# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1276 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.120 0.255 0.358 0.106 0.047 0.051 0.016 0.003 0.041 0.002 0.001 2 S 0.175 0.293 0.369 0.055 0.033 0.037 0.007 0.004 0.021 0.006 0.001 3 D 0.232 0.191 0.258 0.187 0.020 0.054 0.015 0.005 0.030 0.004 0.001 4 N 0.152 0.187 0.180 0.202 0.045 0.043 0.078 0.012 0.091 0.010 0.001 5 S 0.162 0.037 0.173 0.218 0.038 0.030 0.242 0.045 0.012 0.042 0.002 6 K 0.118 0.064 0.113 0.285 0.053 0.020 0.195 0.131 0.008 0.011 0.001 7 T 0.034 0.469 0.307 0.091 0.057 0.016 0.009 0.002 0.015 0.001 0.001 8 R 0.003 0.544 0.365 0.004 0.051 0.017 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 9 V 0.001 0.836 0.129 0.001 0.015 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 10 V 0.001 0.744 0.218 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 11 V 0.001 0.822 0.119 0.001 0.005 0.033 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 12 G 0.002 0.777 0.110 0.001 0.041 0.039 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 13 M 0.016 0.620 0.179 0.021 0.086 0.044 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 14 S 0.020 0.320 0.169 0.027 0.402 0.022 0.006 0.002 0.013 0.017 0.001 15 G 0.079 0.058 0.135 0.204 0.215 0.017 0.079 0.061 0.026 0.124 0.002 16 G 0.075 0.030 0.293 0.025 0.154 0.021 0.027 0.087 0.008 0.271 0.008 17 V 0.760 0.027 0.029 0.140 0.004 0.016 0.010 0.005 0.004 0.003 0.001 18 D 0.759 0.022 0.058 0.082 0.011 0.024 0.021 0.005 0.009 0.009 0.001 19 S 0.978 0.002 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.935 0.003 0.004 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.269 0.003 0.021 0.701 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 G 0.009 0.001 0.003 0.006 0.002 0.001 0.195 0.758 0.001 0.025 0.001 31 Y 0.074 0.205 0.570 0.058 0.040 0.029 0.010 0.002 0.008 0.004 0.001 32 D 0.064 0.161 0.360 0.131 0.024 0.157 0.061 0.006 0.034 0.001 0.002 33 V 0.010 0.529 0.389 0.002 0.016 0.039 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 34 I 0.174 0.558 0.076 0.120 0.021 0.023 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 35 G 0.009 0.495 0.213 0.004 0.262 0.008 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 36 I 0.006 0.875 0.038 0.002 0.050 0.008 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 37 F 0.013 0.653 0.203 0.006 0.026 0.058 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 38 M 0.047 0.543 0.199 0.027 0.084 0.054 0.004 0.001 0.038 0.002 0.001 39 K 0.077 0.464 0.255 0.021 0.066 0.063 0.013 0.002 0.036 0.002 0.001 40 N 0.121 0.200 0.228 0.109 0.042 0.121 0.093 0.004 0.074 0.002 0.007 41 W 0.195 0.285 0.230 0.104 0.093 0.043 0.012 0.007 0.024 0.004 0.002 42 D 0.209 0.243 0.191 0.123 0.076 0.073 0.027 0.010 0.034 0.013 0.001 43 D 0.243 0.195 0.131 0.271 0.047 0.045 0.020 0.006 0.036 0.004 0.001 44 T 0.160 0.126 0.184 0.207 0.040 0.136 0.046 0.007 0.088 0.005 0.001 45 D 0.504 0.041 0.103 0.216 0.015 0.037 0.050 0.010 0.016 0.007 0.001 46 E 0.514 0.031 0.054 0.271 0.008 0.031 0.062 0.010 0.014 0.002 0.001 47 N 0.227 0.036 0.074 0.590 0.010 0.008 0.040 0.006 0.008 0.001 0.001 48 G 0.080 0.014 0.077 0.053 0.051 0.004 0.200 0.404 0.003 0.113 0.001 49 V 0.309 0.212 0.262 0.136 0.030 0.023 0.009 0.002 0.013 0.002 0.001 50 C 0.207 0.182 0.372 0.109 0.024 0.066 0.013 0.003 0.020 0.003 0.001 51 T 0.150 0.253 0.276 0.175 0.066 0.035 0.013 0.003 0.024 0.003 0.001 52 A 0.127 0.148 0.513 0.041 0.094 0.020 0.010 0.006 0.014 0.027 0.001 53 T 0.520 0.065 0.232 0.081 0.039 0.025 0.008 0.009 0.009 0.009 0.002 54 E 0.831 0.016 0.053 0.060 0.015 0.004 0.007 0.008 0.002 0.004 0.001 55 D 0.652 0.023 0.117 0.095 0.012 0.050 0.008 0.003 0.030 0.008 0.001 56 Y 0.975 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.989 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.979 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 I 0.131 0.001 0.003 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.553 0.440 0.001 0.002 0.001 68 I 0.001 0.293 0.651 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 69 P 0.007 0.009 0.863 0.001 0.001 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 70 Y 0.027 0.654 0.158 0.016 0.088 0.026 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 71 Y 0.009 0.815 0.069 0.003 0.049 0.021 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 72 S 0.012 0.435 0.465 0.009 0.012 0.055 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 73 V 0.025 0.715 0.113 0.016 0.060 0.036 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 74 N 0.011 0.128 0.387 0.012 0.044 0.304 0.013 0.001 0.097 0.003 0.001 75 F 0.674 0.031 0.040 0.193 0.010 0.023 0.013 0.004 0.012 0.001 0.001 76 E 0.761 0.039 0.111 0.062 0.006 0.009 0.003 0.002 0.004 0.003 0.001 77 K 0.930 0.005 0.014 0.032 0.002 0.003 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 78 E 0.941 0.005 0.014 0.030 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 79 Y 0.933 0.004 0.006 0.047 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 80 W 0.979 0.002 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.986 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 R 0.957 0.002 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.956 0.003 0.003 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 F 0.966 0.006 0.008 0.014 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.980 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.974 0.002 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 F 0.960 0.003 0.004 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 88 L 0.981 0.003 0.007 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 A 0.990 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.965 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 Y 0.898 0.007 0.016 0.070 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 92 R 0.894 0.016 0.020 0.040 0.002 0.005 0.014 0.002 0.004 0.001 0.001 93 A 0.267 0.018 0.107 0.571 0.005 0.006 0.019 0.002 0.005 0.001 0.001 94 G 0.011 0.001 0.009 0.016 0.006 0.001 0.288 0.652 0.001 0.015 0.001 95 R 0.152 0.261 0.311 0.162 0.022 0.060 0.013 0.001 0.016 0.002 0.001 96 T 0.005 0.292 0.477 0.001 0.031 0.028 0.010 0.001 0.155 0.001 0.001 97 P 0.313 0.006 0.568 0.030 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 98 N 0.028 0.196 0.377 0.012 0.081 0.065 0.008 0.001 0.231 0.002 0.001 99 P 0.620 0.016 0.281 0.049 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 100 D 0.443 0.070 0.204 0.179 0.025 0.040 0.007 0.013 0.017 0.003 0.001 101 V 0.440 0.195 0.143 0.125 0.035 0.026 0.007 0.004 0.023 0.002 0.001 102 M 0.546 0.057 0.160 0.122 0.007 0.059 0.021 0.003 0.021 0.003 0.001 103 C 0.607 0.042 0.108 0.155 0.020 0.017 0.024 0.010 0.008 0.009 0.001 104 N 0.702 0.009 0.040 0.095 0.007 0.012 0.078 0.043 0.003 0.009 0.001 105 K 0.862 0.031 0.048 0.028 0.007 0.008 0.008 0.003 0.005 0.002 0.001 106 E 0.953 0.007 0.018 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 I 0.954 0.015 0.007 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 K 0.967 0.009 0.007 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 F 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 K 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 F 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 T 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 L 0.255 0.001 0.005 0.738 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 0.817 0.001 0.004 0.001 121 A 0.002 0.027 0.922 0.001 0.005 0.041 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 122 D 0.713 0.001 0.004 0.280 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Y 0.004 0.643 0.007 0.001 0.338 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 124 V 0.019 0.889 0.040 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 125 A 0.046 0.614 0.114 0.012 0.090 0.069 0.002 0.001 0.052 0.001 0.001 126 T 0.072 0.554 0.106 0.068 0.102 0.046 0.005 0.001 0.043 0.002 0.001 127 G 0.157 0.080 0.170 0.065 0.232 0.026 0.045 0.098 0.013 0.112 0.002 128 H 0.346 0.239 0.133 0.146 0.073 0.024 0.020 0.003 0.011 0.006 0.001 129 Y 0.331 0.168 0.146 0.122 0.056 0.061 0.057 0.013 0.036 0.008 0.001 130 A 0.431 0.179 0.151 0.086 0.050 0.030 0.031 0.005 0.026 0.009 0.001 131 R 0.541 0.076 0.121 0.099 0.027 0.046 0.059 0.009 0.017 0.003 0.002 132 V 0.451 0.087 0.063 0.350 0.010 0.018 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 133 A 0.206 0.161 0.225 0.204 0.042 0.062 0.045 0.012 0.037 0.006 0.001 134 R 0.194 0.266 0.204 0.149 0.047 0.044 0.031 0.003 0.054 0.008 0.001 135 D 0.218 0.043 0.233 0.255 0.027 0.085 0.082 0.020 0.024 0.011 0.003 136 E 0.400 0.068 0.103 0.277 0.030 0.018 0.043 0.037 0.012 0.010 0.001 137 D 0.291 0.104 0.192 0.258 0.020 0.046 0.051 0.009 0.025 0.004 0.001