# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1276 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.005 0.004 0.004 0.102 0.870 2 S 0.050 0.015 0.026 0.020 0.190 0.698 3 D 0.030 0.024 0.102 0.027 0.312 0.507 4 N 0.018 0.018 0.237 0.029 0.500 0.199 5 S 0.024 0.008 0.278 0.018 0.469 0.203 6 K 0.041 0.004 0.100 0.010 0.578 0.267 7 T 0.130 0.004 0.022 0.003 0.457 0.384 8 R 0.784 0.006 0.002 0.001 0.057 0.151 9 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 10 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 13 M 0.938 0.001 0.001 0.001 0.009 0.052 14 S 0.670 0.004 0.001 0.001 0.075 0.249 15 G 0.217 0.012 0.003 0.005 0.214 0.550 16 G 0.056 0.010 0.006 0.011 0.479 0.437 17 V 0.020 0.033 0.017 0.206 0.390 0.333 18 D 0.006 0.011 0.021 0.360 0.244 0.358 19 S 0.001 0.001 0.007 0.949 0.024 0.017 20 S 0.001 0.001 0.004 0.979 0.008 0.008 21 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 22 T 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 23 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.002 0.957 0.012 0.029 30 G 0.001 0.001 0.001 0.010 0.050 0.938 31 Y 0.009 0.004 0.007 0.004 0.127 0.849 32 D 0.212 0.010 0.011 0.002 0.160 0.604 33 V 0.783 0.008 0.010 0.004 0.056 0.138 34 I 0.919 0.002 0.003 0.002 0.020 0.053 35 G 0.971 0.001 0.001 0.002 0.007 0.018 36 I 0.954 0.002 0.001 0.005 0.008 0.030 37 F 0.899 0.003 0.002 0.010 0.017 0.070 38 M 0.797 0.003 0.005 0.009 0.034 0.152 39 K 0.788 0.004 0.010 0.010 0.055 0.134 40 N 0.677 0.008 0.019 0.022 0.113 0.160 41 W 0.522 0.013 0.020 0.026 0.209 0.211 42 D 0.430 0.011 0.022 0.033 0.290 0.214 43 D 0.293 0.041 0.032 0.069 0.336 0.230 44 T 0.153 0.033 0.030 0.029 0.547 0.208 45 D 0.076 0.022 0.128 0.030 0.603 0.141 46 E 0.054 0.012 0.178 0.033 0.586 0.137 47 N 0.028 0.008 0.130 0.032 0.662 0.140 48 G 0.045 0.008 0.021 0.006 0.565 0.355 49 V 0.160 0.089 0.019 0.015 0.293 0.424 50 C 0.168 0.108 0.014 0.020 0.270 0.419 51 T 0.100 0.032 0.023 0.022 0.363 0.459 52 A 0.038 0.008 0.045 0.043 0.426 0.440 53 T 0.025 0.009 0.134 0.097 0.399 0.336 54 E 0.032 0.030 0.094 0.221 0.338 0.285 55 D 0.022 0.012 0.032 0.247 0.150 0.537 56 Y 0.001 0.001 0.009 0.979 0.005 0.006 57 K 0.001 0.001 0.007 0.986 0.004 0.003 58 D 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.002 59 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 60 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 63 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 64 D 0.001 0.001 0.011 0.983 0.003 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.019 0.963 0.006 0.011 66 I 0.002 0.001 0.025 0.851 0.015 0.107 67 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.987 68 I 0.031 0.001 0.001 0.001 0.026 0.941 69 P 0.271 0.001 0.001 0.001 0.041 0.686 70 Y 0.875 0.004 0.001 0.001 0.015 0.105 71 Y 0.957 0.002 0.001 0.001 0.007 0.033 72 S 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 73 V 0.835 0.004 0.001 0.001 0.010 0.150 74 N 0.210 0.003 0.001 0.001 0.041 0.744 75 F 0.025 0.001 0.035 0.687 0.093 0.158 76 E 0.013 0.001 0.062 0.790 0.092 0.043 77 K 0.009 0.001 0.079 0.788 0.107 0.016 78 E 0.010 0.002 0.042 0.846 0.067 0.032 79 Y 0.006 0.003 0.026 0.917 0.031 0.017 80 W 0.003 0.001 0.013 0.952 0.017 0.013 81 D 0.004 0.001 0.013 0.929 0.023 0.030 82 R 0.004 0.001 0.011 0.951 0.017 0.016 83 V 0.007 0.002 0.009 0.944 0.019 0.018 84 F 0.007 0.001 0.012 0.947 0.014 0.019 85 E 0.006 0.001 0.024 0.943 0.012 0.014 86 Y 0.008 0.001 0.031 0.933 0.011 0.017 87 F 0.009 0.002 0.018 0.926 0.011 0.033 88 L 0.004 0.001 0.009 0.958 0.008 0.019 89 A 0.003 0.001 0.022 0.961 0.007 0.006 90 E 0.001 0.001 0.012 0.977 0.007 0.003 91 Y 0.001 0.001 0.011 0.975 0.010 0.002 92 R 0.001 0.001 0.007 0.963 0.020 0.009 93 A 0.001 0.001 0.009 0.917 0.035 0.038 94 G 0.002 0.003 0.012 0.119 0.207 0.657 95 R 0.002 0.004 0.002 0.002 0.085 0.905 96 T 0.010 0.013 0.002 0.002 0.145 0.828 97 P 0.008 0.017 0.004 0.005 0.173 0.793 98 N 0.011 0.016 0.010 0.012 0.318 0.633 99 P 0.029 0.015 0.055 0.088 0.424 0.389 100 D 0.036 0.017 0.117 0.136 0.402 0.293 101 V 0.050 0.029 0.150 0.269 0.345 0.157 102 M 0.047 0.029 0.098 0.250 0.338 0.239 103 C 0.030 0.016 0.064 0.317 0.326 0.248 104 N 0.018 0.007 0.038 0.451 0.215 0.272 105 K 0.021 0.003 0.034 0.718 0.109 0.115 106 E 0.025 0.003 0.032 0.806 0.073 0.062 107 I 0.039 0.008 0.029 0.804 0.058 0.063 108 K 0.041 0.007 0.025 0.805 0.041 0.081 109 F 0.016 0.002 0.026 0.891 0.023 0.042 110 K 0.008 0.001 0.029 0.907 0.027 0.029 111 A 0.002 0.001 0.026 0.953 0.010 0.008 112 F 0.001 0.001 0.009 0.983 0.003 0.004 113 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 114 D 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 116 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 117 I 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 118 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 119 L 0.001 0.001 0.002 0.970 0.003 0.025 120 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.976 121 A 0.016 0.006 0.005 0.034 0.172 0.766 122 D 0.111 0.003 0.008 0.014 0.256 0.609 123 Y 0.805 0.011 0.007 0.016 0.070 0.090 124 V 0.949 0.005 0.001 0.010 0.020 0.015 125 A 0.942 0.003 0.002 0.014 0.017 0.023 126 T 0.620 0.008 0.004 0.063 0.078 0.226 127 G 0.207 0.005 0.014 0.026 0.188 0.561 128 H 0.234 0.014 0.051 0.054 0.211 0.437 129 Y 0.211 0.042 0.102 0.050 0.320 0.275 130 A 0.130 0.018 0.109 0.096 0.401 0.245 131 R 0.090 0.016 0.091 0.079 0.457 0.267 132 V 0.065 0.029 0.098 0.100 0.485 0.223 133 A 0.056 0.038 0.079 0.070 0.514 0.243 134 R 0.054 0.027 0.074 0.050 0.518 0.277 135 D 0.024 0.016 0.043 0.038 0.496 0.383 136 E 0.026 0.024 0.017 0.030 0.310 0.594 137 D 0.021 0.008 0.002 0.008 0.109 0.852