# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1276 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.009 0.011 0.018 0.026 0.033 0.023 0.003 0.001 0.002 0.814 2 S 0.019 0.002 0.003 0.016 0.032 0.038 0.077 0.001 0.001 0.002 0.810 3 D 0.063 0.002 0.002 0.015 0.022 0.029 0.111 0.001 0.001 0.006 0.749 4 N 0.061 0.005 0.001 0.018 0.021 0.024 0.167 0.001 0.001 0.007 0.695 5 S 0.088 0.003 0.001 0.008 0.009 0.009 0.279 0.001 0.001 0.017 0.586 6 K 0.197 0.002 0.002 0.012 0.006 0.007 0.145 0.001 0.001 0.033 0.594 7 T 0.234 0.001 0.011 0.049 0.035 0.027 0.252 0.001 0.001 0.044 0.344 8 R 0.052 0.001 0.035 0.243 0.142 0.116 0.158 0.001 0.001 0.017 0.235 9 V 0.001 0.001 0.002 0.497 0.223 0.247 0.013 0.001 0.001 0.001 0.016 10 V 0.001 0.001 0.001 0.632 0.167 0.195 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 11 V 0.001 0.001 0.001 0.713 0.126 0.156 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 12 G 0.001 0.001 0.001 0.843 0.056 0.097 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 13 M 0.001 0.001 0.001 0.839 0.061 0.086 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 14 S 0.001 0.001 0.001 0.595 0.099 0.198 0.032 0.001 0.001 0.002 0.073 15 G 0.003 0.001 0.001 0.197 0.043 0.127 0.163 0.001 0.001 0.009 0.455 16 G 0.035 0.002 0.002 0.042 0.014 0.023 0.297 0.001 0.001 0.029 0.555 17 V 0.077 0.009 0.041 0.025 0.007 0.016 0.299 0.001 0.001 0.015 0.509 18 D 0.013 0.019 0.002 0.020 0.006 0.014 0.203 0.001 0.001 0.002 0.719 19 S 0.040 0.042 0.001 0.006 0.002 0.003 0.083 0.001 0.001 0.004 0.817 20 S 0.016 0.144 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.001 0.001 0.001 0.715 21 V 0.006 0.344 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.002 0.001 0.002 0.386 22 T 0.004 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.002 0.039 23 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 24 L 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 28 E 0.083 0.891 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.012 29 Q 0.056 0.625 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.277 0.001 0.001 0.036 30 G 0.531 0.067 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.308 0.001 0.002 0.077 31 Y 0.004 0.001 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 32 D 0.005 0.002 0.017 0.320 0.051 0.041 0.086 0.002 0.001 0.001 0.475 33 V 0.019 0.001 0.011 0.204 0.011 0.020 0.023 0.001 0.001 0.002 0.711 34 I 0.001 0.001 0.001 0.809 0.071 0.084 0.019 0.001 0.001 0.001 0.015 35 G 0.005 0.002 0.001 0.427 0.033 0.057 0.038 0.001 0.001 0.002 0.434 36 I 0.002 0.001 0.001 0.783 0.084 0.104 0.007 0.001 0.001 0.001 0.017 37 F 0.003 0.003 0.001 0.436 0.136 0.242 0.042 0.001 0.001 0.002 0.136 38 M 0.004 0.004 0.001 0.313 0.209 0.351 0.023 0.001 0.001 0.003 0.092 39 K 0.004 0.006 0.001 0.167 0.201 0.468 0.045 0.001 0.001 0.003 0.104 40 N 0.018 0.016 0.003 0.094 0.170 0.277 0.062 0.002 0.001 0.008 0.350 41 W 0.031 0.025 0.009 0.086 0.200 0.313 0.082 0.002 0.001 0.010 0.240 42 D 0.021 0.021 0.004 0.046 0.202 0.257 0.099 0.003 0.001 0.007 0.340 43 D 0.047 0.025 0.004 0.036 0.180 0.190 0.117 0.003 0.001 0.012 0.385 44 T 0.069 0.041 0.005 0.030 0.131 0.188 0.251 0.004 0.001 0.016 0.264 45 D 0.066 0.073 0.006 0.040 0.113 0.110 0.216 0.006 0.001 0.021 0.349 46 E 0.121 0.079 0.008 0.013 0.033 0.045 0.367 0.004 0.001 0.043 0.287 47 N 0.171 0.064 0.016 0.014 0.023 0.032 0.272 0.007 0.001 0.043 0.357 48 G 0.221 0.046 0.016 0.015 0.027 0.025 0.253 0.009 0.001 0.040 0.348 49 V 0.134 0.029 0.090 0.011 0.018 0.031 0.221 0.002 0.001 0.022 0.441 50 C 0.019 0.023 0.008 0.025 0.041 0.085 0.117 0.002 0.001 0.003 0.676 51 T 0.057 0.019 0.003 0.029 0.059 0.110 0.110 0.002 0.001 0.006 0.605 52 A 0.071 0.028 0.003 0.010 0.019 0.038 0.091 0.002 0.001 0.004 0.736 53 T 0.078 0.042 0.003 0.015 0.011 0.023 0.190 0.004 0.001 0.009 0.625 54 E 0.095 0.042 0.006 0.008 0.003 0.005 0.246 0.002 0.001 0.011 0.582 55 D 0.118 0.103 0.003 0.006 0.003 0.005 0.402 0.005 0.001 0.009 0.345 56 Y 0.137 0.284 0.006 0.009 0.002 0.004 0.128 0.006 0.001 0.010 0.412 57 K 0.020 0.507 0.002 0.002 0.001 0.002 0.130 0.001 0.001 0.002 0.334 58 D 0.030 0.510 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.006 0.001 0.001 0.363 59 V 0.013 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.019 60 V 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.008 61 A 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 62 V 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 63 A 0.008 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 65 Q 0.035 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.009 66 I 0.101 0.809 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.001 0.001 0.007 67 G 0.380 0.063 0.027 0.001 0.001 0.001 0.004 0.461 0.001 0.002 0.063 68 I 0.003 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 69 P 0.001 0.001 0.005 0.020 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.962 70 Y 0.006 0.001 0.007 0.172 0.007 0.012 0.034 0.001 0.001 0.001 0.761 71 Y 0.015 0.001 0.001 0.779 0.027 0.039 0.054 0.001 0.001 0.002 0.084 72 S 0.019 0.001 0.001 0.515 0.012 0.019 0.041 0.001 0.001 0.002 0.390 73 V 0.004 0.001 0.001 0.874 0.013 0.027 0.023 0.001 0.001 0.001 0.056 74 N 0.013 0.002 0.001 0.400 0.020 0.042 0.179 0.001 0.001 0.004 0.339 75 F 0.012 0.004 0.002 0.125 0.014 0.030 0.076 0.001 0.001 0.005 0.732 76 E 0.011 0.011 0.001 0.048 0.020 0.063 0.369 0.001 0.001 0.007 0.471 77 K 0.064 0.040 0.001 0.011 0.005 0.013 0.180 0.001 0.001 0.011 0.674 78 E 0.127 0.281 0.001 0.003 0.003 0.003 0.071 0.001 0.001 0.002 0.507 79 Y 0.114 0.591 0.002 0.003 0.006 0.009 0.075 0.003 0.001 0.006 0.190 80 W 0.041 0.836 0.004 0.002 0.003 0.009 0.013 0.002 0.001 0.001 0.089 81 D 0.019 0.817 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.006 0.001 0.001 0.141 82 R 0.097 0.802 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.081 83 V 0.097 0.799 0.007 0.001 0.002 0.003 0.005 0.019 0.001 0.001 0.065 84 F 0.045 0.833 0.024 0.006 0.006 0.010 0.005 0.010 0.001 0.001 0.060 85 E 0.051 0.636 0.006 0.009 0.004 0.016 0.012 0.017 0.001 0.001 0.249 86 Y 0.129 0.415 0.012 0.008 0.004 0.005 0.005 0.012 0.001 0.001 0.409 87 F 0.131 0.523 0.010 0.014 0.005 0.012 0.031 0.010 0.001 0.002 0.261 88 L 0.042 0.410 0.013 0.020 0.009 0.030 0.074 0.005 0.001 0.002 0.395 89 A 0.026 0.402 0.001 0.008 0.005 0.006 0.024 0.002 0.001 0.001 0.524 90 E 0.121 0.556 0.001 0.005 0.006 0.012 0.057 0.005 0.001 0.002 0.236 91 Y 0.100 0.694 0.004 0.005 0.006 0.013 0.024 0.007 0.001 0.002 0.145 92 R 0.110 0.713 0.010 0.002 0.004 0.007 0.011 0.004 0.001 0.001 0.137 93 A 0.072 0.584 0.004 0.005 0.012 0.019 0.016 0.025 0.001 0.001 0.262 94 G 0.337 0.090 0.002 0.007 0.012 0.005 0.011 0.151 0.001 0.002 0.384 95 R 0.345 0.033 0.474 0.005 0.001 0.002 0.016 0.006 0.001 0.005 0.114 96 T 0.030 0.007 0.033 0.067 0.046 0.038 0.194 0.013 0.001 0.002 0.571 97 P 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.989 98 N 0.013 0.001 0.001 0.087 0.015 0.035 0.469 0.001 0.001 0.003 0.376 99 P 0.041 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 0.935 100 D 0.038 0.002 0.001 0.093 0.007 0.010 0.264 0.001 0.001 0.004 0.581 101 V 0.225 0.005 0.001 0.056 0.006 0.010 0.121 0.001 0.001 0.013 0.561 102 M 0.061 0.067 0.001 0.121 0.015 0.024 0.226 0.001 0.001 0.004 0.480 103 C 0.096 0.111 0.003 0.036 0.014 0.039 0.233 0.001 0.001 0.010 0.457 104 N 0.089 0.358 0.003 0.028 0.011 0.029 0.088 0.003 0.001 0.005 0.386 105 K 0.068 0.403 0.002 0.006 0.006 0.009 0.089 0.004 0.001 0.004 0.409 106 E 0.076 0.566 0.005 0.003 0.002 0.004 0.060 0.004 0.001 0.003 0.275 107 I 0.027 0.771 0.003 0.002 0.002 0.002 0.026 0.003 0.001 0.001 0.162 108 K 0.020 0.887 0.002 0.001 0.001 0.003 0.025 0.003 0.001 0.001 0.057 109 F 0.011 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.032 110 K 0.005 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 111 A 0.014 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.037 112 F 0.003 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 113 L 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 114 D 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 115 Y 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 116 A 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 117 I 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 118 T 0.024 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 119 L 0.092 0.750 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.001 0.001 0.020 120 G 0.637 0.094 0.027 0.001 0.001 0.001 0.004 0.167 0.001 0.003 0.067 121 A 0.001 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 122 D 0.004 0.005 0.007 0.314 0.060 0.055 0.065 0.004 0.001 0.001 0.485 123 Y 0.069 0.004 0.008 0.511 0.023 0.025 0.032 0.001 0.001 0.004 0.323 124 V 0.007 0.018 0.001 0.612 0.048 0.101 0.068 0.001 0.001 0.001 0.143 125 A 0.004 0.006 0.001 0.820 0.043 0.062 0.023 0.001 0.001 0.001 0.039 126 T 0.011 0.028 0.001 0.511 0.042 0.086 0.069 0.001 0.001 0.003 0.249 127 G 0.044 0.027 0.003 0.331 0.075 0.104 0.053 0.003 0.001 0.008 0.352 128 H 0.033 0.042 0.005 0.081 0.032 0.073 0.318 0.002 0.001 0.011 0.402 129 Y 0.042 0.033 0.005 0.044 0.034 0.067 0.174 0.003 0.001 0.011 0.587 130 A 0.067 0.125 0.009 0.032 0.032 0.056 0.107 0.002 0.001 0.004 0.564 131 R 0.092 0.156 0.002 0.017 0.030 0.055 0.074 0.006 0.001 0.009 0.558 132 V 0.339 0.202 0.012 0.005 0.012 0.027 0.041 0.005 0.001 0.005 0.353 133 A 0.160 0.214 0.005 0.014 0.035 0.031 0.027 0.025 0.001 0.002 0.488 134 R 0.236 0.124 0.011 0.014 0.024 0.031 0.060 0.019 0.001 0.007 0.473 135 D 0.103 0.035 0.020 0.010 0.013 0.015 0.089 0.012 0.001 0.005 0.699 136 E 0.098 0.020 0.019 0.017 0.009 0.013 0.172 0.005 0.001 0.010 0.636 137 D 0.103 0.011 0.008 0.012 0.006 0.008 0.345 0.002 0.001 0.015 0.490