# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.586 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.101 0.016 0.011 0.025 0.058 0.075 0.048 0.005 0.001 0.005 0.657 2 S 0.038 0.005 0.005 0.022 0.069 0.082 0.085 0.002 0.001 0.004 0.687 3 D 0.038 0.003 0.002 0.016 0.040 0.047 0.128 0.001 0.001 0.005 0.719 4 N 0.042 0.004 0.001 0.013 0.022 0.026 0.158 0.001 0.001 0.009 0.723 5 S 0.099 0.005 0.001 0.006 0.012 0.012 0.317 0.001 0.001 0.028 0.519 6 K 0.299 0.005 0.003 0.010 0.010 0.010 0.226 0.001 0.001 0.058 0.378 7 T 0.331 0.005 0.020 0.043 0.049 0.040 0.207 0.001 0.001 0.053 0.251 8 R 0.028 0.001 0.031 0.241 0.251 0.204 0.114 0.001 0.001 0.010 0.120 9 V 0.001 0.001 0.002 0.285 0.319 0.363 0.011 0.001 0.001 0.001 0.019 10 V 0.001 0.001 0.001 0.410 0.255 0.331 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 11 V 0.001 0.001 0.001 0.517 0.202 0.273 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 12 G 0.001 0.001 0.001 0.749 0.092 0.155 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 13 M 0.001 0.001 0.001 0.758 0.090 0.132 0.006 0.001 0.001 0.001 0.013 14 S 0.001 0.001 0.001 0.512 0.124 0.240 0.031 0.001 0.001 0.002 0.089 15 G 0.003 0.001 0.001 0.153 0.043 0.136 0.162 0.001 0.001 0.009 0.491 16 G 0.039 0.002 0.003 0.050 0.018 0.028 0.271 0.001 0.001 0.031 0.558 17 V 0.080 0.009 0.044 0.029 0.008 0.017 0.312 0.001 0.001 0.015 0.485 18 D 0.014 0.019 0.003 0.025 0.008 0.018 0.214 0.001 0.001 0.002 0.697 19 S 0.037 0.036 0.001 0.010 0.004 0.005 0.087 0.001 0.001 0.004 0.814 20 S 0.016 0.111 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.001 0.001 0.002 0.707 21 V 0.006 0.295 0.001 0.001 0.001 0.001 0.237 0.002 0.001 0.003 0.456 22 T 0.003 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.002 0.055 23 A 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.005 24 L 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 25 L 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 28 E 0.047 0.931 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 29 Q 0.050 0.767 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.001 0.001 0.031 30 G 0.513 0.139 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.239 0.001 0.001 0.090 31 Y 0.011 0.008 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 32 D 0.006 0.014 0.017 0.205 0.047 0.036 0.079 0.006 0.001 0.001 0.589 33 V 0.044 0.011 0.013 0.162 0.011 0.020 0.020 0.001 0.001 0.002 0.716 34 I 0.005 0.024 0.001 0.612 0.093 0.166 0.041 0.001 0.001 0.001 0.058 35 G 0.017 0.030 0.001 0.253 0.052 0.105 0.079 0.001 0.001 0.005 0.456 36 I 0.030 0.042 0.001 0.542 0.123 0.162 0.016 0.001 0.001 0.002 0.079 37 F 0.011 0.052 0.002 0.257 0.174 0.311 0.035 0.002 0.001 0.003 0.154 38 M 0.014 0.041 0.002 0.171 0.229 0.357 0.024 0.004 0.001 0.003 0.156 39 K 0.023 0.043 0.004 0.106 0.166 0.406 0.046 0.007 0.001 0.004 0.195 40 N 0.084 0.047 0.011 0.051 0.107 0.160 0.070 0.018 0.001 0.008 0.445 41 W 0.081 0.026 0.038 0.050 0.107 0.156 0.085 0.007 0.001 0.010 0.439 42 D 0.027 0.006 0.007 0.024 0.094 0.111 0.135 0.003 0.001 0.006 0.586 43 D 0.041 0.003 0.005 0.016 0.048 0.049 0.085 0.001 0.001 0.006 0.745 44 T 0.055 0.006 0.002 0.018 0.047 0.056 0.280 0.001 0.001 0.013 0.521 45 D 0.111 0.010 0.002 0.013 0.026 0.025 0.391 0.001 0.001 0.032 0.388 46 E 0.189 0.025 0.003 0.010 0.011 0.014 0.362 0.002 0.001 0.045 0.340 47 N 0.241 0.029 0.006 0.013 0.011 0.014 0.355 0.003 0.001 0.060 0.268 48 G 0.246 0.024 0.013 0.016 0.020 0.019 0.348 0.003 0.001 0.048 0.262 49 V 0.092 0.023 0.046 0.022 0.034 0.058 0.255 0.001 0.001 0.016 0.452 50 C 0.015 0.017 0.005 0.043 0.084 0.186 0.189 0.001 0.001 0.003 0.457 51 T 0.022 0.014 0.002 0.034 0.099 0.195 0.087 0.001 0.001 0.004 0.542 52 A 0.041 0.034 0.002 0.024 0.065 0.141 0.116 0.001 0.001 0.005 0.569 53 T 0.071 0.059 0.002 0.028 0.031 0.067 0.192 0.004 0.001 0.009 0.537 54 E 0.076 0.066 0.004 0.020 0.011 0.018 0.180 0.003 0.001 0.011 0.611 55 D 0.100 0.083 0.005 0.008 0.007 0.010 0.421 0.005 0.001 0.014 0.347 56 Y 0.142 0.232 0.012 0.013 0.004 0.008 0.140 0.007 0.001 0.013 0.427 57 K 0.023 0.436 0.003 0.006 0.003 0.005 0.132 0.002 0.001 0.003 0.388 58 D 0.050 0.418 0.001 0.001 0.001 0.002 0.118 0.007 0.001 0.002 0.401 59 V 0.022 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.034 60 V 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.015 61 A 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.022 62 V 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 63 A 0.011 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 64 D 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 65 Q 0.048 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.019 66 I 0.131 0.805 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.010 67 G 0.315 0.122 0.041 0.002 0.002 0.002 0.007 0.397 0.001 0.002 0.109 68 I 0.013 0.003 0.953 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.021 69 P 0.001 0.001 0.003 0.011 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.976 70 Y 0.014 0.001 0.007 0.183 0.017 0.031 0.057 0.001 0.001 0.003 0.687 71 Y 0.059 0.002 0.001 0.484 0.040 0.058 0.088 0.001 0.001 0.005 0.262 72 S 0.042 0.006 0.001 0.404 0.022 0.037 0.058 0.001 0.001 0.003 0.426 73 V 0.011 0.004 0.001 0.695 0.029 0.061 0.058 0.001 0.001 0.002 0.139 74 N 0.028 0.008 0.001 0.263 0.024 0.045 0.240 0.001 0.001 0.005 0.387 75 F 0.014 0.009 0.003 0.060 0.010 0.019 0.065 0.001 0.001 0.003 0.818 76 E 0.015 0.024 0.001 0.040 0.020 0.066 0.359 0.001 0.001 0.007 0.467 77 K 0.091 0.074 0.001 0.010 0.007 0.018 0.207 0.002 0.001 0.012 0.579 78 E 0.144 0.433 0.001 0.003 0.003 0.003 0.032 0.002 0.001 0.001 0.377 79 Y 0.108 0.694 0.002 0.002 0.005 0.007 0.028 0.003 0.001 0.003 0.148 80 W 0.051 0.809 0.006 0.002 0.004 0.012 0.012 0.003 0.001 0.001 0.099 81 D 0.031 0.794 0.002 0.002 0.003 0.008 0.008 0.008 0.001 0.001 0.145 82 R 0.104 0.739 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.133 83 V 0.112 0.752 0.013 0.003 0.002 0.003 0.008 0.009 0.001 0.001 0.098 84 F 0.030 0.824 0.020 0.010 0.006 0.018 0.013 0.005 0.001 0.001 0.074 85 E 0.021 0.747 0.002 0.012 0.004 0.018 0.012 0.005 0.001 0.001 0.179 86 Y 0.039 0.640 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.307 87 F 0.049 0.835 0.002 0.002 0.001 0.003 0.010 0.004 0.001 0.001 0.093 88 L 0.015 0.838 0.003 0.003 0.002 0.008 0.021 0.003 0.001 0.001 0.106 89 A 0.009 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.101 90 E 0.035 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.038 91 Y 0.029 0.928 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.030 92 R 0.071 0.846 0.024 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.049 93 A 0.048 0.743 0.010 0.003 0.010 0.011 0.013 0.057 0.001 0.001 0.104 94 G 0.399 0.116 0.004 0.006 0.006 0.003 0.007 0.203 0.001 0.003 0.253 95 R 0.145 0.021 0.743 0.003 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.003 0.070 96 T 0.029 0.006 0.034 0.112 0.056 0.042 0.178 0.024 0.001 0.002 0.517 97 P 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 98 N 0.012 0.001 0.001 0.124 0.024 0.048 0.458 0.001 0.001 0.005 0.328 99 P 0.042 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.004 0.930 100 D 0.033 0.001 0.001 0.175 0.015 0.017 0.256 0.001 0.001 0.004 0.499 101 V 0.182 0.001 0.002 0.126 0.015 0.024 0.094 0.001 0.001 0.015 0.540 102 M 0.031 0.016 0.001 0.375 0.047 0.088 0.185 0.001 0.001 0.004 0.252 103 C 0.063 0.027 0.002 0.119 0.048 0.112 0.189 0.001 0.001 0.008 0.431 104 N 0.063 0.102 0.002 0.121 0.030 0.092 0.097 0.002 0.001 0.007 0.485 105 K 0.048 0.083 0.002 0.024 0.027 0.030 0.121 0.002 0.001 0.006 0.657 106 E 0.095 0.152 0.005 0.019 0.011 0.032 0.262 0.003 0.001 0.014 0.408 107 I 0.087 0.351 0.008 0.023 0.025 0.027 0.092 0.004 0.001 0.005 0.378 108 K 0.053 0.587 0.007 0.011 0.010 0.022 0.099 0.002 0.001 0.003 0.206 109 F 0.021 0.697 0.004 0.005 0.005 0.017 0.026 0.002 0.001 0.001 0.222 110 K 0.018 0.775 0.001 0.003 0.002 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.185 111 A 0.022 0.760 0.002 0.001 0.001 0.001 0.058 0.003 0.001 0.001 0.153 112 F 0.009 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.043 113 L 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.015 114 D 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 115 Y 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.028 116 A 0.009 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 117 I 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 118 T 0.029 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 119 L 0.118 0.687 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.001 0.001 0.026 120 G 0.561 0.077 0.034 0.002 0.002 0.001 0.007 0.206 0.001 0.004 0.106 121 A 0.003 0.002 0.950 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 122 D 0.005 0.003 0.006 0.279 0.060 0.053 0.074 0.004 0.001 0.001 0.514 123 Y 0.064 0.003 0.007 0.558 0.025 0.026 0.034 0.001 0.001 0.004 0.279 124 V 0.008 0.010 0.001 0.534 0.051 0.105 0.102 0.001 0.001 0.002 0.186 125 A 0.005 0.003 0.001 0.781 0.059 0.067 0.028 0.001 0.001 0.001 0.055 126 T 0.009 0.013 0.001 0.396 0.046 0.094 0.104 0.001 0.001 0.004 0.334 127 G 0.052 0.012 0.003 0.345 0.129 0.147 0.050 0.002 0.001 0.017 0.244 128 H 0.037 0.022 0.007 0.150 0.083 0.161 0.257 0.001 0.001 0.018 0.263 129 Y 0.027 0.014 0.006 0.119 0.125 0.236 0.100 0.002 0.001 0.013 0.357 130 A 0.030 0.032 0.007 0.153 0.210 0.372 0.052 0.001 0.001 0.007 0.135 131 R 0.018 0.043 0.002 0.107 0.222 0.325 0.047 0.003 0.001 0.004 0.229 132 V 0.043 0.049 0.008 0.065 0.202 0.276 0.031 0.003 0.001 0.004 0.320 133 A 0.023 0.028 0.004 0.073 0.252 0.385 0.032 0.004 0.001 0.003 0.197 134 R 0.024 0.016 0.004 0.045 0.176 0.330 0.070 0.005 0.001 0.005 0.325 135 D 0.049 0.018 0.007 0.055 0.150 0.196 0.134 0.005 0.001 0.009 0.377 136 E 0.042 0.012 0.005 0.026 0.038 0.049 0.188 0.003 0.001 0.013 0.624 137 D 0.069 0.009 0.003 0.009 0.011 0.014 0.461 0.002 0.001 0.026 0.396