# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1276 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.159 0.062 0.035 0.080 0.073 0.084 0.116 0.109 0.114 0.099 0.068 2 S 0.226 0.242 0.065 0.148 0.090 0.061 0.066 0.039 0.030 0.021 0.012 3 D 0.480 0.158 0.057 0.106 0.063 0.050 0.039 0.021 0.014 0.007 0.005 4 N 0.325 0.132 0.027 0.068 0.061 0.076 0.101 0.068 0.058 0.046 0.038 5 S 0.286 0.294 0.122 0.146 0.060 0.032 0.026 0.011 0.010 0.007 0.006 6 K 0.329 0.162 0.094 0.203 0.109 0.047 0.033 0.012 0.007 0.003 0.002 7 T 0.062 0.136 0.148 0.256 0.196 0.100 0.064 0.023 0.010 0.004 0.002 8 R 0.001 0.001 0.005 0.038 0.121 0.217 0.295 0.195 0.083 0.033 0.011 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.120 0.253 0.257 0.198 0.143 10 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.072 0.191 0.244 0.251 0.228 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.087 0.206 0.338 0.348 12 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.082 0.190 0.291 0.409 13 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.034 0.097 0.201 0.296 0.362 14 S 0.002 0.005 0.004 0.030 0.056 0.085 0.208 0.227 0.186 0.118 0.080 15 G 0.019 0.028 0.011 0.079 0.109 0.124 0.200 0.178 0.127 0.082 0.043 16 G 0.016 0.020 0.010 0.056 0.103 0.126 0.162 0.155 0.164 0.117 0.071 17 V 0.006 0.010 0.006 0.035 0.066 0.104 0.180 0.178 0.187 0.131 0.098 18 D 0.001 0.003 0.002 0.009 0.021 0.053 0.136 0.187 0.245 0.193 0.150 19 S 0.001 0.003 0.002 0.008 0.013 0.028 0.106 0.167 0.236 0.232 0.203 20 S 0.002 0.004 0.004 0.020 0.042 0.069 0.140 0.168 0.204 0.182 0.165 21 V 0.001 0.002 0.006 0.013 0.015 0.022 0.077 0.140 0.249 0.243 0.233 22 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.033 0.092 0.210 0.303 0.352 23 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.075 0.088 0.166 0.253 0.397 24 L 0.001 0.001 0.016 0.021 0.033 0.074 0.248 0.180 0.197 0.139 0.094 25 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.031 0.168 0.222 0.212 0.201 0.151 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.038 0.145 0.331 0.476 27 K 0.001 0.001 0.002 0.020 0.068 0.157 0.327 0.222 0.131 0.051 0.022 28 E 0.004 0.020 0.151 0.161 0.165 0.210 0.173 0.061 0.036 0.012 0.006 29 Q 0.002 0.005 0.003 0.029 0.055 0.184 0.442 0.175 0.067 0.029 0.007 30 G 0.644 0.233 0.030 0.067 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Y 0.003 0.012 0.008 0.034 0.059 0.097 0.198 0.213 0.177 0.122 0.077 32 D 0.205 0.278 0.074 0.247 0.128 0.047 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 33 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.042 0.116 0.258 0.293 0.280 34 I 0.002 0.005 0.004 0.037 0.078 0.154 0.284 0.186 0.130 0.071 0.050 35 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.015 0.056 0.106 0.202 0.254 0.354 36 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.056 0.126 0.225 0.317 0.257 37 F 0.001 0.002 0.002 0.014 0.026 0.050 0.157 0.217 0.246 0.169 0.115 38 M 0.001 0.002 0.003 0.008 0.009 0.019 0.063 0.126 0.232 0.299 0.239 39 K 0.003 0.008 0.009 0.063 0.109 0.141 0.221 0.192 0.141 0.075 0.037 40 N 0.009 0.020 0.014 0.051 0.056 0.077 0.158 0.176 0.181 0.163 0.096 41 W 0.009 0.016 0.015 0.071 0.103 0.130 0.183 0.163 0.144 0.110 0.058 42 D 0.032 0.065 0.030 0.130 0.134 0.131 0.179 0.128 0.091 0.052 0.029 43 D 0.139 0.108 0.060 0.143 0.134 0.110 0.118 0.075 0.053 0.041 0.018 44 T 0.214 0.168 0.058 0.155 0.104 0.073 0.090 0.050 0.040 0.029 0.018 45 D 0.286 0.134 0.045 0.130 0.105 0.087 0.083 0.048 0.041 0.027 0.014 46 E 0.422 0.141 0.050 0.112 0.077 0.057 0.054 0.032 0.025 0.017 0.012 47 N 0.131 0.126 0.045 0.144 0.124 0.105 0.132 0.073 0.060 0.038 0.020 48 G 0.189 0.106 0.037 0.100 0.110 0.113 0.122 0.082 0.070 0.049 0.023 49 V 0.087 0.105 0.047 0.181 0.156 0.111 0.120 0.072 0.059 0.040 0.022 50 C 0.015 0.012 0.009 0.026 0.043 0.061 0.152 0.175 0.204 0.179 0.123 51 T 0.066 0.169 0.072 0.195 0.185 0.112 0.100 0.047 0.030 0.016 0.009 52 A 0.084 0.106 0.053 0.128 0.145 0.140 0.149 0.086 0.055 0.037 0.017 53 T 0.486 0.169 0.074 0.131 0.071 0.033 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 54 E 0.406 0.192 0.103 0.144 0.075 0.036 0.027 0.009 0.005 0.002 0.001 55 D 0.023 0.156 0.056 0.123 0.087 0.119 0.182 0.104 0.069 0.049 0.031 56 Y 0.003 0.006 0.009 0.035 0.111 0.235 0.314 0.142 0.082 0.039 0.023 57 K 0.458 0.156 0.267 0.082 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.003 0.031 0.060 0.331 0.279 0.180 0.085 0.021 0.007 0.002 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.076 0.211 0.319 0.368 60 V 0.001 0.001 0.018 0.128 0.283 0.346 0.165 0.037 0.015 0.005 0.002 61 A 0.004 0.024 0.768 0.125 0.050 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.019 0.085 0.339 0.240 0.152 0.096 0.057 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.109 0.250 0.322 0.283 64 D 0.014 0.031 0.570 0.268 0.091 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.003 0.027 0.330 0.156 0.178 0.179 0.097 0.019 0.008 0.003 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.029 0.139 0.192 0.215 0.220 0.194 67 G 0.585 0.264 0.033 0.068 0.025 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 68 I 0.001 0.002 0.003 0.007 0.012 0.023 0.076 0.136 0.242 0.263 0.235 69 P 0.366 0.328 0.055 0.159 0.059 0.021 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 70 Y 0.002 0.003 0.002 0.009 0.014 0.032 0.103 0.147 0.244 0.229 0.216 71 Y 0.013 0.036 0.018 0.106 0.154 0.186 0.200 0.107 0.084 0.052 0.043 72 S 0.011 0.025 0.018 0.084 0.092 0.115 0.180 0.144 0.145 0.105 0.080 73 V 0.007 0.007 0.007 0.036 0.061 0.101 0.209 0.177 0.183 0.132 0.080 74 N 0.217 0.288 0.107 0.225 0.096 0.037 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 75 F 0.002 0.006 0.002 0.009 0.016 0.030 0.099 0.144 0.222 0.256 0.214 76 E 0.084 0.266 0.078 0.261 0.176 0.077 0.038 0.011 0.006 0.002 0.001 77 K 0.365 0.201 0.078 0.199 0.088 0.039 0.021 0.005 0.003 0.001 0.001 78 E 0.322 0.146 0.117 0.184 0.090 0.060 0.043 0.018 0.011 0.005 0.003 79 Y 0.003 0.004 0.005 0.016 0.028 0.082 0.209 0.221 0.202 0.149 0.080 80 W 0.002 0.007 0.022 0.053 0.099 0.170 0.269 0.169 0.117 0.062 0.030 81 D 0.033 0.068 0.600 0.173 0.075 0.031 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 82 R 0.068 0.068 0.107 0.246 0.193 0.159 0.108 0.031 0.013 0.005 0.002 83 V 0.002 0.004 0.004 0.007 0.009 0.019 0.077 0.142 0.263 0.274 0.197 84 F 0.002 0.005 0.013 0.037 0.090 0.206 0.292 0.164 0.112 0.054 0.025 85 E 0.059 0.092 0.556 0.172 0.067 0.028 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 86 Y 0.007 0.023 0.029 0.084 0.130 0.212 0.286 0.121 0.062 0.033 0.013 87 F 0.005 0.003 0.003 0.005 0.006 0.012 0.048 0.109 0.238 0.304 0.267 88 L 0.006 0.012 0.018 0.067 0.117 0.202 0.248 0.138 0.105 0.059 0.028 89 A 0.054 0.077 0.523 0.196 0.077 0.034 0.020 0.008 0.006 0.003 0.002 90 E 0.047 0.043 0.048 0.103 0.129 0.172 0.237 0.109 0.065 0.031 0.016 91 Y 0.005 0.005 0.006 0.016 0.021 0.056 0.165 0.211 0.222 0.178 0.116 92 R 0.038 0.100 0.161 0.191 0.166 0.136 0.110 0.047 0.028 0.015 0.008 93 A 0.075 0.116 0.311 0.167 0.102 0.074 0.073 0.037 0.024 0.013 0.008 94 G 0.596 0.141 0.056 0.093 0.051 0.027 0.020 0.008 0.005 0.003 0.002 95 R 0.132 0.119 0.042 0.124 0.109 0.119 0.129 0.078 0.065 0.047 0.036 96 T 0.060 0.105 0.029 0.094 0.116 0.118 0.146 0.120 0.110 0.066 0.036 97 P 0.316 0.076 0.030 0.072 0.073 0.079 0.100 0.077 0.076 0.055 0.047 98 N 0.097 0.059 0.024 0.082 0.085 0.089 0.166 0.135 0.118 0.090 0.055 99 P 0.066 0.063 0.031 0.108 0.106 0.116 0.137 0.120 0.119 0.082 0.054 100 D 0.067 0.061 0.037 0.102 0.094 0.112 0.135 0.118 0.111 0.093 0.071 101 V 0.042 0.036 0.020 0.060 0.069 0.087 0.163 0.160 0.157 0.124 0.081 102 M 0.061 0.065 0.032 0.097 0.115 0.122 0.171 0.131 0.108 0.064 0.033 103 C 0.018 0.019 0.010 0.039 0.048 0.058 0.119 0.144 0.171 0.183 0.190 104 N 0.064 0.101 0.055 0.146 0.163 0.140 0.136 0.079 0.060 0.034 0.022 105 K 0.078 0.089 0.062 0.165 0.135 0.134 0.150 0.082 0.057 0.034 0.015 106 E 0.170 0.148 0.099 0.235 0.146 0.091 0.062 0.023 0.015 0.007 0.004 107 I 0.021 0.012 0.022 0.032 0.031 0.046 0.137 0.175 0.223 0.172 0.129 108 K 0.001 0.008 0.028 0.054 0.067 0.114 0.243 0.172 0.145 0.100 0.066 109 F 0.001 0.001 0.012 0.014 0.026 0.070 0.229 0.201 0.200 0.150 0.095 110 K 0.013 0.031 0.179 0.292 0.231 0.139 0.071 0.025 0.012 0.006 0.002 111 A 0.001 0.007 0.026 0.063 0.096 0.135 0.251 0.183 0.142 0.069 0.028 112 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.070 0.212 0.321 0.367 113 L 0.001 0.001 0.008 0.027 0.094 0.215 0.369 0.141 0.085 0.041 0.019 114 D 0.006 0.027 0.555 0.225 0.107 0.049 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.002 0.011 0.027 0.107 0.395 0.224 0.135 0.070 0.028 116 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.040 0.163 0.361 0.427 117 I 0.001 0.002 0.052 0.152 0.264 0.276 0.169 0.053 0.019 0.008 0.005 118 T 0.004 0.025 0.638 0.145 0.087 0.061 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.076 0.369 0.235 0.140 0.109 0.050 120 G 0.435 0.322 0.047 0.108 0.043 0.020 0.015 0.005 0.003 0.002 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.018 0.056 0.156 0.238 0.524 122 D 0.122 0.194 0.136 0.281 0.148 0.076 0.033 0.007 0.002 0.001 0.001 123 Y 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 0.084 0.281 0.258 0.192 0.094 0.055 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.059 0.134 0.269 0.516 125 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.048 0.102 0.236 0.267 0.331 126 T 0.001 0.002 0.003 0.008 0.006 0.010 0.045 0.098 0.209 0.282 0.337 127 G 0.002 0.002 0.002 0.012 0.020 0.046 0.116 0.170 0.205 0.220 0.205 128 H 0.012 0.037 0.024 0.109 0.152 0.153 0.204 0.143 0.093 0.048 0.023 129 Y 0.016 0.019 0.013 0.047 0.057 0.064 0.122 0.152 0.204 0.175 0.132 130 A 0.019 0.024 0.022 0.075 0.104 0.138 0.195 0.134 0.133 0.086 0.069 131 R 0.056 0.073 0.051 0.169 0.152 0.136 0.139 0.090 0.069 0.044 0.022 132 V 0.014 0.031 0.018 0.063 0.094 0.132 0.207 0.169 0.138 0.090 0.044 133 A 0.027 0.026 0.018 0.042 0.045 0.055 0.117 0.139 0.174 0.192 0.166 134 R 0.104 0.103 0.048 0.132 0.140 0.119 0.155 0.085 0.057 0.036 0.021 135 D 0.357 0.202 0.077 0.151 0.082 0.049 0.037 0.019 0.014 0.008 0.004 136 E 0.645 0.142 0.041 0.076 0.041 0.022 0.016 0.007 0.005 0.003 0.002 137 D 0.424 0.171 0.048 0.098 0.065 0.049 0.055 0.032 0.027 0.018 0.012