# TARGET T0316 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1276 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 2 S 0.040 0.036 0.017 0.045 0.005 0.038 0.819 3 D 0.035 0.013 0.087 0.051 0.126 0.139 0.549 4 N 0.040 0.003 0.118 0.028 0.216 0.260 0.334 5 S 0.033 0.003 0.129 0.021 0.231 0.386 0.196 6 K 0.061 0.003 0.034 0.003 0.295 0.215 0.389 7 T 0.099 0.002 0.003 0.001 0.192 0.032 0.672 8 R 0.774 0.005 0.001 0.001 0.033 0.008 0.178 9 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 10 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 13 M 0.919 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.075 14 S 0.525 0.006 0.001 0.001 0.057 0.012 0.397 15 G 0.129 0.006 0.006 0.002 0.374 0.067 0.417 16 G 0.075 0.013 0.026 0.040 0.335 0.116 0.395 17 V 0.041 0.017 0.057 0.365 0.147 0.182 0.191 18 D 0.011 0.004 0.035 0.713 0.035 0.102 0.101 19 S 0.002 0.001 0.010 0.932 0.008 0.024 0.023 20 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 21 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.961 0.002 0.034 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.002 0.298 0.005 0.693 0.002 30 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.960 0.021 31 Y 0.014 0.002 0.001 0.001 0.063 0.009 0.911 32 D 0.282 0.021 0.004 0.001 0.070 0.009 0.614 33 V 0.743 0.006 0.001 0.001 0.020 0.001 0.229 34 I 0.911 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.062 35 G 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 36 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 37 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 38 M 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 39 K 0.876 0.001 0.001 0.001 0.031 0.008 0.081 40 N 0.787 0.005 0.004 0.005 0.037 0.028 0.135 41 W 0.512 0.021 0.018 0.010 0.144 0.080 0.215 42 D 0.365 0.010 0.021 0.011 0.161 0.087 0.346 43 D 0.232 0.036 0.033 0.019 0.227 0.199 0.253 44 T 0.121 0.050 0.027 0.016 0.154 0.110 0.521 45 D 0.039 0.009 0.052 0.022 0.231 0.499 0.146 46 E 0.025 0.008 0.050 0.021 0.130 0.656 0.109 47 N 0.030 0.019 0.071 0.031 0.271 0.455 0.123 48 G 0.040 0.026 0.040 0.024 0.263 0.281 0.325 49 V 0.098 0.093 0.037 0.028 0.149 0.160 0.435 50 C 0.088 0.099 0.033 0.026 0.142 0.125 0.486 51 T 0.050 0.046 0.024 0.038 0.187 0.105 0.549 52 A 0.030 0.014 0.020 0.069 0.248 0.068 0.550 53 T 0.005 0.002 0.085 0.685 0.047 0.065 0.111 54 E 0.003 0.001 0.081 0.803 0.026 0.051 0.035 55 D 0.001 0.002 0.045 0.864 0.009 0.034 0.046 56 Y 0.001 0.001 0.005 0.983 0.001 0.006 0.004 57 K 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.002 0.964 0.003 0.030 0.001 66 I 0.001 0.001 0.002 0.416 0.007 0.571 0.002 67 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.917 0.051 68 I 0.011 0.001 0.001 0.001 0.048 0.002 0.938 69 P 0.218 0.005 0.002 0.001 0.037 0.003 0.734 70 Y 0.936 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.048 71 Y 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 72 S 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 73 V 0.933 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.055 74 N 0.480 0.006 0.001 0.003 0.052 0.004 0.455 75 F 0.077 0.008 0.045 0.191 0.115 0.233 0.332 76 E 0.016 0.004 0.089 0.444 0.055 0.216 0.176 77 K 0.007 0.001 0.105 0.738 0.036 0.060 0.053 78 E 0.008 0.003 0.029 0.893 0.014 0.028 0.025 79 Y 0.008 0.002 0.025 0.911 0.005 0.032 0.017 80 W 0.003 0.001 0.012 0.956 0.003 0.016 0.010 81 D 0.001 0.001 0.009 0.973 0.002 0.013 0.002 82 R 0.001 0.001 0.007 0.973 0.002 0.015 0.002 83 V 0.001 0.001 0.006 0.969 0.001 0.020 0.003 84 F 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.010 0.003 85 E 0.001 0.001 0.005 0.979 0.002 0.011 0.002 86 Y 0.001 0.001 0.004 0.978 0.002 0.013 0.002 87 F 0.001 0.001 0.003 0.971 0.001 0.018 0.005 88 L 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.007 0.005 89 A 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.007 0.003 90 E 0.001 0.001 0.006 0.980 0.001 0.012 0.001 91 Y 0.001 0.001 0.007 0.963 0.003 0.021 0.004 92 R 0.005 0.004 0.016 0.864 0.010 0.083 0.018 93 A 0.002 0.001 0.014 0.420 0.010 0.546 0.008 94 G 0.002 0.001 0.006 0.063 0.038 0.837 0.053 95 R 0.020 0.027 0.008 0.024 0.238 0.092 0.591 96 T 0.053 0.047 0.002 0.003 0.261 0.019 0.615 97 P 0.051 0.054 0.003 0.003 0.239 0.089 0.560 98 N 0.028 0.027 0.003 0.003 0.174 0.045 0.719 99 P 0.024 0.012 0.030 0.063 0.244 0.310 0.317 100 D 0.041 0.026 0.066 0.124 0.205 0.249 0.290 101 V 0.092 0.043 0.125 0.271 0.171 0.134 0.164 102 M 0.105 0.042 0.087 0.320 0.075 0.174 0.198 103 C 0.059 0.030 0.051 0.220 0.079 0.414 0.146 104 N 0.016 0.005 0.025 0.267 0.165 0.367 0.155 105 K 0.021 0.003 0.007 0.602 0.206 0.049 0.112 106 E 0.020 0.002 0.003 0.905 0.014 0.014 0.042 107 I 0.039 0.007 0.002 0.914 0.009 0.005 0.024 108 K 0.019 0.003 0.001 0.949 0.005 0.006 0.016 109 F 0.004 0.001 0.001 0.977 0.004 0.007 0.007 110 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.004 0.003 111 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.004 0.003 112 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 117 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.964 0.001 0.034 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.339 0.002 0.657 0.001 120 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.960 0.025 121 A 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.981 122 D 0.051 0.001 0.004 0.001 0.731 0.006 0.206 123 Y 0.961 0.001 0.003 0.002 0.014 0.006 0.013 124 V 0.989 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 125 A 0.990 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 126 T 0.875 0.001 0.001 0.009 0.007 0.002 0.105 127 G 0.377 0.001 0.007 0.008 0.121 0.026 0.459 128 H 0.190 0.006 0.042 0.042 0.265 0.136 0.319 129 Y 0.141 0.057 0.085 0.067 0.165 0.193 0.293 130 A 0.106 0.019 0.234 0.133 0.081 0.175 0.251 131 R 0.062 0.014 0.174 0.177 0.115 0.235 0.223 132 V 0.037 0.013 0.155 0.158 0.073 0.263 0.300 133 A 0.025 0.014 0.062 0.124 0.118 0.152 0.504 134 R 0.020 0.012 0.045 0.099 0.170 0.181 0.474 135 D 0.015 0.007 0.036 0.075 0.233 0.229 0.406 136 E 0.010 0.006 0.041 0.056 0.108 0.302 0.478 137 D 0.004 0.002 0.006 0.008 0.034 0.012 0.935