# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1034 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.249 0.094 0.048 0.100 0.085 0.079 0.097 0.075 0.076 0.057 0.040 2 S 0.211 0.256 0.056 0.136 0.092 0.068 0.072 0.040 0.034 0.021 0.015 3 D 0.404 0.176 0.061 0.137 0.080 0.058 0.042 0.018 0.012 0.007 0.005 4 N 0.441 0.211 0.039 0.103 0.060 0.043 0.044 0.021 0.018 0.010 0.010 5 S 0.292 0.254 0.123 0.175 0.070 0.038 0.027 0.009 0.007 0.004 0.003 6 K 0.338 0.211 0.081 0.194 0.095 0.043 0.024 0.007 0.004 0.002 0.001 7 T 0.056 0.103 0.102 0.229 0.218 0.139 0.095 0.032 0.018 0.006 0.003 8 R 0.001 0.003 0.005 0.051 0.143 0.232 0.310 0.149 0.071 0.029 0.008 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.096 0.203 0.270 0.233 0.177 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.071 0.163 0.236 0.251 0.267 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.075 0.209 0.343 0.349 12 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.030 0.082 0.206 0.295 0.379 13 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.041 0.097 0.205 0.279 0.360 14 S 0.004 0.011 0.008 0.038 0.054 0.081 0.196 0.198 0.195 0.124 0.091 15 G 0.014 0.027 0.011 0.066 0.097 0.127 0.195 0.158 0.145 0.097 0.063 16 G 0.006 0.014 0.006 0.045 0.091 0.134 0.194 0.157 0.160 0.119 0.073 17 V 0.002 0.005 0.003 0.021 0.064 0.124 0.196 0.186 0.182 0.129 0.088 18 D 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.040 0.105 0.165 0.252 0.237 0.181 19 S 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.014 0.065 0.116 0.261 0.279 0.255 20 S 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.026 0.077 0.113 0.230 0.260 0.273 21 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.011 0.048 0.099 0.210 0.282 0.336 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.065 0.210 0.299 0.404 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.026 0.052 0.139 0.257 0.518 24 L 0.001 0.001 0.005 0.008 0.018 0.058 0.239 0.192 0.216 0.172 0.092 25 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.032 0.187 0.214 0.224 0.182 0.152 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.099 0.300 0.580 27 K 0.001 0.001 0.001 0.012 0.053 0.117 0.321 0.254 0.151 0.062 0.030 28 E 0.011 0.060 0.293 0.208 0.138 0.133 0.099 0.030 0.016 0.007 0.005 29 Q 0.001 0.003 0.002 0.024 0.066 0.209 0.471 0.147 0.050 0.020 0.007 30 G 0.765 0.161 0.030 0.036 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.001 0.003 0.002 0.012 0.028 0.071 0.211 0.215 0.207 0.149 0.100 32 D 0.158 0.277 0.119 0.267 0.120 0.042 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 33 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.114 0.239 0.282 0.318 34 I 0.001 0.005 0.007 0.049 0.111 0.177 0.281 0.155 0.108 0.062 0.045 35 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.038 0.095 0.196 0.274 0.385 36 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.067 0.135 0.245 0.289 0.242 37 F 0.001 0.003 0.003 0.014 0.020 0.036 0.104 0.146 0.226 0.227 0.219 38 M 0.001 0.002 0.002 0.007 0.011 0.023 0.079 0.135 0.230 0.278 0.232 39 K 0.005 0.017 0.018 0.099 0.132 0.143 0.209 0.156 0.114 0.066 0.041 40 N 0.011 0.026 0.013 0.051 0.070 0.084 0.148 0.156 0.176 0.157 0.108 41 W 0.012 0.029 0.027 0.150 0.185 0.177 0.180 0.095 0.078 0.045 0.023 42 D 0.108 0.137 0.059 0.197 0.161 0.123 0.110 0.047 0.032 0.018 0.008 43 D 0.247 0.136 0.082 0.189 0.115 0.080 0.068 0.034 0.025 0.016 0.009 44 T 0.348 0.199 0.056 0.131 0.081 0.050 0.050 0.027 0.023 0.019 0.016 45 D 0.404 0.226 0.047 0.134 0.073 0.047 0.033 0.015 0.011 0.006 0.003 46 E 0.251 0.122 0.047 0.116 0.103 0.095 0.095 0.058 0.050 0.035 0.027 47 N 0.142 0.194 0.092 0.183 0.128 0.088 0.078 0.039 0.029 0.016 0.010 48 G 0.231 0.137 0.069 0.150 0.126 0.097 0.082 0.042 0.034 0.021 0.011 49 V 0.080 0.106 0.061 0.187 0.167 0.124 0.121 0.059 0.050 0.030 0.016 50 C 0.009 0.009 0.010 0.026 0.041 0.059 0.147 0.163 0.216 0.181 0.140 51 T 0.048 0.139 0.064 0.221 0.187 0.126 0.104 0.047 0.034 0.018 0.012 52 A 0.078 0.097 0.057 0.147 0.160 0.148 0.157 0.071 0.047 0.026 0.012 53 T 0.423 0.190 0.073 0.154 0.081 0.041 0.025 0.007 0.004 0.002 0.001 54 E 0.372 0.185 0.077 0.166 0.088 0.049 0.038 0.014 0.007 0.003 0.001 55 D 0.035 0.185 0.080 0.132 0.106 0.120 0.145 0.077 0.061 0.036 0.024 56 Y 0.004 0.006 0.009 0.035 0.117 0.241 0.301 0.148 0.086 0.037 0.017 57 K 0.427 0.148 0.274 0.104 0.028 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.001 0.013 0.054 0.238 0.277 0.220 0.136 0.038 0.016 0.006 0.002 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.055 0.182 0.303 0.441 60 V 0.001 0.002 0.032 0.179 0.308 0.301 0.134 0.027 0.011 0.004 0.001 61 A 0.004 0.026 0.716 0.142 0.064 0.029 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.017 0.056 0.261 0.205 0.197 0.145 0.109 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 0.108 0.245 0.327 0.274 64 D 0.008 0.035 0.552 0.292 0.090 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.002 0.019 0.262 0.132 0.181 0.222 0.144 0.025 0.009 0.003 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.019 0.117 0.173 0.253 0.245 0.184 67 G 0.483 0.292 0.053 0.101 0.039 0.017 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 68 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.019 0.078 0.141 0.257 0.259 0.230 69 P 0.293 0.319 0.079 0.184 0.075 0.030 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 70 Y 0.001 0.002 0.001 0.006 0.011 0.026 0.090 0.146 0.241 0.258 0.219 71 Y 0.011 0.033 0.024 0.114 0.158 0.180 0.206 0.110 0.087 0.047 0.030 72 S 0.007 0.017 0.012 0.065 0.082 0.104 0.196 0.173 0.168 0.103 0.071 73 V 0.004 0.006 0.006 0.026 0.047 0.076 0.196 0.186 0.207 0.154 0.092 74 N 0.188 0.265 0.122 0.240 0.110 0.043 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 75 F 0.004 0.006 0.002 0.009 0.013 0.025 0.085 0.128 0.225 0.257 0.245 76 E 0.045 0.263 0.078 0.264 0.186 0.089 0.049 0.014 0.008 0.002 0.001 77 K 0.341 0.171 0.091 0.223 0.100 0.041 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 78 E 0.386 0.164 0.100 0.167 0.080 0.046 0.032 0.013 0.007 0.003 0.002 79 Y 0.002 0.003 0.003 0.010 0.024 0.085 0.237 0.222 0.211 0.130 0.072 80 W 0.001 0.004 0.008 0.031 0.091 0.177 0.301 0.178 0.120 0.062 0.027 81 D 0.054 0.101 0.590 0.160 0.060 0.022 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 82 R 0.017 0.038 0.064 0.220 0.214 0.219 0.160 0.041 0.018 0.007 0.002 83 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.033 0.086 0.242 0.319 0.305 84 F 0.001 0.003 0.010 0.031 0.089 0.182 0.313 0.178 0.119 0.055 0.020 85 E 0.047 0.086 0.491 0.204 0.090 0.039 0.025 0.008 0.006 0.003 0.001 86 Y 0.007 0.013 0.015 0.056 0.098 0.195 0.322 0.148 0.086 0.044 0.016 87 F 0.002 0.002 0.003 0.006 0.006 0.014 0.061 0.116 0.250 0.290 0.250 88 L 0.003 0.009 0.018 0.048 0.092 0.168 0.258 0.156 0.130 0.077 0.041 89 A 0.082 0.101 0.484 0.193 0.076 0.030 0.019 0.007 0.005 0.002 0.001 90 E 0.031 0.040 0.055 0.111 0.134 0.198 0.241 0.096 0.056 0.026 0.011 91 Y 0.002 0.003 0.005 0.013 0.017 0.037 0.131 0.162 0.226 0.212 0.193 92 R 0.032 0.098 0.193 0.179 0.166 0.144 0.113 0.036 0.022 0.011 0.006 93 A 0.049 0.095 0.306 0.201 0.122 0.082 0.072 0.030 0.023 0.013 0.007 94 G 0.587 0.152 0.047 0.090 0.049 0.032 0.023 0.009 0.006 0.004 0.002 95 R 0.061 0.069 0.041 0.129 0.128 0.136 0.164 0.095 0.081 0.057 0.038 96 T 0.050 0.093 0.033 0.095 0.106 0.111 0.156 0.122 0.116 0.074 0.043 97 P 0.189 0.059 0.031 0.073 0.078 0.099 0.131 0.098 0.104 0.079 0.058 98 N 0.128 0.079 0.029 0.091 0.090 0.090 0.141 0.114 0.110 0.079 0.048 99 P 0.086 0.066 0.031 0.100 0.098 0.096 0.131 0.111 0.126 0.094 0.062 100 D 0.045 0.054 0.024 0.086 0.098 0.113 0.151 0.123 0.129 0.100 0.077 101 V 0.027 0.033 0.026 0.069 0.081 0.101 0.179 0.158 0.159 0.110 0.056 102 M 0.034 0.057 0.037 0.132 0.146 0.147 0.174 0.114 0.087 0.048 0.025 103 C 0.009 0.011 0.010 0.027 0.033 0.042 0.101 0.134 0.208 0.215 0.211 104 N 0.035 0.065 0.042 0.165 0.203 0.164 0.153 0.077 0.056 0.026 0.013 105 K 0.055 0.060 0.046 0.152 0.139 0.152 0.173 0.093 0.074 0.040 0.017 106 E 0.034 0.050 0.051 0.151 0.173 0.179 0.183 0.085 0.055 0.026 0.012 107 I 0.010 0.012 0.023 0.036 0.035 0.054 0.154 0.192 0.225 0.163 0.097 108 K 0.001 0.005 0.018 0.040 0.074 0.112 0.215 0.171 0.185 0.115 0.066 109 F 0.001 0.001 0.006 0.012 0.027 0.058 0.172 0.182 0.230 0.186 0.124 110 K 0.011 0.022 0.098 0.289 0.245 0.167 0.111 0.030 0.016 0.007 0.002 111 A 0.001 0.004 0.016 0.039 0.065 0.112 0.251 0.210 0.160 0.097 0.046 112 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.058 0.219 0.320 0.380 113 L 0.001 0.001 0.005 0.014 0.048 0.143 0.346 0.195 0.143 0.075 0.031 114 D 0.004 0.019 0.420 0.290 0.145 0.067 0.035 0.010 0.006 0.003 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.002 0.007 0.020 0.081 0.369 0.230 0.155 0.091 0.045 116 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.129 0.342 0.499 117 I 0.001 0.004 0.036 0.147 0.283 0.269 0.177 0.050 0.020 0.009 0.005 118 T 0.005 0.029 0.583 0.177 0.102 0.065 0.029 0.007 0.003 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.081 0.424 0.242 0.133 0.074 0.025 120 G 0.329 0.337 0.084 0.148 0.053 0.023 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.034 0.132 0.232 0.587 122 D 0.094 0.202 0.107 0.263 0.168 0.098 0.048 0.011 0.005 0.002 0.001 123 Y 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.062 0.250 0.282 0.227 0.112 0.041 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.070 0.151 0.259 0.486 125 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.045 0.099 0.209 0.279 0.355 126 T 0.001 0.002 0.003 0.006 0.007 0.012 0.054 0.107 0.226 0.277 0.304 127 G 0.003 0.004 0.003 0.014 0.019 0.038 0.108 0.155 0.233 0.236 0.186 128 H 0.016 0.043 0.029 0.121 0.136 0.151 0.203 0.133 0.094 0.049 0.024 129 Y 0.022 0.035 0.024 0.065 0.071 0.090 0.154 0.147 0.174 0.127 0.090 130 A 0.046 0.049 0.035 0.106 0.120 0.132 0.175 0.110 0.111 0.072 0.044 131 R 0.090 0.086 0.065 0.167 0.147 0.130 0.132 0.074 0.061 0.034 0.015 132 V 0.044 0.046 0.044 0.092 0.105 0.128 0.165 0.118 0.121 0.085 0.051 133 A 0.075 0.090 0.072 0.110 0.094 0.094 0.132 0.097 0.102 0.078 0.055 134 R 0.113 0.099 0.088 0.143 0.139 0.130 0.131 0.066 0.050 0.028 0.013 135 D 0.248 0.150 0.105 0.138 0.093 0.073 0.074 0.041 0.037 0.024 0.016 136 E 0.345 0.184 0.070 0.134 0.087 0.061 0.050 0.026 0.021 0.014 0.008 137 D 0.504 0.161 0.041 0.077 0.050 0.042 0.041 0.027 0.026 0.018 0.011