# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1276 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.009 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.004 0.011 0.006 2 S 0.001 0.010 0.941 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.009 0.003 0.011 3 D 0.001 0.012 0.670 0.002 0.053 0.011 0.001 0.001 0.001 0.123 0.114 0.002 0.012 4 N 0.001 0.007 0.357 0.004 0.141 0.016 0.001 0.001 0.001 0.153 0.297 0.012 0.012 5 S 0.001 0.004 0.124 0.007 0.081 0.006 0.001 0.001 0.001 0.179 0.589 0.006 0.004 6 K 0.001 0.004 0.228 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.353 0.376 0.007 0.009 7 T 0.007 0.007 0.645 0.022 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.166 0.023 0.050 0.051 8 R 0.090 0.007 0.202 0.008 0.001 0.001 0.079 0.032 0.282 0.044 0.001 0.088 0.167 9 V 0.182 0.001 0.021 0.013 0.001 0.001 0.291 0.256 0.140 0.002 0.001 0.042 0.051 10 V 0.201 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.313 0.416 0.039 0.001 0.001 0.015 0.009 11 V 0.093 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.228 0.622 0.047 0.001 0.001 0.004 0.003 12 G 0.126 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.260 0.523 0.070 0.001 0.001 0.006 0.009 13 M 0.179 0.001 0.065 0.013 0.001 0.001 0.177 0.334 0.161 0.005 0.001 0.026 0.038 14 S 0.046 0.004 0.318 0.042 0.001 0.001 0.036 0.057 0.276 0.079 0.011 0.072 0.058 15 G 0.005 0.007 0.441 0.008 0.004 0.002 0.003 0.007 0.077 0.323 0.056 0.011 0.056 16 G 0.001 0.015 0.306 0.001 0.006 0.015 0.001 0.001 0.028 0.518 0.079 0.017 0.012 17 V 0.001 0.038 0.292 0.001 0.015 0.257 0.001 0.001 0.011 0.247 0.117 0.003 0.018 18 D 0.001 0.016 0.180 0.001 0.008 0.640 0.001 0.001 0.002 0.089 0.055 0.002 0.006 19 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 20 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.246 0.001 0.001 0.001 0.008 0.737 0.001 0.001 30 G 0.001 0.001 0.035 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.027 0.932 0.001 0.001 31 Y 0.001 0.004 0.789 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.156 0.027 0.005 0.005 32 D 0.001 0.027 0.587 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.192 0.079 0.010 0.029 0.066 33 V 0.006 0.019 0.235 0.010 0.002 0.001 0.037 0.013 0.497 0.019 0.003 0.021 0.140 34 I 0.009 0.002 0.086 0.209 0.002 0.001 0.052 0.049 0.469 0.032 0.002 0.073 0.014 35 G 0.030 0.001 0.025 0.009 0.001 0.001 0.116 0.255 0.483 0.008 0.001 0.011 0.061 36 I 0.088 0.001 0.018 0.009 0.001 0.001 0.160 0.429 0.223 0.004 0.001 0.050 0.018 37 F 0.123 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.209 0.369 0.227 0.001 0.001 0.021 0.035 38 M 0.182 0.001 0.051 0.011 0.001 0.001 0.171 0.295 0.185 0.002 0.001 0.040 0.061 39 K 0.177 0.004 0.131 0.029 0.001 0.001 0.119 0.077 0.255 0.025 0.005 0.106 0.070 40 N 0.067 0.011 0.294 0.033 0.004 0.001 0.029 0.018 0.151 0.080 0.013 0.077 0.221 41 W 0.020 0.038 0.441 0.030 0.012 0.004 0.010 0.007 0.071 0.148 0.047 0.061 0.111 42 D 0.006 0.023 0.442 0.010 0.023 0.008 0.002 0.003 0.026 0.265 0.086 0.049 0.056 43 D 0.003 0.032 0.233 0.007 0.050 0.022 0.001 0.001 0.007 0.291 0.304 0.011 0.037 44 T 0.002 0.025 0.372 0.002 0.053 0.023 0.001 0.001 0.006 0.184 0.301 0.015 0.016 45 D 0.001 0.024 0.264 0.002 0.056 0.017 0.001 0.001 0.001 0.309 0.310 0.006 0.010 46 E 0.002 0.020 0.308 0.002 0.044 0.019 0.001 0.001 0.002 0.264 0.313 0.007 0.018 47 N 0.003 0.058 0.194 0.004 0.064 0.027 0.001 0.001 0.002 0.358 0.253 0.017 0.019 48 G 0.004 0.032 0.381 0.003 0.031 0.025 0.001 0.001 0.003 0.340 0.141 0.021 0.019 49 V 0.007 0.084 0.459 0.003 0.050 0.033 0.002 0.001 0.003 0.176 0.114 0.015 0.054 50 C 0.006 0.095 0.484 0.003 0.036 0.028 0.002 0.001 0.003 0.177 0.105 0.025 0.035 51 T 0.001 0.027 0.604 0.002 0.029 0.018 0.001 0.001 0.002 0.226 0.072 0.009 0.011 52 A 0.001 0.017 0.610 0.001 0.030 0.051 0.001 0.001 0.001 0.195 0.081 0.003 0.011 53 T 0.001 0.004 0.186 0.001 0.170 0.391 0.001 0.001 0.001 0.076 0.169 0.001 0.002 54 E 0.001 0.006 0.085 0.001 0.236 0.451 0.001 0.001 0.001 0.071 0.148 0.001 0.001 55 D 0.001 0.007 0.125 0.001 0.124 0.601 0.001 0.001 0.001 0.052 0.088 0.001 0.002 56 Y 0.001 0.001 0.028 0.001 0.010 0.936 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.001 0.001 57 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 66 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.408 0.001 0.001 0.001 0.008 0.575 0.001 0.001 67 G 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.034 0.917 0.001 0.001 68 I 0.001 0.002 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.075 0.001 0.001 0.001 69 P 0.001 0.006 0.806 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.072 0.003 0.002 0.006 70 Y 0.001 0.005 0.072 0.007 0.001 0.001 0.032 0.112 0.738 0.009 0.001 0.008 0.014 71 Y 0.004 0.001 0.020 0.014 0.001 0.001 0.064 0.342 0.535 0.007 0.001 0.008 0.004 72 S 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.099 0.557 0.322 0.001 0.001 0.002 0.008 73 V 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.028 0.470 0.440 0.003 0.001 0.021 0.003 74 N 0.003 0.005 0.333 0.001 0.001 0.002 0.005 0.046 0.531 0.020 0.001 0.003 0.051 75 F 0.002 0.008 0.316 0.005 0.039 0.295 0.001 0.010 0.066 0.108 0.132 0.009 0.008 76 E 0.001 0.002 0.114 0.001 0.080 0.584 0.001 0.002 0.015 0.061 0.131 0.002 0.007 77 K 0.001 0.001 0.020 0.001 0.070 0.854 0.001 0.001 0.001 0.016 0.038 0.001 0.001 78 E 0.001 0.002 0.015 0.001 0.024 0.935 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 79 Y 0.001 0.002 0.008 0.001 0.026 0.931 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.001 0.001 80 W 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 81 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 82 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 83 V 0.001 0.001 0.011 0.001 0.007 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.001 0.001 84 F 0.001 0.001 0.013 0.001 0.008 0.950 0.001 0.001 0.002 0.007 0.016 0.001 0.001 85 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.013 0.939 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 0.003 0.001 86 Y 0.001 0.001 0.015 0.001 0.013 0.917 0.001 0.001 0.003 0.008 0.038 0.001 0.003 87 F 0.001 0.003 0.031 0.001 0.005 0.916 0.001 0.001 0.002 0.013 0.025 0.001 0.002 88 L 0.001 0.002 0.034 0.001 0.006 0.929 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.002 0.003 89 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.009 0.958 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.001 0.001 90 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.021 0.941 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.001 0.001 91 Y 0.001 0.002 0.011 0.001 0.023 0.936 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.001 0.002 92 R 0.001 0.005 0.020 0.001 0.016 0.886 0.001 0.001 0.001 0.006 0.061 0.002 0.001 93 A 0.001 0.002 0.013 0.001 0.008 0.406 0.001 0.001 0.001 0.012 0.555 0.001 0.001 94 G 0.001 0.002 0.036 0.001 0.004 0.024 0.001 0.001 0.001 0.053 0.880 0.001 0.001 95 R 0.001 0.017 0.668 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.005 0.243 0.047 0.004 0.007 96 T 0.001 0.053 0.606 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.271 0.029 0.015 0.009 97 P 0.001 0.058 0.491 0.005 0.007 0.010 0.001 0.001 0.010 0.253 0.136 0.003 0.027 98 N 0.001 0.032 0.568 0.002 0.012 0.008 0.001 0.001 0.004 0.330 0.031 0.010 0.002 99 P 0.001 0.012 0.248 0.001 0.105 0.083 0.001 0.001 0.002 0.180 0.356 0.001 0.010 100 D 0.004 0.025 0.321 0.002 0.092 0.140 0.001 0.001 0.004 0.124 0.266 0.010 0.011 101 V 0.004 0.014 0.200 0.001 0.216 0.254 0.001 0.001 0.002 0.075 0.212 0.008 0.014 102 M 0.008 0.029 0.200 0.001 0.089 0.281 0.002 0.001 0.004 0.050 0.305 0.007 0.023 103 C 0.004 0.023 0.103 0.002 0.061 0.402 0.001 0.001 0.002 0.084 0.302 0.009 0.006 104 N 0.002 0.009 0.190 0.001 0.039 0.498 0.001 0.001 0.001 0.109 0.134 0.003 0.013 105 K 0.001 0.001 0.030 0.001 0.011 0.905 0.001 0.001 0.001 0.017 0.032 0.002 0.001 106 E 0.001 0.001 0.020 0.001 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.004 107 I 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 108 K 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 109 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 110 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 112 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.329 0.001 0.001 0.001 0.002 0.668 0.001 0.001 120 G 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.953 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 122 D 0.001 0.001 0.240 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.025 0.694 0.003 0.002 0.001 123 Y 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.002 0.022 0.676 0.271 0.007 0.003 0.003 0.004 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.949 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 125 A 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.926 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 126 T 0.003 0.001 0.035 0.002 0.001 0.002 0.009 0.563 0.375 0.003 0.001 0.002 0.004 127 G 0.004 0.005 0.390 0.006 0.017 0.046 0.003 0.046 0.234 0.145 0.077 0.013 0.013 128 H 0.002 0.019 0.307 0.008 0.039 0.099 0.002 0.004 0.052 0.310 0.134 0.005 0.020 129 Y 0.001 0.024 0.253 0.008 0.085 0.167 0.001 0.002 0.024 0.173 0.242 0.010 0.010 130 A 0.003 0.027 0.191 0.003 0.210 0.336 0.001 0.002 0.005 0.089 0.102 0.004 0.026 131 R 0.005 0.005 0.058 0.002 0.224 0.539 0.001 0.001 0.002 0.054 0.091 0.013 0.007 132 V 0.009 0.014 0.052 0.001 0.193 0.577 0.001 0.001 0.002 0.029 0.093 0.005 0.024 133 A 0.004 0.023 0.245 0.002 0.066 0.431 0.001 0.001 0.002 0.072 0.122 0.008 0.021 134 R 0.001 0.011 0.389 0.004 0.060 0.136 0.001 0.001 0.001 0.116 0.270 0.006 0.005 135 D 0.001 0.006 0.332 0.001 0.048 0.073 0.001 0.001 0.001 0.173 0.360 0.002 0.005 136 E 0.001 0.007 0.491 0.001 0.030 0.033 0.001 0.001 0.001 0.212 0.221 0.003 0.002 137 D 0.001 0.005 0.877 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.078 0.017 0.001 0.004