# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 321 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.018 0.509 0.007 0.090 0.038 0.003 0.001 0.006 0.117 0.069 0.042 0.093 2 S 0.002 0.032 0.606 0.002 0.078 0.051 0.004 0.001 0.005 0.064 0.053 0.052 0.049 3 D 0.004 0.026 0.393 0.003 0.077 0.080 0.002 0.001 0.004 0.233 0.119 0.018 0.042 4 N 0.001 0.006 0.554 0.004 0.068 0.045 0.001 0.001 0.001 0.171 0.127 0.005 0.019 5 S 0.001 0.002 0.086 0.006 0.064 0.032 0.001 0.001 0.001 0.156 0.650 0.002 0.002 6 K 0.001 0.002 0.130 0.009 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.192 0.633 0.001 0.003 7 T 0.001 0.003 0.704 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.042 0.201 0.017 0.015 0.008 8 R 0.012 0.003 0.339 0.017 0.001 0.001 0.032 0.074 0.357 0.097 0.004 0.009 0.054 9 V 0.024 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.117 0.637 0.197 0.001 0.001 0.007 0.007 10 V 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.820 0.044 0.001 0.001 0.002 0.004 11 V 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.082 0.846 0.051 0.001 0.001 0.003 0.002 12 G 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.057 0.796 0.118 0.001 0.001 0.002 0.005 13 M 0.022 0.004 0.100 0.021 0.001 0.004 0.060 0.387 0.342 0.014 0.017 0.010 0.018 14 S 0.022 0.007 0.367 0.026 0.008 0.018 0.021 0.044 0.160 0.170 0.093 0.035 0.030 15 G 0.016 0.017 0.273 0.004 0.016 0.035 0.004 0.005 0.037 0.367 0.129 0.021 0.075 16 G 0.002 0.016 0.216 0.001 0.055 0.134 0.001 0.004 0.013 0.303 0.234 0.006 0.015 17 V 0.002 0.024 0.142 0.001 0.050 0.411 0.002 0.003 0.008 0.155 0.185 0.005 0.013 18 D 0.001 0.009 0.176 0.001 0.023 0.574 0.001 0.001 0.004 0.111 0.094 0.003 0.004 19 S 0.001 0.001 0.026 0.001 0.008 0.894 0.001 0.001 0.001 0.039 0.029 0.001 0.001 20 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.873 0.001 0.001 0.001 0.005 0.108 0.001 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.016 0.246 0.001 0.001 0.001 0.016 0.713 0.001 0.001 30 G 0.001 0.001 0.040 0.001 0.017 0.007 0.001 0.001 0.003 0.041 0.890 0.001 0.001 31 Y 0.001 0.006 0.720 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.060 0.162 0.015 0.005 0.017 32 D 0.001 0.027 0.177 0.007 0.005 0.001 0.002 0.003 0.586 0.046 0.015 0.095 0.036 33 V 0.002 0.011 0.118 0.003 0.001 0.001 0.008 0.011 0.596 0.008 0.001 0.013 0.228 34 I 0.004 0.001 0.019 0.696 0.001 0.001 0.011 0.034 0.168 0.004 0.001 0.055 0.008 35 G 0.043 0.001 0.015 0.010 0.001 0.001 0.101 0.356 0.344 0.006 0.001 0.037 0.087 36 I 0.048 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.119 0.688 0.099 0.001 0.001 0.013 0.018 37 F 0.101 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.178 0.595 0.093 0.001 0.001 0.014 0.012 38 M 0.236 0.001 0.013 0.008 0.001 0.001 0.156 0.371 0.119 0.002 0.001 0.033 0.059 39 K 0.477 0.001 0.040 0.015 0.001 0.003 0.094 0.058 0.110 0.012 0.004 0.107 0.079 40 N 0.325 0.017 0.141 0.021 0.006 0.008 0.029 0.011 0.061 0.049 0.030 0.070 0.233 41 W 0.068 0.042 0.335 0.014 0.023 0.018 0.006 0.007 0.037 0.192 0.075 0.091 0.092 42 D 0.012 0.043 0.401 0.009 0.031 0.016 0.002 0.004 0.016 0.257 0.082 0.029 0.099 43 D 0.003 0.031 0.412 0.005 0.057 0.024 0.001 0.001 0.006 0.255 0.141 0.023 0.041 44 T 0.001 0.029 0.272 0.005 0.055 0.023 0.001 0.001 0.002 0.314 0.270 0.008 0.018 45 D 0.001 0.014 0.263 0.004 0.048 0.020 0.001 0.001 0.001 0.339 0.297 0.006 0.007 46 E 0.001 0.033 0.320 0.002 0.052 0.019 0.001 0.001 0.001 0.266 0.289 0.004 0.011 47 N 0.004 0.026 0.293 0.003 0.084 0.023 0.001 0.001 0.002 0.233 0.306 0.011 0.015 48 G 0.012 0.025 0.288 0.005 0.090 0.021 0.001 0.001 0.004 0.216 0.283 0.017 0.037 49 V 0.012 0.067 0.350 0.003 0.097 0.036 0.003 0.001 0.011 0.187 0.163 0.020 0.049 50 C 0.009 0.055 0.525 0.002 0.045 0.029 0.002 0.001 0.011 0.157 0.068 0.052 0.044 51 T 0.002 0.045 0.608 0.001 0.034 0.030 0.001 0.001 0.005 0.167 0.062 0.012 0.033 52 A 0.001 0.024 0.481 0.001 0.053 0.110 0.001 0.001 0.002 0.199 0.113 0.002 0.014 53 T 0.001 0.004 0.075 0.001 0.178 0.497 0.001 0.001 0.001 0.075 0.168 0.001 0.002 54 E 0.001 0.005 0.140 0.001 0.127 0.492 0.001 0.001 0.001 0.130 0.103 0.001 0.001 55 D 0.001 0.009 0.226 0.001 0.049 0.607 0.001 0.001 0.002 0.060 0.042 0.001 0.005 56 Y 0.001 0.001 0.013 0.001 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 57 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.001 0.001 66 I 0.001 0.001 0.021 0.001 0.006 0.395 0.001 0.001 0.002 0.033 0.543 0.001 0.001 67 G 0.001 0.001 0.125 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.135 0.733 0.001 0.001 68 I 0.001 0.005 0.860 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.114 0.005 0.002 0.002 69 P 0.001 0.011 0.816 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.085 0.024 0.009 0.005 0.041 70 Y 0.001 0.009 0.512 0.029 0.007 0.001 0.006 0.003 0.323 0.051 0.010 0.017 0.030 71 Y 0.005 0.005 0.193 0.012 0.001 0.001 0.033 0.011 0.639 0.023 0.001 0.042 0.034 72 S 0.013 0.003 0.031 0.002 0.001 0.001 0.083 0.077 0.715 0.008 0.001 0.010 0.056 73 V 0.002 0.004 0.061 0.003 0.001 0.001 0.016 0.039 0.752 0.013 0.001 0.093 0.015 74 N 0.001 0.009 0.387 0.001 0.001 0.008 0.003 0.003 0.172 0.019 0.001 0.002 0.396 75 F 0.001 0.001 0.024 0.001 0.003 0.906 0.001 0.001 0.001 0.036 0.029 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.123 0.001 0.004 0.844 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 0.001 0.001 77 K 0.001 0.001 0.018 0.001 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 79 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 80 W 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 81 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.957 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.001 0.001 82 R 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.857 0.001 0.001 0.001 0.012 0.115 0.001 0.001 83 V 0.001 0.006 0.033 0.001 0.002 0.865 0.001 0.001 0.001 0.038 0.056 0.001 0.001 84 F 0.001 0.001 0.030 0.001 0.003 0.945 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.001 0.001 85 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 86 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 87 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 89 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 90 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 91 Y 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.942 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.001 0.001 92 R 0.001 0.002 0.033 0.001 0.014 0.824 0.001 0.001 0.001 0.013 0.111 0.001 0.001 93 A 0.001 0.001 0.036 0.001 0.011 0.417 0.001 0.001 0.001 0.038 0.494 0.001 0.001 94 G 0.001 0.002 0.144 0.001 0.007 0.067 0.001 0.001 0.001 0.108 0.668 0.002 0.001 95 R 0.001 0.039 0.685 0.001 0.011 0.013 0.001 0.001 0.001 0.102 0.140 0.001 0.007 96 T 0.001 0.059 0.684 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.004 0.177 0.037 0.013 0.015 97 P 0.001 0.005 0.460 0.002 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.334 0.178 0.002 0.003 98 N 0.001 0.009 0.347 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.550 0.077 0.002 0.003 99 P 0.001 0.025 0.612 0.001 0.016 0.015 0.001 0.001 0.005 0.141 0.129 0.012 0.043 100 D 0.009 0.061 0.517 0.002 0.026 0.016 0.005 0.001 0.011 0.152 0.101 0.020 0.078 101 V 0.009 0.076 0.250 0.005 0.182 0.102 0.007 0.002 0.007 0.104 0.188 0.022 0.046 102 M 0.010 0.009 0.193 0.020 0.151 0.141 0.004 0.001 0.003 0.111 0.314 0.023 0.021 103 C 0.002 0.006 0.127 0.005 0.108 0.200 0.001 0.001 0.002 0.162 0.358 0.013 0.016 104 N 0.004 0.018 0.261 0.019 0.048 0.220 0.001 0.001 0.004 0.220 0.163 0.006 0.037 105 K 0.011 0.012 0.225 0.005 0.071 0.409 0.005 0.002 0.014 0.091 0.102 0.030 0.024 106 E 0.022 0.023 0.079 0.004 0.055 0.608 0.011 0.006 0.029 0.034 0.056 0.008 0.065 107 I 0.035 0.028 0.137 0.003 0.025 0.499 0.013 0.005 0.028 0.049 0.038 0.103 0.038 108 K 0.011 0.025 0.139 0.001 0.013 0.578 0.006 0.002 0.022 0.053 0.074 0.009 0.066 109 F 0.001 0.001 0.046 0.001 0.010 0.874 0.001 0.001 0.001 0.031 0.032 0.001 0.002 110 K 0.001 0.001 0.015 0.001 0.012 0.932 0.001 0.001 0.001 0.019 0.020 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 112 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 117 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 118 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.847 0.001 0.001 0.001 0.005 0.129 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.232 0.001 0.001 0.001 0.008 0.745 0.001 0.001 120 G 0.001 0.001 0.024 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.017 0.949 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 0.001 0.001 0.001 122 D 0.001 0.001 0.206 0.035 0.002 0.001 0.001 0.002 0.077 0.654 0.015 0.001 0.006 123 Y 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.035 0.670 0.261 0.003 0.001 0.006 0.004 124 V 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.045 0.880 0.064 0.001 0.001 0.001 0.003 125 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.016 0.792 0.167 0.001 0.001 0.004 0.003 126 T 0.001 0.002 0.114 0.028 0.001 0.002 0.003 0.499 0.311 0.022 0.010 0.003 0.004 127 G 0.001 0.007 0.567 0.032 0.012 0.004 0.001 0.009 0.049 0.221 0.089 0.003 0.005 128 H 0.003 0.006 0.351 0.017 0.047 0.015 0.001 0.004 0.029 0.401 0.111 0.005 0.009 129 Y 0.122 0.020 0.199 0.016 0.047 0.067 0.019 0.013 0.080 0.106 0.075 0.102 0.134 130 A 0.255 0.011 0.117 0.017 0.018 0.057 0.116 0.074 0.038 0.032 0.024 0.075 0.166 131 R 0.347 0.012 0.090 0.009 0.004 0.056 0.099 0.011 0.033 0.021 0.009 0.135 0.172 132 V 0.276 0.016 0.124 0.014 0.007 0.048 0.090 0.010 0.030 0.019 0.009 0.109 0.248 133 A 0.149 0.013 0.237 0.027 0.013 0.066 0.035 0.005 0.051 0.068 0.026 0.113 0.198 134 R 0.049 0.021 0.291 0.021 0.023 0.055 0.011 0.001 0.023 0.160 0.075 0.066 0.205 135 D 0.006 0.025 0.413 0.003 0.027 0.030 0.002 0.001 0.008 0.227 0.156 0.036 0.066 136 E 0.001 0.028 0.633 0.001 0.019 0.016 0.001 0.001 0.005 0.113 0.135 0.012 0.038 137 D 0.001 0.002 0.942 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.031 0.008 0.001 0.005