# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1034 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.134 0.322 0.125 0.009 0.296 0.006 0.014 0.031 0.018 0.016 0.028 2 S 0.070 0.362 0.151 0.017 0.247 0.015 0.018 0.038 0.027 0.031 0.024 3 D 0.117 0.117 0.051 0.022 0.136 0.026 0.049 0.151 0.164 0.107 0.060 4 N 0.056 0.063 0.074 0.060 0.057 0.037 0.033 0.127 0.206 0.218 0.067 5 S 0.036 0.112 0.078 0.067 0.077 0.046 0.095 0.179 0.177 0.108 0.025 6 K 0.082 0.055 0.023 0.017 0.088 0.017 0.030 0.070 0.133 0.357 0.129 7 T 0.055 0.120 0.032 0.038 0.154 0.038 0.080 0.125 0.108 0.203 0.047 8 R 0.362 0.059 0.009 0.003 0.499 0.001 0.002 0.003 0.004 0.015 0.042 9 V 0.173 0.065 0.003 0.001 0.755 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 10 V 0.256 0.019 0.001 0.001 0.710 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 11 V 0.307 0.041 0.004 0.003 0.574 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.062 12 G 0.328 0.076 0.015 0.004 0.386 0.003 0.005 0.005 0.002 0.029 0.147 13 M 0.298 0.093 0.030 0.018 0.286 0.020 0.021 0.016 0.012 0.054 0.151 14 S 0.092 0.143 0.088 0.106 0.157 0.053 0.050 0.046 0.051 0.130 0.084 15 G 0.023 0.073 0.124 0.224 0.037 0.091 0.046 0.038 0.079 0.228 0.036 16 G 0.035 0.094 0.138 0.136 0.060 0.053 0.040 0.094 0.089 0.215 0.046 17 V 0.023 0.085 0.044 0.020 0.052 0.033 0.076 0.402 0.191 0.054 0.020 18 D 0.019 0.057 0.032 0.015 0.040 0.012 0.029 0.567 0.140 0.073 0.017 19 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.838 0.146 0.007 0.001 20 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.948 0.047 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.054 0.002 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.033 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.023 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.016 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.033 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.891 0.094 0.003 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.080 0.808 0.094 0.012 0.001 29 Q 0.001 0.606 0.360 0.007 0.020 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 30 G 0.032 0.004 0.004 0.007 0.003 0.003 0.002 0.005 0.012 0.427 0.500 31 Y 0.043 0.551 0.100 0.002 0.265 0.001 0.002 0.006 0.007 0.013 0.010 32 D 0.121 0.145 0.010 0.001 0.680 0.002 0.004 0.009 0.008 0.011 0.009 33 V 0.648 0.020 0.002 0.001 0.285 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 34 I 0.178 0.050 0.010 0.094 0.513 0.065 0.042 0.004 0.001 0.008 0.034 35 G 0.192 0.088 0.018 0.008 0.679 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 36 I 0.286 0.057 0.002 0.001 0.623 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 37 F 0.358 0.050 0.007 0.001 0.470 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.103 38 M 0.246 0.191 0.051 0.006 0.348 0.003 0.004 0.008 0.011 0.041 0.091 39 K 0.075 0.222 0.060 0.034 0.196 0.089 0.105 0.062 0.073 0.052 0.032 40 N 0.239 0.108 0.060 0.005 0.313 0.002 0.007 0.018 0.029 0.096 0.121 41 W 0.103 0.207 0.063 0.017 0.241 0.016 0.029 0.102 0.119 0.070 0.034 42 D 0.074 0.142 0.128 0.036 0.168 0.038 0.083 0.126 0.089 0.074 0.042 43 D 0.090 0.094 0.042 0.013 0.147 0.014 0.042 0.180 0.151 0.156 0.073 44 T 0.024 0.176 0.080 0.031 0.093 0.034 0.098 0.205 0.138 0.102 0.019 45 D 0.043 0.049 0.086 0.058 0.030 0.038 0.053 0.145 0.106 0.290 0.103 46 E 0.050 0.087 0.072 0.057 0.076 0.083 0.141 0.198 0.092 0.104 0.040 47 N 0.026 0.223 0.120 0.147 0.068 0.065 0.080 0.072 0.057 0.102 0.041 48 G 0.039 0.050 0.091 0.143 0.038 0.035 0.014 0.035 0.062 0.378 0.114 49 V 0.065 0.264 0.100 0.019 0.202 0.017 0.039 0.112 0.090 0.070 0.021 50 C 0.177 0.205 0.076 0.010 0.240 0.007 0.019 0.048 0.044 0.073 0.101 51 T 0.050 0.295 0.269 0.053 0.132 0.018 0.026 0.045 0.038 0.048 0.026 52 A 0.049 0.290 0.149 0.018 0.116 0.008 0.014 0.158 0.114 0.060 0.025 53 T 0.038 0.054 0.031 0.010 0.045 0.021 0.040 0.271 0.320 0.132 0.038 54 E 0.019 0.117 0.086 0.026 0.050 0.020 0.061 0.358 0.156 0.089 0.018 55 D 0.069 0.208 0.063 0.005 0.116 0.003 0.010 0.291 0.068 0.132 0.035 56 Y 0.007 0.007 0.002 0.001 0.010 0.001 0.002 0.746 0.198 0.021 0.005 57 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.935 0.049 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.038 0.015 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.042 0.003 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.016 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.008 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.871 0.123 0.002 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.874 0.069 0.003 0.001 66 I 0.001 0.741 0.219 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.066 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.349 0.572 68 I 0.010 0.678 0.170 0.001 0.139 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 P 0.243 0.102 0.012 0.008 0.453 0.012 0.033 0.029 0.017 0.028 0.063 70 Y 0.279 0.163 0.022 0.004 0.484 0.004 0.005 0.004 0.006 0.004 0.025 71 Y 0.101 0.127 0.007 0.001 0.737 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.014 72 S 0.399 0.031 0.003 0.001 0.488 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.063 73 V 0.089 0.317 0.051 0.013 0.392 0.024 0.024 0.022 0.005 0.018 0.042 74 N 0.429 0.061 0.010 0.001 0.396 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.096 75 F 0.024 0.024 0.007 0.002 0.029 0.001 0.002 0.268 0.428 0.189 0.025 76 E 0.008 0.079 0.035 0.011 0.022 0.017 0.038 0.599 0.152 0.037 0.003 77 K 0.005 0.008 0.003 0.003 0.010 0.005 0.018 0.806 0.122 0.015 0.004 78 E 0.004 0.007 0.008 0.003 0.007 0.009 0.046 0.837 0.066 0.011 0.003 79 Y 0.005 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.817 0.090 0.066 0.006 80 W 0.004 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.848 0.116 0.013 0.002 81 D 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.008 0.033 0.875 0.068 0.007 0.001 82 R 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.045 0.817 0.082 0.040 0.003 83 V 0.008 0.005 0.002 0.001 0.007 0.002 0.011 0.820 0.105 0.034 0.006 84 F 0.009 0.018 0.004 0.002 0.014 0.002 0.005 0.784 0.120 0.038 0.005 85 E 0.002 0.007 0.002 0.002 0.006 0.004 0.016 0.894 0.062 0.004 0.001 86 Y 0.004 0.005 0.004 0.001 0.005 0.001 0.017 0.914 0.041 0.006 0.003 87 F 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.859 0.095 0.027 0.002 88 L 0.005 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.834 0.123 0.012 0.002 89 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.003 0.017 0.889 0.076 0.003 0.001 90 E 0.002 0.004 0.003 0.001 0.007 0.004 0.064 0.830 0.065 0.018 0.001 91 Y 0.018 0.026 0.020 0.003 0.012 0.004 0.022 0.703 0.129 0.044 0.018 92 R 0.020 0.016 0.016 0.009 0.019 0.013 0.043 0.583 0.181 0.082 0.019 93 A 0.001 0.580 0.159 0.075 0.030 0.037 0.062 0.043 0.009 0.004 0.001 94 G 0.020 0.007 0.009 0.013 0.007 0.003 0.005 0.013 0.028 0.624 0.271 95 R 0.101 0.237 0.119 0.018 0.228 0.024 0.088 0.048 0.042 0.052 0.043 96 T 0.058 0.436 0.148 0.009 0.269 0.003 0.007 0.031 0.015 0.011 0.013 97 P 0.049 0.234 0.226 0.057 0.103 0.071 0.069 0.044 0.053 0.062 0.033 98 N 0.265 0.129 0.058 0.007 0.355 0.004 0.014 0.024 0.015 0.027 0.102 99 P 0.026 0.083 0.028 0.006 0.065 0.006 0.012 0.183 0.345 0.214 0.031 100 D 0.103 0.115 0.057 0.008 0.187 0.008 0.026 0.136 0.112 0.207 0.040 101 V 0.020 0.049 0.021 0.008 0.054 0.012 0.032 0.514 0.238 0.042 0.009 102 M 0.037 0.026 0.017 0.008 0.037 0.010 0.054 0.566 0.108 0.099 0.039 103 C 0.010 0.046 0.026 0.017 0.019 0.020 0.034 0.414 0.196 0.204 0.014 104 N 0.032 0.076 0.035 0.013 0.061 0.008 0.014 0.585 0.114 0.038 0.025 105 K 0.003 0.009 0.004 0.001 0.007 0.004 0.014 0.754 0.173 0.027 0.003 106 E 0.002 0.009 0.003 0.001 0.006 0.004 0.027 0.860 0.059 0.026 0.002 107 I 0.016 0.014 0.003 0.001 0.017 0.001 0.006 0.824 0.072 0.033 0.013 108 K 0.009 0.007 0.003 0.001 0.009 0.002 0.006 0.895 0.050 0.012 0.006 109 F 0.003 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.905 0.065 0.009 0.002 110 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.917 0.047 0.002 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.927 0.048 0.012 0.001 112 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.061 0.009 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.029 0.001 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.013 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.017 0.002 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.024 0.001 0.001 117 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.863 0.130 0.002 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.901 0.065 0.003 0.001 119 L 0.001 0.628 0.321 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.114 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.734 121 A 0.238 0.190 0.031 0.003 0.472 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.050 122 D 0.002 0.001 0.001 0.023 0.004 0.199 0.567 0.180 0.021 0.002 0.001 123 Y 0.148 0.185 0.023 0.001 0.621 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.008 124 V 0.278 0.038 0.001 0.001 0.631 0.001 0.002 0.010 0.002 0.002 0.035 125 A 0.236 0.047 0.016 0.006 0.414 0.003 0.004 0.028 0.008 0.064 0.174 126 T 0.130 0.185 0.027 0.021 0.171 0.023 0.037 0.031 0.022 0.187 0.166 127 G 0.060 0.104 0.089 0.170 0.084 0.090 0.026 0.055 0.054 0.191 0.076 128 H 0.112 0.102 0.042 0.017 0.156 0.027 0.077 0.265 0.088 0.061 0.052 129 Y 0.093 0.086 0.047 0.029 0.094 0.017 0.022 0.242 0.119 0.193 0.058 130 A 0.055 0.095 0.027 0.015 0.123 0.016 0.032 0.427 0.160 0.034 0.016 131 R 0.050 0.049 0.017 0.012 0.067 0.035 0.105 0.457 0.131 0.051 0.025 132 V 0.126 0.068 0.023 0.010 0.141 0.013 0.069 0.289 0.111 0.097 0.051 133 A 0.094 0.084 0.037 0.016 0.126 0.025 0.052 0.272 0.159 0.097 0.038 134 R 0.073 0.147 0.036 0.024 0.138 0.032 0.061 0.230 0.135 0.091 0.032 135 D 0.123 0.081 0.050 0.026 0.139 0.022 0.046 0.153 0.103 0.185 0.073 136 E 0.042 0.226 0.172 0.053 0.119 0.035 0.074 0.127 0.072 0.056 0.023 137 D 0.146 0.216 0.091 0.017 0.268 0.010 0.027 0.067 0.038 0.057 0.064