# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 329 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 S 0.023 0.070 0.003 0.008 0.006 0.018 0.872 3 D 0.013 0.032 0.013 0.021 0.277 0.047 0.596 4 N 0.011 0.007 0.038 0.028 0.161 0.206 0.548 5 S 0.018 0.015 0.054 0.020 0.262 0.385 0.245 6 K 0.038 0.008 0.024 0.004 0.377 0.204 0.344 7 T 0.088 0.004 0.003 0.001 0.234 0.017 0.653 8 R 0.638 0.008 0.001 0.001 0.144 0.002 0.206 9 V 0.968 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 10 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 11 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 12 G 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 13 M 0.721 0.006 0.002 0.003 0.042 0.007 0.219 14 S 0.214 0.005 0.002 0.004 0.297 0.021 0.456 15 G 0.032 0.004 0.012 0.015 0.593 0.086 0.259 16 G 0.024 0.009 0.033 0.078 0.436 0.137 0.282 17 V 0.016 0.014 0.069 0.461 0.122 0.087 0.232 18 D 0.002 0.001 0.064 0.795 0.029 0.059 0.051 19 S 0.001 0.001 0.011 0.934 0.017 0.021 0.016 20 S 0.001 0.001 0.002 0.985 0.004 0.005 0.004 21 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 0.002 22 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.953 0.002 0.042 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.003 0.417 0.008 0.569 0.003 30 G 0.001 0.001 0.001 0.012 0.025 0.933 0.029 31 Y 0.051 0.005 0.001 0.004 0.107 0.010 0.822 32 D 0.449 0.030 0.001 0.002 0.074 0.005 0.439 33 V 0.802 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.182 34 I 0.921 0.001 0.001 0.001 0.042 0.002 0.033 35 G 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 36 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 37 F 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 38 M 0.891 0.002 0.004 0.003 0.009 0.004 0.087 39 K 0.720 0.011 0.010 0.006 0.062 0.015 0.176 40 N 0.545 0.015 0.018 0.012 0.158 0.029 0.223 41 W 0.322 0.055 0.020 0.012 0.171 0.040 0.380 42 D 0.247 0.040 0.023 0.011 0.147 0.065 0.467 43 D 0.126 0.026 0.047 0.019 0.233 0.259 0.290 44 T 0.047 0.015 0.056 0.018 0.233 0.342 0.289 45 D 0.024 0.011 0.051 0.014 0.324 0.324 0.252 46 E 0.021 0.011 0.039 0.018 0.322 0.292 0.297 47 N 0.037 0.017 0.034 0.030 0.351 0.253 0.277 48 G 0.068 0.027 0.027 0.034 0.303 0.183 0.359 49 V 0.161 0.059 0.023 0.041 0.209 0.063 0.445 50 C 0.251 0.089 0.024 0.049 0.103 0.041 0.442 51 T 0.146 0.053 0.039 0.063 0.129 0.045 0.524 52 A 0.094 0.013 0.033 0.147 0.117 0.039 0.558 53 T 0.008 0.002 0.077 0.787 0.031 0.059 0.037 54 E 0.003 0.003 0.049 0.812 0.038 0.058 0.037 55 D 0.002 0.002 0.011 0.900 0.020 0.030 0.035 56 Y 0.001 0.001 0.002 0.985 0.003 0.004 0.005 57 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 64 D 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.008 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.002 0.941 0.001 0.054 0.001 66 I 0.001 0.001 0.003 0.437 0.011 0.544 0.004 67 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 0.870 0.085 68 I 0.006 0.009 0.001 0.001 0.172 0.005 0.805 69 P 0.120 0.007 0.001 0.001 0.096 0.006 0.769 70 Y 0.660 0.005 0.002 0.002 0.025 0.006 0.300 71 Y 0.966 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.014 72 S 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 73 V 0.968 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.025 74 N 0.668 0.008 0.001 0.005 0.016 0.002 0.302 75 F 0.048 0.003 0.035 0.189 0.081 0.114 0.530 76 E 0.005 0.001 0.057 0.490 0.149 0.133 0.164 77 K 0.001 0.001 0.044 0.842 0.039 0.045 0.029 78 E 0.001 0.002 0.040 0.876 0.014 0.041 0.026 79 Y 0.001 0.004 0.023 0.835 0.029 0.079 0.028 80 W 0.001 0.001 0.021 0.882 0.011 0.066 0.018 81 D 0.002 0.001 0.012 0.904 0.012 0.060 0.010 82 R 0.003 0.002 0.022 0.849 0.010 0.093 0.022 83 V 0.005 0.011 0.018 0.840 0.032 0.043 0.051 84 F 0.002 0.001 0.010 0.934 0.010 0.018 0.025 85 E 0.001 0.001 0.003 0.966 0.005 0.018 0.006 86 Y 0.001 0.001 0.001 0.972 0.004 0.016 0.006 87 F 0.001 0.001 0.001 0.979 0.004 0.012 0.005 88 L 0.001 0.001 0.001 0.983 0.005 0.006 0.006 89 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.006 0.003 90 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.002 91 Y 0.001 0.001 0.002 0.979 0.003 0.011 0.004 92 R 0.001 0.001 0.003 0.928 0.004 0.058 0.005 93 A 0.001 0.001 0.004 0.517 0.009 0.461 0.008 94 G 0.001 0.002 0.003 0.168 0.126 0.557 0.143 95 R 0.003 0.011 0.003 0.012 0.216 0.064 0.692 96 T 0.010 0.014 0.003 0.005 0.203 0.014 0.751 97 P 0.021 0.015 0.010 0.007 0.295 0.040 0.613 98 N 0.042 0.015 0.020 0.024 0.266 0.044 0.590 99 P 0.092 0.031 0.069 0.110 0.146 0.058 0.493 100 D 0.208 0.027 0.091 0.111 0.122 0.083 0.358 101 V 0.229 0.037 0.128 0.142 0.113 0.169 0.182 102 M 0.146 0.034 0.063 0.174 0.115 0.192 0.275 103 C 0.043 0.012 0.041 0.230 0.121 0.424 0.128 104 N 0.034 0.009 0.041 0.167 0.196 0.281 0.271 105 K 0.047 0.009 0.069 0.381 0.117 0.255 0.123 106 E 0.128 0.014 0.029 0.447 0.065 0.176 0.141 107 I 0.258 0.056 0.027 0.366 0.065 0.062 0.166 108 K 0.237 0.033 0.021 0.350 0.062 0.068 0.229 109 F 0.019 0.003 0.033 0.842 0.025 0.035 0.043 110 K 0.002 0.001 0.030 0.939 0.008 0.014 0.007 111 A 0.002 0.001 0.022 0.945 0.004 0.020 0.006 112 F 0.001 0.001 0.007 0.980 0.002 0.007 0.003 113 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.004 0.002 114 D 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.003 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.002 116 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.002 117 I 0.001 0.001 0.005 0.977 0.001 0.015 0.002 118 T 0.001 0.001 0.009 0.919 0.004 0.063 0.004 119 L 0.001 0.001 0.008 0.348 0.017 0.624 0.003 120 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.947 0.032 121 A 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.983 122 D 0.227 0.001 0.001 0.001 0.620 0.002 0.148 123 Y 0.987 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 124 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 125 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 126 T 0.921 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.063 127 G 0.329 0.002 0.010 0.004 0.355 0.044 0.256 128 H 0.279 0.005 0.030 0.012 0.341 0.059 0.275 129 Y 0.493 0.041 0.066 0.023 0.117 0.058 0.202 130 A 0.831 0.011 0.017 0.012 0.026 0.027 0.077 131 R 0.842 0.007 0.010 0.010 0.026 0.018 0.086 132 V 0.865 0.010 0.004 0.008 0.027 0.006 0.080 133 A 0.802 0.007 0.004 0.008 0.029 0.008 0.143 134 R 0.693 0.024 0.006 0.010 0.042 0.026 0.199 135 D 0.303 0.011 0.025 0.013 0.098 0.208 0.342 136 E 0.060 0.004 0.031 0.007 0.173 0.627 0.099 137 D 0.022 0.003 0.024 0.008 0.222 0.672 0.049 138 G 0.069 0.003 0.008 0.004 0.436 0.312 0.169 139 T 0.475 0.016 0.002 0.002 0.078 0.018 0.410 140 V 0.839 0.031 0.001 0.001 0.008 0.002 0.118 141 H 0.935 0.007 0.002 0.001 0.009 0.002 0.044 142 M 0.942 0.004 0.004 0.001 0.006 0.003 0.039 143 L 0.894 0.005 0.007 0.002 0.015 0.004 0.074 144 R 0.826 0.010 0.008 0.003 0.027 0.004 0.122 145 G 0.558 0.011 0.025 0.009 0.058 0.031 0.307 146 V 0.267 0.024 0.030 0.014 0.235 0.079 0.351 147 D 0.095 0.010 0.030 0.013 0.206 0.067 0.579 148 N 0.031 0.006 0.080 0.064 0.174 0.493 0.153 149 G 0.037 0.008 0.078 0.070 0.209 0.447 0.152 150 K 0.075 0.021 0.070 0.138 0.338 0.115 0.242 151 D 0.198 0.058 0.034 0.167 0.066 0.070 0.406 152 Q 0.270 0.019 0.067 0.335 0.074 0.074 0.162 153 T 0.409 0.012 0.047 0.368 0.020 0.048 0.096 154 Y 0.186 0.004 0.068 0.579 0.025 0.099 0.038 155 F 0.130 0.008 0.055 0.627 0.036 0.104 0.040 156 L 0.044 0.005 0.266 0.356 0.041 0.132 0.156 157 S 0.034 0.001 0.358 0.150 0.065 0.344 0.048 158 Q 0.036 0.006 0.328 0.097 0.080 0.401 0.052 159 L 0.050 0.129 0.019 0.015 0.517 0.030 0.239 160 S 0.028 0.048 0.002 0.009 0.107 0.014 0.793 161 Q 0.001 0.001 0.129 0.804 0.014 0.041 0.011 162 E 0.001 0.001 0.207 0.737 0.008 0.041 0.005 163 Q 0.001 0.001 0.303 0.638 0.007 0.043 0.006 164 L 0.004 0.002 0.110 0.801 0.019 0.042 0.022 165 Q 0.003 0.002 0.177 0.634 0.010 0.158 0.015 166 K 0.005 0.001 0.159 0.536 0.012 0.273 0.014 167 T 0.008 0.005 0.162 0.509 0.048 0.205 0.063 168 M 0.044 0.042 0.053 0.211 0.204 0.197 0.249 169 F 0.066 0.022 0.029 0.065 0.214 0.071 0.534 170 P 0.083 0.041 0.029 0.039 0.115 0.076 0.618 171 L 0.043 0.015 0.110 0.068 0.111 0.199 0.453 172 G 0.024 0.008 0.101 0.079 0.289 0.267 0.233 173 H 0.009 0.003 0.216 0.205 0.172 0.278 0.117 174 L 0.014 0.014 0.123 0.335 0.147 0.170 0.198 175 E 0.017 0.025 0.041 0.356 0.115 0.148 0.299 176 K 0.014 0.008 0.013 0.558 0.091 0.041 0.275 177 P 0.003 0.001 0.022 0.931 0.008 0.019 0.016 178 E 0.004 0.002 0.038 0.906 0.010 0.030 0.011 179 V 0.008 0.001 0.055 0.897 0.008 0.021 0.010 180 R 0.008 0.001 0.085 0.851 0.009 0.031 0.014 181 R 0.022 0.001 0.089 0.665 0.015 0.186 0.022 182 L 0.018 0.009 0.110 0.481 0.005 0.275 0.102 183 A 0.001 0.001 0.003 0.024 0.009 0.003 0.959