# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 321 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.365 0.309 0.199 0.097 0.025 0.005 0.001 2 S 0.303 0.276 0.198 0.147 0.061 0.015 0.001 3 D 0.286 0.216 0.176 0.176 0.112 0.031 0.002 4 N 0.580 0.222 0.106 0.065 0.022 0.004 0.001 5 S 0.755 0.195 0.040 0.010 0.001 0.001 0.001 6 K 0.463 0.411 0.100 0.023 0.002 0.001 0.001 7 T 0.031 0.290 0.358 0.264 0.054 0.003 0.001 8 R 0.001 0.017 0.093 0.343 0.417 0.126 0.002 9 V 0.001 0.001 0.004 0.035 0.204 0.625 0.131 10 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.325 0.638 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.099 0.896 12 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.087 0.906 13 M 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.170 0.796 14 S 0.001 0.001 0.004 0.015 0.062 0.271 0.647 15 G 0.001 0.003 0.010 0.033 0.101 0.317 0.536 16 G 0.002 0.011 0.023 0.065 0.179 0.337 0.382 17 V 0.001 0.006 0.017 0.057 0.140 0.315 0.465 18 D 0.001 0.001 0.002 0.010 0.049 0.233 0.705 19 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.130 0.853 20 S 0.001 0.001 0.002 0.011 0.049 0.265 0.671 21 V 0.001 0.002 0.005 0.023 0.069 0.234 0.667 22 T 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.114 0.866 23 A 0.001 0.001 0.002 0.009 0.038 0.300 0.649 24 L 0.002 0.009 0.022 0.082 0.248 0.456 0.180 25 L 0.001 0.005 0.025 0.125 0.302 0.429 0.114 26 L 0.001 0.007 0.018 0.059 0.226 0.534 0.154 27 K 0.005 0.044 0.127 0.328 0.338 0.144 0.014 28 E 0.045 0.263 0.286 0.248 0.127 0.029 0.003 29 Q 0.045 0.179 0.359 0.300 0.097 0.018 0.001 30 G 0.138 0.352 0.238 0.167 0.086 0.019 0.001 31 Y 0.019 0.114 0.250 0.346 0.220 0.048 0.003 32 D 0.069 0.248 0.282 0.242 0.118 0.038 0.003 33 V 0.002 0.005 0.017 0.071 0.273 0.487 0.145 34 I 0.006 0.032 0.074 0.177 0.279 0.320 0.112 35 G 0.002 0.008 0.026 0.072 0.155 0.396 0.342 36 I 0.001 0.002 0.006 0.025 0.086 0.358 0.522 37 F 0.001 0.005 0.013 0.042 0.136 0.415 0.388 38 M 0.001 0.002 0.009 0.035 0.109 0.423 0.421 39 K 0.003 0.019 0.065 0.172 0.265 0.354 0.122 40 N 0.003 0.011 0.030 0.097 0.262 0.447 0.149 41 W 0.004 0.018 0.049 0.157 0.424 0.327 0.022 42 D 0.038 0.217 0.326 0.284 0.113 0.021 0.001 43 D 0.211 0.340 0.267 0.135 0.038 0.008 0.001 44 T 0.578 0.259 0.098 0.047 0.015 0.003 0.001 45 D 0.637 0.220 0.092 0.038 0.010 0.002 0.001 46 E 0.741 0.165 0.062 0.024 0.007 0.001 0.001 47 N 0.595 0.235 0.107 0.047 0.015 0.003 0.001 48 G 0.506 0.280 0.129 0.063 0.018 0.003 0.001 49 V 0.165 0.253 0.234 0.215 0.103 0.028 0.002 50 C 0.066 0.102 0.148 0.247 0.265 0.153 0.018 51 T 0.066 0.125 0.178 0.240 0.238 0.133 0.020 52 A 0.048 0.100 0.155 0.279 0.261 0.138 0.018 53 T 0.096 0.210 0.204 0.217 0.167 0.090 0.017 54 E 0.139 0.269 0.222 0.181 0.122 0.054 0.014 55 D 0.011 0.068 0.136 0.238 0.282 0.217 0.048 56 Y 0.003 0.030 0.116 0.250 0.382 0.199 0.020 57 K 0.046 0.332 0.374 0.173 0.053 0.021 0.002 58 D 0.002 0.024 0.113 0.292 0.346 0.194 0.029 59 V 0.001 0.001 0.002 0.018 0.175 0.633 0.171 60 V 0.002 0.034 0.189 0.404 0.288 0.079 0.004 61 A 0.021 0.227 0.366 0.280 0.088 0.017 0.001 62 V 0.003 0.011 0.023 0.102 0.360 0.468 0.034 63 A 0.003 0.008 0.043 0.230 0.459 0.245 0.012 64 D 0.144 0.559 0.242 0.049 0.006 0.001 0.001 65 Q 0.233 0.397 0.227 0.117 0.023 0.003 0.001 66 I 0.013 0.067 0.180 0.349 0.294 0.091 0.006 67 G 0.212 0.414 0.235 0.096 0.036 0.007 0.001 68 I 0.040 0.060 0.115 0.283 0.302 0.175 0.025 69 P 0.113 0.208 0.231 0.243 0.152 0.049 0.003 70 Y 0.045 0.097 0.171 0.241 0.282 0.143 0.021 71 Y 0.055 0.155 0.184 0.232 0.212 0.137 0.025 72 S 0.027 0.102 0.172 0.257 0.253 0.167 0.022 73 V 0.024 0.055 0.107 0.226 0.302 0.253 0.034 74 N 0.071 0.213 0.264 0.244 0.148 0.055 0.005 75 F 0.030 0.068 0.131 0.296 0.342 0.125 0.008 76 E 0.134 0.327 0.271 0.183 0.068 0.015 0.001 77 K 0.362 0.456 0.137 0.037 0.007 0.001 0.001 78 E 0.110 0.374 0.335 0.143 0.032 0.005 0.001 79 Y 0.003 0.019 0.073 0.243 0.474 0.182 0.005 80 W 0.016 0.141 0.286 0.334 0.178 0.043 0.002 81 D 0.127 0.537 0.246 0.075 0.013 0.002 0.001 82 R 0.021 0.136 0.394 0.353 0.087 0.009 0.001 83 V 0.004 0.017 0.030 0.113 0.401 0.405 0.029 84 F 0.006 0.038 0.114 0.325 0.380 0.132 0.006 85 E 0.041 0.383 0.395 0.151 0.027 0.003 0.001 86 Y 0.017 0.124 0.323 0.384 0.133 0.019 0.001 87 F 0.004 0.014 0.024 0.097 0.379 0.452 0.030 88 L 0.021 0.086 0.196 0.379 0.260 0.057 0.002 89 A 0.172 0.559 0.206 0.054 0.009 0.001 0.001 90 E 0.094 0.267 0.314 0.244 0.071 0.010 0.001 91 Y 0.023 0.070 0.151 0.299 0.358 0.097 0.004 92 R 0.245 0.318 0.233 0.148 0.048 0.008 0.001 93 A 0.512 0.343 0.099 0.036 0.008 0.002 0.001 94 G 0.343 0.327 0.183 0.099 0.039 0.008 0.001 95 R 0.089 0.244 0.293 0.235 0.111 0.026 0.002 96 T 0.066 0.098 0.130 0.238 0.281 0.168 0.019 97 P 0.019 0.028 0.055 0.137 0.272 0.366 0.124 98 N 0.022 0.030 0.046 0.107 0.212 0.382 0.201 99 P 0.006 0.010 0.022 0.062 0.139 0.321 0.439 100 D 0.008 0.018 0.030 0.064 0.133 0.325 0.422 101 V 0.009 0.023 0.046 0.094 0.169 0.322 0.338 102 M 0.012 0.026 0.043 0.115 0.212 0.350 0.242 103 C 0.008 0.016 0.027 0.065 0.185 0.406 0.293 104 N 0.031 0.056 0.086 0.156 0.225 0.292 0.156 105 K 0.020 0.069 0.115 0.233 0.239 0.241 0.084 106 E 0.014 0.040 0.084 0.178 0.311 0.295 0.078 107 I 0.003 0.011 0.024 0.065 0.183 0.448 0.266 108 K 0.004 0.025 0.059 0.168 0.255 0.344 0.146 109 F 0.001 0.005 0.015 0.047 0.184 0.474 0.274 110 K 0.014 0.080 0.182 0.264 0.212 0.197 0.051 111 A 0.003 0.038 0.118 0.262 0.281 0.208 0.090 112 F 0.001 0.001 0.002 0.012 0.108 0.578 0.299 113 L 0.001 0.005 0.028 0.197 0.452 0.296 0.022 114 D 0.012 0.304 0.365 0.221 0.081 0.015 0.001 115 Y 0.001 0.014 0.113 0.402 0.342 0.124 0.004 116 A 0.002 0.011 0.021 0.119 0.508 0.329 0.008 117 I 0.101 0.427 0.347 0.113 0.011 0.001 0.001 118 T 0.459 0.438 0.079 0.020 0.004 0.001 0.001 119 L 0.014 0.107 0.288 0.388 0.182 0.020 0.001 120 G 0.102 0.439 0.317 0.113 0.026 0.003 0.001 121 A 0.006 0.013 0.054 0.178 0.391 0.332 0.026 122 D 0.003 0.023 0.077 0.295 0.418 0.171 0.014 123 Y 0.001 0.006 0.018 0.060 0.197 0.520 0.198 124 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.249 0.720 125 A 0.001 0.001 0.003 0.010 0.042 0.241 0.702 126 T 0.002 0.007 0.017 0.038 0.071 0.207 0.657 127 G 0.009 0.016 0.024 0.053 0.092 0.282 0.524 128 H 0.022 0.041 0.063 0.125 0.210 0.281 0.258 129 Y 0.024 0.044 0.090 0.164 0.285 0.269 0.123 130 A 0.034 0.038 0.083 0.147 0.231 0.356 0.111 131 R 0.109 0.118 0.159 0.220 0.213 0.153 0.028 132 V 0.197 0.175 0.195 0.183 0.164 0.077 0.009 133 A 0.324 0.257 0.179 0.145 0.074 0.021 0.001 134 R 0.420 0.273 0.168 0.103 0.032 0.005 0.001 135 D 0.741 0.175 0.057 0.022 0.004 0.001 0.001 136 E 0.888 0.085 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 137 D 0.873 0.089 0.024 0.010 0.003 0.001 0.001