# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.7232 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.005 0.003 0.017 0.047 0.057 0.120 0.003 0.001 0.058 0.668 2 S 0.049 0.003 0.002 0.005 0.014 0.017 0.089 0.003 0.001 0.037 0.780 3 D 0.229 0.003 0.001 0.004 0.007 0.007 0.088 0.007 0.001 0.070 0.583 4 N 0.095 0.001 0.001 0.007 0.002 0.004 0.124 0.002 0.001 0.058 0.705 5 S 0.019 0.001 0.001 0.009 0.004 0.006 0.133 0.001 0.001 0.023 0.802 6 K 0.008 0.001 0.001 0.035 0.023 0.018 0.182 0.001 0.001 0.021 0.712 7 T 0.003 0.002 0.001 0.220 0.052 0.048 0.115 0.001 0.001 0.049 0.510 8 R 0.001 0.001 0.001 0.641 0.063 0.074 0.031 0.001 0.001 0.062 0.127 9 V 0.001 0.001 0.001 0.791 0.043 0.037 0.013 0.001 0.001 0.031 0.084 10 V 0.001 0.001 0.001 0.930 0.027 0.014 0.003 0.001 0.001 0.013 0.012 11 V 0.001 0.001 0.001 0.927 0.018 0.015 0.005 0.001 0.001 0.017 0.019 12 G 0.002 0.001 0.001 0.846 0.020 0.041 0.018 0.001 0.001 0.028 0.045 13 M 0.024 0.003 0.001 0.488 0.020 0.076 0.099 0.001 0.001 0.083 0.204 14 S 0.058 0.014 0.001 0.200 0.027 0.068 0.175 0.002 0.002 0.109 0.343 15 G 0.033 0.060 0.001 0.080 0.022 0.041 0.226 0.003 0.002 0.098 0.434 16 G 0.070 0.225 0.002 0.023 0.021 0.028 0.159 0.005 0.001 0.143 0.322 17 V 0.045 0.430 0.001 0.012 0.008 0.014 0.089 0.009 0.001 0.120 0.272 18 D 0.009 0.179 0.001 0.002 0.002 0.003 0.020 0.001 0.001 0.735 0.049 19 S 0.002 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.069 0.014 20 S 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.010 21 V 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 22 T 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 23 A 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 24 L 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 25 L 0.013 0.757 0.009 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.004 0.160 0.040 26 L 0.025 0.039 0.462 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 0.229 0.191 0.031 27 K 0.704 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.031 0.019 0.009 0.061 0.148 28 E 0.059 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.042 0.001 0.002 0.018 0.868 29 Q 0.014 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.084 0.001 0.001 0.009 0.884 30 G 0.003 0.001 0.001 0.015 0.005 0.021 0.139 0.002 0.001 0.028 0.784 31 Y 0.019 0.002 0.001 0.018 0.014 0.015 0.101 0.001 0.001 0.063 0.765 32 D 0.010 0.004 0.001 0.443 0.048 0.086 0.074 0.001 0.001 0.066 0.267 33 V 0.005 0.004 0.001 0.147 0.028 0.061 0.075 0.001 0.001 0.045 0.632 34 I 0.001 0.002 0.001 0.587 0.142 0.158 0.022 0.001 0.001 0.028 0.058 35 G 0.002 0.002 0.001 0.443 0.096 0.167 0.030 0.001 0.001 0.058 0.202 36 I 0.001 0.001 0.001 0.505 0.194 0.182 0.014 0.001 0.001 0.037 0.066 37 F 0.003 0.001 0.001 0.438 0.121 0.204 0.037 0.001 0.001 0.055 0.138 38 M 0.009 0.001 0.001 0.184 0.298 0.276 0.034 0.001 0.001 0.057 0.139 39 K 0.009 0.002 0.001 0.183 0.145 0.289 0.081 0.002 0.001 0.053 0.237 40 N 0.071 0.005 0.002 0.080 0.093 0.142 0.118 0.002 0.002 0.083 0.403 41 W 0.020 0.003 0.001 0.049 0.045 0.102 0.155 0.005 0.001 0.060 0.559 42 D 0.078 0.012 0.001 0.016 0.015 0.027 0.121 0.002 0.001 0.051 0.674 43 D 0.060 0.011 0.004 0.013 0.017 0.026 0.125 0.004 0.002 0.076 0.660 44 T 0.038 0.005 0.004 0.005 0.005 0.009 0.105 0.003 0.002 0.046 0.779 45 D 0.271 0.005 0.002 0.003 0.009 0.013 0.076 0.008 0.001 0.073 0.540 46 E 0.123 0.006 0.001 0.005 0.004 0.008 0.110 0.003 0.001 0.066 0.674 47 N 0.015 0.004 0.001 0.009 0.010 0.030 0.149 0.002 0.001 0.044 0.737 48 G 0.008 0.007 0.001 0.032 0.061 0.135 0.142 0.003 0.001 0.086 0.525 49 V 0.013 0.004 0.001 0.030 0.110 0.124 0.117 0.001 0.001 0.082 0.519 50 C 0.006 0.010 0.001 0.071 0.165 0.191 0.105 0.001 0.001 0.061 0.389 51 T 0.053 0.036 0.002 0.044 0.084 0.134 0.111 0.005 0.001 0.100 0.430 52 A 0.087 0.100 0.002 0.033 0.040 0.052 0.110 0.019 0.001 0.087 0.469 53 T 0.158 0.139 0.003 0.017 0.018 0.029 0.092 0.007 0.002 0.082 0.454 54 E 0.023 0.174 0.004 0.021 0.012 0.018 0.087 0.006 0.002 0.096 0.557 55 D 0.037 0.708 0.002 0.002 0.005 0.005 0.025 0.008 0.001 0.065 0.143 56 Y 0.027 0.903 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.020 0.039 57 K 0.016 0.848 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.058 0.059 58 D 0.003 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.043 0.030 59 V 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 60 V 0.005 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.052 0.017 61 A 0.006 0.925 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.028 0.024 62 V 0.042 0.827 0.009 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.004 0.059 0.036 63 A 0.018 0.022 0.428 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.411 0.069 0.035 64 D 0.648 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.007 0.002 0.024 0.261 65 Q 0.043 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.048 0.001 0.002 0.026 0.873 66 I 0.016 0.001 0.001 0.008 0.002 0.004 0.166 0.001 0.001 0.017 0.784 67 G 0.004 0.001 0.001 0.017 0.003 0.010 0.112 0.001 0.001 0.022 0.830 68 I 0.010 0.002 0.001 0.022 0.036 0.026 0.178 0.004 0.001 0.072 0.649 69 P 0.008 0.009 0.001 0.379 0.041 0.108 0.072 0.002 0.001 0.100 0.280 70 Y 0.008 0.008 0.001 0.196 0.054 0.125 0.063 0.001 0.001 0.056 0.488 71 Y 0.003 0.015 0.001 0.402 0.166 0.131 0.044 0.001 0.001 0.030 0.207 72 S 0.028 0.066 0.002 0.175 0.101 0.117 0.063 0.003 0.001 0.057 0.388 73 V 0.012 0.057 0.001 0.179 0.072 0.063 0.065 0.006 0.001 0.084 0.461 74 N 0.038 0.640 0.004 0.025 0.009 0.012 0.042 0.006 0.003 0.079 0.141 75 F 0.022 0.890 0.008 0.003 0.002 0.002 0.007 0.006 0.001 0.012 0.046 76 E 0.023 0.883 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.008 0.001 0.015 0.058 77 K 0.030 0.781 0.002 0.002 0.002 0.002 0.009 0.002 0.001 0.096 0.073 78 E 0.020 0.716 0.016 0.003 0.001 0.002 0.017 0.007 0.005 0.149 0.065 79 Y 0.083 0.697 0.022 0.002 0.002 0.002 0.019 0.020 0.006 0.061 0.085 80 W 0.113 0.532 0.005 0.004 0.003 0.005 0.033 0.006 0.002 0.071 0.225 81 D 0.041 0.546 0.002 0.007 0.002 0.005 0.042 0.002 0.001 0.044 0.307 82 R 0.034 0.578 0.009 0.012 0.003 0.007 0.054 0.006 0.002 0.051 0.242 83 V 0.032 0.724 0.008 0.005 0.003 0.004 0.032 0.009 0.002 0.030 0.150 84 F 0.031 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.007 0.060 85 E 0.013 0.885 0.001 0.003 0.001 0.002 0.010 0.002 0.001 0.015 0.069 86 Y 0.005 0.947 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.009 0.025 87 F 0.005 0.956 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.006 0.021 88 L 0.019 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.009 0.018 89 A 0.009 0.862 0.003 0.003 0.001 0.002 0.008 0.002 0.002 0.057 0.052 90 E 0.017 0.084 0.499 0.002 0.001 0.002 0.012 0.004 0.182 0.140 0.057 91 Y 0.639 0.042 0.017 0.002 0.002 0.003 0.027 0.035 0.009 0.100 0.124 92 R 0.172 0.005 0.002 0.004 0.001 0.004 0.034 0.005 0.003 0.046 0.725 93 A 0.025 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.009 0.897 94 G 0.002 0.001 0.001 0.007 0.006 0.022 0.099 0.002 0.001 0.021 0.841 95 R 0.017 0.001 0.001 0.004 0.006 0.005 0.101 0.001 0.001 0.024 0.842 96 T 0.015 0.001 0.001 0.045 0.017 0.024 0.169 0.003 0.001 0.048 0.678 97 P 0.107 0.015 0.001 0.019 0.003 0.005 0.116 0.003 0.001 0.035 0.695 98 N 0.286 0.080 0.002 0.027 0.006 0.008 0.127 0.024 0.001 0.047 0.392 99 P 0.058 0.097 0.002 0.022 0.005 0.010 0.110 0.008 0.001 0.035 0.654 100 D 0.071 0.117 0.004 0.054 0.026 0.056 0.110 0.007 0.001 0.069 0.486 101 V 0.054 0.342 0.003 0.055 0.048 0.063 0.071 0.007 0.001 0.073 0.283 102 M 0.173 0.265 0.014 0.034 0.052 0.073 0.066 0.008 0.006 0.049 0.261 103 C 0.078 0.333 0.003 0.049 0.063 0.085 0.060 0.008 0.001 0.029 0.291 104 N 0.069 0.247 0.002 0.026 0.037 0.073 0.089 0.007 0.001 0.096 0.353 105 K 0.036 0.399 0.005 0.040 0.043 0.045 0.082 0.009 0.001 0.070 0.270 106 E 0.034 0.433 0.004 0.026 0.029 0.061 0.061 0.004 0.001 0.073 0.275 107 I 0.009 0.527 0.003 0.029 0.040 0.030 0.034 0.002 0.001 0.085 0.241 108 K 0.006 0.942 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.003 0.001 0.013 0.023 109 F 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.012 110 K 0.005 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 0.013 111 A 0.003 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.028 0.014 112 F 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 113 L 0.018 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.037 0.018 114 D 0.003 0.145 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.816 0.025 115 Y 0.033 0.597 0.025 0.001 0.001 0.001 0.026 0.010 0.007 0.231 0.070 116 A 0.087 0.027 0.430 0.002 0.001 0.001 0.013 0.026 0.242 0.091 0.081 117 I 0.523 0.036 0.002 0.002 0.001 0.001 0.043 0.005 0.003 0.027 0.358 118 T 0.044 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.011 0.872 119 L 0.017 0.064 0.004 0.006 0.001 0.001 0.120 0.003 0.001 0.020 0.763 120 G 0.035 0.154 0.002 0.014 0.004 0.005 0.128 0.007 0.001 0.032 0.618 121 A 0.034 0.263 0.001 0.048 0.008 0.009 0.084 0.004 0.001 0.060 0.488 122 D 0.013 0.103 0.002 0.163 0.016 0.024 0.051 0.002 0.001 0.484 0.142 123 Y 0.019 0.272 0.005 0.298 0.032 0.047 0.043 0.006 0.001 0.136 0.143 124 V 0.031 0.129 0.006 0.427 0.048 0.047 0.037 0.004 0.001 0.116 0.156 125 A 0.021 0.061 0.013 0.364 0.059 0.076 0.059 0.004 0.005 0.101 0.238 126 T 0.094 0.183 0.005 0.114 0.038 0.094 0.086 0.015 0.004 0.057 0.312 127 G 0.147 0.121 0.018 0.047 0.048 0.081 0.085 0.013 0.011 0.053 0.377 128 H 0.040 0.102 0.003 0.039 0.134 0.228 0.096 0.007 0.002 0.029 0.319 129 Y 0.042 0.089 0.004 0.039 0.086 0.216 0.092 0.006 0.002 0.050 0.373 130 A 0.038 0.033 0.008 0.058 0.236 0.200 0.075 0.006 0.002 0.050 0.293 131 R 0.030 0.032 0.002 0.058 0.125 0.315 0.074 0.005 0.001 0.052 0.306 132 V 0.026 0.015 0.002 0.041 0.138 0.241 0.060 0.002 0.001 0.049 0.426 133 A 0.017 0.016 0.009 0.053 0.151 0.277 0.081 0.002 0.004 0.063 0.327 134 R 0.042 0.012 0.018 0.017 0.060 0.109 0.075 0.005 0.013 0.050 0.600 135 D 0.516 0.003 0.003 0.004 0.014 0.020 0.034 0.007 0.004 0.059 0.337 136 E 0.115 0.003 0.001 0.004 0.005 0.007 0.061 0.003 0.001 0.044 0.757 137 D 0.008 0.001 0.001 0.005 0.004 0.010 0.097 0.001 0.001 0.012 0.863 138 G 0.004 0.006 0.001 0.022 0.114 0.130 0.117 0.002 0.001 0.033 0.573 139 T 0.005 0.007 0.001 0.035 0.236 0.272 0.071 0.002 0.001 0.057 0.316 140 V 0.002 0.015 0.001 0.072 0.278 0.318 0.033 0.001 0.001 0.039 0.240 141 H 0.006 0.011 0.001 0.080 0.304 0.387 0.030 0.001 0.001 0.055 0.125 142 M 0.013 0.013 0.001 0.102 0.263 0.299 0.036 0.002 0.001 0.057 0.212 143 L 0.022 0.008 0.001 0.117 0.231 0.317 0.039 0.002 0.001 0.067 0.196 144 R 0.023 0.007 0.002 0.081 0.223 0.271 0.069 0.002 0.001 0.048 0.274 145 G 0.021 0.010 0.004 0.068 0.147 0.214 0.094 0.003 0.004 0.031 0.403 146 V 0.166 0.027 0.004 0.028 0.086 0.068 0.083 0.013 0.003 0.049 0.473 147 D 0.214 0.024 0.002 0.023 0.029 0.035 0.104 0.008 0.002 0.055 0.504 148 N 0.029 0.033 0.002 0.023 0.008 0.027 0.107 0.003 0.001 0.029 0.737 149 G 0.117 0.015 0.007 0.029 0.025 0.039 0.108 0.002 0.002 0.101 0.554 150 K 0.026 0.064 0.002 0.037 0.065 0.078 0.137 0.007 0.001 0.080 0.502 151 D 0.100 0.139 0.002 0.020 0.021 0.039 0.122 0.005 0.001 0.049 0.501 152 Q 0.026 0.198 0.003 0.060 0.095 0.141 0.100 0.010 0.001 0.077 0.291 153 T 0.013 0.060 0.001 0.029 0.051 0.129 0.089 0.003 0.001 0.335 0.290 154 Y 0.010 0.151 0.008 0.058 0.181 0.186 0.049 0.005 0.002 0.147 0.203 155 F 0.056 0.208 0.009 0.058 0.072 0.130 0.058 0.011 0.002 0.109 0.288 156 L 0.043 0.052 0.006 0.034 0.103 0.110 0.046 0.005 0.003 0.406 0.192 157 S 0.044 0.175 0.003 0.037 0.040 0.069 0.084 0.006 0.002 0.118 0.422 158 Q 0.110 0.244 0.015 0.020 0.022 0.035 0.076 0.014 0.006 0.099 0.359 159 L 0.022 0.321 0.008 0.022 0.019 0.018 0.081 0.011 0.004 0.052 0.442 160 S 0.021 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.001 0.004 0.062 161 Q 0.034 0.899 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.005 0.035 162 E 0.052 0.696 0.008 0.002 0.001 0.002 0.020 0.009 0.004 0.078 0.127 163 Q 0.094 0.161 0.027 0.004 0.002 0.003 0.046 0.007 0.011 0.470 0.174 164 L 0.182 0.269 0.025 0.011 0.003 0.005 0.070 0.041 0.009 0.189 0.196 165 Q 0.179 0.097 0.012 0.019 0.004 0.011 0.085 0.015 0.006 0.057 0.514 166 K 0.057 0.030 0.002 0.029 0.010 0.026 0.098 0.002 0.001 0.055 0.690 167 T 0.010 0.026 0.001 0.027 0.020 0.064 0.124 0.002 0.001 0.050 0.675 168 M 0.037 0.026 0.015 0.035 0.019 0.040 0.127 0.006 0.005 0.071 0.619 169 F 0.191 0.016 0.011 0.040 0.031 0.043 0.106 0.016 0.007 0.093 0.445 170 P 0.286 0.025 0.002 0.013 0.004 0.010 0.061 0.005 0.002 0.039 0.553 171 L 0.181 0.014 0.004 0.021 0.007 0.014 0.091 0.007 0.001 0.046 0.615 172 G 0.039 0.007 0.001 0.019 0.009 0.022 0.102 0.006 0.001 0.033 0.761 173 H 0.057 0.005 0.001 0.016 0.025 0.034 0.105 0.002 0.001 0.028 0.727 174 L 0.022 0.010 0.001 0.036 0.054 0.037 0.112 0.002 0.001 0.024 0.702 175 E 0.016 0.094 0.001 0.013 0.024 0.016 0.102 0.004 0.001 0.016 0.714 176 K 0.072 0.432 0.001 0.008 0.027 0.018 0.065 0.054 0.001 0.010 0.311 177 P 0.034 0.673 0.002 0.023 0.009 0.012 0.028 0.007 0.001 0.017 0.197 178 E 0.022 0.702 0.015 0.020 0.013 0.023 0.020 0.004 0.004 0.051 0.127 179 V 0.089 0.658 0.008 0.018 0.024 0.021 0.022 0.017 0.002 0.036 0.105 180 R 0.141 0.326 0.021 0.041 0.033 0.034 0.043 0.016 0.010 0.084 0.251 181 R 0.090 0.176 0.008 0.051 0.027 0.038 0.082 0.006 0.004 0.050 0.468 182 L 0.062 0.095 0.009 0.039 0.019 0.042 0.101 0.008 0.004 0.050 0.570 183 A 0.103 0.063 0.016 0.025 0.028 0.039 0.112 0.012 0.006 0.058 0.539