0.014 135 D 0.084 0.086 0.071 0.022 0.090 0.021 0.088 0.242 0.082 0.155 0.059 136 E 0.054 0.136 0.190 0.119 0.089 0.055 0.040 0.130 0.063 0.086 0.039 137 D 0.017 0.088 0.064 0.141 0.038 0.169 0.174 0.216 0.056 0.024 0.012 138 G 0.033 0.031 0.024 0.034 0.028 0.013 0.014 0.066 0.076 0.563 0.119 139 T 0.082 0.188 0.054 0.017 0.212 0.021 0.034 0.194 0.081 0.090 0.027 140 V 0.205 0.140 0.025 0.007 0.372 0.007 0.015 0.105 0.044 0.035 0.045 141 H 0.180 0.150 0.034 0.017 0.342 0.021 0.032 0.122 0.034 0.029 0.037 142 M 0.230 0.106 0.031 0.012 0.303 0.015 0.030 0.167 0.028 0.033 0.045 143 L 0.227 0.082 0.030 0.028 0.219 0.033 0.046 0.157 0.031 0.061 0.085 144 R 0.054 0.147 0.107 0.123 0.088 0.077 0.071 0.135 0.053 0.106 0.038 145 G 0.086 0.122 0.150 0.087 0.129 0.035 0.025 0.161 0.058 0.099 0.049 146 V 0.059 0.119 0.051 0.033 0.091 0.045 0.065 0.272 0.143 0.088 0.034 147 D 0.114 0.095 0.063 0.052 0.138 0.042 0.071 0.203 0.079 0.076 0.066 148 N 0.038 0.126 0.073 0.040 0.076 0.050 0.071 0.245 0.143 0.114 0.025 149 G 0.048 0.066 0.068 0.036 0.046 0.018 0.019 0.133 0.099 0.398 0.069 150 K 0.056 0.175 0.096 0.032 0.113 0.025 0.025 0.237 0.135 0.075 0.031 151 D 0.045 0.089 0.036 0.018 0.077 0.037 0.093 0.403 0.113 0.055 0.034 152 Q 0.059 0.059 0.016 0.008 0.085 0.007 0.023 0.215 0.170 0.312 0.046 153 T 0.111 0.211 0.063 0.009 0.227 0.007 0.015 0.159 0.084 0.081 0.031 154 Y 0.064 0.166 0.072 0.017 0.182 0.015 0.027 0.297 0.091 0.047 0.021 155 F 0.135 0.118 0.026 0.006 0.232 0.008 0.031 0.304 0.052 0.043 0.045 156 L 0.077 0.066 0.023 0.017 0.100 0.019 0.040 0.281 0.143 0.179 0.055 157 S 0.047 0.179 0.109 0.024 0.141 0.018 0.042 0.302 0.082 0.038 0.019 158 Q 0.060 0.093 0.049 0.008 0.070 0.014 0.034 0.320 0.118 0.195 0.039 159 L 0.049 0.352 0.135 0.023 0.144 0.013 0.029 0.124 0.035 0.069 0.027 160 S 0.014 0.495 0.321 0.013 0.045 0.004 0.004 0.064 0.014 0.021 0.005 161 Q 0.002 0.008 0.006 0.002 0.005 0.002 0.005 0.777 0.178 0.011 0.001 162 E 0.002 0.009 0.003 0.001 0.006 0.002 0.007 0.859 0.093 0.015 0.003 163 Q 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.014 0.848 0.077 0.044 0.002 164 L 0.007 0.006 0.004 0.002 0.009 0.002 0.005 0.825 0.088 0.048 0.004 165 Q 0.007 0.033 0.012 0.004 0.024 0.005 0.012 0.710 0.130 0.059 0.004 166 K 0.014 0.039 0.014 0.003 0.039 0.007 0.045 0.699 0.103 0.034 0.005 167 T 0.033 0.042 0.011 0.004 0.075 0.005 0.045 0.616 0.095 0.059 0.014 168 M 0.062 0.075 0.026 0.015 0.119 0.022 0.071 0.311 0.141 0.128 0.029 169 F 0.078 0.160 0.114 0.017 0.152 0.010 0.047 0.309 0.070 0.020 0.023 170 P 0.023 0.185 0.097 0.012 0.078 0.013 0.039 0.376 0.126 0.038 0.012 171 L 0.028 0.074 0.022 0.015 0.051 0.020 0.066 0.270 0.296 0.138 0.021 172 G 0.014 0.086 0.049 0.045 0.035 0.051 0.098 0.332 0.206 0.070 0.015 173 H 0.063 0.061 0.027 0.005 0.077 0.018 0.040 0.107 0.116 0.392 0.094 174 L 0.113 0.293 0.071 0.005 0.252 0.004 0.015 0.069 0.043 0.087 0.047 175 E 0.010 0.440 0.350 0.011 0.036 0.004 0.006 0.032 0.019 0.084 0.007 176 K 0.005 0.036 0.024 0.002 0.020 0.001 0.002 0.818 0.087 0.002 0.001 177 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.045 0.001 0.001 178 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.023 0.002 0.001 179 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.026 0.003 0.001 180 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.015 0.001 0.001 181 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.005 0.001 0.001 183 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 184 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.858 0.135 0.001 0.001 185 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.889 0.041 0.002 0.001 186 A 0.001 0.703 0.275 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 187 G 0.073 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.296 0.622 188 L 0.049 0.533 0.125 0.003 0.259 0.002 0.002 0.006 0.005 0.006 0.012 189 S 0.068 0.217 0.082 0.025 0.238 0.035 0.057 0.138 0.070 0.033 0.037 190 T 0.156 0.161 0.071 0.009 0.245 0.008 0.023 0.094 0.133 0.062 0.039 191 A 0.121 0.125 0.049 0.007 0.284 0.012 0.026 0.152 0.107 0.061 0.055 192 K 0.074 0.186 0.089 0.023 0.190 0.018 0.049 0.126 0.059 0.145 0.041 193 K 0.065 0.380 0.163 0.011 0.256 0.005 0.009 0.043 0.015 0.030 0.023 194 K 0.055 0.237 0.078 0.019 0.172 0.025 0.045 0.133 0.096 0.109 0.031 195 D 0.106 0.229 0.241 0.017 0.218 0.009 0.036 0.061 0.030 0.021 0.032 196 S 0.070 0.076 0.033 0.013 0.091 0.014 0.049 0.297 0.186 0.130 0.042 197 T 0.024 0.262 0.120 0.048 0.078 0.032 0.089 0.098 0.089 0.139 0.021 198 G 0.078 0.062 0.090 0.101 0.072 0.042 0.019 0.048 0.059 0.301 0.129 199 I 0.152 0.197 0.063 0.011 0.306 0.011 0.026 0.082 0.060 0.051 0.041 200 C 0.205 0.160 0.053 0.010 0.339 0.014 0.027 0.058 0.029 0.044 0.060 201 F 0.223 0.150 0.053 0.017 0.270 0.022 0.034 0.070 0.040 0.059 0.061 202 I 0.099 0.132 0.095 0.113 0.126 0.065 0.060 0.093 0.058 0.098 0.061 203 G 0.031 0.160 0.206 0.188 0.080 0.053 0.022 0.092 0.062 0.085 0.021 204 E 0.045 0.107 0.059 0.032 0.087 0.038 0.078 0.232 0.169 0.123 0.030 205 K 0.080 0.174 0.106 0.034 0.142 0.023 0.051 0.155 0.083 0.098 0.053