# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1034 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.507 0.288 0.042 0.059 0.023 0.003 0.001 0.020 0.002 0.001 2 S 0.063 0.384 0.391 0.030 0.041 0.050 0.006 0.003 0.025 0.007 0.001 3 D 0.154 0.332 0.268 0.078 0.044 0.048 0.018 0.007 0.042 0.008 0.001 4 N 0.194 0.140 0.167 0.132 0.064 0.040 0.142 0.019 0.081 0.020 0.001 5 S 0.269 0.034 0.147 0.257 0.041 0.022 0.122 0.060 0.012 0.032 0.004 6 K 0.150 0.111 0.237 0.210 0.068 0.029 0.110 0.055 0.014 0.013 0.002 7 T 0.069 0.407 0.306 0.115 0.056 0.017 0.009 0.002 0.017 0.002 0.001 8 R 0.004 0.665 0.220 0.006 0.073 0.014 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 9 V 0.001 0.816 0.136 0.001 0.009 0.016 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 10 V 0.001 0.789 0.162 0.001 0.007 0.024 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 11 V 0.002 0.807 0.118 0.001 0.006 0.042 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 12 G 0.002 0.722 0.148 0.002 0.054 0.041 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 13 M 0.020 0.716 0.103 0.026 0.068 0.034 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 14 S 0.026 0.264 0.117 0.036 0.495 0.021 0.004 0.002 0.011 0.022 0.002 15 G 0.202 0.057 0.112 0.232 0.115 0.015 0.120 0.041 0.020 0.085 0.002 16 G 0.255 0.018 0.227 0.033 0.093 0.013 0.019 0.158 0.005 0.157 0.022 17 V 0.834 0.014 0.022 0.091 0.002 0.011 0.013 0.008 0.003 0.001 0.002 18 D 0.854 0.016 0.044 0.045 0.006 0.012 0.006 0.005 0.004 0.007 0.001 19 S 0.984 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 S 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.894 0.006 0.006 0.089 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.234 0.007 0.043 0.699 0.001 0.002 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 30 G 0.005 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.166 0.796 0.001 0.022 0.001 31 Y 0.029 0.273 0.553 0.035 0.055 0.025 0.012 0.002 0.015 0.002 0.001 32 D 0.021 0.335 0.422 0.047 0.024 0.105 0.018 0.001 0.026 0.001 0.001 33 V 0.001 0.479 0.472 0.001 0.009 0.032 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 34 I 0.335 0.225 0.029 0.385 0.006 0.011 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 35 G 0.001 0.797 0.038 0.001 0.161 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 36 I 0.001 0.910 0.017 0.001 0.023 0.007 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 37 F 0.001 0.749 0.166 0.001 0.021 0.036 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 38 M 0.016 0.672 0.107 0.018 0.112 0.033 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 39 K 0.035 0.351 0.428 0.014 0.048 0.076 0.015 0.002 0.026 0.005 0.001 40 N 0.070 0.163 0.214 0.143 0.052 0.084 0.198 0.005 0.064 0.004 0.002 41 W 0.204 0.234 0.300 0.096 0.074 0.046 0.013 0.007 0.018 0.006 0.001 42 D 0.229 0.132 0.265 0.175 0.055 0.073 0.023 0.012 0.025 0.011 0.001 43 D 0.226 0.072 0.106 0.345 0.023 0.103 0.045 0.006 0.072 0.002 0.001 44 T 0.436 0.067 0.111 0.339 0.012 0.017 0.006 0.002 0.007 0.001 0.001 45 D 0.234 0.028 0.109 0.294 0.020 0.041 0.189 0.045 0.031 0.009 0.001 46 E 0.363 0.124 0.221 0.160 0.029 0.030 0.028 0.013 0.023 0.008 0.001 47 N 0.178 0.063 0.250 0.291 0.020 0.029 0.123 0.017 0.019 0.010 0.001 48 G 0.051 0.020 0.085 0.041 0.102 0.005 0.088 0.427 0.004 0.178 0.001 49 V 0.194 0.346 0.261 0.107 0.053 0.020 0.004 0.001 0.011 0.002 0.001 50 C 0.095 0.311 0.335 0.074 0.049 0.076 0.017 0.003 0.035 0.005 0.001 51 T 0.079 0.373 0.306 0.070 0.072 0.038 0.010 0.002 0.048 0.003 0.001 52 A 0.229 0.085 0.538 0.035 0.047 0.023 0.007 0.006 0.011 0.017 0.001 53 T 0.572 0.050 0.159 0.128 0.019 0.020 0.015 0.018 0.007 0.010 0.002 54 E 0.522 0.104 0.158 0.117 0.040 0.016 0.018 0.010 0.009 0.005 0.001 55 D 0.341 0.090 0.317 0.064 0.039 0.077 0.013 0.007 0.036 0.014 0.001 56 Y 0.962 0.002 0.004 0.026 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.974 0.003 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.960 0.001 0.006 0.019 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 59 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.984 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 I 0.132 0.001 0.002 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.693 0.299 0.001 0.003 0.001 68 I 0.005 0.409 0.518 0.001 0.012 0.019 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 69 P 0.015 0.005 0.821 0.002 0.001 0.147 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 70 Y 0.042 0.630 0.151 0.029 0.087 0.028 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 71 Y 0.020 0.755 0.086 0.006 0.089 0.019 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 72 S 0.014 0.533 0.353 0.013 0.015 0.048 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 73 V 0.031 0.727 0.109 0.011 0.045 0.040 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 74 N 0.017 0.108 0.408 0.012 0.016 0.335 0.018 0.001 0.082 0.002 0.001 75 F 0.675 0.034 0.065 0.160 0.010 0.023 0.013 0.004 0.014 0.001 0.001 76 E 0.751 0.033 0.134 0.047 0.006 0.012 0.005 0.002 0.005 0.005 0.001 77 K 0.953 0.003 0.008 0.021 0.001 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 78 E 0.959 0.002 0.008 0.021 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 79 Y 0.920 0.003 0.006 0.060 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 80 W 0.979 0.002 0.004 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 R 0.970 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.970 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 F 0.982 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.990 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.979 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 F 0.951 0.003 0.003 0.037 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 88 L 0.974 0.005 0.007 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 A 0.986 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.920 0.002 0.002 0.071 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 Y 0.777 0.021 0.032 0.151 0.003 0.006 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 92 R 0.780 0.030 0.054 0.060 0.006 0.015 0.038 0.003 0.008 0.004 0.001 93 A 0.229 0.033 0.162 0.491 0.010 0.013 0.044 0.006 0.008 0.005 0.001 94 G 0.017 0.002 0.012 0.029 0.013 0.003 0.401 0.499 0.001 0.022 0.001 95 R 0.117 0.299 0.285 0.141 0.032 0.071 0.017 0.001 0.034 0.002 0.001 96 T 0.006 0.335 0.391 0.001 0.031 0.023 0.015 0.001 0.198 0.001 0.001 97 P 0.320 0.004 0.500 0.052 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 98 N 0.034 0.205 0.423 0.005 0.061 0.055 0.008 0.001 0.207 0.001 0.001 99 P 0.626 0.007 0.282 0.048 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 100 D 0.515 0.065 0.124 0.169 0.031 0.051 0.006 0.010 0.026 0.002 0.001 101 V 0.472 0.204 0.117 0.108 0.027 0.033 0.010 0.005 0.022 0.002 0.001 102 M 0.592 0.057 0.124 0.108 0.006 0.067 0.019 0.003 0.022 0.002 0.001 103 C 0.451 0.096 0.123 0.217 0.034 0.025 0.022 0.011 0.014 0.006 0.001 104 N 0.494 0.020 0.125 0.054 0.020 0.075 0.153 0.018 0.023 0.018 0.001 105 K 0.948 0.004 0.006 0.036 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 E 0.945 0.004 0.005 0.040 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 107 I 0.897 0.021 0.017 0.053 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 108 K 0.907 0.013 0.021 0.022 0.003 0.011 0.014 0.003 0.004 0.002 0.001 109 F 0.989 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 K 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 F 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 T 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 L 0.186 0.001 0.002 0.811 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.888 0.001 0.003 0.001 121 A 0.002 0.027 0.920 0.001 0.008 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 D 0.666 0.001 0.001 0.334 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Y 0.001 0.617 0.002 0.001 0.378 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 V 0.008 0.886 0.048 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 125 A 0.013 0.652 0.084 0.006 0.150 0.046 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 126 T 0.045 0.622 0.069 0.065 0.119 0.034 0.005 0.001 0.038 0.002 0.001 127 G 0.120 0.074 0.214 0.063 0.181 0.019 0.038 0.059 0.014 0.216 0.002 128 H 0.375 0.204 0.129 0.136 0.084 0.016 0.032 0.004 0.009 0.010 0.002 129 Y 0.303 0.134 0.147 0.146 0.040 0.070 0.083 0.014 0.055 0.006 0.003 130 A 0.386 0.182 0.213 0.073 0.049 0.022 0.034 0.010 0.019 0.010 0.001 131 R 0.499 0.068 0.148 0.074 0.015 0.092 0.070 0.007 0.022 0.003 0.002 132 V 0.518 0.173 0.102 0.139 0.016 0.026 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 133 A 0.377 0.278 0.130 0.117 0.050 0.022 0.004 0.002 0.017 0.002 0.001 134 R 0.288 0.270 0.234 0.108 0.043 0.024 0.011 0.004 0.014 0.004 0.001 135 D 0.199 0.122 0.215 0.175 0.066 0.049 0.088 0.023 0.050 0.011 0.001 136 E 0.271 0.166 0.232 0.126 0.086 0.027 0.018 0.014 0.018 0.041 0.001 137 D 0.157 0.062 0.137 0.251 0.036 0.120 0.157 0.011 0.061 0.006 0.001