# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 321 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 S 0.021 0.052 0.003 0.008 0.005 0.018 0.893 3 D 0.014 0.031 0.016 0.024 0.275 0.053 0.588 4 N 0.010 0.007 0.038 0.025 0.143 0.145 0.631 5 S 0.019 0.013 0.064 0.019 0.244 0.385 0.256 6 K 0.045 0.007 0.031 0.004 0.317 0.256 0.339 7 T 0.107 0.004 0.004 0.001 0.250 0.014 0.620 8 R 0.647 0.008 0.001 0.001 0.130 0.002 0.212 9 V 0.971 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 10 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 11 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 12 G 0.955 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.037 13 M 0.704 0.006 0.002 0.003 0.045 0.008 0.233 14 S 0.195 0.005 0.002 0.004 0.308 0.022 0.464 15 G 0.028 0.004 0.011 0.016 0.595 0.087 0.258 16 G 0.021 0.009 0.032 0.088 0.439 0.137 0.274 17 V 0.013 0.011 0.061 0.502 0.116 0.085 0.211 18 D 0.001 0.001 0.056 0.828 0.023 0.051 0.039 19 S 0.001 0.001 0.011 0.943 0.014 0.019 0.012 20 S 0.001 0.001 0.002 0.985 0.004 0.005 0.004 21 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 0.002 22 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.959 0.001 0.038 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.002 0.437 0.007 0.551 0.002 30 G 0.001 0.001 0.001 0.014 0.026 0.932 0.027 31 Y 0.046 0.006 0.001 0.005 0.116 0.011 0.815 32 D 0.398 0.033 0.002 0.002 0.077 0.006 0.483 33 V 0.769 0.005 0.001 0.001 0.011 0.002 0.211 34 I 0.899 0.001 0.001 0.001 0.054 0.002 0.041 35 G 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 36 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 37 F 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 38 M 0.898 0.002 0.003 0.003 0.009 0.004 0.082 39 K 0.737 0.011 0.009 0.006 0.058 0.014 0.166 40 N 0.548 0.014 0.018 0.012 0.151 0.030 0.227 41 W 0.337 0.053 0.019 0.011 0.173 0.043 0.365 42 D 0.256 0.039 0.020 0.010 0.155 0.061 0.459 43 D 0.135 0.029 0.041 0.017 0.237 0.228 0.313 44 T 0.049 0.016 0.053 0.017 0.236 0.310 0.319 45 D 0.025 0.010 0.052 0.014 0.318 0.349 0.232 46 E 0.023 0.010 0.040 0.019 0.318 0.324 0.266 47 N 0.044 0.019 0.035 0.028 0.346 0.220 0.307 48 G 0.082 0.032 0.027 0.031 0.303 0.156 0.370 49 V 0.178 0.062 0.026 0.036 0.203 0.069 0.427 50 C 0.251 0.080 0.027 0.041 0.112 0.045 0.445 51 T 0.138 0.050 0.038 0.050 0.136 0.046 0.543 52 A 0.088 0.012 0.031 0.129 0.119 0.035 0.586 53 T 0.007 0.002 0.082 0.785 0.030 0.059 0.036 54 E 0.003 0.003 0.052 0.816 0.035 0.055 0.035 55 D 0.002 0.002 0.011 0.904 0.019 0.028 0.034 56 Y 0.001 0.001 0.002 0.986 0.003 0.004 0.005 57 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 64 D 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.003 0.937 0.002 0.058 0.001 66 I 0.001 0.001 0.003 0.428 0.012 0.552 0.004 67 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.875 0.083 68 I 0.006 0.008 0.001 0.001 0.157 0.005 0.824 69 P 0.122 0.006 0.001 0.001 0.118 0.005 0.748 70 Y 0.711 0.005 0.001 0.002 0.020 0.005 0.257 71 Y 0.976 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.011 72 S 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 73 V 0.972 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.023 74 N 0.668 0.007 0.001 0.005 0.017 0.002 0.301 75 F 0.045 0.002 0.034 0.185 0.083 0.114 0.537 76 E 0.005 0.001 0.056 0.482 0.162 0.130 0.164 77 K 0.001 0.001 0.042 0.838 0.043 0.048 0.027 78 E 0.001 0.002 0.040 0.873 0.016 0.043 0.026 79 Y 0.002 0.004 0.022 0.836 0.028 0.080 0.028 80 W 0.001 0.001 0.019 0.892 0.011 0.060 0.016 81 D 0.002 0.001 0.011 0.914 0.011 0.053 0.009 82 R 0.002 0.002 0.019 0.868 0.009 0.080 0.019 83 V 0.004 0.009 0.015 0.866 0.026 0.037 0.042 84 F 0.002 0.001 0.008 0.949 0.008 0.015 0.018 85 E 0.001 0.001 0.003 0.972 0.004 0.016 0.004 86 Y 0.001 0.001 0.001 0.976 0.003 0.015 0.005 87 F 0.001 0.001 0.001 0.981 0.004 0.011 0.004 88 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.006 0.005 89 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.006 0.002 90 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.002 91 Y 0.001 0.001 0.002 0.980 0.003 0.010 0.004 92 R 0.001 0.001 0.004 0.930 0.004 0.056 0.005 93 A 0.001 0.001 0.004 0.517 0.010 0.460 0.008 94 G 0.002 0.002 0.003 0.161 0.125 0.562 0.145 95 R 0.003 0.011 0.002 0.012 0.221 0.058 0.693 96 T 0.010 0.014 0.003 0.005 0.194 0.014 0.760 97 P 0.021 0.015 0.011 0.008 0.303 0.044 0.597 98 N 0.044 0.015 0.022 0.032 0.268 0.048 0.572 99 P 0.092 0.028 0.073 0.136 0.138 0.058 0.474 100 D 0.211 0.025 0.096 0.133 0.118 0.086 0.329 101 V 0.226 0.037 0.130 0.159 0.107 0.167 0.175 102 M 0.136 0.031 0.065 0.186 0.116 0.189 0.276 103 C 0.039 0.010 0.043 0.243 0.114 0.436 0.116 104 N 0.032 0.009 0.044 0.182 0.192 0.292 0.249 105 K 0.054 0.009 0.068 0.418 0.111 0.213 0.128 106 E 0.145 0.015 0.026 0.478 0.058 0.143 0.135 107 I 0.262 0.051 0.026 0.404 0.056 0.056 0.145 108 K 0.242 0.028 0.021 0.381 0.058 0.066 0.202 109 F 0.020 0.003 0.031 0.846 0.024 0.033 0.042 110 K 0.002 0.001 0.027 0.944 0.008 0.013 0.007 111 A 0.002 0.001 0.020 0.949 0.004 0.018 0.005 112 F 0.001 0.001 0.007 0.981 0.002 0.007 0.003 113 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.004 0.002 114 D 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.002 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.002 116 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.002 117 I 0.001 0.001 0.005 0.977 0.001 0.015 0.002 118 T 0.001 0.001 0.010 0.916 0.004 0.065 0.004 119 L 0.001 0.001 0.009 0.347 0.017 0.624 0.003 120 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.945 0.034 121 A 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.983 122 D 0.190 0.001 0.001 0.001 0.662 0.002 0.145 123 Y 0.988 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 124 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 125 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 126 T 0.921 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.062 127 G 0.305 0.001 0.007 0.002 0.385 0.037 0.263 128 H 0.260 0.003 0.016 0.005 0.388 0.047 0.280 129 Y 0.544 0.033 0.045 0.009 0.117 0.050 0.201 130 A 0.891 0.008 0.010 0.006 0.014 0.019 0.052 131 R 0.932 0.002 0.004 0.006 0.012 0.007 0.036 132 V 0.923 0.009 0.002 0.005 0.011 0.003 0.047 133 A 0.833 0.009 0.002 0.006 0.013 0.004 0.132 134 R 0.695 0.021 0.005 0.012 0.043 0.017 0.207 135 D 0.416 0.014 0.009 0.022 0.114 0.066 0.358 136 E 0.107 0.010 0.011 0.025 0.231 0.175 0.441 137 D 0.011 0.004 0.008 0.013 0.120 0.054 0.791