# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1034 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.690 0.180 0.082 0.036 0.010 0.002 0.001 2 S 0.730 0.194 0.057 0.015 0.003 0.001 0.001 3 D 0.759 0.184 0.043 0.012 0.002 0.001 0.001 4 N 0.676 0.220 0.069 0.027 0.007 0.001 0.001 5 S 0.663 0.233 0.073 0.025 0.005 0.001 0.001 6 K 0.354 0.451 0.158 0.035 0.003 0.001 0.001 7 T 0.025 0.295 0.386 0.240 0.050 0.004 0.001 8 R 0.001 0.007 0.070 0.331 0.465 0.122 0.005 9 V 0.001 0.001 0.001 0.011 0.109 0.678 0.201 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.273 0.711 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.076 0.921 12 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.957 13 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.095 0.898 14 S 0.001 0.001 0.002 0.011 0.059 0.277 0.651 15 G 0.001 0.002 0.008 0.033 0.124 0.376 0.458 16 G 0.001 0.004 0.014 0.054 0.159 0.418 0.351 17 V 0.001 0.006 0.027 0.093 0.234 0.404 0.235 18 D 0.001 0.004 0.012 0.040 0.124 0.355 0.465 19 S 0.001 0.001 0.003 0.008 0.035 0.212 0.741 20 S 0.001 0.001 0.004 0.020 0.092 0.345 0.539 21 V 0.001 0.001 0.001 0.008 0.052 0.287 0.652 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.095 0.901 23 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.255 0.717 24 L 0.001 0.006 0.031 0.113 0.254 0.395 0.201 25 L 0.001 0.001 0.007 0.048 0.229 0.548 0.167 26 L 0.001 0.001 0.003 0.021 0.167 0.682 0.126 27 K 0.005 0.098 0.291 0.395 0.182 0.028 0.001 28 E 0.220 0.490 0.207 0.069 0.012 0.001 0.001 29 Q 0.072 0.311 0.339 0.217 0.055 0.006 0.001 30 G 0.421 0.394 0.136 0.039 0.008 0.001 0.001 31 Y 0.007 0.076 0.227 0.398 0.251 0.040 0.001 32 D 0.029 0.180 0.347 0.308 0.116 0.019 0.002 33 V 0.001 0.003 0.012 0.057 0.264 0.582 0.082 34 I 0.001 0.001 0.013 0.086 0.249 0.487 0.164 35 G 0.001 0.001 0.005 0.013 0.067 0.439 0.474 36 I 0.001 0.001 0.004 0.011 0.040 0.279 0.665 37 F 0.001 0.001 0.004 0.019 0.100 0.401 0.474 38 M 0.001 0.002 0.006 0.030 0.147 0.443 0.372 39 K 0.004 0.027 0.081 0.207 0.331 0.293 0.058 40 N 0.030 0.103 0.158 0.224 0.259 0.197 0.030 41 W 0.055 0.122 0.222 0.310 0.221 0.067 0.004 42 D 0.247 0.313 0.243 0.139 0.046 0.010 0.001 43 D 0.594 0.251 0.090 0.043 0.016 0.005 0.001 44 T 0.596 0.229 0.104 0.050 0.016 0.005 0.001 45 D 0.769 0.146 0.052 0.024 0.008 0.002 0.001 46 E 0.690 0.181 0.072 0.036 0.016 0.005 0.001 47 N 0.525 0.273 0.130 0.051 0.016 0.004 0.001 48 G 0.334 0.252 0.197 0.139 0.063 0.015 0.001 49 V 0.137 0.171 0.204 0.228 0.181 0.072 0.006 50 C 0.068 0.089 0.152 0.249 0.263 0.156 0.023 51 T 0.142 0.220 0.252 0.220 0.113 0.046 0.007 52 A 0.291 0.306 0.219 0.125 0.045 0.014 0.001 53 T 0.663 0.213 0.068 0.033 0.016 0.006 0.001 54 E 0.628 0.269 0.072 0.023 0.006 0.002 0.001 55 D 0.159 0.320 0.272 0.186 0.055 0.008 0.001 56 Y 0.028 0.146 0.369 0.343 0.105 0.010 0.001 57 K 0.441 0.446 0.093 0.016 0.003 0.001 0.001 58 D 0.020 0.215 0.440 0.267 0.053 0.005 0.001 59 V 0.001 0.001 0.008 0.103 0.503 0.370 0.014 60 V 0.014 0.207 0.434 0.282 0.057 0.006 0.001 61 A 0.128 0.646 0.192 0.030 0.003 0.001 0.001 62 V 0.006 0.038 0.145 0.416 0.328 0.067 0.001 63 A 0.005 0.019 0.089 0.347 0.436 0.103 0.001 64 D 0.408 0.479 0.096 0.015 0.002 0.001 0.001 65 Q 0.381 0.434 0.149 0.032 0.003 0.001 0.001 66 I 0.013 0.075 0.223 0.359 0.260 0.069 0.001 67 G 0.164 0.335 0.276 0.155 0.058 0.012 0.001 68 I 0.012 0.034 0.096 0.278 0.376 0.194 0.011 69 P 0.061 0.234 0.311 0.249 0.105 0.036 0.004 70 Y 0.016 0.047 0.083 0.175 0.306 0.327 0.045 71 Y 0.021 0.061 0.137 0.279 0.286 0.196 0.020 72 S 0.014 0.066 0.135 0.239 0.318 0.208 0.020 73 V 0.022 0.063 0.135 0.252 0.304 0.200 0.024 74 N 0.055 0.270 0.314 0.223 0.102 0.033 0.003 75 F 0.017 0.034 0.106 0.301 0.381 0.152 0.009 76 E 0.215 0.371 0.235 0.127 0.042 0.009 0.001 77 K 0.485 0.366 0.109 0.032 0.007 0.001 0.001 78 E 0.232 0.358 0.233 0.127 0.041 0.009 0.001 79 Y 0.027 0.077 0.178 0.357 0.286 0.074 0.002 80 W 0.048 0.146 0.261 0.304 0.184 0.054 0.002 81 D 0.303 0.428 0.184 0.065 0.016 0.003 0.001 82 R 0.052 0.202 0.348 0.276 0.100 0.020 0.001 83 V 0.010 0.024 0.043 0.141 0.374 0.384 0.025 84 F 0.008 0.044 0.135 0.304 0.331 0.166 0.012 85 E 0.093 0.326 0.287 0.183 0.076 0.030 0.004 86 Y 0.011 0.059 0.186 0.333 0.275 0.123 0.011 87 F 0.007 0.023 0.052 0.136 0.305 0.415 0.062 88 L 0.027 0.089 0.199 0.305 0.264 0.108 0.008 89 A 0.192 0.359 0.247 0.135 0.051 0.014 0.002 90 E 0.122 0.273 0.254 0.208 0.102 0.037 0.005 91 Y 0.032 0.086 0.183 0.334 0.276 0.086 0.004 92 R 0.232 0.353 0.240 0.132 0.037 0.005 0.001 93 A 0.638 0.219 0.082 0.043 0.014 0.004 0.001 94 G 0.585 0.272 0.095 0.036 0.009 0.002 0.001 95 R 0.231 0.274 0.246 0.172 0.064 0.013 0.001 96 T 0.173 0.205 0.185 0.201 0.158 0.069 0.008 97 P 0.099 0.154 0.189 0.228 0.201 0.112 0.018 98 N 0.088 0.144 0.195 0.220 0.186 0.135 0.032 99 P 0.072 0.120 0.162 0.222 0.213 0.166 0.046 100 D 0.078 0.111 0.154 0.185 0.187 0.191 0.094 101 V 0.098 0.125 0.114 0.130 0.162 0.239 0.132 102 M 0.057 0.111 0.154 0.206 0.192 0.178 0.102 103 C 0.031 0.037 0.049 0.130 0.245 0.348 0.161 104 N 0.029 0.079 0.131 0.214 0.248 0.227 0.073 105 K 0.045 0.116 0.152 0.199 0.194 0.208 0.085 106 E 0.028 0.084 0.142 0.204 0.233 0.231 0.077 107 I 0.013 0.036 0.081 0.186 0.273 0.302 0.110 108 K 0.008 0.023 0.034 0.069 0.179 0.467 0.220 109 F 0.004 0.013 0.031 0.087 0.222 0.457 0.185 110 K 0.030 0.110 0.245 0.309 0.206 0.085 0.015 111 A 0.009 0.040 0.133 0.290 0.318 0.184 0.026 112 F 0.001 0.001 0.001 0.008 0.081 0.574 0.333 113 L 0.003 0.017 0.098 0.321 0.376 0.175 0.010 114 D 0.022 0.296 0.394 0.209 0.061 0.017 0.001 115 Y 0.002 0.020 0.122 0.380 0.354 0.116 0.006 116 A 0.002 0.004 0.013 0.097 0.422 0.435 0.028 117 I 0.055 0.369 0.361 0.171 0.039 0.004 0.001 118 T 0.273 0.501 0.169 0.048 0.008 0.001 0.001 119 L 0.006 0.093 0.304 0.413 0.161 0.023 0.001 120 G 0.060 0.314 0.354 0.208 0.055 0.008 0.001 121 A 0.001 0.006 0.027 0.157 0.474 0.322 0.014 122 D 0.003 0.032 0.145 0.383 0.326 0.098 0.013 123 Y 0.001 0.001 0.006 0.021 0.102 0.587 0.283 124 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.281 0.698 125 A 0.001 0.001 0.002 0.008 0.045 0.217 0.729 126 T 0.001 0.002 0.004 0.009 0.042 0.251 0.691 127 G 0.003 0.007 0.013 0.050 0.164 0.403 0.360 128 H 0.010 0.052 0.122 0.234 0.265 0.263 0.054 129 Y 0.025 0.049 0.078 0.166 0.300 0.315 0.068 130 A 0.157 0.158 0.175 0.211 0.169 0.116 0.014 131 R 0.168 0.224 0.240 0.197 0.112 0.052 0.007 132 V 0.201 0.147 0.148 0.185 0.180 0.122 0.018 133 A 0.329 0.227 0.182 0.136 0.079 0.043 0.004 134 R 0.465 0.237 0.152 0.094 0.038 0.013 0.001 135 D 0.653 0.213 0.081 0.037 0.012 0.003 0.001 136 E 0.812 0.128 0.039 0.015 0.004 0.001 0.001 137 D 0.893 0.082 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001