# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 321 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.150 0.171 0.065 0.032 0.219 0.016 0.016 0.044 0.065 0.145 0.077 2 S 0.075 0.320 0.156 0.032 0.198 0.011 0.019 0.042 0.040 0.067 0.039 3 D 0.066 0.338 0.206 0.030 0.136 0.012 0.015 0.053 0.066 0.053 0.026 4 N 0.046 0.279 0.206 0.036 0.168 0.017 0.018 0.112 0.082 0.025 0.013 5 S 0.013 0.026 0.014 0.017 0.028 0.059 0.182 0.309 0.296 0.048 0.008 6 K 0.129 0.043 0.019 0.012 0.103 0.005 0.011 0.019 0.067 0.400 0.192 7 T 0.084 0.376 0.055 0.014 0.347 0.019 0.032 0.011 0.010 0.026 0.024 8 R 0.218 0.077 0.006 0.001 0.661 0.002 0.004 0.003 0.002 0.004 0.021 9 V 0.249 0.021 0.001 0.001 0.714 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 10 V 0.240 0.006 0.001 0.001 0.730 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 11 V 0.163 0.051 0.002 0.001 0.754 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 12 G 0.440 0.020 0.002 0.001 0.333 0.001 0.001 0.003 0.003 0.020 0.178 13 M 0.175 0.042 0.015 0.027 0.120 0.048 0.060 0.040 0.055 0.265 0.152 14 S 0.027 0.233 0.152 0.155 0.090 0.058 0.052 0.052 0.066 0.093 0.023 15 G 0.023 0.051 0.066 0.193 0.036 0.150 0.072 0.064 0.084 0.198 0.063 16 G 0.018 0.062 0.191 0.134 0.035 0.059 0.028 0.097 0.120 0.208 0.048 17 V 0.032 0.140 0.058 0.005 0.073 0.006 0.020 0.347 0.232 0.070 0.017 18 D 0.018 0.038 0.017 0.003 0.033 0.003 0.013 0.567 0.247 0.054 0.008 19 S 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.776 0.200 0.009 0.001 20 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.926 0.062 0.002 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.030 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.043 0.002 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.045 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.021 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.023 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.958 0.034 0.003 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.890 0.091 0.004 0.001 28 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.069 0.852 0.067 0.006 0.001 29 Q 0.001 0.597 0.346 0.007 0.021 0.003 0.006 0.013 0.004 0.003 0.001 30 G 0.077 0.013 0.005 0.007 0.016 0.004 0.005 0.011 0.019 0.444 0.400 31 Y 0.086 0.432 0.070 0.004 0.317 0.004 0.005 0.016 0.021 0.023 0.023 32 D 0.209 0.160 0.031 0.005 0.425 0.006 0.011 0.023 0.025 0.033 0.071 33 V 0.516 0.061 0.010 0.003 0.283 0.003 0.002 0.006 0.006 0.013 0.097 34 I 0.021 0.029 0.014 0.099 0.053 0.267 0.388 0.073 0.020 0.030 0.007 35 G 0.215 0.123 0.057 0.022 0.470 0.002 0.003 0.015 0.009 0.039 0.045 36 I 0.329 0.080 0.010 0.007 0.521 0.006 0.004 0.008 0.003 0.005 0.027 37 F 0.253 0.098 0.021 0.007 0.517 0.009 0.009 0.007 0.002 0.011 0.067 38 M 0.310 0.133 0.019 0.006 0.390 0.004 0.007 0.020 0.011 0.015 0.084 39 K 0.166 0.127 0.034 0.039 0.271 0.058 0.067 0.060 0.042 0.065 0.071 40 N 0.223 0.124 0.045 0.027 0.303 0.021 0.021 0.034 0.027 0.063 0.112 41 W 0.098 0.174 0.062 0.044 0.212 0.023 0.040 0.103 0.093 0.101 0.050 42 D 0.118 0.158 0.082 0.050 0.163 0.028 0.052 0.093 0.076 0.116 0.062 43 D 0.081 0.189 0.098 0.041 0.165 0.031 0.045 0.110 0.096 0.097 0.045 44 T 0.057 0.131 0.107 0.074 0.095 0.066 0.093 0.128 0.101 0.105 0.044 45 D 0.072 0.132 0.107 0.076 0.104 0.048 0.059 0.113 0.103 0.131 0.054 46 E 0.054 0.093 0.102 0.096 0.079 0.067 0.061 0.112 0.103 0.174 0.059 47 N 0.052 0.175 0.096 0.085 0.110 0.061 0.081 0.105 0.078 0.117 0.040 48 G 0.055 0.080 0.087 0.120 0.082 0.056 0.050 0.089 0.079 0.222 0.079 49 V 0.061 0.163 0.147 0.081 0.123 0.046 0.040 0.086 0.079 0.120 0.055 50 C 0.134 0.206 0.120 0.022 0.222 0.010 0.018 0.067 0.043 0.067 0.090 51 T 0.066 0.235 0.107 0.024 0.147 0.015 0.021 0.112 0.109 0.124 0.039 52 A 0.040 0.215 0.108 0.020 0.113 0.017 0.030 0.247 0.131 0.065 0.017 53 T 0.020 0.047 0.019 0.008 0.030 0.012 0.038 0.453 0.217 0.132 0.025 54 E 0.012 0.082 0.028 0.006 0.041 0.010 0.040 0.506 0.150 0.109 0.016 55 D 0.031 0.194 0.088 0.005 0.057 0.002 0.006 0.415 0.099 0.087 0.018 56 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.826 0.151 0.009 0.001 57 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.935 0.048 0.001 0.001 58 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.039 0.010 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.922 0.069 0.007 0.001 60 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.046 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.961 0.032 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.057 0.004 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.913 0.077 0.004 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.830 0.124 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.157 0.701 0.125 0.010 0.001 66 I 0.003 0.836 0.104 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 67 G 0.163 0.003 0.002 0.006 0.020 0.002 0.003 0.003 0.011 0.227 0.559 68 I 0.041 0.587 0.100 0.005 0.243 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.010 69 P 0.172 0.099 0.018 0.034 0.428 0.034 0.068 0.019 0.015 0.026 0.088 70 Y 0.369 0.076 0.013 0.005 0.474 0.006 0.003 0.006 0.009 0.009 0.031 71 Y 0.104 0.136 0.009 0.002 0.698 0.002 0.006 0.009 0.004 0.010 0.020 72 S 0.366 0.031 0.003 0.001 0.547 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.039 73 V 0.086 0.217 0.040 0.021 0.448 0.055 0.029 0.023 0.008 0.025 0.047 74 N 0.321 0.101 0.033 0.002 0.426 0.001 0.001 0.008 0.003 0.005 0.098 75 F 0.009 0.010 0.005 0.003 0.013 0.002 0.004 0.431 0.405 0.103 0.014 76 E 0.002 0.021 0.005 0.004 0.008 0.008 0.034 0.745 0.163 0.009 0.001 77 K 0.003 0.006 0.002 0.003 0.007 0.006 0.029 0.808 0.119 0.015 0.002 78 E 0.003 0.003 0.004 0.003 0.003 0.008 0.038 0.776 0.103 0.050 0.009 79 Y 0.011 0.010 0.004 0.001 0.009 0.001 0.005 0.696 0.161 0.086 0.017 80 W 0.001 0.008 0.002 0.001 0.003 0.002 0.011 0.788 0.172 0.012 0.001 81 D 0.001 0.012 0.003 0.002 0.006 0.004 0.084 0.788 0.089 0.009 0.001 82 R 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.012 0.131 0.695 0.094 0.053 0.003 83 V 0.009 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.017 0.807 0.109 0.026 0.009 84 F 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.698 0.205 0.070 0.006 85 E 0.001 0.007 0.007 0.002 0.002 0.001 0.006 0.899 0.072 0.002 0.001 86 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.943 0.050 0.002 0.001 87 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.931 0.060 0.004 0.001 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.886 0.106 0.005 0.001 89 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.907 0.075 0.002 0.001 90 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.040 0.870 0.066 0.013 0.001 91 Y 0.015 0.006 0.004 0.001 0.011 0.003 0.035 0.676 0.183 0.048 0.017 92 R 0.005 0.007 0.005 0.009 0.006 0.024 0.082 0.670 0.138 0.049 0.005 93 A 0.003 0.433 0.141 0.048 0.033 0.035 0.124 0.122 0.025 0.034 0.002 94 G 0.034 0.033 0.041 0.033 0.025 0.015 0.013 0.028 0.037 0.555 0.186 95 R 0.103 0.222 0.111 0.035 0.152 0.021 0.054 0.090 0.081 0.083 0.048 96 T 0.028 0.383 0.298 0.034 0.148 0.010 0.016 0.031 0.020 0.022 0.010 97 P 0.077 0.223 0.136 0.055 0.141 0.064 0.070 0.057 0.044 0.074 0.059 98 N 0.095 0.270 0.156 0.011 0.348 0.006 0.011 0.033 0.024 0.025 0.022 99 P 0.065 0.271 0.112 0.014 0.158 0.008 0.013 0.109 0.117 0.091 0.044 100 D 0.108 0.090 0.021 0.005 0.282 0.008 0.029 0.248 0.151 0.041 0.018 101 V 0.056 0.061 0.018 0.006 0.075 0.010 0.036 0.416 0.205 0.085 0.032 102 M 0.055 0.068 0.042 0.020 0.090 0.034 0.138 0.363 0.074 0.086 0.030 103 C 0.034 0.064 0.046 0.070 0.047 0.091 0.094 0.268 0.133 0.119 0.033 104 N 0.039 0.130 0.069 0.057 0.082 0.022 0.022 0.181 0.175 0.177 0.046 105 K 0.025 0.037 0.016 0.009 0.054 0.015 0.073 0.419 0.196 0.135 0.021 106 E 0.131 0.170 0.032 0.004 0.241 0.005 0.032 0.170 0.089 0.087 0.038 107 I 0.099 0.323 0.029 0.009 0.368 0.021 0.024 0.069 0.022 0.012 0.023 108 K 0.198 0.194 0.073 0.008 0.228 0.004 0.007 0.034 0.017 0.077 0.158 109 F 0.030 0.078 0.080 0.028 0.063 0.005 0.005 0.353 0.256 0.076 0.025 110 K 0.001 0.019 0.007 0.007 0.005 0.007 0.013 0.779 0.155 0.006 0.001 111 A 0.001 0.008 0.003 0.001 0.003 0.003 0.021 0.888 0.061 0.010 0.001 112 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.837 0.091 0.061 0.003 113 L 0.002 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.870 0.102 0.008 0.001 114 D 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.887 0.087 0.006 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.859 0.117 0.014 0.001 116 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.854 0.117 0.015 0.003 117 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.775 0.194 0.003 0.001 118 T 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.031 0.576 0.303 0.078 0.001 119 L 0.001 0.681 0.269 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.157 0.006 0.003 0.002 0.016 0.001 0.001 0.002 0.007 0.284 0.521 121 A 0.265 0.111 0.004 0.001 0.526 0.001 0.001 0.002 0.006 0.012 0.073 122 D 0.016 0.008 0.003 0.095 0.048 0.213 0.355 0.166 0.056 0.028 0.013 123 Y 0.330 0.049 0.004 0.002 0.531 0.003 0.008 0.024 0.011 0.025 0.013 124 V 0.306 0.046 0.002 0.004 0.592 0.008 0.007 0.009 0.002 0.002 0.022 125 A 0.333 0.013 0.005 0.003 0.352 0.004 0.004 0.006 0.003 0.049 0.227 126 T 0.044 0.252 0.173 0.113 0.168 0.018 0.060 0.027 0.014 0.094 0.036 127 G 0.171 0.091 0.062 0.057 0.156 0.018 0.023 0.033 0.022 0.155 0.212 128 H 0.082 0.151 0.037 0.034 0.188 0.083 0.112 0.154 0.066 0.058 0.035 129 Y 0.284 0.087 0.012 0.004 0.487 0.006 0.015 0.039 0.011 0.019 0.036 130 A 0.440 0.055 0.003 0.003 0.440 0.006 0.005 0.016 0.004 0.003 0.025 131 R 0.188 0.138 0.015 0.008 0.562 0.018 0.011 0.020 0.005 0.006 0.030 132 V 0.405 0.054 0.005 0.001 0.416 0.002 0.004 0.013 0.004 0.008 0.088 133 A 0.168 0.213 0.053 0.024 0.335 0.033 0.041 0.042 0.018 0.023 0.049 134 R 0.166 0.170 0.051 0.034 0.193 0.040 0.061 0.072 0.040 0.074 0.099 135 D 0.088 0.182 0.159 0.066 0.171 0.046 0.054 0.080 0.056 0.057 0.041 136 E 0.061 0.103 0.057 0.058 0.091 0.061 0.069 0.118 0.133 0.186 0.063 137 D 0.156 0.151 0.083 0.018 0.320 0.009 0.012 0.057 0.058 0.078 0.057