# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26.586 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.223 0.296 0.258 0.114 0.038 0.035 0.007 0.002 0.026 0.001 0.001 2 S 0.209 0.262 0.288 0.105 0.050 0.037 0.009 0.004 0.027 0.008 0.001 3 D 0.234 0.170 0.220 0.217 0.036 0.051 0.020 0.004 0.039 0.007 0.001 4 N 0.160 0.074 0.179 0.273 0.037 0.059 0.126 0.016 0.063 0.012 0.001 5 S 0.304 0.038 0.130 0.295 0.026 0.017 0.115 0.050 0.007 0.018 0.001 6 K 0.133 0.133 0.183 0.331 0.041 0.025 0.098 0.037 0.014 0.004 0.001 7 T 0.018 0.521 0.332 0.036 0.052 0.016 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 8 R 0.002 0.579 0.356 0.002 0.028 0.018 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 9 V 0.001 0.800 0.164 0.001 0.010 0.011 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 10 V 0.001 0.691 0.263 0.001 0.005 0.027 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 11 V 0.002 0.813 0.108 0.001 0.010 0.036 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 12 G 0.003 0.722 0.147 0.002 0.052 0.045 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 13 M 0.020 0.555 0.203 0.028 0.101 0.050 0.007 0.001 0.033 0.002 0.001 14 S 0.030 0.278 0.217 0.027 0.370 0.023 0.007 0.004 0.012 0.031 0.001 15 G 0.167 0.062 0.138 0.169 0.180 0.014 0.061 0.054 0.018 0.135 0.002 16 G 0.207 0.025 0.168 0.073 0.096 0.026 0.049 0.126 0.008 0.213 0.008 17 V 0.692 0.049 0.046 0.134 0.008 0.033 0.017 0.006 0.011 0.004 0.001 18 D 0.785 0.019 0.049 0.066 0.007 0.031 0.022 0.005 0.010 0.007 0.001 19 S 0.985 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 S 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.970 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.309 0.002 0.010 0.677 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 G 0.027 0.001 0.004 0.010 0.002 0.001 0.269 0.654 0.002 0.030 0.001 31 Y 0.106 0.199 0.536 0.045 0.054 0.028 0.009 0.003 0.009 0.010 0.001 32 D 0.146 0.129 0.403 0.083 0.024 0.141 0.045 0.004 0.020 0.001 0.004 33 V 0.085 0.478 0.320 0.006 0.015 0.067 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 34 I 0.624 0.145 0.054 0.148 0.004 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 35 G 0.086 0.296 0.132 0.015 0.435 0.008 0.009 0.007 0.005 0.006 0.001 36 I 0.079 0.745 0.066 0.010 0.066 0.013 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 37 F 0.117 0.616 0.119 0.029 0.043 0.032 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 38 M 0.112 0.452 0.219 0.057 0.086 0.039 0.005 0.002 0.026 0.002 0.001 39 K 0.192 0.306 0.282 0.052 0.061 0.048 0.024 0.004 0.025 0.004 0.001 40 N 0.174 0.126 0.152 0.226 0.048 0.080 0.136 0.006 0.048 0.003 0.002 41 W 0.169 0.282 0.291 0.111 0.076 0.038 0.006 0.004 0.021 0.003 0.001 42 D 0.144 0.220 0.225 0.152 0.067 0.103 0.025 0.007 0.047 0.009 0.001 43 D 0.262 0.140 0.150 0.282 0.041 0.045 0.029 0.008 0.038 0.006 0.001 44 T 0.290 0.126 0.164 0.285 0.043 0.034 0.019 0.010 0.021 0.007 0.001 45 D 0.251 0.062 0.216 0.260 0.035 0.050 0.065 0.019 0.027 0.013 0.001 46 E 0.481 0.077 0.090 0.227 0.019 0.024 0.042 0.016 0.017 0.005 0.001 47 N 0.183 0.062 0.125 0.465 0.016 0.015 0.104 0.010 0.017 0.003 0.001 48 G 0.058 0.019 0.082 0.056 0.082 0.005 0.151 0.448 0.003 0.096 0.001 49 V 0.165 0.376 0.267 0.102 0.053 0.017 0.006 0.002 0.010 0.002 0.001 50 C 0.091 0.348 0.349 0.047 0.052 0.060 0.011 0.002 0.036 0.003 0.001 51 T 0.157 0.270 0.331 0.117 0.063 0.037 0.006 0.002 0.014 0.002 0.001 52 A 0.177 0.236 0.258 0.074 0.170 0.026 0.013 0.009 0.017 0.019 0.001 53 T 0.453 0.180 0.155 0.094 0.070 0.018 0.005 0.005 0.012 0.007 0.001 54 E 0.673 0.054 0.100 0.101 0.039 0.011 0.009 0.005 0.005 0.003 0.001 55 D 0.252 0.059 0.234 0.093 0.032 0.185 0.013 0.003 0.122 0.007 0.002 56 Y 0.976 0.001 0.002 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.968 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.979 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 I 0.135 0.001 0.004 0.859 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.677 0.313 0.001 0.003 0.001 68 I 0.003 0.381 0.545 0.001 0.010 0.022 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 69 P 0.024 0.008 0.846 0.002 0.001 0.106 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 70 Y 0.078 0.565 0.159 0.033 0.082 0.037 0.005 0.002 0.038 0.001 0.001 71 Y 0.039 0.695 0.104 0.015 0.072 0.031 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 72 S 0.029 0.599 0.260 0.022 0.040 0.032 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 73 V 0.035 0.684 0.131 0.015 0.064 0.037 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 74 N 0.020 0.108 0.268 0.019 0.045 0.377 0.018 0.001 0.137 0.004 0.001 75 F 0.628 0.021 0.029 0.225 0.009 0.039 0.021 0.005 0.018 0.003 0.002 76 E 0.848 0.022 0.057 0.057 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 77 K 0.947 0.003 0.007 0.024 0.002 0.002 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 78 E 0.958 0.003 0.008 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Y 0.933 0.004 0.005 0.052 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 W 0.992 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 R 0.981 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 F 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 F 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.975 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 Y 0.921 0.002 0.005 0.068 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 R 0.950 0.005 0.010 0.026 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 93 A 0.210 0.005 0.027 0.741 0.002 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 94 G 0.015 0.002 0.033 0.017 0.011 0.002 0.259 0.630 0.001 0.029 0.001 95 R 0.145 0.218 0.349 0.194 0.019 0.054 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 96 T 0.009 0.279 0.484 0.001 0.062 0.020 0.011 0.001 0.130 0.004 0.001 97 P 0.413 0.004 0.454 0.036 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 98 N 0.040 0.175 0.367 0.014 0.086 0.048 0.011 0.002 0.255 0.003 0.001 99 P 0.455 0.015 0.452 0.031 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 100 D 0.315 0.095 0.304 0.134 0.024 0.068 0.013 0.014 0.029 0.002 0.001 101 V 0.270 0.386 0.181 0.073 0.028 0.036 0.003 0.002 0.020 0.001 0.001 102 M 0.374 0.213 0.210 0.087 0.013 0.052 0.017 0.002 0.029 0.002 0.001 103 C 0.364 0.132 0.183 0.174 0.054 0.021 0.026 0.008 0.023 0.014 0.001 104 N 0.362 0.014 0.126 0.112 0.026 0.052 0.193 0.076 0.013 0.022 0.003 105 K 0.816 0.035 0.055 0.063 0.005 0.010 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 106 E 0.735 0.063 0.091 0.074 0.003 0.022 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 107 I 0.485 0.244 0.148 0.054 0.018 0.026 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 108 K 0.427 0.175 0.212 0.018 0.022 0.090 0.011 0.002 0.039 0.004 0.001 109 F 0.971 0.004 0.008 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 K 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 F 0.969 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 D 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 I 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 T 0.975 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 L 0.265 0.003 0.009 0.719 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.183 0.793 0.001 0.012 0.001 121 A 0.024 0.052 0.846 0.003 0.017 0.050 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 122 D 0.735 0.001 0.005 0.256 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Y 0.020 0.704 0.020 0.007 0.231 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 124 V 0.038 0.815 0.077 0.005 0.006 0.022 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 125 A 0.080 0.499 0.139 0.018 0.163 0.055 0.004 0.002 0.038 0.002 0.001 126 T 0.083 0.512 0.095 0.088 0.134 0.037 0.005 0.001 0.040 0.004 0.001 127 G 0.166 0.080 0.161 0.088 0.189 0.025 0.076 0.110 0.012 0.091 0.002 128 H 0.246 0.318 0.160 0.083 0.102 0.037 0.034 0.003 0.012 0.004 0.001 129 Y 0.205 0.450 0.162 0.062 0.052 0.032 0.012 0.002 0.021 0.001 0.001 130 A 0.193 0.432 0.173 0.038 0.124 0.014 0.008 0.002 0.011 0.004 0.001 131 R 0.103 0.576 0.151 0.026 0.092 0.025 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 132 V 0.110 0.618 0.164 0.030 0.031 0.022 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 133 A 0.106 0.545 0.215 0.034 0.038 0.036 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 134 R 0.116 0.500 0.208 0.055 0.051 0.034 0.006 0.001 0.026 0.002 0.001 135 D 0.132 0.257 0.240 0.087 0.106 0.061 0.038 0.006 0.063 0.009 0.001 136 E 0.453 0.105 0.109 0.195 0.041 0.026 0.029 0.008 0.021 0.012 0.001 137 D 0.264 0.071 0.117 0.346 0.028 0.051 0.076 0.009 0.033 0.005 0.001