# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2231 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.009 0.005 0.004 0.143 0.821 2 S 0.041 0.024 0.040 0.023 0.250 0.622 3 D 0.023 0.023 0.139 0.028 0.387 0.401 4 N 0.013 0.013 0.268 0.025 0.507 0.175 5 S 0.019 0.007 0.276 0.015 0.457 0.226 6 K 0.044 0.006 0.080 0.007 0.502 0.361 7 T 0.155 0.007 0.018 0.002 0.372 0.446 8 R 0.751 0.006 0.002 0.001 0.060 0.181 9 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 10 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 13 M 0.943 0.001 0.001 0.001 0.008 0.048 14 S 0.684 0.004 0.001 0.001 0.071 0.240 15 G 0.204 0.012 0.003 0.004 0.215 0.561 16 G 0.053 0.011 0.007 0.010 0.496 0.422 17 V 0.020 0.033 0.016 0.178 0.412 0.341 18 D 0.006 0.011 0.017 0.345 0.249 0.372 19 S 0.001 0.001 0.006 0.956 0.021 0.015 20 S 0.001 0.001 0.003 0.980 0.008 0.007 21 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 22 T 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 23 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.004 0.968 0.006 0.021 30 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.971 31 Y 0.008 0.001 0.001 0.001 0.050 0.939 32 D 0.457 0.005 0.002 0.001 0.078 0.458 33 V 0.941 0.002 0.001 0.001 0.009 0.048 34 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 35 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 36 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 37 F 0.942 0.001 0.001 0.001 0.008 0.048 38 M 0.773 0.007 0.001 0.001 0.042 0.176 39 K 0.444 0.011 0.002 0.001 0.158 0.384 40 N 0.158 0.006 0.003 0.004 0.263 0.564 41 W 0.178 0.009 0.030 0.066 0.449 0.268 42 D 0.213 0.018 0.045 0.121 0.367 0.234 43 D 0.148 0.055 0.041 0.256 0.338 0.161 44 T 0.092 0.025 0.067 0.166 0.460 0.191 45 D 0.042 0.017 0.232 0.208 0.401 0.100 46 E 0.041 0.013 0.241 0.213 0.371 0.121 47 N 0.018 0.006 0.175 0.120 0.486 0.195 48 G 0.024 0.005 0.009 0.004 0.307 0.651 49 V 0.180 0.091 0.010 0.007 0.192 0.520 50 C 0.163 0.122 0.007 0.008 0.201 0.500 51 T 0.091 0.030 0.011 0.013 0.305 0.549 52 A 0.033 0.005 0.047 0.066 0.371 0.478 53 T 0.024 0.005 0.160 0.204 0.343 0.263 54 E 0.029 0.023 0.089 0.377 0.287 0.196 55 D 0.024 0.013 0.032 0.397 0.122 0.413 56 Y 0.001 0.001 0.006 0.985 0.004 0.004 57 K 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.002 58 D 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 64 D 0.001 0.001 0.008 0.987 0.003 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.015 0.970 0.005 0.010 66 I 0.001 0.001 0.021 0.867 0.013 0.098 67 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.989 68 I 0.025 0.001 0.001 0.001 0.026 0.947 69 P 0.249 0.001 0.001 0.001 0.045 0.704 70 Y 0.878 0.004 0.001 0.001 0.015 0.102 71 Y 0.963 0.002 0.001 0.001 0.006 0.029 72 S 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 73 V 0.850 0.004 0.001 0.001 0.010 0.135 74 N 0.226 0.004 0.001 0.002 0.044 0.724 75 F 0.030 0.002 0.030 0.610 0.112 0.217 76 E 0.013 0.001 0.057 0.755 0.115 0.059 77 K 0.007 0.001 0.070 0.809 0.098 0.015 78 E 0.010 0.002 0.034 0.861 0.063 0.030 79 Y 0.006 0.003 0.023 0.921 0.030 0.017 80 W 0.005 0.001 0.016 0.936 0.023 0.018 81 D 0.006 0.001 0.020 0.898 0.034 0.042 82 R 0.005 0.001 0.021 0.910 0.031 0.032 83 V 0.008 0.003 0.018 0.889 0.040 0.042 84 F 0.009 0.001 0.018 0.889 0.031 0.052 85 E 0.007 0.001 0.023 0.925 0.019 0.027 86 Y 0.011 0.001 0.022 0.924 0.016 0.026 87 F 0.014 0.003 0.014 0.913 0.016 0.040 88 L 0.006 0.001 0.008 0.960 0.008 0.018 89 A 0.005 0.001 0.020 0.960 0.008 0.007 90 E 0.002 0.001 0.011 0.975 0.007 0.004 91 Y 0.002 0.001 0.012 0.969 0.013 0.004 92 R 0.002 0.002 0.009 0.943 0.029 0.015 93 A 0.001 0.001 0.013 0.864 0.060 0.060 94 G 0.004 0.004 0.014 0.107 0.244 0.627 95 R 0.004 0.004 0.002 0.002 0.091 0.897 96 T 0.019 0.020 0.002 0.003 0.150 0.806 97 P 0.014 0.020 0.004 0.006 0.211 0.745 98 N 0.013 0.015 0.013 0.013 0.353 0.592 99 P 0.028 0.011 0.038 0.055 0.418 0.450 100 D 0.041 0.013 0.086 0.121 0.382 0.357 101 V 0.058 0.029 0.083 0.278 0.303 0.250 102 M 0.054 0.033 0.041 0.201 0.277 0.393 103 C 0.034 0.018 0.045 0.337 0.239 0.328 104 N 0.016 0.007 0.055 0.594 0.161 0.167 105 K 0.008 0.002 0.066 0.788 0.085 0.051 106 E 0.008 0.002 0.058 0.842 0.058 0.032 107 I 0.010 0.003 0.029 0.897 0.034 0.027 108 K 0.009 0.003 0.018 0.910 0.022 0.038 109 F 0.004 0.001 0.011 0.951 0.012 0.021 110 K 0.003 0.001 0.009 0.967 0.011 0.010 111 A 0.001 0.001 0.007 0.985 0.004 0.003 112 F 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 113 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 117 I 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 118 T 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 119 L 0.001 0.001 0.002 0.964 0.005 0.029 120 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.972 121 A 0.009 0.004 0.004 0.013 0.176 0.794 122 D 0.093 0.003 0.008 0.007 0.264 0.625 123 Y 0.812 0.013 0.007 0.010 0.069 0.090 124 V 0.950 0.006 0.001 0.007 0.019 0.017 125 A 0.943 0.004 0.002 0.008 0.018 0.026 126 T 0.590 0.008 0.004 0.041 0.103 0.253 127 G 0.143 0.004 0.015 0.017 0.252 0.569 128 H 0.149 0.016 0.045 0.036 0.288 0.468 129 Y 0.140 0.047 0.077 0.038 0.391 0.308 130 A 0.066 0.012 0.164 0.155 0.401 0.201 131 R 0.057 0.009 0.136 0.224 0.361 0.213 132 V 0.058 0.021 0.175 0.297 0.335 0.115 133 A 0.083 0.043 0.103 0.262 0.330 0.178 134 R 0.114 0.036 0.097 0.226 0.363 0.163 135 D 0.091 0.020 0.095 0.202 0.445 0.147 136 E 0.076 0.016 0.089 0.204 0.455 0.159 137 D 0.055 0.017 0.052 0.147 0.501 0.229 138 G 0.056 0.016 0.060 0.192 0.444 0.232 139 T 0.087 0.028 0.094 0.268 0.295 0.229 140 V 0.088 0.017 0.152 0.363 0.244 0.136 141 H 0.070 0.015 0.188 0.393 0.215 0.118 142 M 0.086 0.032 0.123 0.393 0.228 0.139 143 L 0.077 0.022 0.083 0.314 0.320 0.184 144 R 0.043 0.010 0.051 0.227 0.433 0.237 145 G 0.044 0.014 0.046 0.113 0.488 0.295 146 V 0.068 0.035 0.072 0.160 0.389 0.275 147 D 0.055 0.029 0.071 0.187 0.398 0.258 148 N 0.023 0.012 0.073 0.273 0.415 0.204 149 G 0.017 0.009 0.153 0.265 0.353 0.203 150 K 0.024 0.010 0.239 0.370 0.262 0.096 151 D 0.040 0.011 0.211 0.322 0.279 0.136 152 Q 0.061 0.017 0.142 0.371 0.212 0.197 153 T 0.099 0.024 0.100 0.350 0.238 0.191 154 Y 0.094 0.013 0.116 0.365 0.243 0.169 155 F 0.102 0.014 0.096 0.355 0.243 0.189 156 L 0.131 0.017 0.159 0.362 0.203 0.127 157 S 0.128 0.011 0.182 0.322 0.186 0.171 158 Q 0.088 0.010 0.214 0.299 0.209 0.180 159 L 0.063 0.027 0.064 0.216 0.258 0.373 160 S 0.039 0.013 0.021 0.184 0.247 0.496 161 Q 0.004 0.001 0.079 0.805 0.073 0.039 162 E 0.005 0.001 0.057 0.865 0.058 0.014 163 Q 0.023 0.004 0.075 0.761 0.114 0.022 164 L 0.057 0.005 0.033 0.725 0.091 0.090 165 Q 0.140 0.006 0.038 0.598 0.096 0.122 166 K 0.328 0.004 0.027 0.435 0.084 0.120 167 T 0.488 0.008 0.011 0.352 0.037 0.104 168 M 0.465 0.027 0.008 0.332 0.037 0.131 169 F 0.387 0.015 0.018 0.145 0.102 0.333 170 P 0.210 0.015 0.037 0.093 0.205 0.440 171 L 0.091 0.021 0.185 0.061 0.497 0.146 172 G 0.047 0.009 0.193 0.032 0.567 0.152 173 H 0.019 0.006 0.176 0.024 0.582 0.194 174 L 0.027 0.059 0.019 0.027 0.420 0.447 175 E 0.012 0.016 0.003 0.031 0.054 0.884 176 K 0.001 0.001 0.016 0.977 0.004 0.003 177 P 0.001 0.001 0.013 0.983 0.003 0.001 178 E 0.001 0.001 0.015 0.982 0.003 0.001 179 V 0.002 0.001 0.008 0.984 0.004 0.002 180 R 0.002 0.001 0.017 0.969 0.008 0.003 181 R 0.004 0.001 0.015 0.945 0.021 0.013 182 L 0.005 0.002 0.012 0.858 0.041 0.081 183 A 0.007 0.006 0.010 0.338 0.104 0.536