# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1034 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.002 0.001 0.006 0.035 0.947 2 S 0.068 0.013 0.008 0.015 0.134 0.763 3 D 0.046 0.014 0.067 0.029 0.452 0.392 4 N 0.020 0.004 0.222 0.028 0.588 0.138 5 S 0.026 0.002 0.210 0.017 0.617 0.127 6 K 0.053 0.003 0.059 0.006 0.591 0.287 7 T 0.183 0.004 0.006 0.001 0.274 0.531 8 R 0.812 0.003 0.001 0.001 0.037 0.148 9 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 10 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 13 M 0.932 0.001 0.001 0.001 0.010 0.057 14 S 0.457 0.008 0.002 0.001 0.093 0.439 15 G 0.070 0.006 0.003 0.003 0.176 0.742 16 G 0.024 0.006 0.004 0.007 0.186 0.773 17 V 0.022 0.025 0.014 0.148 0.244 0.547 18 D 0.018 0.018 0.013 0.249 0.180 0.522 19 S 0.005 0.002 0.008 0.904 0.032 0.049 20 S 0.003 0.001 0.003 0.969 0.010 0.015 21 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 22 T 0.002 0.001 0.003 0.992 0.002 0.001 23 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 24 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 25 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 26 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 27 K 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.989 0.007 0.002 29 Q 0.001 0.001 0.005 0.936 0.018 0.041 30 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 0.947 31 Y 0.018 0.001 0.003 0.001 0.143 0.834 32 D 0.365 0.004 0.003 0.001 0.115 0.513 33 V 0.947 0.001 0.001 0.001 0.009 0.042 34 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 35 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 37 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 38 M 0.939 0.001 0.001 0.001 0.014 0.045 39 K 0.725 0.005 0.002 0.001 0.063 0.204 40 N 0.449 0.013 0.006 0.005 0.221 0.306 41 W 0.174 0.030 0.021 0.015 0.455 0.305 42 D 0.102 0.016 0.033 0.020 0.613 0.217 43 D 0.065 0.018 0.069 0.041 0.659 0.147 44 T 0.047 0.024 0.067 0.047 0.665 0.150 45 D 0.058 0.025 0.070 0.044 0.679 0.124 46 E 0.060 0.031 0.096 0.086 0.595 0.130 47 N 0.044 0.018 0.076 0.062 0.637 0.164 48 G 0.054 0.010 0.044 0.027 0.632 0.232 49 V 0.126 0.063 0.039 0.036 0.393 0.342 50 C 0.114 0.130 0.023 0.052 0.287 0.394 51 T 0.085 0.041 0.029 0.051 0.480 0.315 52 A 0.028 0.008 0.045 0.090 0.532 0.296 53 T 0.027 0.009 0.069 0.160 0.466 0.270 54 E 0.072 0.038 0.056 0.143 0.425 0.267 55 D 0.050 0.037 0.015 0.079 0.183 0.636 56 Y 0.002 0.001 0.020 0.936 0.023 0.019 57 K 0.002 0.001 0.016 0.952 0.019 0.010 58 D 0.001 0.001 0.014 0.953 0.024 0.007 59 V 0.001 0.001 0.005 0.987 0.004 0.003 60 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.005 0.002 62 V 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.003 63 A 0.001 0.001 0.006 0.988 0.005 0.001 64 D 0.001 0.001 0.013 0.978 0.006 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.010 0.968 0.010 0.011 66 I 0.001 0.001 0.009 0.910 0.011 0.070 67 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.993 68 I 0.009 0.001 0.001 0.001 0.021 0.969 69 P 0.134 0.001 0.001 0.001 0.062 0.802 70 Y 0.814 0.006 0.002 0.001 0.030 0.149 71 Y 0.949 0.001 0.001 0.001 0.008 0.040 72 S 0.968 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 73 V 0.818 0.005 0.001 0.002 0.014 0.159 74 N 0.301 0.006 0.001 0.004 0.092 0.596 75 F 0.035 0.002 0.081 0.390 0.200 0.291 76 E 0.013 0.001 0.083 0.677 0.131 0.097 77 K 0.005 0.001 0.162 0.702 0.108 0.022 78 E 0.004 0.001 0.077 0.798 0.079 0.040 79 Y 0.004 0.002 0.062 0.855 0.053 0.024 80 W 0.003 0.001 0.036 0.914 0.030 0.016 81 D 0.004 0.001 0.042 0.886 0.039 0.029 82 R 0.007 0.001 0.028 0.889 0.046 0.029 83 V 0.012 0.002 0.015 0.903 0.035 0.033 84 F 0.013 0.001 0.012 0.912 0.026 0.036 85 E 0.008 0.001 0.018 0.925 0.019 0.029 86 Y 0.006 0.001 0.011 0.958 0.011 0.014 87 F 0.003 0.001 0.008 0.964 0.008 0.016 88 L 0.002 0.001 0.007 0.968 0.010 0.011 89 A 0.002 0.001 0.013 0.963 0.012 0.009 90 E 0.002 0.001 0.011 0.967 0.013 0.007 91 Y 0.001 0.001 0.013 0.954 0.022 0.009 92 R 0.001 0.001 0.014 0.926 0.045 0.014 93 A 0.001 0.001 0.017 0.862 0.064 0.055 94 G 0.003 0.001 0.012 0.040 0.215 0.730 95 R 0.010 0.008 0.004 0.005 0.192 0.781 96 T 0.054 0.047 0.005 0.008 0.210 0.677 97 P 0.040 0.046 0.007 0.018 0.183 0.706 98 N 0.029 0.013 0.008 0.019 0.269 0.663 99 P 0.030 0.006 0.046 0.175 0.310 0.433 100 D 0.040 0.012 0.069 0.281 0.309 0.288 101 V 0.050 0.017 0.111 0.424 0.277 0.121 102 M 0.066 0.016 0.093 0.382 0.292 0.152 103 C 0.033 0.011 0.045 0.508 0.257 0.146 104 N 0.034 0.007 0.036 0.417 0.304 0.203 105 K 0.026 0.002 0.062 0.566 0.224 0.120 106 E 0.037 0.006 0.065 0.659 0.138 0.095 107 I 0.074 0.013 0.054 0.590 0.138 0.131 108 K 0.059 0.013 0.022 0.593 0.061 0.252 109 F 0.005 0.001 0.015 0.911 0.018 0.051 110 K 0.002 0.001 0.011 0.960 0.012 0.015 111 A 0.001 0.001 0.014 0.974 0.008 0.003 112 F 0.001 0.001 0.008 0.982 0.006 0.003 113 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 114 D 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 115 Y 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 116 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 117 I 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 118 T 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 119 L 0.001 0.001 0.004 0.970 0.004 0.022 120 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.990 121 A 0.010 0.003 0.002 0.002 0.128 0.855 122 D 0.072 0.001 0.004 0.002 0.210 0.711 123 Y 0.886 0.007 0.002 0.002 0.030 0.073 124 V 0.982 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 125 A 0.978 0.002 0.001 0.002 0.006 0.011 126 T 0.825 0.005 0.002 0.012 0.048 0.109 127 G 0.401 0.004 0.009 0.006 0.260 0.319 128 H 0.271 0.008 0.037 0.016 0.300 0.368 129 Y 0.179 0.037 0.090 0.037 0.393 0.265 130 A 0.242 0.018 0.076 0.074 0.374 0.216 131 R 0.263 0.018 0.057 0.091 0.243 0.327 132 V 0.270 0.035 0.058 0.172 0.206 0.259 133 A 0.242 0.020 0.057 0.171 0.263 0.247 134 R 0.214 0.021 0.051 0.131 0.228 0.354 135 D 0.115 0.014 0.036 0.070 0.259 0.506 136 E 0.041 0.017 0.016 0.049 0.148 0.728 137 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.982