# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 329 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.097 0.021 0.009 0.013 0.139 0.720 2 S 0.097 0.057 0.016 0.013 0.203 0.613 3 D 0.065 0.057 0.034 0.014 0.330 0.501 4 N 0.022 0.020 0.059 0.017 0.790 0.091 5 S 0.017 0.011 0.063 0.016 0.830 0.063 6 K 0.037 0.005 0.014 0.003 0.865 0.076 7 T 0.252 0.008 0.003 0.001 0.558 0.177 8 R 0.829 0.016 0.001 0.001 0.033 0.121 9 V 0.982 0.003 0.001 0.001 0.003 0.013 10 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 11 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 12 G 0.963 0.002 0.001 0.001 0.006 0.028 13 M 0.813 0.003 0.001 0.001 0.031 0.151 14 S 0.287 0.009 0.002 0.004 0.077 0.620 15 G 0.106 0.021 0.008 0.079 0.161 0.625 16 G 0.025 0.009 0.010 0.228 0.255 0.474 17 V 0.001 0.002 0.003 0.912 0.044 0.038 18 D 0.001 0.001 0.001 0.974 0.014 0.011 19 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 20 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.003 0.953 0.015 0.028 30 G 0.002 0.001 0.002 0.018 0.110 0.868 31 Y 0.038 0.001 0.002 0.003 0.187 0.768 32 D 0.464 0.007 0.002 0.002 0.115 0.410 33 V 0.929 0.005 0.001 0.001 0.019 0.044 34 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 35 G 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 36 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 37 F 0.942 0.001 0.002 0.002 0.015 0.037 38 M 0.926 0.004 0.004 0.006 0.027 0.033 39 K 0.890 0.007 0.007 0.009 0.038 0.049 40 N 0.739 0.012 0.013 0.014 0.118 0.105 41 W 0.497 0.037 0.011 0.012 0.233 0.210 42 D 0.212 0.034 0.015 0.019 0.532 0.188 43 D 0.063 0.020 0.038 0.042 0.695 0.142 44 T 0.025 0.010 0.047 0.034 0.747 0.137 45 D 0.023 0.014 0.090 0.043 0.708 0.122 46 E 0.027 0.016 0.073 0.054 0.579 0.250 47 N 0.048 0.035 0.092 0.054 0.499 0.270 48 G 0.079 0.019 0.048 0.042 0.441 0.371 49 V 0.170 0.049 0.036 0.051 0.291 0.403 50 C 0.170 0.089 0.036 0.058 0.284 0.363 51 T 0.116 0.024 0.060 0.071 0.383 0.346 52 A 0.053 0.009 0.129 0.155 0.411 0.242 53 T 0.028 0.008 0.199 0.254 0.335 0.177 54 E 0.018 0.008 0.100 0.221 0.381 0.272 55 D 0.016 0.008 0.020 0.271 0.138 0.547 56 Y 0.002 0.001 0.005 0.952 0.019 0.022 57 K 0.001 0.001 0.003 0.972 0.014 0.010 58 D 0.001 0.001 0.002 0.986 0.005 0.006 59 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 64 D 0.001 0.001 0.002 0.992 0.005 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.005 0.981 0.009 0.005 66 I 0.001 0.001 0.007 0.896 0.031 0.064 67 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.054 0.941 68 I 0.009 0.001 0.001 0.001 0.081 0.907 69 P 0.115 0.003 0.001 0.001 0.073 0.807 70 Y 0.813 0.011 0.006 0.001 0.042 0.127 71 Y 0.934 0.003 0.006 0.001 0.014 0.043 72 S 0.946 0.005 0.006 0.001 0.014 0.028 73 V 0.899 0.005 0.003 0.003 0.024 0.066 74 N 0.586 0.013 0.002 0.011 0.074 0.314 75 F 0.019 0.001 0.030 0.804 0.086 0.059 76 E 0.002 0.001 0.036 0.887 0.058 0.018 77 K 0.002 0.001 0.035 0.887 0.060 0.016 78 E 0.002 0.001 0.028 0.926 0.036 0.008 79 Y 0.002 0.001 0.014 0.944 0.026 0.014 80 W 0.003 0.001 0.020 0.929 0.035 0.012 81 D 0.001 0.001 0.014 0.916 0.049 0.020 82 R 0.002 0.001 0.011 0.863 0.066 0.057 83 V 0.002 0.007 0.011 0.845 0.041 0.094 84 F 0.002 0.002 0.006 0.876 0.027 0.087 85 E 0.001 0.001 0.002 0.976 0.009 0.013 86 Y 0.001 0.001 0.002 0.989 0.004 0.005 87 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 88 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 89 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 90 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.002 91 Y 0.001 0.001 0.003 0.984 0.007 0.005 92 R 0.001 0.001 0.022 0.918 0.043 0.016 93 A 0.001 0.001 0.030 0.821 0.090 0.058 94 G 0.002 0.002 0.019 0.235 0.234 0.509 95 R 0.009 0.029 0.009 0.029 0.222 0.703 96 T 0.024 0.044 0.007 0.017 0.380 0.528 97 P 0.026 0.020 0.017 0.021 0.473 0.443 98 N 0.015 0.016 0.007 0.012 0.633 0.317 99 P 0.040 0.006 0.017 0.023 0.550 0.364 100 D 0.185 0.050 0.040 0.046 0.402 0.277 101 V 0.270 0.037 0.094 0.081 0.384 0.133 102 M 0.281 0.059 0.088 0.107 0.333 0.132 103 C 0.127 0.031 0.101 0.177 0.361 0.203 104 N 0.056 0.012 0.094 0.083 0.550 0.206 105 K 0.024 0.003 0.168 0.265 0.404 0.136 106 E 0.081 0.011 0.207 0.273 0.344 0.083 107 I 0.235 0.062 0.169 0.242 0.221 0.071 108 K 0.276 0.069 0.057 0.175 0.184 0.239 109 F 0.009 0.001 0.063 0.800 0.073 0.055 110 K 0.001 0.001 0.027 0.963 0.008 0.002 111 A 0.001 0.001 0.006 0.989 0.004 0.001 112 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 114 D 0.001 0.001 0.001 0.989 0.007 0.002 115 Y 0.001 0.001 0.002 0.987 0.008 0.002 116 A 0.001 0.001 0.006 0.979 0.013 0.002 117 I 0.001 0.001 0.010 0.979 0.009 0.002 118 T 0.001 0.001 0.016 0.952 0.022 0.010 119 L 0.001 0.001 0.012 0.828 0.051 0.107 120 G 0.002 0.001 0.002 0.013 0.104 0.878 121 A 0.032 0.002 0.005 0.004 0.196 0.761 122 D 0.345 0.014 0.019 0.008 0.226 0.389 123 Y 0.864 0.012 0.012 0.004 0.051 0.057 124 V 0.933 0.004 0.006 0.004 0.020 0.033 125 A 0.867 0.007 0.008 0.006 0.039 0.073 126 T 0.614 0.005 0.010 0.009 0.146 0.215 127 G 0.383 0.006 0.014 0.004 0.248 0.346 128 H 0.534 0.018 0.016 0.005 0.206 0.221 129 Y 0.756 0.020 0.014 0.003 0.098 0.109 130 A 0.857 0.004 0.008 0.003 0.057 0.071 131 R 0.905 0.005 0.006 0.002 0.034 0.048 132 V 0.909 0.004 0.004 0.002 0.030 0.052 133 A 0.910 0.005 0.004 0.002 0.037 0.041 134 R 0.882 0.012 0.003 0.001 0.055 0.047 135 D 0.422 0.013 0.012 0.005 0.503 0.045 136 E 0.038 0.003 0.036 0.016 0.881 0.027 137 D 0.023 0.003 0.038 0.011 0.902 0.023 138 G 0.094 0.006 0.017 0.010 0.799 0.074 139 T 0.574 0.010 0.003 0.003 0.122 0.287 140 V 0.934 0.010 0.001 0.001 0.013 0.042 141 H 0.966 0.003 0.001 0.001 0.009 0.022 142 M 0.955 0.003 0.001 0.001 0.011 0.028 143 L 0.894 0.004 0.003 0.002 0.027 0.071 144 R 0.796 0.005 0.003 0.002 0.050 0.144 145 G 0.512 0.013 0.007 0.003 0.182 0.282 146 V 0.252 0.048 0.010 0.004 0.277 0.409 147 D 0.081 0.033 0.020 0.006 0.630 0.230 148 N 0.014 0.005 0.202 0.024 0.677 0.076 149 G 0.027 0.010 0.163 0.021 0.702 0.077 150 K 0.073 0.009 0.100 0.018 0.721 0.078 151 D 0.207 0.032 0.027 0.014 0.416 0.305 152 Q 0.518 0.037 0.017 0.016 0.229 0.183 153 T 0.781 0.005 0.010 0.011 0.098 0.095 154 Y 0.900 0.005 0.005 0.016 0.036 0.039 155 F 0.846 0.014 0.009 0.028 0.044 0.059 156 L 0.769 0.013 0.028 0.041 0.066 0.082 157 S 0.476 0.003 0.068 0.043 0.208 0.202 158 Q 0.289 0.016 0.052 0.047 0.325 0.270 159 L 0.150 0.040 0.034 0.040 0.280 0.455 160 S 0.078 0.018 0.014 0.055 0.254 0.581 161 Q 0.004 0.001 0.153 0.684 0.131 0.027 162 E 0.002 0.001 0.093 0.779 0.103 0.022 163 Q 0.001 0.001 0.065 0.871 0.057 0.006 164 L 0.003 0.001 0.045 0.881 0.055 0.016 165 Q 0.005 0.001 0.052 0.828 0.086 0.028 166 K 0.005 0.001 0.079 0.723 0.129 0.062 167 T 0.012 0.002 0.049 0.528 0.198 0.211 168 M 0.019 0.024 0.031 0.293 0.258 0.375 169 F 0.028 0.020 0.015 0.063 0.263 0.611 170 P 0.021 0.009 0.037 0.026 0.477 0.431 171 L 0.011 0.004 0.481 0.040 0.402 0.062 172 G 0.006 0.002 0.457 0.032 0.438 0.066 173 H 0.018 0.005 0.418 0.049 0.408 0.102 174 L 0.059 0.018 0.065 0.074 0.387 0.398 175 E 0.057 0.025 0.014 0.091 0.180 0.633 176 K 0.058 0.005 0.053 0.615 0.149 0.121 177 P 0.023 0.002 0.054 0.832 0.059 0.031 178 E 0.013 0.001 0.052 0.892 0.029 0.012 179 V 0.018 0.001 0.026 0.909 0.024 0.023 180 R 0.024 0.003 0.028 0.885 0.029 0.032 181 R 0.012 0.004 0.024 0.864 0.033 0.063 182 L 0.008 0.001 0.016 0.728 0.036 0.210 183 A 0.001 0.002 0.004 0.099 0.038 0.856