# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.586 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.004 0.003 0.017 0.050 0.061 0.121 0.003 0.001 0.058 0.660 2 S 0.045 0.003 0.002 0.005 0.014 0.017 0.091 0.002 0.001 0.036 0.784 3 D 0.214 0.002 0.001 0.004 0.007 0.007 0.091 0.007 0.001 0.068 0.597 4 N 0.112 0.001 0.001 0.007 0.002 0.004 0.121 0.002 0.001 0.062 0.688 5 S 0.020 0.001 0.001 0.009 0.003 0.006 0.132 0.001 0.001 0.023 0.805 6 K 0.008 0.001 0.001 0.034 0.022 0.017 0.178 0.001 0.001 0.020 0.719 7 T 0.003 0.002 0.001 0.221 0.053 0.047 0.115 0.001 0.001 0.048 0.509 8 R 0.001 0.001 0.001 0.634 0.062 0.073 0.033 0.001 0.001 0.062 0.135 9 V 0.001 0.001 0.001 0.793 0.043 0.036 0.013 0.001 0.001 0.031 0.083 10 V 0.001 0.001 0.001 0.932 0.026 0.013 0.003 0.001 0.001 0.013 0.012 11 V 0.001 0.001 0.001 0.930 0.017 0.014 0.005 0.001 0.001 0.016 0.018 12 G 0.002 0.001 0.001 0.853 0.019 0.040 0.017 0.001 0.001 0.027 0.043 13 M 0.024 0.003 0.001 0.500 0.019 0.074 0.098 0.001 0.001 0.082 0.199 14 S 0.057 0.015 0.001 0.207 0.025 0.067 0.176 0.002 0.002 0.109 0.339 15 G 0.033 0.059 0.001 0.081 0.022 0.040 0.228 0.003 0.002 0.100 0.430 16 G 0.069 0.222 0.002 0.023 0.021 0.029 0.162 0.005 0.001 0.145 0.321 17 V 0.045 0.425 0.001 0.011 0.007 0.014 0.088 0.009 0.001 0.125 0.272 18 D 0.009 0.183 0.001 0.002 0.002 0.003 0.020 0.001 0.001 0.730 0.049 19 S 0.002 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.066 0.014 20 S 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.010 21 V 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 22 T 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 23 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 24 L 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 25 L 0.013 0.769 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.003 0.154 0.037 26 L 0.025 0.048 0.454 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.225 0.193 0.032 27 K 0.699 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.031 0.020 0.010 0.061 0.147 28 E 0.070 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.043 0.001 0.002 0.019 0.855 29 Q 0.014 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.083 0.001 0.001 0.009 0.884 30 G 0.003 0.001 0.001 0.015 0.005 0.020 0.135 0.002 0.001 0.027 0.792 31 Y 0.018 0.002 0.001 0.017 0.017 0.017 0.106 0.001 0.001 0.063 0.757 32 D 0.010 0.004 0.001 0.406 0.048 0.091 0.079 0.001 0.001 0.065 0.294 33 V 0.004 0.004 0.001 0.140 0.031 0.068 0.076 0.001 0.001 0.047 0.629 34 I 0.001 0.002 0.001 0.560 0.153 0.174 0.022 0.001 0.001 0.029 0.059 35 G 0.001 0.001 0.001 0.424 0.106 0.184 0.028 0.001 0.001 0.057 0.196 36 I 0.001 0.001 0.001 0.478 0.213 0.195 0.012 0.001 0.001 0.036 0.063 37 F 0.003 0.001 0.001 0.419 0.132 0.220 0.034 0.001 0.001 0.056 0.132 38 M 0.008 0.001 0.001 0.178 0.309 0.284 0.031 0.001 0.001 0.056 0.131 39 K 0.009 0.001 0.001 0.183 0.153 0.295 0.076 0.001 0.001 0.053 0.226 40 N 0.062 0.005 0.001 0.082 0.099 0.149 0.117 0.002 0.002 0.079 0.403 41 W 0.017 0.002 0.001 0.050 0.045 0.105 0.154 0.004 0.001 0.055 0.563 42 D 0.085 0.012 0.001 0.017 0.016 0.027 0.122 0.002 0.001 0.054 0.660 43 D 0.058 0.010 0.004 0.014 0.016 0.025 0.125 0.004 0.002 0.077 0.664 44 T 0.037 0.005 0.003 0.005 0.005 0.009 0.106 0.003 0.002 0.045 0.780 45 D 0.266 0.005 0.002 0.004 0.009 0.013 0.079 0.008 0.001 0.075 0.538 46 E 0.123 0.006 0.001 0.005 0.004 0.008 0.112 0.003 0.001 0.070 0.668 47 N 0.016 0.004 0.001 0.009 0.010 0.029 0.149 0.002 0.001 0.044 0.736 48 G 0.009 0.006 0.001 0.032 0.058 0.125 0.143 0.003 0.001 0.084 0.539 49 V 0.013 0.004 0.001 0.029 0.101 0.114 0.124 0.001 0.001 0.076 0.538 50 C 0.006 0.008 0.001 0.065 0.152 0.181 0.113 0.001 0.001 0.056 0.418 51 T 0.059 0.036 0.002 0.044 0.077 0.126 0.117 0.005 0.001 0.101 0.432 52 A 0.097 0.095 0.002 0.032 0.035 0.045 0.113 0.017 0.001 0.090 0.473 53 T 0.149 0.120 0.003 0.017 0.018 0.028 0.098 0.006 0.002 0.080 0.480 54 E 0.018 0.153 0.003 0.020 0.012 0.018 0.091 0.005 0.001 0.082 0.596 55 D 0.037 0.737 0.002 0.002 0.004 0.004 0.023 0.007 0.001 0.059 0.124 56 Y 0.026 0.909 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.019 0.035 57 K 0.016 0.851 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.058 0.058 58 D 0.003 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.041 0.028 59 V 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 60 V 0.005 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.050 0.017 61 A 0.006 0.927 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.026 0.024 62 V 0.040 0.829 0.010 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.004 0.060 0.035 63 A 0.017 0.020 0.430 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.420 0.066 0.032 64 D 0.663 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.007 0.002 0.023 0.251 65 Q 0.040 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.046 0.001 0.002 0.026 0.878 66 I 0.016 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.161 0.001 0.001 0.017 0.791 67 G 0.004 0.001 0.001 0.017 0.003 0.009 0.112 0.001 0.001 0.021 0.832 68 I 0.010 0.002 0.001 0.020 0.032 0.024 0.176 0.004 0.001 0.068 0.664 69 P 0.008 0.009 0.001 0.387 0.039 0.101 0.073 0.002 0.001 0.099 0.281 70 Y 0.008 0.008 0.001 0.193 0.050 0.119 0.065 0.001 0.001 0.055 0.500 71 Y 0.003 0.014 0.001 0.413 0.161 0.125 0.044 0.001 0.001 0.029 0.209 72 S 0.027 0.067 0.002 0.183 0.097 0.112 0.064 0.003 0.001 0.054 0.390 73 V 0.012 0.059 0.001 0.181 0.069 0.060 0.063 0.006 0.001 0.080 0.468 74 N 0.038 0.652 0.004 0.024 0.008 0.011 0.040 0.006 0.003 0.077 0.136 75 F 0.023 0.887 0.008 0.003 0.002 0.002 0.007 0.006 0.001 0.014 0.045 76 E 0.024 0.878 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.008 0.001 0.015 0.060 77 K 0.033 0.766 0.002 0.002 0.002 0.002 0.010 0.002 0.001 0.102 0.078 78 E 0.019 0.715 0.015 0.003 0.001 0.002 0.017 0.006 0.005 0.147 0.068 79 Y 0.079 0.709 0.020 0.002 0.002 0.002 0.020 0.018 0.005 0.058 0.085 80 W 0.100 0.565 0.005 0.004 0.003 0.005 0.031 0.006 0.002 0.069 0.211 81 D 0.038 0.592 0.002 0.006 0.002 0.005 0.038 0.002 0.001 0.044 0.272 82 R 0.029 0.636 0.008 0.011 0.003 0.006 0.046 0.006 0.002 0.049 0.205 83 V 0.026 0.782 0.007 0.004 0.002 0.003 0.025 0.008 0.002 0.026 0.114 84 F 0.026 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.007 0.048 85 E 0.011 0.898 0.001 0.003 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.014 0.059 86 Y 0.005 0.949 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.009 0.023 87 F 0.005 0.954 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.006 0.021 88 L 0.019 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.008 0.018 89 A 0.010 0.857 0.003 0.003 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.057 0.056 90 E 0.016 0.079 0.500 0.002 0.001 0.002 0.012 0.004 0.179 0.145 0.059 91 Y 0.643 0.040 0.016 0.002 0.002 0.003 0.027 0.034 0.009 0.099 0.124 92 R 0.173 0.005 0.002 0.004 0.001 0.004 0.035 0.005 0.003 0.045 0.723 93 A 0.025 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.060 0.001 0.001 0.009 0.895 94 G 0.002 0.001 0.001 0.007 0.006 0.021 0.100 0.002 0.001 0.021 0.840 95 R 0.017 0.001 0.001 0.004 0.006 0.005 0.104 0.001 0.001 0.026 0.836 96 T 0.021 0.002 0.001 0.051 0.016 0.023 0.167 0.003 0.001 0.054 0.662 97 P 0.117 0.019 0.001 0.021 0.003 0.005 0.115 0.003 0.001 0.041 0.676 98 N 0.222 0.096 0.002 0.031 0.007 0.010 0.138 0.023 0.001 0.049 0.421 99 P 0.054 0.117 0.002 0.026 0.007 0.012 0.114 0.009 0.001 0.037 0.620 100 D 0.059 0.146 0.004 0.070 0.032 0.067 0.104 0.006 0.001 0.080 0.431 101 V 0.040 0.407 0.003 0.061 0.045 0.060 0.061 0.005 0.001 0.077 0.239 102 M 0.132 0.384 0.013 0.037 0.050 0.067 0.053 0.007 0.005 0.048 0.205 103 C 0.064 0.447 0.003 0.049 0.052 0.073 0.049 0.006 0.001 0.031 0.224 104 N 0.051 0.300 0.002 0.028 0.034 0.068 0.076 0.006 0.001 0.151 0.282 105 K 0.027 0.512 0.005 0.031 0.033 0.033 0.063 0.007 0.001 0.086 0.203 106 E 0.031 0.571 0.003 0.018 0.020 0.042 0.042 0.003 0.001 0.084 0.183 107 I 0.007 0.613 0.003 0.022 0.026 0.021 0.025 0.002 0.001 0.105 0.175 108 K 0.004 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.012 0.017 109 F 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 110 K 0.004 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 0.010 111 A 0.002 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 0.012 112 F 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 113 L 0.016 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.034 0.014 114 D 0.002 0.098 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.874 0.018 115 Y 0.027 0.602 0.025 0.001 0.001 0.001 0.024 0.009 0.007 0.240 0.064 116 A 0.086 0.027 0.452 0.002 0.001 0.001 0.011 0.029 0.237 0.085 0.070 117 I 0.526 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.041 0.005 0.003 0.027 0.354 118 T 0.041 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.009 0.879 119 L 0.016 0.077 0.005 0.006 0.001 0.001 0.116 0.004 0.001 0.021 0.753 120 G 0.038 0.182 0.002 0.012 0.004 0.004 0.130 0.007 0.001 0.034 0.586 121 A 0.032 0.288 0.001 0.043 0.007 0.008 0.081 0.004 0.001 0.059 0.476 122 D 0.013 0.111 0.002 0.146 0.014 0.021 0.053 0.002 0.001 0.496 0.141 123 Y 0.018 0.295 0.004 0.286 0.029 0.045 0.042 0.006 0.001 0.142 0.133 124 V 0.029 0.130 0.005 0.417 0.048 0.049 0.038 0.004 0.001 0.127 0.153 125 A 0.017 0.048 0.013 0.371 0.063 0.087 0.058 0.003 0.005 0.114 0.220 126 T 0.080 0.132 0.005 0.131 0.046 0.115 0.090 0.012 0.003 0.075 0.311 127 G 0.108 0.080 0.017 0.057 0.061 0.109 0.095 0.009 0.009 0.067 0.388 128 H 0.024 0.071 0.002 0.045 0.153 0.285 0.088 0.005 0.001 0.035 0.292 129 Y 0.028 0.056 0.003 0.043 0.110 0.259 0.082 0.004 0.001 0.059 0.354 130 A 0.018 0.026 0.005 0.068 0.303 0.253 0.056 0.004 0.001 0.046 0.221 131 R 0.022 0.021 0.002 0.067 0.161 0.389 0.055 0.003 0.001 0.059 0.219 132 V 0.019 0.010 0.003 0.056 0.203 0.274 0.056 0.001 0.001 0.047 0.330 133 A 0.024 0.015 0.006 0.073 0.157 0.268 0.078 0.003 0.004 0.051 0.322 134 R 0.094 0.020 0.006 0.022 0.064 0.105 0.082 0.007 0.005 0.049 0.544 135 D 0.247 0.021 0.003 0.011 0.022 0.029 0.062 0.008 0.003 0.049 0.546 136 E 0.046 0.014 0.002 0.008 0.009 0.016 0.080 0.004 0.001 0.036 0.785 137 D 0.047 0.022 0.003 0.012 0.014 0.024 0.100 0.004 0.001 0.037 0.736