# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.586 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.045 0.029 0.073 0.072 0.087 0.139 0.128 0.141 0.121 0.086 2 S 0.200 0.190 0.073 0.145 0.096 0.077 0.083 0.050 0.040 0.027 0.017 3 D 0.365 0.159 0.065 0.116 0.075 0.067 0.063 0.037 0.027 0.016 0.010 4 N 0.395 0.160 0.040 0.080 0.060 0.064 0.073 0.043 0.036 0.028 0.021 5 S 0.290 0.222 0.086 0.150 0.082 0.054 0.049 0.024 0.020 0.014 0.009 6 K 0.281 0.169 0.107 0.212 0.123 0.051 0.033 0.012 0.007 0.003 0.002 7 T 0.017 0.055 0.073 0.190 0.211 0.160 0.160 0.075 0.036 0.015 0.008 8 R 0.001 0.003 0.009 0.059 0.147 0.221 0.261 0.171 0.079 0.035 0.014 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.097 0.228 0.270 0.225 0.159 10 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.094 0.194 0.238 0.232 0.217 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.090 0.212 0.330 0.340 12 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.043 0.122 0.226 0.275 0.324 13 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.038 0.104 0.213 0.297 0.336 14 S 0.004 0.008 0.006 0.043 0.079 0.107 0.213 0.214 0.167 0.096 0.063 15 G 0.021 0.029 0.012 0.076 0.101 0.129 0.201 0.179 0.126 0.081 0.045 16 G 0.019 0.021 0.011 0.053 0.089 0.110 0.160 0.161 0.167 0.126 0.083 17 V 0.005 0.007 0.004 0.019 0.030 0.051 0.117 0.161 0.228 0.198 0.180 18 D 0.001 0.004 0.002 0.010 0.023 0.052 0.129 0.180 0.238 0.198 0.164 19 S 0.001 0.004 0.003 0.011 0.020 0.042 0.130 0.181 0.233 0.200 0.176 20 S 0.005 0.006 0.007 0.032 0.062 0.094 0.172 0.165 0.182 0.148 0.126 21 V 0.001 0.003 0.009 0.027 0.033 0.044 0.115 0.159 0.231 0.201 0.176 22 T 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.042 0.098 0.211 0.289 0.343 23 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.017 0.084 0.105 0.180 0.245 0.356 24 L 0.001 0.001 0.041 0.033 0.041 0.075 0.211 0.155 0.181 0.147 0.114 25 L 0.001 0.001 0.003 0.012 0.025 0.063 0.239 0.216 0.179 0.152 0.111 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.042 0.151 0.313 0.478 27 K 0.001 0.001 0.004 0.027 0.071 0.151 0.334 0.203 0.121 0.059 0.029 28 E 0.004 0.020 0.225 0.158 0.148 0.170 0.147 0.059 0.041 0.018 0.011 29 Q 0.003 0.007 0.009 0.035 0.067 0.184 0.410 0.158 0.072 0.038 0.015 30 G 0.633 0.186 0.047 0.082 0.024 0.010 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 31 Y 0.004 0.014 0.015 0.041 0.069 0.120 0.218 0.187 0.156 0.107 0.069 32 D 0.213 0.270 0.121 0.236 0.103 0.039 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 33 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.042 0.097 0.228 0.287 0.332 34 I 0.011 0.023 0.020 0.105 0.134 0.168 0.237 0.128 0.090 0.050 0.034 35 G 0.006 0.018 0.017 0.052 0.057 0.094 0.161 0.143 0.171 0.145 0.137 36 I 0.002 0.002 0.004 0.011 0.013 0.028 0.090 0.143 0.224 0.269 0.215 37 F 0.003 0.007 0.008 0.043 0.066 0.088 0.208 0.201 0.181 0.122 0.075 38 M 0.001 0.002 0.005 0.009 0.011 0.019 0.064 0.109 0.218 0.282 0.280 39 K 0.007 0.021 0.031 0.139 0.197 0.199 0.197 0.102 0.063 0.030 0.014 40 N 0.011 0.031 0.020 0.075 0.090 0.109 0.194 0.165 0.143 0.109 0.054 41 W 0.009 0.019 0.018 0.072 0.104 0.129 0.193 0.151 0.130 0.111 0.064 42 D 0.062 0.129 0.050 0.195 0.171 0.122 0.135 0.064 0.038 0.021 0.013 43 D 0.096 0.106 0.057 0.165 0.159 0.133 0.132 0.068 0.042 0.029 0.013 44 T 0.346 0.233 0.061 0.149 0.082 0.045 0.038 0.017 0.013 0.010 0.007 45 D 0.399 0.193 0.060 0.132 0.080 0.052 0.043 0.017 0.012 0.008 0.004 46 E 0.601 0.149 0.044 0.082 0.047 0.029 0.022 0.010 0.007 0.004 0.003 47 N 0.192 0.216 0.074 0.193 0.126 0.082 0.064 0.025 0.016 0.009 0.005 48 G 0.190 0.130 0.050 0.135 0.115 0.114 0.107 0.059 0.049 0.033 0.018 49 V 0.066 0.089 0.051 0.189 0.168 0.132 0.129 0.070 0.053 0.034 0.019 50 C 0.012 0.015 0.011 0.030 0.046 0.069 0.154 0.177 0.208 0.171 0.106 51 T 0.043 0.102 0.050 0.164 0.166 0.127 0.132 0.085 0.066 0.040 0.025 52 A 0.033 0.042 0.021 0.066 0.097 0.124 0.195 0.148 0.123 0.094 0.058 53 T 0.192 0.122 0.079 0.199 0.158 0.099 0.079 0.034 0.023 0.010 0.005 54 E 0.293 0.149 0.103 0.185 0.107 0.062 0.049 0.023 0.016 0.008 0.005 55 D 0.015 0.085 0.047 0.101 0.081 0.113 0.199 0.134 0.105 0.074 0.046 56 Y 0.003 0.005 0.007 0.024 0.063 0.141 0.277 0.191 0.142 0.088 0.058 57 K 0.359 0.165 0.260 0.132 0.049 0.019 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 58 D 0.003 0.027 0.043 0.204 0.225 0.219 0.173 0.062 0.029 0.012 0.005 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.081 0.207 0.302 0.377 60 V 0.002 0.003 0.020 0.112 0.221 0.324 0.216 0.060 0.028 0.011 0.004 61 A 0.003 0.024 0.523 0.219 0.130 0.064 0.027 0.006 0.003 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.017 0.049 0.200 0.210 0.199 0.171 0.142 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.043 0.120 0.259 0.309 0.260 64 D 0.017 0.028 0.499 0.285 0.121 0.037 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.016 0.135 0.110 0.179 0.260 0.217 0.050 0.021 0.007 0.003 66 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.021 0.103 0.161 0.219 0.253 0.231 67 G 0.568 0.257 0.039 0.069 0.030 0.018 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 68 I 0.002 0.006 0.010 0.018 0.024 0.040 0.108 0.161 0.230 0.227 0.174 69 P 0.393 0.306 0.059 0.136 0.061 0.025 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 70 Y 0.019 0.019 0.012 0.048 0.065 0.103 0.197 0.157 0.166 0.123 0.092 71 Y 0.024 0.037 0.018 0.074 0.099 0.134 0.180 0.134 0.132 0.098 0.071 72 S 0.021 0.041 0.028 0.116 0.112 0.135 0.178 0.120 0.114 0.079 0.055 73 V 0.013 0.012 0.013 0.038 0.051 0.079 0.170 0.166 0.202 0.159 0.097 74 N 0.120 0.203 0.117 0.249 0.142 0.075 0.053 0.022 0.012 0.005 0.002 75 F 0.005 0.012 0.006 0.021 0.027 0.046 0.131 0.163 0.215 0.215 0.159 76 E 0.020 0.060 0.051 0.196 0.239 0.183 0.147 0.055 0.031 0.012 0.006 77 K 0.237 0.191 0.173 0.230 0.095 0.041 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 78 E 0.095 0.107 0.119 0.265 0.168 0.118 0.080 0.028 0.013 0.005 0.002 79 Y 0.001 0.003 0.005 0.009 0.013 0.033 0.136 0.198 0.237 0.226 0.141 80 W 0.001 0.006 0.019 0.073 0.170 0.242 0.279 0.119 0.056 0.023 0.012 81 D 0.046 0.093 0.572 0.193 0.067 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 82 R 0.014 0.029 0.028 0.175 0.225 0.263 0.199 0.048 0.014 0.004 0.001 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.086 0.237 0.327 0.318 84 F 0.001 0.001 0.004 0.023 0.097 0.239 0.341 0.153 0.083 0.037 0.020 85 E 0.032 0.072 0.624 0.184 0.056 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.002 0.007 0.010 0.057 0.111 0.236 0.366 0.132 0.049 0.022 0.008 87 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.081 0.232 0.329 0.329 88 L 0.001 0.002 0.012 0.051 0.120 0.216 0.278 0.141 0.098 0.053 0.029 89 A 0.021 0.051 0.640 0.194 0.060 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 90 E 0.005 0.010 0.013 0.044 0.084 0.197 0.361 0.164 0.077 0.033 0.013 91 Y 0.002 0.002 0.002 0.007 0.009 0.023 0.099 0.190 0.260 0.231 0.174 92 R 0.038 0.113 0.211 0.210 0.158 0.120 0.081 0.032 0.019 0.011 0.007 93 A 0.093 0.125 0.219 0.197 0.135 0.094 0.073 0.031 0.019 0.009 0.004 94 G 0.452 0.122 0.039 0.101 0.074 0.060 0.065 0.036 0.024 0.016 0.011 95 R 0.062 0.103 0.036 0.143 0.146 0.157 0.159 0.080 0.056 0.034 0.025 96 T 0.031 0.068 0.022 0.075 0.095 0.106 0.141 0.138 0.147 0.104 0.074 97 P 0.247 0.064 0.020 0.070 0.077 0.086 0.126 0.103 0.091 0.065 0.051 98 N 0.056 0.053 0.023 0.096 0.120 0.126 0.210 0.126 0.094 0.060 0.037 99 P 0.008 0.011 0.007 0.027 0.029 0.045 0.106 0.154 0.218 0.216 0.179 100 D 0.018 0.036 0.025 0.105 0.117 0.144 0.179 0.124 0.109 0.081 0.062 101 V 0.030 0.024 0.026 0.045 0.043 0.065 0.150 0.171 0.187 0.151 0.108 102 M 0.042 0.063 0.040 0.168 0.178 0.152 0.162 0.092 0.059 0.030 0.015 103 C 0.013 0.026 0.024 0.055 0.051 0.057 0.135 0.152 0.175 0.169 0.142 104 N 0.024 0.032 0.046 0.127 0.176 0.164 0.178 0.101 0.080 0.045 0.026 105 K 0.067 0.078 0.138 0.188 0.136 0.126 0.147 0.062 0.035 0.016 0.007 106 E 0.032 0.056 0.089 0.219 0.187 0.162 0.139 0.058 0.034 0.018 0.007 107 I 0.027 0.018 0.052 0.034 0.029 0.039 0.120 0.158 0.207 0.187 0.129 108 K 0.002 0.022 0.048 0.088 0.102 0.138 0.216 0.151 0.113 0.078 0.041 109 F 0.001 0.007 0.033 0.037 0.065 0.117 0.249 0.180 0.159 0.103 0.049 110 K 0.113 0.095 0.188 0.229 0.176 0.103 0.061 0.019 0.009 0.004 0.002 111 A 0.010 0.026 0.053 0.149 0.164 0.157 0.233 0.110 0.063 0.026 0.011 112 F 0.001 0.001 0.008 0.004 0.004 0.005 0.029 0.077 0.211 0.321 0.340 113 L 0.001 0.001 0.010 0.028 0.081 0.196 0.342 0.159 0.105 0.051 0.027 114 D 0.014 0.032 0.699 0.164 0.058 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.005 0.018 0.049 0.173 0.435 0.176 0.087 0.040 0.015 116 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.047 0.173 0.339 0.424 117 I 0.002 0.007 0.051 0.118 0.191 0.249 0.219 0.086 0.042 0.021 0.015 118 T 0.016 0.049 0.657 0.145 0.068 0.039 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 119 L 0.003 0.003 0.002 0.012 0.029 0.101 0.351 0.198 0.132 0.108 0.060 120 G 0.462 0.258 0.045 0.104 0.053 0.029 0.024 0.010 0.008 0.004 0.003 121 A 0.004 0.005 0.005 0.012 0.018 0.024 0.064 0.104 0.195 0.228 0.341 122 D 0.078 0.121 0.082 0.226 0.181 0.149 0.108 0.031 0.014 0.006 0.004 123 Y 0.002 0.008 0.006 0.027 0.050 0.108 0.249 0.210 0.169 0.106 0.064 124 V 0.004 0.002 0.002 0.006 0.007 0.015 0.052 0.105 0.171 0.259 0.379 125 A 0.002 0.002 0.004 0.007 0.012 0.024 0.087 0.132 0.245 0.244 0.241 126 T 0.001 0.006 0.008 0.019 0.014 0.019 0.074 0.128 0.225 0.272 0.232 127 G 0.005 0.007 0.006 0.035 0.064 0.107 0.183 0.177 0.171 0.139 0.105 128 H 0.021 0.028 0.042 0.089 0.103 0.132 0.233 0.153 0.110 0.061 0.028 129 Y 0.003 0.009 0.019 0.057 0.063 0.074 0.174 0.174 0.184 0.149 0.095 130 A 0.002 0.003 0.011 0.010 0.008 0.015 0.056 0.094 0.209 0.272 0.319 131 R 0.006 0.013 0.032 0.148 0.213 0.198 0.184 0.103 0.063 0.030 0.010 132 V 0.005 0.019 0.053 0.066 0.082 0.107 0.196 0.170 0.162 0.097 0.043 133 A 0.012 0.025 0.036 0.101 0.119 0.137 0.224 0.140 0.106 0.068 0.033 134 R 0.071 0.079 0.043 0.129 0.128 0.125 0.198 0.111 0.067 0.035 0.013 135 D 0.152 0.182 0.136 0.196 0.118 0.082 0.062 0.033 0.020 0.012 0.005 136 E 0.461 0.173 0.079 0.101 0.062 0.041 0.037 0.019 0.014 0.009 0.004 137 D 0.598 0.183 0.039 0.069 0.038 0.022 0.022 0.012 0.009 0.006 0.003