# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2231 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.003 0.002 0.013 0.052 0.062 0.114 0.005 0.001 0.069 0.649 2 S 0.035 0.001 0.001 0.003 0.009 0.009 0.075 0.002 0.001 0.029 0.836 3 D 0.104 0.001 0.001 0.003 0.007 0.007 0.096 0.006 0.001 0.040 0.735 4 N 0.112 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.116 0.002 0.001 0.046 0.711 5 S 0.023 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.143 0.002 0.001 0.019 0.799 6 K 0.007 0.001 0.001 0.020 0.012 0.012 0.184 0.002 0.001 0.014 0.749 7 T 0.005 0.002 0.001 0.206 0.035 0.031 0.128 0.001 0.001 0.035 0.557 8 R 0.001 0.001 0.001 0.671 0.049 0.062 0.035 0.001 0.001 0.051 0.131 9 V 0.001 0.001 0.001 0.770 0.042 0.034 0.016 0.001 0.001 0.032 0.105 10 V 0.001 0.001 0.001 0.942 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.011 0.011 11 V 0.001 0.001 0.001 0.946 0.012 0.009 0.004 0.001 0.001 0.014 0.014 12 G 0.002 0.001 0.001 0.898 0.011 0.024 0.014 0.001 0.001 0.018 0.034 13 M 0.017 0.002 0.001 0.577 0.013 0.055 0.089 0.001 0.001 0.062 0.184 14 S 0.052 0.015 0.001 0.232 0.020 0.061 0.174 0.002 0.002 0.110 0.330 15 G 0.036 0.082 0.002 0.085 0.016 0.034 0.221 0.003 0.002 0.103 0.418 16 G 0.066 0.260 0.002 0.018 0.018 0.023 0.149 0.004 0.001 0.168 0.289 17 V 0.038 0.504 0.001 0.009 0.006 0.011 0.077 0.008 0.001 0.120 0.225 18 D 0.009 0.199 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 0.001 0.001 0.724 0.043 19 S 0.002 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.091 0.014 20 S 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 21 V 0.001 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 22 T 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 23 A 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 24 L 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 25 L 0.008 0.801 0.010 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.006 0.128 0.033 26 L 0.018 0.015 0.551 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.278 0.106 0.019 27 K 0.788 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 0.015 0.006 0.049 0.111 28 E 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.001 0.001 0.015 0.906 29 Q 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.068 0.001 0.001 0.005 0.914 30 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.017 0.156 0.002 0.001 0.020 0.791 31 Y 0.008 0.001 0.001 0.025 0.017 0.021 0.114 0.001 0.001 0.070 0.744 32 D 0.002 0.001 0.001 0.558 0.039 0.093 0.049 0.001 0.001 0.074 0.183 33 V 0.001 0.001 0.001 0.268 0.030 0.063 0.057 0.001 0.001 0.053 0.527 34 I 0.001 0.001 0.001 0.745 0.105 0.102 0.006 0.001 0.001 0.025 0.016 35 G 0.001 0.001 0.001 0.596 0.086 0.102 0.016 0.001 0.001 0.050 0.151 36 I 0.001 0.001 0.001 0.711 0.125 0.100 0.008 0.001 0.001 0.012 0.044 37 F 0.006 0.001 0.001 0.519 0.061 0.127 0.053 0.001 0.001 0.059 0.174 38 M 0.010 0.001 0.001 0.214 0.196 0.168 0.078 0.001 0.001 0.065 0.268 39 K 0.019 0.003 0.001 0.143 0.032 0.071 0.193 0.003 0.001 0.050 0.487 40 N 0.143 0.009 0.002 0.055 0.018 0.028 0.162 0.005 0.002 0.084 0.491 41 W 0.080 0.014 0.002 0.028 0.015 0.030 0.148 0.005 0.001 0.104 0.573 42 D 0.046 0.018 0.001 0.010 0.010 0.023 0.122 0.002 0.001 0.050 0.717 43 D 0.059 0.035 0.006 0.011 0.023 0.044 0.151 0.004 0.003 0.080 0.585 44 T 0.099 0.013 0.008 0.005 0.010 0.016 0.109 0.006 0.004 0.078 0.651 45 D 0.326 0.007 0.002 0.003 0.005 0.009 0.069 0.010 0.001 0.074 0.494 46 E 0.153 0.005 0.001 0.004 0.003 0.006 0.086 0.003 0.001 0.066 0.674 47 N 0.015 0.002 0.001 0.007 0.005 0.014 0.121 0.001 0.001 0.032 0.803 48 G 0.009 0.002 0.001 0.015 0.035 0.053 0.142 0.003 0.001 0.048 0.692 49 V 0.013 0.001 0.001 0.016 0.054 0.042 0.137 0.001 0.001 0.035 0.701 50 C 0.006 0.003 0.001 0.039 0.054 0.069 0.185 0.002 0.001 0.035 0.608 51 T 0.056 0.035 0.001 0.030 0.022 0.029 0.159 0.004 0.001 0.058 0.606 52 A 0.110 0.248 0.001 0.016 0.006 0.009 0.102 0.027 0.001 0.052 0.428 53 T 0.122 0.386 0.002 0.008 0.002 0.004 0.053 0.006 0.001 0.087 0.330 54 E 0.023 0.445 0.006 0.010 0.003 0.005 0.050 0.004 0.001 0.189 0.265 55 D 0.016 0.841 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.004 0.001 0.059 0.064 56 Y 0.011 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 0.020 57 K 0.009 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.037 0.020 58 D 0.001 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 0.015 59 V 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 60 V 0.002 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.053 0.011 61 A 0.003 0.957 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.020 0.013 62 V 0.013 0.898 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.003 0.047 0.019 63 A 0.005 0.007 0.469 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.474 0.032 0.008 64 D 0.853 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.012 0.109 65 Q 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.002 0.020 0.916 66 I 0.016 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.126 0.001 0.001 0.010 0.841 67 G 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.007 0.120 0.001 0.001 0.017 0.842 68 I 0.007 0.001 0.001 0.020 0.019 0.012 0.167 0.002 0.001 0.070 0.702 69 P 0.004 0.002 0.001 0.607 0.025 0.066 0.043 0.001 0.001 0.096 0.157 70 Y 0.004 0.002 0.001 0.216 0.027 0.069 0.056 0.001 0.001 0.037 0.587 71 Y 0.001 0.001 0.001 0.642 0.122 0.091 0.025 0.001 0.001 0.021 0.097 72 S 0.008 0.002 0.001 0.351 0.079 0.084 0.058 0.001 0.001 0.041 0.376 73 V 0.004 0.002 0.001 0.266 0.084 0.089 0.080 0.002 0.001 0.022 0.450 74 N 0.104 0.106 0.004 0.094 0.019 0.031 0.118 0.005 0.004 0.039 0.476 75 F 0.078 0.406 0.012 0.023 0.012 0.011 0.051 0.012 0.004 0.029 0.360 76 E 0.124 0.654 0.002 0.002 0.004 0.005 0.017 0.018 0.001 0.010 0.162 77 K 0.085 0.651 0.003 0.003 0.005 0.006 0.018 0.007 0.001 0.035 0.184 78 E 0.046 0.596 0.017 0.004 0.008 0.011 0.036 0.008 0.006 0.064 0.203 79 Y 0.193 0.479 0.013 0.003 0.010 0.011 0.032 0.029 0.004 0.040 0.185 80 W 0.197 0.336 0.005 0.005 0.010 0.015 0.041 0.014 0.003 0.032 0.343 81 D 0.092 0.265 0.009 0.010 0.012 0.028 0.075 0.004 0.004 0.027 0.474 82 R 0.045 0.261 0.013 0.015 0.013 0.033 0.073 0.007 0.005 0.027 0.509 83 V 0.206 0.259 0.006 0.006 0.014 0.016 0.062 0.021 0.002 0.040 0.367 84 F 0.184 0.211 0.002 0.016 0.016 0.024 0.075 0.012 0.001 0.033 0.427 85 E 0.040 0.100 0.001 0.017 0.008 0.023 0.076 0.002 0.001 0.019 0.713 86 Y 0.018 0.189 0.005 0.032 0.036 0.040 0.122 0.003 0.002 0.030 0.523 87 F 0.021 0.534 0.003 0.012 0.013 0.008 0.046 0.007 0.001 0.010 0.344 88 L 0.084 0.858 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.016 0.001 0.002 0.032 89 A 0.021 0.810 0.002 0.002 0.001 0.003 0.012 0.003 0.001 0.032 0.112 90 E 0.021 0.276 0.358 0.002 0.003 0.006 0.020 0.003 0.104 0.087 0.120 91 Y 0.644 0.072 0.014 0.001 0.006 0.006 0.019 0.051 0.007 0.062 0.119 92 R 0.427 0.007 0.001 0.002 0.002 0.004 0.022 0.013 0.002 0.037 0.483 93 A 0.035 0.003 0.001 0.007 0.001 0.003 0.047 0.001 0.001 0.009 0.894 94 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.020 0.066 0.001 0.001 0.012 0.886 95 R 0.012 0.001 0.001 0.003 0.015 0.009 0.102 0.001 0.001 0.029 0.827 96 T 0.030 0.002 0.001 0.026 0.024 0.018 0.160 0.004 0.001 0.058 0.677 97 P 0.101 0.019 0.001 0.013 0.003 0.004 0.127 0.004 0.001 0.028 0.701 98 N 0.214 0.079 0.001 0.020 0.006 0.009 0.159 0.027 0.001 0.035 0.451 99 P 0.055 0.104 0.001 0.025 0.006 0.013 0.135 0.012 0.001 0.036 0.611 100 D 0.076 0.125 0.004 0.054 0.019 0.040 0.101 0.006 0.001 0.114 0.460 101 V 0.043 0.408 0.004 0.043 0.028 0.032 0.065 0.005 0.001 0.094 0.275 102 M 0.089 0.620 0.006 0.014 0.015 0.021 0.036 0.005 0.002 0.036 0.155 103 C 0.022 0.780 0.002 0.013 0.009 0.014 0.022 0.003 0.001 0.019 0.116 104 N 0.018 0.761 0.001 0.004 0.005 0.009 0.023 0.002 0.001 0.077 0.100 105 K 0.004 0.915 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.040 0.025 106 E 0.003 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.027 0.016 107 I 0.003 0.896 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.081 0.011 108 K 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 109 F 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 110 K 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 111 A 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 112 F 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 114 D 0.001 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.924 0.009 115 Y 0.013 0.670 0.031 0.001 0.001 0.001 0.018 0.006 0.012 0.204 0.045 116 A 0.083 0.021 0.509 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.250 0.050 0.049 117 I 0.619 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.006 0.004 0.027 0.289 118 T 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.005 0.920 119 L 0.012 0.012 0.009 0.009 0.001 0.001 0.114 0.002 0.001 0.022 0.817 120 G 0.028 0.020 0.001 0.021 0.007 0.007 0.216 0.006 0.001 0.036 0.658 121 A 0.013 0.027 0.001 0.063 0.007 0.008 0.103 0.002 0.001 0.042 0.733 122 D 0.006 0.019 0.001 0.546 0.024 0.030 0.060 0.002 0.001 0.178 0.135 123 Y 0.004 0.008 0.001 0.728 0.019 0.038 0.029 0.001 0.001 0.073 0.097 124 V 0.004 0.003 0.001 0.809 0.044 0.038 0.016 0.001 0.001 0.027 0.056 125 A 0.011 0.004 0.001 0.691 0.039 0.059 0.032 0.001 0.001 0.029 0.130 126 T 0.069 0.017 0.002 0.305 0.038 0.091 0.088 0.005 0.002 0.050 0.334 127 G 0.123 0.030 0.004 0.066 0.034 0.065 0.133 0.004 0.004 0.030 0.507 128 H 0.022 0.035 0.002 0.027 0.070 0.101 0.127 0.008 0.002 0.016 0.592 129 Y 0.214 0.268 0.004 0.014 0.042 0.054 0.071 0.013 0.002 0.022 0.296 130 A 0.183 0.233 0.011 0.017 0.052 0.048 0.061 0.015 0.004 0.035 0.341 131 R 0.071 0.214 0.006 0.011 0.032 0.062 0.075 0.011 0.003 0.027 0.489 132 V 0.170 0.208 0.005 0.019 0.052 0.078 0.072 0.014 0.002 0.056 0.326 133 A 0.103 0.097 0.008 0.032 0.053 0.081 0.096 0.006 0.003 0.056 0.465 134 R 0.045 0.053 0.007 0.034 0.038 0.072 0.100 0.004 0.002 0.030 0.615 135 D 0.111 0.038 0.003 0.026 0.048 0.058 0.086 0.007 0.001 0.103 0.519 136 E 0.084 0.104 0.003 0.019 0.024 0.030 0.104 0.007 0.001 0.083 0.542 137 D 0.050 0.166 0.005 0.016 0.020 0.034 0.108 0.007 0.002 0.030 0.563 138 G 0.051 0.388 0.004 0.014 0.026 0.031 0.065 0.012 0.001 0.020 0.388 139 T 0.124 0.640 0.001 0.004 0.013 0.019 0.028 0.020 0.001 0.010 0.141 140 V 0.109 0.515 0.004 0.014 0.015 0.022 0.038 0.011 0.002 0.041 0.228 141 H 0.063 0.337 0.041 0.018 0.019 0.030 0.088 0.008 0.018 0.065 0.313 142 M 0.221 0.224 0.008 0.011 0.021 0.026 0.076 0.024 0.003 0.050 0.338 143 L 0.215 0.108 0.003 0.015 0.018 0.022 0.074 0.010 0.002 0.053 0.479 144 R 0.030 0.048 0.003 0.026 0.013 0.029 0.110 0.002 0.001 0.035 0.704 145 G 0.031 0.087 0.008 0.030 0.021 0.050 0.103 0.005 0.003 0.061 0.601 146 V 0.178 0.129 0.006 0.011 0.026 0.023 0.085 0.013 0.002 0.078 0.448 147 D 0.198 0.113 0.004 0.015 0.013 0.021 0.093 0.008 0.002 0.051 0.482 148 N 0.065 0.089 0.003 0.021 0.007 0.020 0.099 0.006 0.001 0.046 0.642 149 G 0.136 0.040 0.005 0.029 0.016 0.027 0.116 0.006 0.002 0.148 0.475 150 K 0.064 0.087 0.004 0.044 0.036 0.046 0.133 0.009 0.001 0.097 0.477 151 D 0.093 0.061 0.004 0.033 0.023 0.044 0.114 0.005 0.001 0.045 0.575 152 Q 0.040 0.045 0.002 0.059 0.060 0.083 0.123 0.012 0.001 0.057 0.518 153 T 0.070 0.034 0.002 0.037 0.036 0.063 0.120 0.004 0.001 0.106 0.527 154 Y 0.037 0.049 0.007 0.080 0.054 0.083 0.131 0.010 0.002 0.097 0.450 155 F 0.132 0.088 0.005 0.051 0.030 0.060 0.118 0.012 0.003 0.068 0.433 156 L 0.178 0.047 0.004 0.046 0.037 0.056 0.102 0.009 0.002 0.088 0.431 157 S 0.035 0.036 0.001 0.037 0.042 0.081 0.137 0.003 0.001 0.042 0.586 158 Q 0.066 0.074 0.007 0.028 0.028 0.052 0.120 0.004 0.003 0.035 0.583 159 L 0.084 0.154 0.006 0.020 0.031 0.034 0.114 0.016 0.003 0.040 0.496 160 S 0.299 0.225 0.006 0.006 0.008 0.013 0.059 0.013 0.004 0.044 0.322 161 Q 0.218 0.262 0.008 0.010 0.011 0.020 0.056 0.016 0.003 0.041 0.355 162 E 0.142 0.103 0.006 0.012 0.016 0.038 0.081 0.006 0.002 0.037 0.556 163 Q 0.066 0.085 0.004 0.031 0.075 0.110 0.097 0.005 0.001 0.068 0.457 164 L 0.041 0.069 0.003 0.044 0.071 0.109 0.122 0.007 0.001 0.065 0.468 165 Q 0.034 0.059 0.003 0.048 0.107 0.126 0.094 0.007 0.001 0.034 0.485 166 K 0.036 0.018 0.001 0.064 0.160 0.223 0.075 0.003 0.001 0.076 0.343 167 T 0.005 0.019 0.001 0.061 0.160 0.251 0.062 0.001 0.001 0.036 0.403 168 M 0.020 0.046 0.010 0.093 0.131 0.181 0.071 0.005 0.004 0.052 0.388 169 F 0.133 0.033 0.015 0.058 0.168 0.120 0.072 0.021 0.008 0.097 0.275 170 P 0.197 0.044 0.003 0.038 0.027 0.046 0.069 0.010 0.003 0.049 0.513 171 L 0.173 0.028 0.004 0.037 0.021 0.045 0.083 0.010 0.002 0.045 0.551 172 G 0.043 0.011 0.002 0.037 0.024 0.047 0.107 0.005 0.001 0.032 0.692 173 H 0.052 0.009 0.001 0.024 0.039 0.047 0.112 0.002 0.001 0.032 0.681 174 L 0.013 0.010 0.001 0.041 0.048 0.034 0.127 0.002 0.001 0.030 0.693 175 E 0.035 0.258 0.001 0.018 0.019 0.015 0.104 0.007 0.001 0.023 0.518 176 K 0.086 0.655 0.002 0.005 0.008 0.006 0.032 0.032 0.001 0.009 0.165 177 P 0.033 0.667 0.002 0.015 0.008 0.011 0.027 0.009 0.001 0.020 0.206 178 E 0.028 0.726 0.010 0.012 0.011 0.023 0.020 0.006 0.003 0.049 0.112 179 V 0.134 0.551 0.017 0.018 0.023 0.022 0.028 0.022 0.006 0.058 0.121 180 R 0.208 0.175 0.037 0.036 0.031 0.036 0.056 0.020 0.019 0.070 0.312 181 R 0.133 0.082 0.004 0.034 0.024 0.038 0.080 0.006 0.002 0.035 0.562 182 L 0.043 0.045 0.006 0.031 0.012 0.030 0.102 0.004 0.003 0.033 0.692 183 A 0.062 0.035 0.010 0.022 0.029 0.042 0.134 0.011 0.003 0.048 0.604