# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 329 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.149 0.157 0.061 0.031 0.208 0.015 0.017 0.050 0.072 0.161 0.080 2 S 0.063 0.328 0.184 0.040 0.178 0.012 0.021 0.046 0.039 0.056 0.032 3 D 0.066 0.336 0.196 0.026 0.143 0.011 0.016 0.060 0.071 0.050 0.025 4 N 0.051 0.234 0.147 0.029 0.163 0.020 0.025 0.161 0.125 0.030 0.015 5 S 0.020 0.030 0.016 0.017 0.038 0.058 0.164 0.263 0.301 0.078 0.014 6 K 0.168 0.059 0.022 0.012 0.147 0.005 0.010 0.018 0.063 0.307 0.188 7 T 0.101 0.317 0.054 0.019 0.335 0.027 0.049 0.018 0.016 0.033 0.032 8 R 0.198 0.094 0.008 0.002 0.654 0.003 0.006 0.005 0.003 0.006 0.022 9 V 0.256 0.018 0.001 0.001 0.711 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 10 V 0.232 0.006 0.001 0.001 0.738 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 11 V 0.163 0.049 0.002 0.001 0.756 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 12 G 0.437 0.020 0.002 0.001 0.326 0.001 0.001 0.003 0.003 0.022 0.184 13 M 0.168 0.045 0.016 0.029 0.116 0.051 0.064 0.041 0.057 0.265 0.149 14 S 0.025 0.227 0.154 0.157 0.087 0.062 0.053 0.052 0.066 0.094 0.022 15 G 0.023 0.051 0.066 0.192 0.036 0.150 0.074 0.065 0.085 0.195 0.062 16 G 0.017 0.061 0.191 0.134 0.033 0.059 0.027 0.095 0.119 0.216 0.048 17 V 0.031 0.139 0.056 0.005 0.073 0.006 0.019 0.357 0.235 0.064 0.015 18 D 0.016 0.037 0.018 0.003 0.030 0.003 0.012 0.565 0.252 0.056 0.008 19 S 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.781 0.196 0.008 0.001 20 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.926 0.063 0.002 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.029 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.044 0.002 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.047 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.021 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.973 0.024 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.957 0.034 0.003 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.889 0.092 0.004 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.062 0.856 0.070 0.005 0.001 29 Q 0.001 0.604 0.357 0.005 0.017 0.001 0.003 0.007 0.003 0.002 0.001 30 G 0.069 0.012 0.004 0.006 0.014 0.003 0.004 0.009 0.017 0.454 0.407 31 Y 0.093 0.413 0.061 0.003 0.327 0.003 0.005 0.017 0.023 0.028 0.027 32 D 0.208 0.158 0.032 0.006 0.428 0.006 0.011 0.020 0.024 0.033 0.075 33 V 0.530 0.060 0.010 0.003 0.277 0.002 0.001 0.005 0.005 0.012 0.096 34 I 0.015 0.023 0.011 0.097 0.041 0.282 0.423 0.061 0.016 0.024 0.005 35 G 0.222 0.113 0.052 0.021 0.481 0.002 0.002 0.013 0.008 0.038 0.047 36 I 0.330 0.077 0.009 0.006 0.530 0.006 0.004 0.007 0.002 0.004 0.025 37 F 0.247 0.098 0.021 0.007 0.527 0.009 0.009 0.006 0.002 0.010 0.064 38 M 0.334 0.116 0.016 0.005 0.378 0.004 0.006 0.018 0.010 0.015 0.097 39 K 0.146 0.126 0.035 0.048 0.252 0.073 0.078 0.062 0.044 0.068 0.066 40 N 0.232 0.123 0.045 0.024 0.309 0.019 0.018 0.030 0.024 0.060 0.115 41 W 0.100 0.165 0.056 0.042 0.209 0.023 0.041 0.113 0.103 0.098 0.050 42 D 0.115 0.148 0.078 0.054 0.153 0.029 0.056 0.097 0.080 0.125 0.064 43 D 0.074 0.186 0.098 0.044 0.160 0.033 0.048 0.116 0.101 0.098 0.041 44 T 0.059 0.128 0.100 0.070 0.094 0.064 0.089 0.125 0.104 0.119 0.049 45 D 0.080 0.130 0.100 0.067 0.110 0.042 0.053 0.115 0.110 0.136 0.059 46 E 0.055 0.092 0.103 0.096 0.080 0.070 0.065 0.118 0.104 0.164 0.054 47 N 0.048 0.173 0.095 0.091 0.101 0.069 0.094 0.112 0.075 0.106 0.035 48 G 0.056 0.072 0.080 0.115 0.078 0.052 0.045 0.088 0.077 0.248 0.089 49 V 0.063 0.168 0.151 0.085 0.126 0.047 0.038 0.086 0.075 0.107 0.053 50 C 0.141 0.204 0.117 0.020 0.233 0.009 0.016 0.068 0.041 0.061 0.089 51 T 0.067 0.212 0.094 0.023 0.139 0.016 0.023 0.133 0.126 0.127 0.040 52 A 0.039 0.201 0.103 0.021 0.104 0.018 0.032 0.259 0.133 0.072 0.018 53 T 0.019 0.051 0.021 0.009 0.031 0.012 0.037 0.456 0.210 0.129 0.025 54 E 0.012 0.075 0.025 0.006 0.040 0.009 0.039 0.519 0.156 0.104 0.015 55 D 0.027 0.182 0.085 0.005 0.051 0.002 0.006 0.437 0.102 0.086 0.017 56 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.826 0.151 0.009 0.001 57 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.937 0.047 0.001 0.001 58 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.945 0.040 0.010 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.070 0.006 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.044 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.030 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.052 0.003 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.918 0.073 0.003 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.042 0.842 0.111 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.169 0.697 0.120 0.009 0.001 66 I 0.003 0.842 0.099 0.001 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 67 G 0.164 0.003 0.002 0.007 0.020 0.002 0.003 0.003 0.012 0.231 0.552 68 I 0.038 0.593 0.105 0.005 0.234 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.009 69 P 0.174 0.094 0.019 0.036 0.406 0.036 0.074 0.021 0.017 0.028 0.096 70 Y 0.357 0.084 0.014 0.005 0.474 0.006 0.003 0.006 0.010 0.010 0.032 71 Y 0.103 0.139 0.010 0.002 0.695 0.002 0.006 0.009 0.004 0.010 0.020 72 S 0.370 0.030 0.003 0.001 0.545 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.039 73 V 0.086 0.219 0.040 0.019 0.462 0.050 0.027 0.020 0.008 0.025 0.045 74 N 0.307 0.109 0.035 0.002 0.436 0.001 0.001 0.007 0.003 0.005 0.094 75 F 0.010 0.012 0.006 0.003 0.015 0.002 0.004 0.413 0.415 0.106 0.014 76 E 0.002 0.025 0.006 0.005 0.008 0.008 0.034 0.735 0.166 0.010 0.001 77 K 0.003 0.005 0.002 0.002 0.007 0.006 0.026 0.809 0.125 0.014 0.002 78 E 0.002 0.003 0.004 0.003 0.002 0.007 0.034 0.794 0.101 0.043 0.007 79 Y 0.009 0.009 0.004 0.001 0.008 0.001 0.005 0.714 0.148 0.087 0.015 80 W 0.001 0.008 0.002 0.001 0.003 0.002 0.010 0.799 0.163 0.012 0.001 81 D 0.001 0.013 0.003 0.002 0.006 0.004 0.076 0.797 0.087 0.009 0.001 82 R 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.013 0.133 0.692 0.094 0.052 0.003 83 V 0.010 0.010 0.002 0.001 0.010 0.001 0.019 0.801 0.109 0.028 0.010 84 F 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.006 0.670 0.211 0.090 0.008 85 E 0.001 0.008 0.008 0.002 0.003 0.001 0.006 0.895 0.073 0.002 0.001 86 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.943 0.050 0.002 0.001 87 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.931 0.060 0.005 0.001 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.892 0.099 0.005 0.001 89 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.912 0.072 0.002 0.001 90 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.036 0.878 0.066 0.011 0.001 91 Y 0.013 0.006 0.004 0.001 0.010 0.003 0.034 0.680 0.187 0.048 0.015 92 R 0.005 0.006 0.005 0.008 0.005 0.021 0.082 0.672 0.140 0.051 0.005 93 A 0.003 0.444 0.144 0.046 0.031 0.031 0.120 0.119 0.024 0.035 0.002 94 G 0.035 0.037 0.043 0.033 0.027 0.016 0.013 0.026 0.034 0.547 0.191 95 R 0.104 0.213 0.109 0.037 0.148 0.022 0.057 0.090 0.082 0.087 0.050 96 T 0.027 0.382 0.304 0.034 0.145 0.010 0.015 0.030 0.020 0.022 0.010 97 P 0.080 0.217 0.132 0.054 0.144 0.066 0.072 0.056 0.044 0.074 0.063 98 N 0.096 0.267 0.154 0.010 0.358 0.006 0.011 0.030 0.022 0.026 0.022 99 P 0.061 0.284 0.117 0.014 0.158 0.008 0.013 0.102 0.111 0.090 0.042 100 D 0.110 0.089 0.021 0.004 0.290 0.008 0.026 0.239 0.152 0.042 0.018 101 V 0.050 0.059 0.018 0.006 0.070 0.009 0.036 0.426 0.212 0.085 0.030 102 M 0.053 0.068 0.039 0.018 0.086 0.032 0.138 0.377 0.075 0.085 0.029 103 C 0.034 0.062 0.044 0.063 0.046 0.087 0.091 0.280 0.138 0.121 0.033 104 N 0.040 0.135 0.068 0.052 0.085 0.022 0.023 0.195 0.181 0.159 0.041 105 K 0.023 0.031 0.014 0.010 0.046 0.016 0.073 0.428 0.200 0.137 0.021 106 E 0.115 0.175 0.036 0.005 0.217 0.006 0.033 0.183 0.096 0.097 0.037 107 I 0.100 0.317 0.029 0.008 0.371 0.018 0.023 0.074 0.024 0.012 0.023 108 K 0.188 0.203 0.078 0.009 0.227 0.004 0.007 0.040 0.020 0.079 0.145 109 F 0.029 0.072 0.068 0.025 0.061 0.005 0.005 0.382 0.261 0.068 0.023 110 K 0.001 0.017 0.006 0.007 0.005 0.007 0.013 0.792 0.145 0.006 0.001 111 A 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.002 0.019 0.894 0.059 0.010 0.001 112 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.848 0.089 0.053 0.002 113 L 0.002 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.878 0.097 0.007 0.001 114 D 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.888 0.085 0.007 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.857 0.119 0.014 0.001 116 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.856 0.115 0.015 0.003 117 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.766 0.200 0.003 0.001 118 T 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.035 0.590 0.284 0.077 0.001 119 L 0.001 0.676 0.272 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.159 0.007 0.004 0.002 0.016 0.001 0.001 0.002 0.007 0.284 0.517 121 A 0.262 0.125 0.005 0.001 0.516 0.001 0.001 0.002 0.007 0.012 0.070 122 D 0.019 0.009 0.003 0.099 0.055 0.207 0.347 0.160 0.054 0.031 0.014 123 Y 0.325 0.053 0.005 0.002 0.536 0.002 0.007 0.022 0.011 0.024 0.014 124 V 0.319 0.047 0.002 0.005 0.575 0.008 0.007 0.010 0.002 0.002 0.023 125 A 0.345 0.017 0.007 0.005 0.333 0.005 0.004 0.007 0.003 0.044 0.229 126 T 0.047 0.255 0.150 0.137 0.145 0.023 0.061 0.031 0.017 0.088 0.047 127 G 0.127 0.085 0.065 0.086 0.121 0.031 0.025 0.040 0.034 0.193 0.191 128 H 0.086 0.157 0.048 0.032 0.193 0.062 0.079 0.162 0.091 0.058 0.033 129 Y 0.306 0.070 0.015 0.005 0.371 0.005 0.020 0.071 0.033 0.046 0.059 130 A 0.348 0.110 0.012 0.009 0.360 0.018 0.016 0.044 0.020 0.018 0.045 131 R 0.152 0.168 0.034 0.014 0.430 0.027 0.033 0.058 0.022 0.029 0.034 132 V 0.443 0.046 0.008 0.002 0.301 0.004 0.007 0.019 0.011 0.041 0.118 133 A 0.086 0.368 0.114 0.022 0.329 0.015 0.012 0.018 0.006 0.011 0.020 134 R 0.135 0.297 0.044 0.008 0.346 0.009 0.012 0.045 0.017 0.038 0.049 135 D 0.164 0.186 0.242 0.034 0.130 0.024 0.027 0.085 0.042 0.020 0.045 136 E 0.010 0.015 0.069 0.167 0.011 0.154 0.108 0.283 0.140 0.034 0.009 137 D 0.006 0.420 0.214 0.183 0.033 0.037 0.038 0.038 0.015 0.015 0.003 138 G 0.015 0.016 0.015 0.020 0.017 0.008 0.007 0.022 0.028 0.680 0.172 139 T 0.093 0.369 0.080 0.011 0.324 0.011 0.020 0.026 0.019 0.027 0.021 140 V 0.357 0.113 0.020 0.005 0.413 0.003 0.004 0.007 0.005 0.009 0.065 141 H 0.105 0.353 0.074 0.016 0.383 0.014 0.018 0.012 0.005 0.006 0.014 142 M 0.492 0.053 0.007 0.001 0.373 0.002 0.002 0.005 0.004 0.005 0.054 143 L 0.127 0.189 0.077 0.042 0.333 0.069 0.046 0.032 0.023 0.022 0.041 144 R 0.268 0.150 0.040 0.013 0.332 0.006 0.008 0.015 0.016 0.062 0.091 145 G 0.103 0.263 0.098 0.022 0.312 0.014 0.018 0.055 0.034 0.044 0.036 146 V 0.094 0.226 0.055 0.019 0.201 0.035 0.066 0.058 0.040 0.125 0.081 147 D 0.290 0.073 0.024 0.003 0.536 0.001 0.002 0.011 0.012 0.010 0.038 148 N 0.008 0.021 0.013 0.016 0.014 0.022 0.052 0.435 0.346 0.067 0.007 149 G 0.024 0.077 0.044 0.019 0.050 0.030 0.122 0.331 0.097 0.191 0.014 150 K 0.021 0.144 0.048 0.016 0.048 0.025 0.040 0.421 0.121 0.089 0.028 151 D 0.086 0.062 0.034 0.004 0.093 0.003 0.008 0.461 0.113 0.082 0.053 152 Q 0.008 0.015 0.006 0.001 0.014 0.001 0.004 0.756 0.166 0.025 0.004 153 T 0.006 0.010 0.002 0.001 0.012 0.001 0.011 0.866 0.085 0.005 0.001 154 Y 0.005 0.008 0.003 0.005 0.013 0.007 0.023 0.843 0.080 0.012 0.002 155 F 0.012 0.008 0.003 0.001 0.027 0.003 0.018 0.847 0.067 0.011 0.004 156 L 0.022 0.005 0.001 0.004 0.019 0.012 0.020 0.592 0.220 0.089 0.016 157 S 0.010 0.074 0.033 0.016 0.055 0.024 0.073 0.562 0.127 0.020 0.006 158 Q 0.058 0.064 0.010 0.004 0.049 0.006 0.063 0.134 0.073 0.480 0.060 159 L 0.010 0.537 0.280 0.010 0.102 0.008 0.021 0.013 0.005 0.010 0.003 160 S 0.030 0.698 0.210 0.003 0.036 0.001 0.001 0.007 0.002 0.004 0.011 161 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.676 0.307 0.006 0.001 162 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.871 0.117 0.003 0.001 163 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.675 0.163 0.148 0.001 164 L 0.004 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.724 0.217 0.036 0.002 165 Q 0.002 0.004 0.001 0.003 0.004 0.002 0.026 0.700 0.247 0.009 0.002 166 K 0.004 0.004 0.003 0.007 0.008 0.016 0.077 0.589 0.183 0.107 0.004 167 T 0.060 0.039 0.009 0.004 0.108 0.004 0.069 0.390 0.156 0.133 0.029 168 M 0.100 0.046 0.014 0.008 0.132 0.011 0.047 0.191 0.147 0.246 0.057 169 F 0.048 0.314 0.170 0.028 0.207 0.018 0.035 0.096 0.034 0.030 0.020 170 P 0.074 0.105 0.093 0.033 0.118 0.034 0.099 0.249 0.104 0.059 0.032 171 L 0.021 0.060 0.051 0.089 0.038 0.081 0.142 0.190 0.158 0.149 0.020 172 G 0.010 0.128 0.111 0.186 0.044 0.086 0.058 0.116 0.102 0.141 0.018 173 H 0.061 0.050 0.030 0.012 0.064 0.011 0.019 0.057 0.115 0.470 0.111 174 L 0.061 0.327 0.136 0.010 0.194 0.008 0.013 0.065 0.062 0.085 0.039 175 E 0.040 0.462 0.236 0.013 0.100 0.004 0.007 0.041 0.023 0.053 0.023 176 K 0.035 0.171 0.079 0.012 0.107 0.005 0.007 0.392 0.151 0.030 0.010 177 P 0.002 0.006 0.003 0.003 0.005 0.005 0.013 0.825 0.130 0.005 0.002 178 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.880 0.082 0.017 0.001 179 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.895 0.085 0.016 0.001 180 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.884 0.101 0.004 0.001 181 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.889 0.083 0.002 0.001 182 L 0.002 0.002 0.002 0.003 0.004 0.007 0.052 0.798 0.097 0.031 0.002 183 A 0.023 0.022 0.005 0.003 0.032 0.004 0.020 0.533 0.198 0.139 0.020