# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1276 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.145 0.282 0.096 0.008 0.287 0.006 0.014 0.055 0.030 0.039 0.038 2 S 0.062 0.353 0.179 0.013 0.268 0.015 0.015 0.038 0.020 0.020 0.015 3 D 0.107 0.128 0.066 0.013 0.129 0.013 0.046 0.231 0.147 0.073 0.048 4 N 0.046 0.061 0.054 0.040 0.044 0.033 0.051 0.178 0.206 0.229 0.059 5 S 0.031 0.286 0.180 0.070 0.129 0.027 0.054 0.079 0.073 0.055 0.016 6 K 0.051 0.032 0.016 0.010 0.044 0.014 0.050 0.099 0.170 0.372 0.142 7 T 0.068 0.278 0.085 0.015 0.208 0.012 0.029 0.035 0.046 0.173 0.051 8 R 0.244 0.105 0.010 0.001 0.617 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.015 9 V 0.162 0.066 0.003 0.001 0.764 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 10 V 0.218 0.033 0.001 0.001 0.734 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 11 V 0.250 0.045 0.004 0.003 0.644 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.042 12 G 0.304 0.086 0.017 0.009 0.376 0.012 0.014 0.008 0.003 0.031 0.140 13 M 0.240 0.113 0.045 0.021 0.279 0.010 0.014 0.014 0.013 0.081 0.170 14 S 0.099 0.196 0.106 0.085 0.223 0.050 0.032 0.036 0.030 0.084 0.060 15 G 0.037 0.075 0.078 0.200 0.050 0.098 0.059 0.043 0.089 0.222 0.048 16 G 0.042 0.061 0.131 0.191 0.061 0.082 0.041 0.084 0.084 0.171 0.051 17 V 0.019 0.051 0.035 0.021 0.038 0.037 0.089 0.409 0.213 0.069 0.017 18 D 0.031 0.071 0.037 0.013 0.053 0.012 0.041 0.490 0.164 0.064 0.023 19 S 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.003 0.006 0.703 0.257 0.017 0.001 20 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.896 0.089 0.004 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.065 0.002 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.045 0.002 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.012 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.018 0.002 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.041 0.002 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.872 0.111 0.003 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.099 0.824 0.059 0.010 0.001 29 Q 0.001 0.636 0.320 0.009 0.024 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 30 G 0.048 0.005 0.005 0.012 0.005 0.004 0.002 0.005 0.008 0.386 0.520 31 Y 0.035 0.580 0.117 0.005 0.203 0.003 0.004 0.014 0.012 0.016 0.011 32 D 0.187 0.131 0.019 0.003 0.488 0.006 0.018 0.035 0.030 0.035 0.048 33 V 0.530 0.047 0.007 0.002 0.351 0.002 0.002 0.001 0.002 0.006 0.050 34 I 0.128 0.089 0.024 0.096 0.413 0.079 0.092 0.024 0.010 0.016 0.027 35 G 0.257 0.092 0.023 0.013 0.574 0.006 0.002 0.002 0.001 0.006 0.024 36 I 0.218 0.093 0.005 0.002 0.656 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 37 F 0.338 0.051 0.005 0.001 0.526 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.070 38 M 0.359 0.094 0.022 0.007 0.373 0.008 0.006 0.006 0.008 0.025 0.092 39 K 0.153 0.156 0.037 0.031 0.285 0.061 0.093 0.049 0.038 0.048 0.047 40 N 0.258 0.145 0.069 0.007 0.311 0.004 0.009 0.026 0.020 0.072 0.079 41 W 0.124 0.195 0.056 0.039 0.229 0.041 0.041 0.055 0.069 0.095 0.054 42 D 0.119 0.194 0.195 0.062 0.260 0.031 0.024 0.038 0.020 0.026 0.031 43 D 0.079 0.116 0.034 0.013 0.187 0.024 0.064 0.195 0.107 0.124 0.057 44 T 0.065 0.169 0.116 0.021 0.257 0.013 0.028 0.065 0.050 0.174 0.041 45 D 0.057 0.075 0.165 0.027 0.055 0.016 0.051 0.324 0.142 0.057 0.031 46 E 0.012 0.027 0.030 0.024 0.016 0.055 0.206 0.403 0.118 0.095 0.015 47 N 0.007 0.563 0.197 0.084 0.056 0.009 0.016 0.013 0.008 0.036 0.011 48 G 0.024 0.021 0.059 0.076 0.013 0.022 0.004 0.017 0.031 0.519 0.214 49 V 0.037 0.395 0.133 0.010 0.214 0.008 0.020 0.089 0.055 0.030 0.010 50 C 0.197 0.203 0.064 0.006 0.290 0.006 0.020 0.059 0.039 0.043 0.073 51 T 0.063 0.303 0.245 0.041 0.129 0.017 0.025 0.048 0.042 0.054 0.033 52 A 0.058 0.292 0.123 0.019 0.142 0.015 0.025 0.157 0.089 0.050 0.030 53 T 0.040 0.123 0.070 0.015 0.057 0.016 0.024 0.192 0.268 0.148 0.046 54 E 0.017 0.118 0.071 0.019 0.045 0.020 0.052 0.363 0.189 0.089 0.017 55 D 0.036 0.270 0.066 0.003 0.075 0.002 0.009 0.346 0.073 0.103 0.018 56 Y 0.006 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.790 0.167 0.016 0.003 57 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.945 0.042 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.026 0.006 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.045 0.006 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.017 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.007 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.032 0.002 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.864 0.129 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.059 0.876 0.057 0.006 0.001 66 I 0.001 0.757 0.208 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.098 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.286 0.604 68 I 0.006 0.738 0.155 0.001 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 P 0.234 0.136 0.023 0.009 0.458 0.009 0.022 0.021 0.011 0.016 0.063 70 Y 0.229 0.178 0.028 0.007 0.491 0.012 0.012 0.004 0.009 0.007 0.022 71 Y 0.091 0.140 0.011 0.001 0.721 0.002 0.002 0.005 0.003 0.004 0.020 72 S 0.393 0.042 0.007 0.001 0.490 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.053 73 V 0.079 0.305 0.060 0.019 0.322 0.034 0.054 0.027 0.010 0.035 0.055 74 N 0.315 0.155 0.028 0.001 0.423 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.070 75 F 0.040 0.037 0.009 0.002 0.038 0.003 0.002 0.231 0.447 0.148 0.043 76 E 0.008 0.094 0.045 0.014 0.025 0.015 0.034 0.498 0.221 0.044 0.003 77 K 0.007 0.016 0.005 0.004 0.014 0.005 0.028 0.791 0.106 0.019 0.005 78 E 0.006 0.018 0.010 0.005 0.013 0.009 0.042 0.779 0.083 0.030 0.005 79 Y 0.008 0.006 0.004 0.002 0.005 0.003 0.005 0.805 0.089 0.063 0.009 80 W 0.003 0.006 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.829 0.134 0.013 0.002 81 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.025 0.883 0.073 0.006 0.001 82 R 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.003 0.043 0.815 0.088 0.037 0.002 83 V 0.007 0.005 0.002 0.001 0.006 0.002 0.013 0.836 0.089 0.034 0.004 84 F 0.008 0.021 0.005 0.004 0.013 0.005 0.012 0.720 0.149 0.058 0.006 85 E 0.005 0.017 0.008 0.005 0.015 0.011 0.032 0.793 0.096 0.014 0.003 86 Y 0.012 0.019 0.012 0.004 0.016 0.008 0.039 0.775 0.074 0.035 0.008 87 F 0.013 0.014 0.007 0.004 0.014 0.003 0.012 0.732 0.106 0.086 0.009 88 L 0.013 0.037 0.008 0.002 0.022 0.003 0.006 0.743 0.129 0.031 0.005 89 A 0.001 0.007 0.003 0.001 0.003 0.002 0.010 0.870 0.098 0.004 0.001 90 E 0.002 0.006 0.004 0.001 0.008 0.003 0.033 0.864 0.063 0.015 0.001 91 Y 0.017 0.035 0.021 0.002 0.017 0.003 0.026 0.717 0.112 0.041 0.008 92 R 0.015 0.016 0.020 0.010 0.015 0.011 0.026 0.641 0.155 0.076 0.015 93 A 0.002 0.543 0.193 0.048 0.031 0.039 0.059 0.063 0.015 0.006 0.001 94 G 0.014 0.006 0.010 0.025 0.006 0.007 0.011 0.024 0.034 0.639 0.225 95 R 0.086 0.298 0.140 0.016 0.231 0.015 0.042 0.053 0.041 0.051 0.029 96 T 0.049 0.448 0.135 0.005 0.311 0.002 0.005 0.019 0.008 0.008 0.009 97 P 0.047 0.296 0.250 0.040 0.124 0.032 0.059 0.047 0.044 0.040 0.020 98 N 0.243 0.157 0.102 0.009 0.315 0.007 0.017 0.026 0.014 0.021 0.090 99 P 0.035 0.132 0.039 0.006 0.105 0.007 0.013 0.213 0.297 0.125 0.028 100 D 0.058 0.129 0.042 0.009 0.109 0.016 0.048 0.219 0.134 0.209 0.026 101 V 0.044 0.090 0.042 0.009 0.102 0.007 0.025 0.472 0.151 0.045 0.014 102 M 0.033 0.051 0.022 0.017 0.045 0.033 0.056 0.561 0.090 0.065 0.027 103 C 0.030 0.090 0.034 0.020 0.069 0.019 0.037 0.413 0.130 0.135 0.025 104 N 0.025 0.034 0.020 0.008 0.028 0.010 0.014 0.512 0.168 0.148 0.032 105 K 0.009 0.046 0.019 0.005 0.027 0.003 0.014 0.729 0.107 0.035 0.005 106 E 0.005 0.014 0.004 0.001 0.013 0.003 0.018 0.883 0.048 0.009 0.003 107 I 0.009 0.022 0.004 0.001 0.017 0.002 0.009 0.865 0.054 0.013 0.005 108 K 0.006 0.006 0.003 0.001 0.006 0.001 0.003 0.914 0.043 0.012 0.004 109 F 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.914 0.064 0.006 0.001 110 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.916 0.050 0.002 0.001 111 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.944 0.042 0.006 0.001 112 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.920 0.065 0.011 0.001 113 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.036 0.001 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.983 0.010 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.009 0.002 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.023 0.002 0.001 117 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.840 0.153 0.001 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.923 0.036 0.002 0.001 119 L 0.001 0.484 0.467 0.001 0.043 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.257 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.680 121 A 0.267 0.143 0.016 0.001 0.474 0.001 0.001 0.004 0.007 0.017 0.071 122 D 0.002 0.001 0.001 0.016 0.005 0.257 0.528 0.142 0.039 0.007 0.002 123 Y 0.146 0.158 0.020 0.002 0.654 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.007 124 V 0.272 0.031 0.002 0.001 0.620 0.003 0.003 0.009 0.003 0.003 0.053 125 A 0.236 0.066 0.022 0.010 0.448 0.006 0.007 0.014 0.005 0.047 0.139 126 T 0.086 0.118 0.028 0.047 0.125 0.027 0.024 0.019 0.016 0.314 0.194 127 G 0.040 0.095 0.109 0.237 0.058 0.081 0.029 0.023 0.032 0.240 0.057 128 H 0.081 0.125 0.092 0.046 0.132 0.039 0.086 0.148 0.094 0.093 0.064 129 Y 0.067 0.178 0.101 0.032 0.105 0.014 0.022 0.095 0.135 0.204 0.046 130 A 0.041 0.105 0.052 0.020 0.097 0.026 0.044 0.249 0.295 0.053 0.018 131 R 0.044 0.044 0.021 0.012 0.060 0.025 0.082 0.346 0.233 0.096 0.036 132 V 0.082 0.063 0.024 0.007 0.117 0.012 0.061 0.169 0.130 0.281 0.055 133 A 0.143 0.131 0.050 0.010 0.177 0.012 0.025 0.137 0.084 0.158 0.072 134 R 0.060 0.172 0.118 0.044 0.136 0.039 0.056 0.124 0.089 0.125 0.038 135 D 0.042 0.145 0.142 0.036 0.109 0.016 0.025 0.192 0.155 0.112 0.027 136 E 0.018 0.039 0.027 0.012 0.028 0.015 0.045 0.373 0.278 0.143 0.022 137 D 0.055 0.129 0.051 0.015 0.128 0.015 0.068 0.252 0.118 0.133 0.036