# TARGET T0316 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 329 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.358 0.308 0.205 0.101 0.024 0.004 0.001 2 S 0.302 0.265 0.197 0.156 0.065 0.015 0.001 3 D 0.356 0.230 0.161 0.140 0.086 0.026 0.002 4 N 0.596 0.201 0.101 0.069 0.027 0.005 0.001 5 S 0.761 0.189 0.039 0.010 0.001 0.001 0.001 6 K 0.454 0.415 0.103 0.025 0.003 0.001 0.001 7 T 0.032 0.301 0.359 0.255 0.051 0.003 0.001 8 R 0.001 0.018 0.095 0.347 0.413 0.124 0.002 9 V 0.001 0.001 0.004 0.036 0.211 0.622 0.127 10 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.331 0.631 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.098 0.897 12 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.085 0.909 13 M 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.170 0.798 14 S 0.001 0.001 0.004 0.015 0.064 0.275 0.640 15 G 0.001 0.003 0.010 0.033 0.102 0.320 0.531 16 G 0.002 0.011 0.024 0.067 0.184 0.341 0.371 17 V 0.001 0.006 0.019 0.061 0.149 0.320 0.443 18 D 0.001 0.001 0.002 0.011 0.052 0.239 0.694 19 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.129 0.853 20 S 0.001 0.001 0.002 0.011 0.046 0.256 0.684 21 V 0.001 0.002 0.004 0.022 0.067 0.230 0.675 22 T 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.112 0.867 23 A 0.001 0.001 0.002 0.009 0.036 0.286 0.666 24 L 0.002 0.009 0.021 0.081 0.245 0.456 0.185 25 L 0.001 0.005 0.024 0.123 0.304 0.427 0.118 26 L 0.001 0.007 0.018 0.057 0.218 0.532 0.167 27 K 0.005 0.042 0.120 0.316 0.341 0.159 0.017 28 E 0.040 0.244 0.281 0.256 0.140 0.036 0.003 29 Q 0.036 0.150 0.329 0.324 0.129 0.029 0.002 30 G 0.108 0.307 0.243 0.194 0.115 0.031 0.002 31 Y 0.020 0.110 0.237 0.336 0.233 0.060 0.004 32 D 0.062 0.219 0.265 0.254 0.144 0.051 0.005 33 V 0.002 0.006 0.017 0.067 0.258 0.489 0.161 34 I 0.006 0.033 0.075 0.177 0.271 0.316 0.121 35 G 0.002 0.008 0.025 0.069 0.147 0.389 0.359 36 I 0.001 0.002 0.006 0.027 0.091 0.361 0.513 37 F 0.001 0.005 0.012 0.039 0.131 0.411 0.401 38 M 0.001 0.003 0.010 0.038 0.111 0.425 0.412 39 K 0.004 0.021 0.069 0.180 0.273 0.340 0.113 40 N 0.003 0.011 0.030 0.093 0.257 0.451 0.154 41 W 0.004 0.018 0.052 0.168 0.429 0.311 0.018 42 D 0.039 0.224 0.329 0.278 0.110 0.020 0.001 43 D 0.229 0.347 0.259 0.123 0.034 0.008 0.001 44 T 0.572 0.256 0.102 0.051 0.016 0.003 0.001 45 D 0.648 0.214 0.090 0.037 0.009 0.002 0.001 46 E 0.777 0.149 0.050 0.019 0.005 0.001 0.001 47 N 0.644 0.223 0.087 0.034 0.009 0.002 0.001 48 G 0.549 0.272 0.114 0.050 0.013 0.002 0.001 49 V 0.164 0.251 0.232 0.219 0.106 0.027 0.002 50 C 0.076 0.138 0.185 0.260 0.227 0.104 0.010 51 T 0.062 0.115 0.173 0.249 0.247 0.136 0.019 52 A 0.048 0.099 0.153 0.280 0.268 0.136 0.016 53 T 0.094 0.201 0.202 0.219 0.174 0.093 0.017 54 E 0.142 0.269 0.216 0.182 0.122 0.054 0.014 55 D 0.013 0.079 0.149 0.242 0.272 0.200 0.045 56 Y 0.003 0.031 0.118 0.247 0.380 0.200 0.021 57 K 0.046 0.320 0.372 0.183 0.056 0.021 0.002 58 D 0.003 0.026 0.113 0.281 0.342 0.203 0.031 59 V 0.001 0.001 0.002 0.019 0.177 0.627 0.174 60 V 0.002 0.034 0.188 0.403 0.289 0.081 0.004 61 A 0.018 0.204 0.362 0.298 0.097 0.019 0.001 62 V 0.002 0.010 0.019 0.085 0.338 0.504 0.042 63 A 0.002 0.008 0.042 0.229 0.459 0.248 0.012 64 D 0.120 0.555 0.263 0.055 0.007 0.001 0.001 65 Q 0.196 0.380 0.252 0.140 0.028 0.003 0.001 66 I 0.012 0.064 0.171 0.343 0.307 0.098 0.006 67 G 0.203 0.420 0.237 0.097 0.035 0.007 0.001 68 I 0.041 0.061 0.115 0.277 0.296 0.181 0.028 69 P 0.101 0.200 0.233 0.252 0.159 0.051 0.004 70 Y 0.040 0.086 0.160 0.233 0.294 0.163 0.024 71 Y 0.052 0.144 0.176 0.231 0.219 0.150 0.028 72 S 0.029 0.109 0.179 0.259 0.246 0.157 0.021 73 V 0.025 0.058 0.111 0.230 0.304 0.242 0.031 74 N 0.073 0.221 0.268 0.242 0.141 0.050 0.004 75 F 0.028 0.069 0.137 0.306 0.335 0.117 0.008 76 E 0.134 0.335 0.274 0.179 0.064 0.013 0.001 77 K 0.364 0.455 0.137 0.036 0.007 0.001 0.001 78 E 0.122 0.392 0.322 0.131 0.029 0.005 0.001 79 Y 0.004 0.021 0.080 0.255 0.467 0.169 0.005 80 W 0.016 0.136 0.286 0.341 0.179 0.040 0.002 81 D 0.137 0.549 0.236 0.066 0.010 0.001 0.001 82 R 0.025 0.153 0.404 0.336 0.075 0.007 0.001 83 V 0.005 0.018 0.032 0.122 0.420 0.378 0.024 84 F 0.007 0.042 0.121 0.334 0.369 0.122 0.005 85 E 0.047 0.405 0.383 0.140 0.023 0.003 0.001 86 Y 0.021 0.150 0.346 0.356 0.113 0.014 0.001 87 F 0.006 0.019 0.032 0.119 0.402 0.400 0.022 88 L 0.026 0.099 0.209 0.376 0.239 0.048 0.002 89 A 0.212 0.562 0.178 0.041 0.006 0.001 0.001 90 E 0.125 0.303 0.305 0.207 0.053 0.007 0.001 91 Y 0.032 0.088 0.179 0.311 0.316 0.071 0.002 92 R 0.315 0.324 0.208 0.115 0.033 0.005 0.001 93 A 0.561 0.321 0.084 0.028 0.006 0.001 0.001 94 G 0.419 0.313 0.157 0.078 0.028 0.005 0.001 95 R 0.133 0.272 0.285 0.204 0.086 0.018 0.002 96 T 0.130 0.149 0.157 0.231 0.217 0.105 0.012 97 P 0.050 0.064 0.100 0.188 0.276 0.254 0.068 98 N 0.058 0.072 0.089 0.159 0.232 0.285 0.105 99 P 0.021 0.031 0.054 0.121 0.206 0.308 0.259 100 D 0.027 0.050 0.064 0.110 0.177 0.315 0.256 101 V 0.026 0.058 0.100 0.168 0.220 0.259 0.169 102 M 0.038 0.069 0.092 0.181 0.234 0.259 0.129 103 C 0.020 0.029 0.041 0.091 0.229 0.390 0.200 104 N 0.063 0.095 0.122 0.194 0.223 0.216 0.088 105 K 0.036 0.114 0.165 0.265 0.210 0.161 0.048 106 E 0.024 0.063 0.115 0.211 0.301 0.235 0.050 107 I 0.004 0.016 0.033 0.085 0.212 0.432 0.217 108 K 0.005 0.034 0.077 0.191 0.258 0.310 0.123 109 F 0.001 0.007 0.019 0.057 0.205 0.472 0.240 110 K 0.017 0.097 0.213 0.281 0.198 0.159 0.035 111 A 0.004 0.049 0.140 0.284 0.276 0.182 0.066 112 F 0.001 0.001 0.002 0.014 0.121 0.591 0.270 113 L 0.001 0.005 0.030 0.210 0.454 0.281 0.019 114 D 0.014 0.328 0.370 0.206 0.069 0.012 0.001 115 Y 0.002 0.017 0.125 0.412 0.330 0.112 0.003 116 A 0.003 0.012 0.023 0.129 0.517 0.310 0.007 117 I 0.118 0.439 0.332 0.101 0.009 0.001 0.001 118 T 0.492 0.423 0.067 0.015 0.003 0.001 0.001 119 L 0.013 0.106 0.302 0.396 0.168 0.016 0.001 120 G 0.112 0.463 0.304 0.098 0.021 0.002 0.001 121 A 0.004 0.012 0.052 0.186 0.411 0.314 0.021 122 D 0.002 0.018 0.069 0.289 0.430 0.178 0.014 123 Y 0.001 0.002 0.008 0.036 0.160 0.547 0.246 124 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.181 0.805 125 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.132 0.854 126 T 0.001 0.001 0.005 0.015 0.032 0.157 0.789 127 G 0.001 0.002 0.005 0.016 0.046 0.243 0.688 128 H 0.001 0.005 0.016 0.053 0.124 0.339 0.460 129 Y 0.001 0.005 0.018 0.068 0.236 0.451 0.220 130 A 0.001 0.003 0.010 0.037 0.154 0.525 0.269 131 R 0.007 0.035 0.096 0.226 0.352 0.257 0.028 132 V 0.019 0.091 0.176 0.258 0.308 0.137 0.010 133 A 0.045 0.133 0.236 0.319 0.203 0.063 0.003 134 R 0.217 0.344 0.244 0.148 0.039 0.007 0.001 135 D 0.518 0.288 0.121 0.056 0.015 0.002 0.001 136 E 0.851 0.109 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 137 D 0.877 0.097 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 138 G 0.681 0.231 0.066 0.019 0.003 0.001 0.001 139 T 0.366 0.381 0.170 0.067 0.014 0.002 0.001 140 V 0.076 0.182 0.223 0.294 0.178 0.044 0.002 141 H 0.053 0.161 0.276 0.312 0.157 0.039 0.002 142 M 0.019 0.021 0.053 0.167 0.333 0.361 0.045 143 L 0.050 0.108 0.155 0.253 0.274 0.145 0.016 144 R 0.071 0.132 0.178 0.233 0.208 0.148 0.029 145 G 0.093 0.136 0.150 0.223 0.228 0.144 0.025 146 V 0.205 0.314 0.224 0.146 0.073 0.032 0.006 147 D 0.213 0.206 0.184 0.197 0.137 0.055 0.008 148 N 0.255 0.250 0.177 0.152 0.101 0.057 0.009 149 G 0.342 0.247 0.173 0.127 0.072 0.033 0.006 150 K 0.118 0.166 0.185 0.209 0.190 0.108 0.024 151 D 0.046 0.073 0.111 0.192 0.283 0.243 0.053 152 Q 0.034 0.057 0.083 0.167 0.259 0.312 0.088 153 T 0.084 0.138 0.162 0.202 0.189 0.178 0.047 154 Y 0.061 0.084 0.127 0.198 0.222 0.219 0.088 155 F 0.029 0.032 0.041 0.099 0.246 0.401 0.151 156 L 0.049 0.053 0.090 0.188 0.254 0.292 0.074 157 S 0.095 0.229 0.210 0.209 0.146 0.092 0.019 158 Q 0.123 0.209 0.243 0.229 0.132 0.057 0.007 159 L 0.043 0.081 0.143 0.275 0.313 0.135 0.010 160 S 0.318 0.377 0.190 0.090 0.022 0.003 0.001 161 Q 0.495 0.328 0.123 0.044 0.009 0.001 0.001 162 E 0.540 0.329 0.099 0.025 0.005 0.001 0.001 163 Q 0.139 0.218 0.236 0.250 0.127 0.028 0.001 164 L 0.054 0.086 0.177 0.295 0.293 0.090 0.005 165 Q 0.219 0.347 0.226 0.133 0.056 0.017 0.002 166 K 0.164 0.254 0.247 0.197 0.097 0.037 0.004 167 T 0.062 0.084 0.119 0.213 0.275 0.218 0.029 168 M 0.089 0.149 0.200 0.252 0.205 0.095 0.011 169 F 0.296 0.190 0.154 0.151 0.131 0.068 0.011 170 P 0.378 0.289 0.168 0.102 0.044 0.017 0.002 171 L 0.346 0.194 0.170 0.166 0.087 0.034 0.004 172 G 0.447 0.269 0.137 0.095 0.041 0.010 0.001 173 H 0.687 0.232 0.060 0.016 0.004 0.001 0.001 174 L 0.266 0.202 0.220 0.203 0.092 0.017 0.001 175 E 0.505 0.322 0.117 0.045 0.010 0.001 0.001 176 K 0.263 0.269 0.243 0.173 0.046 0.006 0.001 177 P 0.792 0.176 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 178 E 0.341 0.329 0.188 0.105 0.033 0.004 0.001 179 V 0.167 0.127 0.177 0.283 0.197 0.048 0.001 180 R 0.404 0.348 0.179 0.058 0.010 0.001 0.001 181 R 0.669 0.272 0.048 0.009 0.002 0.001 0.001 182 L 0.273 0.188 0.249 0.215 0.066 0.009 0.001 183 A 0.425 0.148 0.123 0.158 0.116 0.029 0.001