# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.7232 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.223 0.296 0.262 0.111 0.038 0.034 0.007 0.002 0.026 0.002 0.001 2 S 0.221 0.251 0.287 0.106 0.048 0.038 0.009 0.005 0.027 0.008 0.001 3 D 0.243 0.166 0.225 0.205 0.036 0.051 0.022 0.004 0.041 0.007 0.001 4 N 0.200 0.067 0.152 0.301 0.030 0.050 0.122 0.017 0.048 0.011 0.001 5 S 0.260 0.047 0.133 0.307 0.031 0.018 0.127 0.049 0.009 0.017 0.001 6 K 0.119 0.142 0.193 0.307 0.046 0.028 0.108 0.037 0.015 0.004 0.001 7 T 0.018 0.526 0.329 0.034 0.055 0.016 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 8 R 0.002 0.615 0.319 0.003 0.032 0.016 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 9 V 0.001 0.816 0.150 0.001 0.012 0.010 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 10 V 0.001 0.723 0.232 0.001 0.006 0.025 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 11 V 0.001 0.827 0.099 0.001 0.011 0.033 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 12 G 0.003 0.724 0.145 0.002 0.052 0.045 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 13 M 0.020 0.556 0.204 0.028 0.101 0.048 0.007 0.001 0.032 0.002 0.001 14 S 0.030 0.281 0.212 0.027 0.372 0.021 0.007 0.005 0.012 0.031 0.001 15 G 0.165 0.061 0.137 0.172 0.180 0.014 0.062 0.055 0.018 0.133 0.002 16 G 0.198 0.025 0.172 0.073 0.097 0.026 0.052 0.132 0.008 0.208 0.008 17 V 0.669 0.056 0.048 0.144 0.009 0.033 0.018 0.007 0.011 0.004 0.001 18 D 0.759 0.024 0.056 0.071 0.008 0.032 0.025 0.005 0.011 0.007 0.001 19 S 0.980 0.002 0.007 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 S 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.972 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.296 0.002 0.009 0.691 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 G 0.022 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.268 0.668 0.002 0.027 0.001 31 Y 0.102 0.197 0.546 0.046 0.052 0.027 0.009 0.003 0.009 0.010 0.001 32 D 0.136 0.140 0.417 0.079 0.025 0.134 0.041 0.004 0.019 0.001 0.003 33 V 0.072 0.479 0.332 0.006 0.014 0.068 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 34 I 0.593 0.161 0.059 0.156 0.004 0.016 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 35 G 0.071 0.290 0.130 0.014 0.458 0.008 0.010 0.007 0.005 0.007 0.001 36 I 0.066 0.759 0.066 0.010 0.067 0.012 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 37 F 0.099 0.633 0.122 0.026 0.044 0.032 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 38 M 0.104 0.448 0.229 0.055 0.084 0.043 0.006 0.002 0.027 0.002 0.001 39 K 0.184 0.319 0.274 0.055 0.063 0.047 0.024 0.004 0.027 0.004 0.001 40 N 0.157 0.123 0.157 0.203 0.051 0.087 0.159 0.006 0.050 0.003 0.003 41 W 0.174 0.288 0.288 0.110 0.070 0.036 0.006 0.003 0.020 0.003 0.001 42 D 0.145 0.211 0.229 0.154 0.064 0.107 0.026 0.007 0.047 0.009 0.001 43 D 0.261 0.143 0.150 0.280 0.041 0.044 0.028 0.008 0.037 0.006 0.001 44 T 0.284 0.122 0.166 0.288 0.043 0.037 0.021 0.011 0.022 0.007 0.001 45 D 0.261 0.059 0.215 0.261 0.033 0.048 0.065 0.020 0.025 0.013 0.001 46 E 0.501 0.071 0.084 0.226 0.016 0.023 0.040 0.016 0.016 0.005 0.001 47 N 0.185 0.056 0.123 0.465 0.015 0.013 0.114 0.010 0.016 0.003 0.001 48 G 0.049 0.014 0.067 0.049 0.065 0.004 0.171 0.489 0.002 0.090 0.001 49 V 0.165 0.379 0.275 0.098 0.049 0.016 0.005 0.001 0.009 0.002 0.001 50 C 0.088 0.360 0.348 0.041 0.049 0.060 0.010 0.002 0.038 0.003 0.001 51 T 0.168 0.276 0.332 0.110 0.053 0.037 0.006 0.002 0.014 0.001 0.001 52 A 0.174 0.243 0.248 0.079 0.171 0.026 0.013 0.009 0.017 0.019 0.001 53 T 0.383 0.211 0.180 0.086 0.086 0.022 0.005 0.004 0.014 0.007 0.001 54 E 0.693 0.049 0.094 0.097 0.035 0.010 0.008 0.004 0.005 0.003 0.001 55 D 0.261 0.060 0.220 0.103 0.032 0.178 0.014 0.003 0.121 0.007 0.001 56 Y 0.966 0.002 0.003 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.987 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.954 0.001 0.001 0.039 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.979 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 I 0.129 0.001 0.004 0.864 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.691 0.298 0.001 0.004 0.001 68 I 0.003 0.392 0.536 0.001 0.010 0.021 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 69 P 0.023 0.008 0.841 0.002 0.001 0.111 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 70 Y 0.079 0.556 0.169 0.032 0.078 0.040 0.005 0.002 0.038 0.001 0.001 71 Y 0.044 0.683 0.105 0.017 0.074 0.032 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 72 S 0.032 0.577 0.273 0.025 0.042 0.033 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 73 V 0.038 0.671 0.136 0.017 0.066 0.038 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 74 N 0.021 0.112 0.280 0.021 0.050 0.361 0.019 0.001 0.130 0.004 0.001 75 F 0.635 0.021 0.028 0.224 0.009 0.036 0.021 0.005 0.017 0.003 0.001 76 E 0.846 0.023 0.059 0.058 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 77 K 0.950 0.003 0.007 0.024 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 78 E 0.959 0.003 0.007 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Y 0.939 0.003 0.004 0.048 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 W 0.992 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 R 0.979 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 F 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 F 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.975 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 Y 0.912 0.002 0.005 0.077 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 R 0.948 0.005 0.010 0.027 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 93 A 0.217 0.005 0.030 0.733 0.002 0.002 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 94 G 0.015 0.002 0.030 0.017 0.010 0.002 0.232 0.657 0.001 0.034 0.001 95 R 0.133 0.213 0.376 0.174 0.019 0.059 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 96 T 0.009 0.295 0.475 0.001 0.051 0.019 0.012 0.001 0.134 0.003 0.001 97 P 0.339 0.004 0.524 0.026 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 98 N 0.031 0.175 0.375 0.011 0.084 0.052 0.010 0.001 0.260 0.002 0.001 99 P 0.520 0.013 0.383 0.041 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 100 D 0.310 0.087 0.259 0.177 0.030 0.070 0.015 0.016 0.033 0.002 0.001 101 V 0.331 0.309 0.172 0.103 0.024 0.035 0.003 0.003 0.019 0.001 0.001 102 M 0.408 0.174 0.213 0.099 0.012 0.045 0.016 0.003 0.026 0.002 0.001 103 C 0.415 0.126 0.172 0.155 0.051 0.020 0.021 0.008 0.019 0.013 0.001 104 N 0.406 0.018 0.130 0.120 0.024 0.057 0.169 0.042 0.015 0.016 0.003 105 K 0.797 0.039 0.053 0.076 0.007 0.010 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 106 E 0.735 0.066 0.084 0.079 0.003 0.019 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 107 I 0.445 0.261 0.156 0.065 0.018 0.026 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 108 K 0.437 0.198 0.195 0.024 0.021 0.069 0.015 0.002 0.035 0.004 0.001 109 F 0.921 0.014 0.030 0.016 0.003 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 110 K 0.982 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.983 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 F 0.955 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.994 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 D 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 I 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 T 0.970 0.003 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 L 0.307 0.004 0.012 0.673 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.166 0.804 0.001 0.015 0.001 121 A 0.028 0.049 0.845 0.004 0.016 0.049 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 122 D 0.760 0.001 0.006 0.231 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Y 0.026 0.696 0.022 0.008 0.229 0.003 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 124 V 0.045 0.797 0.086 0.006 0.006 0.023 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 125 A 0.090 0.498 0.137 0.018 0.159 0.053 0.005 0.002 0.035 0.002 0.001 126 T 0.099 0.509 0.096 0.094 0.122 0.035 0.004 0.001 0.036 0.003 0.001 127 G 0.203 0.084 0.160 0.080 0.189 0.021 0.062 0.106 0.012 0.082 0.002 128 H 0.298 0.295 0.152 0.079 0.090 0.035 0.030 0.003 0.011 0.004 0.001 129 Y 0.252 0.410 0.165 0.064 0.037 0.036 0.010 0.002 0.023 0.001 0.001 130 A 0.251 0.387 0.159 0.053 0.109 0.013 0.009 0.003 0.011 0.005 0.001 131 R 0.156 0.417 0.194 0.051 0.098 0.036 0.019 0.003 0.025 0.001 0.001 132 V 0.167 0.490 0.212 0.052 0.025 0.028 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 133 A 0.096 0.545 0.210 0.029 0.055 0.026 0.004 0.001 0.032 0.001 0.001 134 R 0.117 0.331 0.392 0.050 0.025 0.055 0.005 0.001 0.021 0.002 0.001 135 D 0.119 0.171 0.445 0.063 0.064 0.061 0.020 0.005 0.042 0.009 0.001 136 E 0.732 0.054 0.034 0.110 0.012 0.016 0.012 0.007 0.014 0.009 0.001 137 D 0.065 0.010 0.039 0.565 0.004 0.008 0.287 0.004 0.016 0.002 0.001 138 G 0.004 0.001 0.013 0.009 0.012 0.001 0.129 0.808 0.001 0.023 0.001 139 T 0.057 0.538 0.304 0.041 0.027 0.019 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 140 V 0.014 0.557 0.350 0.007 0.025 0.023 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 141 H 0.023 0.724 0.150 0.007 0.041 0.026 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 142 M 0.038 0.320 0.541 0.008 0.019 0.056 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 143 L 0.092 0.564 0.181 0.027 0.065 0.038 0.004 0.001 0.025 0.001 0.002 144 R 0.056 0.561 0.173 0.036 0.106 0.017 0.007 0.002 0.040 0.001 0.001 145 G 0.089 0.164 0.380 0.037 0.188 0.021 0.017 0.043 0.007 0.053 0.002 146 V 0.173 0.469 0.152 0.097 0.061 0.023 0.003 0.001 0.017 0.003 0.001 147 D 0.073 0.149 0.322 0.088 0.086 0.125 0.048 0.003 0.095 0.010 0.001 148 N 0.558 0.014 0.097 0.249 0.007 0.010 0.050 0.006 0.005 0.003 0.001 149 G 0.178 0.007 0.029 0.246 0.012 0.004 0.105 0.394 0.003 0.021 0.001 150 K 0.162 0.149 0.455 0.104 0.034 0.033 0.033 0.006 0.020 0.004 0.001 151 D 0.062 0.153 0.483 0.059 0.036 0.119 0.040 0.004 0.041 0.003 0.002 152 Q 0.494 0.181 0.121 0.114 0.025 0.040 0.009 0.002 0.012 0.001 0.001 153 T 0.443 0.298 0.102 0.099 0.037 0.012 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 154 Y 0.418 0.332 0.087 0.051 0.078 0.011 0.005 0.002 0.015 0.001 0.001 155 F 0.450 0.280 0.141 0.023 0.036 0.041 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 156 L 0.462 0.202 0.155 0.119 0.017 0.028 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 157 S 0.521 0.152 0.212 0.051 0.033 0.011 0.010 0.002 0.006 0.002 0.001 158 Q 0.292 0.089 0.109 0.314 0.032 0.039 0.076 0.023 0.021 0.003 0.001 159 L 0.026 0.262 0.620 0.024 0.012 0.037 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 160 S 0.011 0.114 0.760 0.002 0.034 0.054 0.001 0.001 0.019 0.004 0.001 161 Q 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 E 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 Q 0.941 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 L 0.946 0.002 0.014 0.028 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 165 Q 0.964 0.004 0.010 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 166 K 0.800 0.018 0.017 0.141 0.011 0.003 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 167 T 0.446 0.125 0.087 0.302 0.013 0.011 0.003 0.002 0.010 0.001 0.001 168 M 0.332 0.175 0.136 0.171 0.012 0.079 0.040 0.003 0.048 0.003 0.001 169 F 0.057 0.346 0.338 0.009 0.041 0.027 0.014 0.001 0.161 0.006 0.001 170 P 0.179 0.011 0.694 0.009 0.001 0.057 0.001 0.001 0.004 0.001 0.044 171 L 0.371 0.044 0.318 0.209 0.005 0.032 0.007 0.003 0.008 0.001 0.003 172 G 0.080 0.009 0.037 0.041 0.055 0.002 0.095 0.451 0.001 0.229 0.001 173 H 0.159 0.056 0.145 0.384 0.025 0.059 0.135 0.014 0.018 0.003 0.001 174 L 0.033 0.273 0.573 0.022 0.031 0.030 0.017 0.001 0.019 0.001 0.001 175 E 0.035 0.085 0.767 0.021 0.005 0.073 0.003 0.001 0.008 0.001 0.002 176 K 0.116 0.139 0.663 0.003 0.034 0.009 0.001 0.001 0.028 0.005 0.001 177 P 0.972 0.001 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 E 0.947 0.005 0.017 0.023 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 179 V 0.966 0.004 0.007 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 R 0.967 0.009 0.007 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 R 0.960 0.009 0.016 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.655 0.007 0.020 0.305 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 183 A 0.389 0.067 0.359 0.063 0.028 0.018 0.020 0.016 0.027 0.014 0.001