# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1034 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 S 0.030 0.035 0.009 0.022 0.004 0.026 0.874 3 D 0.027 0.013 0.076 0.041 0.141 0.158 0.545 4 N 0.028 0.002 0.119 0.025 0.196 0.337 0.293 5 S 0.028 0.003 0.137 0.022 0.260 0.362 0.188 6 K 0.057 0.003 0.027 0.002 0.273 0.190 0.448 7 T 0.108 0.002 0.003 0.001 0.213 0.033 0.641 8 R 0.835 0.004 0.001 0.001 0.026 0.007 0.127 9 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 10 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 13 M 0.881 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.110 14 S 0.459 0.007 0.002 0.001 0.077 0.015 0.440 15 G 0.123 0.006 0.007 0.002 0.402 0.073 0.387 16 G 0.080 0.013 0.025 0.042 0.327 0.115 0.399 17 V 0.048 0.019 0.053 0.357 0.146 0.170 0.207 18 D 0.013 0.005 0.033 0.705 0.038 0.099 0.107 19 S 0.002 0.001 0.010 0.927 0.009 0.026 0.025 20 S 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.002 21 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.962 0.002 0.033 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.002 0.296 0.008 0.692 0.002 30 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.947 0.032 31 Y 0.016 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.954 32 D 0.361 0.005 0.001 0.001 0.100 0.005 0.529 33 V 0.955 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.040 34 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 35 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 37 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 38 M 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 39 K 0.825 0.003 0.001 0.001 0.044 0.010 0.118 40 N 0.756 0.013 0.002 0.001 0.044 0.021 0.162 41 W 0.290 0.021 0.014 0.005 0.233 0.058 0.379 42 D 0.158 0.016 0.035 0.008 0.254 0.196 0.334 43 D 0.065 0.017 0.062 0.013 0.247 0.297 0.299 44 T 0.051 0.037 0.054 0.013 0.265 0.321 0.260 45 D 0.041 0.014 0.042 0.009 0.267 0.249 0.378 46 E 0.072 0.034 0.054 0.015 0.267 0.256 0.301 47 N 0.053 0.029 0.068 0.018 0.236 0.340 0.255 48 G 0.058 0.021 0.060 0.015 0.351 0.223 0.272 49 V 0.110 0.057 0.042 0.026 0.145 0.151 0.469 50 C 0.092 0.105 0.031 0.025 0.150 0.115 0.482 51 T 0.055 0.036 0.018 0.028 0.162 0.070 0.631 52 A 0.035 0.015 0.024 0.066 0.254 0.097 0.509 53 T 0.012 0.005 0.090 0.511 0.082 0.102 0.197 54 E 0.007 0.004 0.089 0.661 0.071 0.071 0.097 55 D 0.004 0.004 0.052 0.733 0.025 0.046 0.137 56 Y 0.001 0.001 0.009 0.974 0.002 0.008 0.006 57 K 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.005 0.001 58 D 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.002 0.963 0.004 0.030 0.001 66 I 0.001 0.001 0.002 0.420 0.008 0.565 0.003 67 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.899 0.065 68 I 0.011 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.940 69 P 0.227 0.005 0.002 0.001 0.028 0.003 0.733 70 Y 0.919 0.002 0.002 0.001 0.011 0.002 0.063 71 Y 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 72 S 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 73 V 0.923 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.063 74 N 0.463 0.007 0.001 0.003 0.055 0.005 0.466 75 F 0.070 0.010 0.040 0.121 0.127 0.263 0.368 76 E 0.015 0.005 0.089 0.329 0.067 0.260 0.235 77 K 0.005 0.001 0.130 0.702 0.040 0.068 0.054 78 E 0.005 0.003 0.041 0.874 0.014 0.037 0.026 79 Y 0.006 0.003 0.035 0.893 0.005 0.040 0.018 80 W 0.002 0.001 0.012 0.954 0.003 0.018 0.010 81 D 0.001 0.001 0.008 0.975 0.001 0.014 0.001 82 R 0.001 0.001 0.005 0.976 0.002 0.015 0.002 83 V 0.001 0.001 0.005 0.975 0.001 0.017 0.002 84 F 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.007 0.002 85 E 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.008 0.001 86 Y 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.010 0.002 87 F 0.001 0.001 0.002 0.978 0.001 0.015 0.003 88 L 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.006 0.003 89 A 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.008 0.002 90 E 0.001 0.001 0.005 0.978 0.001 0.014 0.001 91 Y 0.001 0.001 0.007 0.958 0.004 0.023 0.006 92 R 0.006 0.005 0.017 0.836 0.013 0.094 0.028 93 A 0.002 0.001 0.015 0.361 0.013 0.600 0.008 94 G 0.003 0.001 0.006 0.052 0.044 0.839 0.054 95 R 0.024 0.034 0.009 0.020 0.218 0.083 0.612 96 T 0.061 0.056 0.003 0.003 0.254 0.024 0.600 97 P 0.045 0.045 0.004 0.003 0.247 0.102 0.554 98 N 0.026 0.026 0.003 0.005 0.206 0.052 0.681 99 P 0.022 0.012 0.035 0.076 0.241 0.271 0.343 100 D 0.047 0.026 0.076 0.152 0.190 0.207 0.303 101 V 0.089 0.037 0.136 0.296 0.151 0.146 0.145 102 M 0.108 0.040 0.060 0.327 0.084 0.169 0.212 103 C 0.065 0.042 0.022 0.269 0.127 0.285 0.189 104 N 0.021 0.008 0.011 0.226 0.182 0.118 0.435 105 K 0.005 0.001 0.013 0.814 0.052 0.084 0.032 106 E 0.005 0.001 0.009 0.931 0.011 0.031 0.013 107 I 0.015 0.008 0.008 0.919 0.013 0.012 0.025 108 K 0.008 0.004 0.004 0.935 0.008 0.014 0.027 109 F 0.001 0.001 0.002 0.977 0.004 0.010 0.006 110 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 111 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.001 112 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 117 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.961 0.001 0.036 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.319 0.002 0.677 0.001 120 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.958 0.027 121 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.981 122 D 0.047 0.001 0.003 0.001 0.741 0.006 0.201 123 Y 0.958 0.001 0.003 0.002 0.015 0.007 0.013 124 V 0.988 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 125 A 0.989 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 126 T 0.867 0.001 0.001 0.009 0.008 0.002 0.112 127 G 0.334 0.001 0.007 0.008 0.154 0.030 0.466 128 H 0.154 0.005 0.037 0.059 0.293 0.151 0.300 129 Y 0.113 0.037 0.077 0.177 0.127 0.224 0.244 130 A 0.118 0.011 0.151 0.319 0.044 0.160 0.198 131 R 0.099 0.009 0.129 0.419 0.050 0.153 0.141 132 V 0.090 0.006 0.144 0.430 0.043 0.144 0.143 133 A 0.091 0.013 0.081 0.467 0.054 0.146 0.147 134 R 0.073 0.012 0.066 0.347 0.116 0.202 0.185 135 D 0.054 0.009 0.033 0.199 0.146 0.321 0.238 136 E 0.023 0.008 0.010 0.060 0.024 0.091 0.785 137 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995