# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1903 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.533 0.240 0.118 0.071 0.031 0.008 0.001 2 S 0.402 0.306 0.173 0.085 0.028 0.006 0.001 3 D 0.654 0.235 0.072 0.030 0.007 0.001 0.001 4 N 0.437 0.246 0.165 0.112 0.037 0.004 0.001 5 S 0.607 0.258 0.098 0.031 0.006 0.001 0.001 6 K 0.380 0.419 0.159 0.038 0.004 0.001 0.001 7 T 0.039 0.308 0.349 0.234 0.064 0.006 0.001 8 R 0.001 0.003 0.041 0.292 0.519 0.141 0.004 9 V 0.001 0.001 0.001 0.010 0.113 0.672 0.204 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.289 0.694 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.948 12 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.963 13 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.092 0.901 14 S 0.001 0.001 0.001 0.009 0.058 0.281 0.651 15 G 0.001 0.002 0.007 0.032 0.117 0.398 0.444 16 G 0.001 0.005 0.022 0.089 0.245 0.413 0.225 17 V 0.001 0.005 0.022 0.088 0.239 0.409 0.237 18 D 0.001 0.001 0.003 0.012 0.056 0.341 0.586 19 S 0.001 0.001 0.002 0.009 0.036 0.213 0.740 20 S 0.001 0.001 0.003 0.016 0.070 0.269 0.641 21 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.037 0.228 0.729 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.144 0.848 23 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.041 0.290 0.663 24 L 0.001 0.003 0.020 0.075 0.205 0.403 0.292 25 L 0.001 0.001 0.008 0.062 0.267 0.524 0.138 26 L 0.001 0.001 0.004 0.032 0.204 0.653 0.105 27 K 0.006 0.082 0.251 0.398 0.223 0.039 0.002 28 E 0.147 0.463 0.283 0.085 0.018 0.003 0.001 29 Q 0.102 0.277 0.355 0.209 0.050 0.007 0.001 30 G 0.343 0.367 0.170 0.083 0.029 0.007 0.001 31 Y 0.029 0.092 0.217 0.329 0.265 0.065 0.003 32 D 0.076 0.268 0.289 0.221 0.105 0.036 0.006 33 V 0.003 0.011 0.028 0.095 0.258 0.471 0.134 34 I 0.001 0.004 0.019 0.080 0.226 0.449 0.222 35 G 0.001 0.003 0.009 0.029 0.096 0.361 0.500 36 I 0.001 0.002 0.003 0.008 0.035 0.238 0.714 37 F 0.001 0.001 0.005 0.022 0.083 0.281 0.607 38 M 0.001 0.003 0.008 0.024 0.081 0.287 0.597 39 K 0.002 0.014 0.036 0.111 0.226 0.374 0.236 40 N 0.007 0.026 0.055 0.116 0.221 0.362 0.212 41 W 0.012 0.029 0.056 0.151 0.282 0.339 0.131 42 D 0.131 0.168 0.176 0.196 0.161 0.126 0.043 43 D 0.137 0.187 0.194 0.220 0.152 0.088 0.022 44 T 0.320 0.271 0.174 0.117 0.070 0.037 0.011 45 D 0.236 0.194 0.186 0.180 0.123 0.063 0.018 46 E 0.382 0.240 0.151 0.102 0.063 0.044 0.018 47 N 0.232 0.188 0.165 0.150 0.126 0.098 0.041 48 G 0.283 0.184 0.162 0.159 0.117 0.073 0.022 49 V 0.131 0.146 0.145 0.174 0.177 0.170 0.057 50 C 0.096 0.108 0.147 0.204 0.216 0.164 0.065 51 T 0.103 0.161 0.187 0.212 0.186 0.123 0.027 52 A 0.122 0.232 0.251 0.219 0.120 0.048 0.007 53 T 0.388 0.282 0.163 0.095 0.051 0.018 0.002 54 E 0.395 0.364 0.160 0.057 0.020 0.004 0.001 55 D 0.118 0.230 0.233 0.245 0.134 0.038 0.003 56 Y 0.012 0.072 0.208 0.397 0.249 0.060 0.002 57 K 0.240 0.536 0.182 0.034 0.006 0.001 0.001 58 D 0.015 0.130 0.345 0.371 0.120 0.018 0.001 59 V 0.001 0.001 0.005 0.057 0.380 0.526 0.030 60 V 0.004 0.091 0.362 0.398 0.126 0.018 0.001 61 A 0.081 0.608 0.248 0.054 0.007 0.001 0.001 62 V 0.003 0.021 0.099 0.375 0.401 0.100 0.001 63 A 0.005 0.021 0.103 0.336 0.431 0.101 0.002 64 D 0.313 0.520 0.142 0.023 0.002 0.001 0.001 65 Q 0.357 0.417 0.175 0.045 0.006 0.001 0.001 66 I 0.013 0.053 0.174 0.358 0.314 0.087 0.003 67 G 0.178 0.432 0.254 0.101 0.028 0.007 0.001 68 I 0.022 0.045 0.127 0.295 0.377 0.125 0.008 69 P 0.075 0.309 0.341 0.186 0.066 0.021 0.003 70 Y 0.017 0.041 0.077 0.182 0.352 0.300 0.031 71 Y 0.022 0.074 0.170 0.289 0.290 0.141 0.016 72 S 0.020 0.072 0.136 0.254 0.297 0.199 0.022 73 V 0.028 0.076 0.145 0.269 0.279 0.181 0.022 74 N 0.069 0.296 0.301 0.207 0.090 0.034 0.005 75 F 0.011 0.033 0.102 0.287 0.377 0.176 0.013 76 E 0.219 0.383 0.237 0.108 0.040 0.011 0.001 77 K 0.480 0.329 0.128 0.045 0.013 0.003 0.001 78 E 0.268 0.363 0.226 0.101 0.033 0.008 0.001 79 Y 0.049 0.113 0.197 0.305 0.254 0.078 0.004 80 W 0.063 0.126 0.219 0.323 0.205 0.061 0.004 81 D 0.313 0.417 0.187 0.064 0.015 0.003 0.001 82 R 0.124 0.231 0.290 0.239 0.094 0.020 0.001 83 V 0.023 0.027 0.059 0.189 0.378 0.301 0.024 84 F 0.036 0.110 0.245 0.334 0.205 0.065 0.005 85 E 0.297 0.377 0.192 0.089 0.032 0.012 0.002 86 Y 0.053 0.150 0.229 0.273 0.196 0.089 0.009 87 F 0.026 0.055 0.119 0.237 0.309 0.225 0.027 88 L 0.046 0.127 0.209 0.263 0.226 0.113 0.014 89 A 0.233 0.314 0.227 0.136 0.062 0.022 0.006 90 E 0.244 0.284 0.186 0.140 0.085 0.051 0.010 91 Y 0.066 0.131 0.218 0.286 0.210 0.084 0.005 92 R 0.206 0.291 0.251 0.163 0.070 0.016 0.002 93 A 0.552 0.243 0.118 0.059 0.022 0.005 0.001 94 G 0.554 0.223 0.109 0.065 0.033 0.014 0.002 95 R 0.242 0.242 0.216 0.176 0.086 0.035 0.004 96 T 0.174 0.192 0.194 0.213 0.151 0.067 0.009 97 P 0.095 0.105 0.134 0.209 0.239 0.180 0.039 98 N 0.084 0.114 0.141 0.178 0.185 0.199 0.099 99 P 0.035 0.048 0.074 0.125 0.177 0.285 0.256 100 D 0.027 0.050 0.078 0.130 0.174 0.252 0.288 101 V 0.028 0.050 0.066 0.100 0.157 0.299 0.301 102 M 0.030 0.042 0.050 0.088 0.175 0.312 0.303 103 C 0.011 0.015 0.027 0.065 0.152 0.366 0.364 104 N 0.008 0.026 0.066 0.172 0.274 0.336 0.117 105 K 0.028 0.129 0.198 0.245 0.212 0.144 0.043 106 E 0.028 0.131 0.196 0.221 0.216 0.171 0.037 107 I 0.008 0.019 0.050 0.145 0.340 0.364 0.074 108 K 0.012 0.060 0.113 0.176 0.242 0.301 0.097 109 F 0.003 0.013 0.036 0.135 0.331 0.417 0.064 110 K 0.011 0.101 0.280 0.343 0.203 0.055 0.007 111 A 0.001 0.015 0.079 0.201 0.366 0.298 0.039 112 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.056 0.502 0.437 113 L 0.001 0.012 0.081 0.323 0.366 0.196 0.021 114 D 0.005 0.173 0.398 0.305 0.097 0.020 0.002 115 Y 0.001 0.005 0.037 0.232 0.424 0.286 0.017 116 A 0.001 0.002 0.010 0.088 0.430 0.428 0.042 117 I 0.024 0.305 0.394 0.209 0.059 0.008 0.001 118 T 0.146 0.464 0.256 0.106 0.025 0.003 0.001 119 L 0.005 0.068 0.269 0.406 0.219 0.032 0.001 120 G 0.032 0.339 0.375 0.194 0.050 0.009 0.001 121 A 0.001 0.004 0.020 0.126 0.478 0.348 0.024 122 D 0.001 0.015 0.079 0.311 0.417 0.157 0.020 123 Y 0.001 0.001 0.002 0.011 0.081 0.549 0.357 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.130 0.864 125 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.066 0.929 126 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.051 0.945 127 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.149 0.833 128 H 0.001 0.001 0.002 0.011 0.063 0.354 0.570 129 Y 0.001 0.002 0.005 0.021 0.100 0.384 0.488 130 A 0.002 0.007 0.023 0.070 0.180 0.423 0.294 131 R 0.007 0.032 0.081 0.161 0.229 0.304 0.187 132 V 0.012 0.026 0.045 0.101 0.191 0.356 0.268 133 A 0.035 0.068 0.086 0.131 0.199 0.294 0.187 134 R 0.096 0.134 0.154 0.191 0.182 0.162 0.080 135 D 0.199 0.217 0.176 0.152 0.109 0.091 0.057 136 E 0.234 0.223 0.164 0.137 0.106 0.088 0.048 137 D 0.206 0.177 0.154 0.155 0.131 0.117 0.061 138 G 0.152 0.130 0.136 0.163 0.164 0.174 0.082 139 T 0.124 0.110 0.118 0.146 0.169 0.205 0.127 140 V 0.096 0.097 0.122 0.181 0.203 0.200 0.101 141 H 0.104 0.115 0.147 0.177 0.178 0.178 0.101 142 M 0.086 0.079 0.100 0.145 0.194 0.256 0.139 143 L 0.112 0.103 0.125 0.174 0.213 0.197 0.075 144 R 0.159 0.169 0.177 0.194 0.156 0.108 0.037 145 G 0.223 0.173 0.140 0.159 0.146 0.117 0.042 146 V 0.202 0.199 0.172 0.168 0.132 0.096 0.031 147 D 0.197 0.205 0.183 0.178 0.129 0.084 0.025 148 N 0.175 0.215 0.189 0.168 0.133 0.091 0.030 149 G 0.154 0.204 0.198 0.180 0.149 0.090 0.024 150 K 0.130 0.160 0.192 0.218 0.177 0.101 0.022 151 D 0.197 0.232 0.210 0.167 0.107 0.069 0.019 152 Q 0.064 0.105 0.157 0.206 0.218 0.196 0.053 153 T 0.057 0.055 0.078 0.152 0.244 0.296 0.117 154 Y 0.032 0.057 0.098 0.189 0.239 0.281 0.105 155 F 0.041 0.059 0.084 0.132 0.200 0.324 0.160 156 L 0.042 0.070 0.112 0.187 0.250 0.259 0.079 157 S 0.074 0.107 0.172 0.234 0.232 0.148 0.032 158 Q 0.116 0.208 0.204 0.193 0.151 0.099 0.029 159 L 0.051 0.070 0.117 0.232 0.288 0.210 0.033 160 S 0.243 0.311 0.219 0.141 0.060 0.022 0.004 161 Q 0.396 0.308 0.163 0.088 0.032 0.011 0.002 162 E 0.518 0.267 0.112 0.058 0.028 0.012 0.003 163 Q 0.246 0.259 0.216 0.147 0.084 0.039 0.009 164 L 0.089 0.144 0.198 0.243 0.195 0.112 0.019 165 Q 0.113 0.162 0.197 0.223 0.184 0.103 0.018 166 K 0.096 0.140 0.187 0.238 0.196 0.117 0.026 167 T 0.059 0.059 0.086 0.158 0.235 0.300 0.104 168 M 0.041 0.043 0.066 0.132 0.224 0.329 0.165 169 F 0.054 0.055 0.091 0.165 0.223 0.265 0.147 170 P 0.064 0.072 0.080 0.114 0.166 0.310 0.195 171 L 0.064 0.044 0.056 0.100 0.189 0.310 0.237 172 G 0.050 0.092 0.109 0.187 0.229 0.251 0.083 173 H 0.033 0.110 0.200 0.267 0.215 0.138 0.037 174 L 0.006 0.013 0.046 0.160 0.368 0.359 0.048 175 E 0.125 0.328 0.182 0.095 0.107 0.122 0.040 176 K 0.006 0.046 0.147 0.311 0.294 0.178 0.018 177 P 0.108 0.337 0.268 0.158 0.087 0.033 0.010 178 E 0.003 0.077 0.262 0.371 0.212 0.066 0.009 179 V 0.001 0.001 0.001 0.028 0.288 0.579 0.103 180 R 0.002 0.074 0.341 0.399 0.151 0.031 0.002 181 R 0.040 0.589 0.282 0.075 0.011 0.002 0.001 182 L 0.001 0.006 0.058 0.349 0.461 0.122 0.003 183 A 0.001 0.002 0.018 0.151 0.547 0.268 0.013 184 E 0.073 0.501 0.331 0.084 0.010 0.001 0.001 185 E 0.200 0.542 0.206 0.047 0.005 0.001 0.001 186 A 0.015 0.089 0.301 0.377 0.182 0.036 0.001 187 G 0.145 0.424 0.278 0.115 0.032 0.006 0.001 188 L 0.036 0.054 0.127 0.317 0.357 0.105 0.005 189 S 0.190 0.349 0.247 0.141 0.054 0.017 0.002 190 T 0.106 0.230 0.253 0.237 0.125 0.046 0.003 191 A 0.080 0.089 0.148 0.274 0.290 0.112 0.008 192 K 0.249 0.314 0.227 0.135 0.056 0.016 0.002 193 K 0.286 0.271 0.193 0.147 0.073 0.026 0.003 194 K 0.328 0.262 0.179 0.129 0.071 0.028 0.004 195 D 0.353 0.252 0.176 0.123 0.063 0.028 0.006 196 S 0.226 0.183 0.162 0.174 0.140 0.095 0.021 197 T 0.204 0.174 0.170 0.177 0.143 0.103 0.028 198 G 0.196 0.189 0.182 0.178 0.131 0.094 0.030 199 I 0.121 0.121 0.146 0.194 0.201 0.173 0.043 200 C 0.125 0.138 0.163 0.201 0.203 0.141 0.028 201 F 0.132 0.109 0.129 0.193 0.230 0.174 0.034 202 I 0.200 0.237 0.235 0.196 0.098 0.030 0.003 203 G 0.340 0.283 0.205 0.121 0.042 0.009 0.001 204 E 0.677 0.215 0.071 0.027 0.007 0.002 0.001 205 K 0.670 0.200 0.083 0.034 0.010 0.002 0.001