# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1276 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.007 0.003 0.010 0.039 0.037 0.104 0.007 0.001 0.085 0.629 2 S 0.038 0.001 0.001 0.003 0.008 0.011 0.077 0.002 0.001 0.028 0.831 3 D 0.087 0.001 0.001 0.004 0.007 0.008 0.092 0.004 0.001 0.039 0.756 4 N 0.109 0.001 0.001 0.008 0.005 0.007 0.130 0.003 0.001 0.059 0.678 5 S 0.030 0.001 0.001 0.009 0.004 0.006 0.139 0.002 0.001 0.024 0.786 6 K 0.007 0.001 0.001 0.029 0.013 0.012 0.178 0.002 0.001 0.014 0.744 7 T 0.004 0.002 0.001 0.225 0.034 0.031 0.128 0.001 0.001 0.034 0.542 8 R 0.001 0.001 0.001 0.717 0.041 0.048 0.031 0.001 0.001 0.045 0.115 9 V 0.001 0.001 0.001 0.817 0.035 0.027 0.013 0.001 0.001 0.028 0.081 10 V 0.001 0.001 0.001 0.950 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.009 0.010 11 V 0.001 0.001 0.001 0.953 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.011 0.012 12 G 0.001 0.001 0.001 0.899 0.012 0.025 0.012 0.001 0.001 0.018 0.032 13 M 0.016 0.002 0.001 0.595 0.013 0.057 0.082 0.001 0.001 0.062 0.171 14 S 0.054 0.013 0.001 0.247 0.021 0.062 0.173 0.002 0.002 0.110 0.315 15 G 0.034 0.063 0.002 0.089 0.018 0.036 0.229 0.003 0.002 0.101 0.423 16 G 0.073 0.204 0.002 0.021 0.021 0.027 0.167 0.005 0.002 0.156 0.322 17 V 0.043 0.434 0.001 0.010 0.007 0.013 0.090 0.009 0.001 0.123 0.269 18 D 0.010 0.203 0.001 0.002 0.002 0.003 0.021 0.001 0.001 0.705 0.053 19 S 0.002 0.906 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.071 0.014 20 S 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.009 21 V 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 22 T 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 23 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 24 L 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 25 L 0.008 0.812 0.010 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.005 0.123 0.030 26 L 0.016 0.020 0.540 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.289 0.103 0.019 27 K 0.802 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 0.014 0.005 0.043 0.105 28 E 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.001 0.002 0.016 0.902 29 Q 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.068 0.001 0.001 0.006 0.910 30 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.017 0.150 0.002 0.001 0.022 0.794 31 Y 0.009 0.001 0.001 0.015 0.013 0.016 0.107 0.001 0.001 0.065 0.775 32 D 0.003 0.001 0.001 0.446 0.052 0.113 0.066 0.001 0.001 0.085 0.233 33 V 0.001 0.001 0.001 0.161 0.034 0.091 0.066 0.001 0.001 0.047 0.600 34 I 0.001 0.001 0.001 0.547 0.171 0.206 0.011 0.001 0.001 0.032 0.032 35 G 0.001 0.001 0.001 0.461 0.122 0.196 0.016 0.001 0.001 0.054 0.150 36 I 0.001 0.001 0.001 0.419 0.267 0.247 0.005 0.001 0.001 0.025 0.036 37 F 0.001 0.001 0.001 0.338 0.196 0.307 0.017 0.001 0.001 0.046 0.094 38 M 0.001 0.001 0.001 0.122 0.445 0.316 0.013 0.001 0.001 0.032 0.071 39 K 0.006 0.001 0.001 0.202 0.213 0.352 0.045 0.001 0.001 0.055 0.126 40 N 0.090 0.002 0.001 0.098 0.114 0.174 0.093 0.002 0.001 0.081 0.344 41 W 0.029 0.001 0.001 0.047 0.069 0.140 0.121 0.003 0.001 0.056 0.533 42 D 0.020 0.008 0.001 0.017 0.021 0.044 0.125 0.001 0.001 0.028 0.734 43 D 0.023 0.013 0.009 0.015 0.033 0.048 0.138 0.006 0.005 0.047 0.664 44 T 0.295 0.013 0.007 0.004 0.010 0.009 0.071 0.012 0.005 0.086 0.488 45 D 0.294 0.004 0.001 0.003 0.005 0.008 0.056 0.009 0.001 0.080 0.540 46 E 0.062 0.003 0.001 0.006 0.002 0.007 0.084 0.001 0.001 0.036 0.797 47 N 0.010 0.002 0.001 0.011 0.011 0.028 0.121 0.001 0.001 0.033 0.781 48 G 0.010 0.003 0.001 0.019 0.058 0.080 0.146 0.003 0.001 0.072 0.608 49 V 0.015 0.002 0.001 0.020 0.071 0.061 0.140 0.001 0.001 0.043 0.647 50 C 0.005 0.003 0.001 0.041 0.064 0.082 0.187 0.001 0.001 0.033 0.583 51 T 0.045 0.031 0.001 0.030 0.025 0.040 0.168 0.004 0.001 0.070 0.586 52 A 0.116 0.238 0.002 0.015 0.007 0.010 0.097 0.023 0.001 0.066 0.427 53 T 0.148 0.379 0.002 0.006 0.003 0.004 0.051 0.007 0.001 0.077 0.322 54 E 0.025 0.432 0.005 0.008 0.003 0.005 0.053 0.004 0.001 0.148 0.316 55 D 0.018 0.824 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.004 0.001 0.062 0.073 56 Y 0.012 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.019 57 K 0.009 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.034 0.018 58 D 0.001 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 0.014 59 V 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 60 V 0.002 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.009 61 A 0.003 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.011 62 V 0.011 0.912 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.002 0.041 0.017 63 A 0.004 0.007 0.471 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.480 0.028 0.007 64 D 0.864 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.001 0.011 0.099 65 Q 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.002 0.019 0.917 66 I 0.014 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.126 0.001 0.001 0.009 0.843 67 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.006 0.121 0.001 0.001 0.017 0.842 68 I 0.006 0.002 0.001 0.022 0.021 0.013 0.174 0.002 0.001 0.074 0.686 69 P 0.003 0.002 0.001 0.588 0.027 0.080 0.042 0.001 0.001 0.102 0.154 70 Y 0.003 0.004 0.001 0.245 0.036 0.091 0.051 0.001 0.001 0.043 0.527 71 Y 0.001 0.002 0.001 0.615 0.145 0.096 0.022 0.001 0.001 0.019 0.098 72 S 0.011 0.008 0.001 0.315 0.102 0.100 0.050 0.001 0.001 0.048 0.364 73 V 0.005 0.007 0.001 0.302 0.068 0.065 0.061 0.003 0.001 0.043 0.442 74 N 0.100 0.328 0.005 0.065 0.014 0.020 0.081 0.008 0.005 0.108 0.266 75 F 0.051 0.705 0.013 0.012 0.006 0.005 0.022 0.010 0.003 0.032 0.142 76 E 0.031 0.819 0.002 0.002 0.003 0.004 0.010 0.012 0.001 0.011 0.107 77 K 0.040 0.777 0.002 0.002 0.003 0.003 0.010 0.004 0.001 0.056 0.101 78 E 0.013 0.803 0.010 0.002 0.002 0.002 0.013 0.006 0.004 0.075 0.069 79 Y 0.108 0.648 0.032 0.002 0.002 0.003 0.018 0.025 0.010 0.058 0.094 80 W 0.157 0.524 0.010 0.004 0.003 0.005 0.028 0.014 0.006 0.047 0.203 81 D 0.112 0.345 0.006 0.006 0.003 0.008 0.062 0.005 0.003 0.043 0.406 82 R 0.075 0.302 0.016 0.018 0.004 0.012 0.075 0.008 0.005 0.046 0.439 83 V 0.119 0.226 0.009 0.012 0.008 0.014 0.099 0.015 0.004 0.053 0.440 84 F 0.139 0.251 0.002 0.018 0.010 0.019 0.084 0.013 0.001 0.030 0.433 85 E 0.090 0.127 0.002 0.020 0.008 0.018 0.084 0.003 0.001 0.028 0.618 86 Y 0.022 0.125 0.005 0.035 0.027 0.037 0.146 0.003 0.002 0.036 0.560 87 F 0.014 0.413 0.004 0.021 0.011 0.010 0.054 0.005 0.002 0.010 0.456 88 L 0.090 0.851 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.017 0.001 0.002 0.031 89 A 0.019 0.829 0.003 0.002 0.001 0.002 0.011 0.003 0.002 0.028 0.099 90 E 0.020 0.221 0.417 0.002 0.003 0.005 0.017 0.003 0.124 0.071 0.118 91 Y 0.723 0.042 0.010 0.001 0.004 0.005 0.013 0.046 0.004 0.059 0.093 92 R 0.383 0.005 0.001 0.002 0.002 0.004 0.023 0.011 0.002 0.042 0.525 93 A 0.026 0.002 0.001 0.008 0.001 0.003 0.042 0.001 0.001 0.007 0.910 94 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.017 0.059 0.001 0.001 0.008 0.902 95 R 0.007 0.001 0.001 0.002 0.018 0.008 0.103 0.001 0.001 0.021 0.840 96 T 0.028 0.002 0.001 0.024 0.019 0.015 0.160 0.004 0.001 0.048 0.701 97 P 0.090 0.015 0.001 0.014 0.002 0.004 0.129 0.004 0.001 0.031 0.710 98 N 0.243 0.085 0.001 0.023 0.005 0.008 0.144 0.020 0.001 0.035 0.434 99 P 0.052 0.123 0.002 0.033 0.009 0.018 0.119 0.011 0.001 0.027 0.606 100 D 0.086 0.125 0.004 0.059 0.036 0.074 0.094 0.006 0.001 0.083 0.432 101 V 0.042 0.405 0.005 0.056 0.045 0.055 0.065 0.007 0.002 0.064 0.254 102 M 0.218 0.316 0.013 0.026 0.043 0.063 0.057 0.009 0.006 0.036 0.214 103 C 0.077 0.480 0.003 0.032 0.046 0.059 0.043 0.006 0.001 0.018 0.235 104 N 0.031 0.416 0.002 0.011 0.019 0.038 0.070 0.004 0.001 0.059 0.349 105 K 0.010 0.776 0.002 0.009 0.017 0.016 0.025 0.005 0.001 0.041 0.099 106 E 0.008 0.873 0.001 0.005 0.005 0.011 0.010 0.001 0.001 0.034 0.052 107 I 0.003 0.858 0.002 0.005 0.008 0.007 0.006 0.001 0.001 0.075 0.034 108 K 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 109 F 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 110 K 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 111 A 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.005 112 F 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 114 D 0.001 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.890 0.011 115 Y 0.012 0.675 0.030 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 0.011 0.206 0.041 116 A 0.075 0.019 0.520 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.263 0.049 0.040 117 I 0.639 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 0.006 0.004 0.025 0.273 118 T 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.005 0.923 119 L 0.011 0.011 0.007 0.008 0.001 0.001 0.113 0.002 0.001 0.021 0.823 120 G 0.027 0.017 0.001 0.018 0.007 0.007 0.206 0.006 0.001 0.037 0.673 121 A 0.016 0.032 0.001 0.065 0.009 0.009 0.105 0.002 0.001 0.042 0.720 122 D 0.008 0.022 0.001 0.509 0.024 0.034 0.066 0.002 0.001 0.176 0.159 123 Y 0.004 0.009 0.001 0.695 0.024 0.046 0.032 0.001 0.001 0.078 0.108 124 V 0.005 0.004 0.001 0.782 0.048 0.042 0.019 0.001 0.001 0.029 0.069 125 A 0.011 0.005 0.001 0.652 0.052 0.069 0.034 0.002 0.001 0.027 0.146 126 T 0.056 0.021 0.001 0.273 0.047 0.109 0.087 0.005 0.002 0.046 0.353 127 G 0.120 0.038 0.005 0.062 0.048 0.088 0.133 0.006 0.005 0.036 0.458 128 H 0.028 0.043 0.003 0.024 0.073 0.120 0.118 0.010 0.003 0.018 0.562 129 Y 0.283 0.180 0.003 0.010 0.047 0.067 0.064 0.012 0.002 0.032 0.301 130 A 0.123 0.127 0.012 0.015 0.050 0.065 0.074 0.010 0.005 0.050 0.469 131 R 0.055 0.061 0.008 0.008 0.026 0.066 0.067 0.004 0.003 0.026 0.676 132 V 0.155 0.058 0.008 0.009 0.050 0.065 0.067 0.006 0.003 0.064 0.513 133 A 0.086 0.019 0.004 0.007 0.014 0.021 0.067 0.005 0.002 0.039 0.736 134 R 0.111 0.013 0.002 0.005 0.010 0.013 0.060 0.004 0.001 0.030 0.750 135 D 0.040 0.005 0.001 0.004 0.014 0.015 0.076 0.003 0.001 0.030 0.811 136 E 0.013 0.005 0.001 0.006 0.011 0.016 0.100 0.002 0.001 0.020 0.826 137 D 0.036 0.013 0.001 0.017 0.040 0.037 0.131 0.006 0.001 0.043 0.676