# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 321 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.030 0.010 0.014 0.154 0.677 2 S 0.106 0.060 0.018 0.013 0.268 0.534 3 D 0.068 0.064 0.027 0.013 0.345 0.484 4 N 0.022 0.023 0.029 0.012 0.832 0.081 5 S 0.021 0.014 0.031 0.011 0.865 0.057 6 K 0.036 0.005 0.009 0.002 0.870 0.079 7 T 0.244 0.010 0.003 0.001 0.591 0.152 8 R 0.824 0.015 0.001 0.001 0.035 0.126 9 V 0.981 0.003 0.001 0.001 0.002 0.013 10 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 11 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 12 G 0.963 0.002 0.001 0.001 0.006 0.029 13 M 0.800 0.002 0.001 0.001 0.029 0.166 14 S 0.280 0.008 0.002 0.003 0.069 0.638 15 G 0.107 0.020 0.006 0.064 0.155 0.648 16 G 0.026 0.009 0.010 0.206 0.254 0.494 17 V 0.002 0.003 0.003 0.897 0.050 0.045 18 D 0.001 0.001 0.001 0.969 0.016 0.013 19 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 20 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.004 0.954 0.014 0.027 30 G 0.002 0.001 0.002 0.020 0.113 0.863 31 Y 0.039 0.001 0.002 0.004 0.200 0.752 32 D 0.438 0.008 0.003 0.002 0.133 0.416 33 V 0.899 0.006 0.002 0.002 0.029 0.061 34 I 0.961 0.001 0.001 0.002 0.009 0.025 35 G 0.978 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 36 I 0.974 0.001 0.001 0.002 0.006 0.015 37 F 0.948 0.001 0.001 0.002 0.013 0.034 38 M 0.932 0.004 0.004 0.005 0.024 0.031 39 K 0.897 0.006 0.006 0.008 0.035 0.048 40 N 0.759 0.011 0.012 0.013 0.103 0.101 41 W 0.529 0.037 0.010 0.011 0.206 0.208 42 D 0.247 0.034 0.014 0.019 0.487 0.199 43 D 0.082 0.023 0.036 0.041 0.656 0.162 44 T 0.030 0.011 0.044 0.033 0.731 0.151 45 D 0.025 0.012 0.084 0.041 0.705 0.132 46 E 0.028 0.016 0.069 0.051 0.573 0.262 47 N 0.047 0.036 0.087 0.051 0.499 0.280 48 G 0.074 0.020 0.050 0.041 0.444 0.371 49 V 0.154 0.049 0.039 0.049 0.309 0.401 50 C 0.143 0.082 0.039 0.053 0.318 0.366 51 T 0.095 0.022 0.051 0.056 0.395 0.380 52 A 0.045 0.009 0.126 0.140 0.432 0.249 53 T 0.022 0.006 0.218 0.254 0.337 0.163 54 E 0.015 0.007 0.110 0.220 0.387 0.260 55 D 0.014 0.008 0.023 0.270 0.142 0.543 56 Y 0.001 0.001 0.005 0.956 0.017 0.021 57 K 0.001 0.001 0.003 0.975 0.013 0.009 58 D 0.001 0.001 0.002 0.987 0.004 0.006 59 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 64 D 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.005 0.979 0.010 0.005 66 I 0.001 0.001 0.008 0.899 0.031 0.060 67 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.057 0.937 68 I 0.009 0.001 0.001 0.001 0.087 0.901 69 P 0.127 0.004 0.001 0.001 0.079 0.788 70 Y 0.811 0.011 0.007 0.001 0.043 0.126 71 Y 0.935 0.002 0.006 0.001 0.014 0.043 72 S 0.956 0.004 0.005 0.001 0.011 0.023 73 V 0.927 0.004 0.002 0.003 0.017 0.047 74 N 0.668 0.012 0.001 0.010 0.059 0.249 75 F 0.025 0.001 0.030 0.792 0.088 0.063 76 E 0.002 0.001 0.039 0.875 0.063 0.020 77 K 0.002 0.001 0.041 0.861 0.075 0.020 78 E 0.002 0.001 0.032 0.905 0.049 0.011 79 Y 0.002 0.001 0.016 0.930 0.032 0.020 80 W 0.004 0.001 0.024 0.914 0.042 0.016 81 D 0.002 0.001 0.016 0.906 0.054 0.022 82 R 0.002 0.001 0.012 0.855 0.069 0.061 83 V 0.002 0.007 0.012 0.837 0.045 0.098 84 F 0.003 0.002 0.006 0.875 0.028 0.087 85 E 0.001 0.001 0.002 0.978 0.008 0.011 86 Y 0.001 0.001 0.002 0.989 0.004 0.005 87 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 88 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 89 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 90 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 91 Y 0.001 0.001 0.002 0.988 0.005 0.004 92 R 0.001 0.001 0.016 0.943 0.030 0.010 93 A 0.001 0.001 0.020 0.852 0.074 0.053 94 G 0.003 0.002 0.015 0.260 0.214 0.507 95 R 0.011 0.031 0.005 0.023 0.197 0.733 96 T 0.024 0.040 0.005 0.014 0.371 0.546 97 P 0.022 0.018 0.017 0.019 0.487 0.436 98 N 0.014 0.015 0.008 0.011 0.619 0.333 99 P 0.039 0.006 0.019 0.021 0.524 0.392 100 D 0.214 0.053 0.038 0.038 0.355 0.302 101 V 0.336 0.044 0.080 0.068 0.336 0.136 102 M 0.338 0.058 0.075 0.090 0.321 0.118 103 C 0.164 0.030 0.089 0.159 0.377 0.182 104 N 0.059 0.009 0.082 0.077 0.586 0.186 105 K 0.028 0.003 0.151 0.259 0.427 0.132 106 E 0.128 0.015 0.170 0.255 0.339 0.092 107 I 0.338 0.070 0.130 0.200 0.187 0.075 108 K 0.358 0.065 0.046 0.144 0.154 0.233 109 F 0.011 0.001 0.073 0.772 0.081 0.062 110 K 0.001 0.001 0.034 0.956 0.009 0.002 111 A 0.001 0.001 0.008 0.986 0.005 0.001 112 F 0.001 0.001 0.003 0.993 0.004 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.002 114 D 0.001 0.001 0.001 0.986 0.009 0.003 115 Y 0.001 0.001 0.003 0.985 0.010 0.002 116 A 0.001 0.001 0.006 0.977 0.014 0.002 117 I 0.001 0.001 0.011 0.977 0.010 0.002 118 T 0.001 0.001 0.018 0.949 0.022 0.010 119 L 0.001 0.001 0.013 0.824 0.054 0.109 120 G 0.002 0.001 0.003 0.014 0.119 0.862 121 A 0.027 0.003 0.006 0.005 0.218 0.741 122 D 0.293 0.013 0.026 0.008 0.266 0.393 123 Y 0.833 0.014 0.016 0.005 0.067 0.065 124 V 0.917 0.005 0.008 0.004 0.025 0.040 125 A 0.846 0.010 0.010 0.006 0.045 0.082 126 T 0.586 0.007 0.013 0.008 0.155 0.231 127 G 0.346 0.005 0.018 0.004 0.264 0.363 128 H 0.486 0.021 0.017 0.005 0.215 0.255 129 Y 0.679 0.037 0.014 0.004 0.107 0.158 130 A 0.737 0.006 0.009 0.006 0.079 0.163 131 R 0.798 0.008 0.006 0.008 0.054 0.126 132 V 0.795 0.017 0.008 0.014 0.053 0.113 133 A 0.764 0.013 0.008 0.021 0.084 0.110 134 R 0.584 0.013 0.010 0.014 0.151 0.228 135 D 0.212 0.016 0.009 0.016 0.273 0.474 136 E 0.044 0.021 0.006 0.014 0.169 0.747 137 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.969