# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2231 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.055 0.031 0.074 0.080 0.100 0.175 0.141 0.117 0.089 0.067 2 S 0.334 0.191 0.092 0.126 0.089 0.060 0.046 0.026 0.020 0.010 0.006 3 D 0.290 0.173 0.093 0.161 0.103 0.067 0.055 0.025 0.018 0.010 0.005 4 N 0.355 0.192 0.073 0.121 0.087 0.062 0.052 0.027 0.016 0.009 0.005 5 S 0.211 0.208 0.051 0.142 0.107 0.086 0.084 0.052 0.032 0.017 0.009 6 K 0.224 0.191 0.091 0.163 0.123 0.091 0.055 0.029 0.019 0.009 0.005 7 T 0.093 0.083 0.072 0.167 0.154 0.145 0.127 0.062 0.051 0.030 0.016 8 R 0.017 0.033 0.032 0.150 0.190 0.196 0.196 0.094 0.053 0.027 0.013 9 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.018 0.075 0.119 0.211 0.271 0.290 10 V 0.001 0.001 0.004 0.010 0.023 0.038 0.120 0.204 0.212 0.203 0.185 11 V 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.010 0.038 0.098 0.223 0.288 0.329 12 G 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.018 0.064 0.139 0.245 0.250 0.265 13 M 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.019 0.071 0.155 0.250 0.243 0.243 14 S 0.002 0.004 0.007 0.014 0.026 0.051 0.129 0.181 0.219 0.183 0.183 15 G 0.020 0.042 0.027 0.090 0.114 0.144 0.178 0.141 0.119 0.072 0.053 16 G 0.023 0.024 0.014 0.056 0.064 0.097 0.167 0.120 0.163 0.139 0.131 17 V 0.031 0.039 0.016 0.117 0.116 0.139 0.224 0.106 0.091 0.067 0.054 18 D 0.003 0.009 0.007 0.046 0.058 0.078 0.185 0.142 0.154 0.166 0.151 19 S 0.001 0.001 0.002 0.009 0.017 0.032 0.098 0.127 0.209 0.241 0.263 20 S 0.002 0.003 0.009 0.041 0.059 0.082 0.181 0.176 0.181 0.143 0.122 21 V 0.001 0.001 0.003 0.009 0.023 0.033 0.124 0.184 0.209 0.223 0.191 22 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.027 0.098 0.255 0.287 0.322 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.039 0.102 0.283 0.272 0.292 24 L 0.001 0.001 0.019 0.039 0.096 0.120 0.266 0.234 0.118 0.070 0.036 25 L 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 0.027 0.141 0.199 0.254 0.199 0.156 26 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 0.047 0.205 0.336 0.394 27 K 0.002 0.009 0.042 0.082 0.171 0.213 0.309 0.097 0.042 0.025 0.009 28 E 0.024 0.063 0.365 0.179 0.107 0.106 0.087 0.034 0.019 0.011 0.005 29 Q 0.045 0.060 0.038 0.104 0.099 0.158 0.298 0.115 0.049 0.023 0.011 30 G 0.396 0.206 0.080 0.104 0.062 0.049 0.042 0.029 0.018 0.009 0.003 31 Y 0.055 0.034 0.026 0.061 0.089 0.139 0.208 0.136 0.107 0.081 0.064 32 D 0.125 0.233 0.110 0.244 0.169 0.074 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 33 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.053 0.076 0.183 0.288 0.380 34 I 0.007 0.016 0.019 0.082 0.131 0.142 0.206 0.164 0.106 0.072 0.055 35 G 0.001 0.001 0.004 0.012 0.015 0.025 0.081 0.123 0.227 0.261 0.251 36 I 0.001 0.001 0.005 0.007 0.015 0.024 0.072 0.138 0.215 0.254 0.269 37 F 0.001 0.002 0.004 0.013 0.021 0.029 0.091 0.172 0.239 0.230 0.201 38 M 0.001 0.001 0.004 0.004 0.009 0.017 0.051 0.103 0.223 0.268 0.318 39 K 0.028 0.048 0.041 0.128 0.161 0.164 0.174 0.109 0.080 0.041 0.027 40 N 0.022 0.026 0.022 0.056 0.057 0.078 0.153 0.129 0.166 0.159 0.132 41 W 0.053 0.043 0.016 0.066 0.079 0.108 0.185 0.130 0.129 0.101 0.090 42 D 0.129 0.109 0.050 0.129 0.096 0.095 0.124 0.078 0.082 0.061 0.047 43 D 0.081 0.076 0.042 0.116 0.108 0.114 0.157 0.091 0.081 0.072 0.063 44 T 0.160 0.120 0.048 0.115 0.097 0.094 0.116 0.075 0.076 0.055 0.044 45 D 0.128 0.115 0.046 0.134 0.106 0.099 0.123 0.073 0.074 0.057 0.046 46 E 0.146 0.123 0.049 0.143 0.119 0.104 0.119 0.067 0.058 0.043 0.031 47 N 0.122 0.085 0.044 0.128 0.110 0.103 0.130 0.082 0.085 0.065 0.047 48 G 0.131 0.100 0.066 0.146 0.123 0.110 0.125 0.069 0.064 0.041 0.025 49 V 0.054 0.046 0.051 0.118 0.105 0.101 0.162 0.100 0.105 0.090 0.068 50 C 0.067 0.049 0.052 0.093 0.089 0.101 0.181 0.119 0.106 0.084 0.059 51 T 0.079 0.136 0.099 0.181 0.126 0.101 0.110 0.068 0.049 0.031 0.020 52 A 0.073 0.092 0.058 0.100 0.102 0.119 0.170 0.112 0.088 0.054 0.032 53 T 0.428 0.143 0.083 0.146 0.098 0.048 0.029 0.013 0.008 0.003 0.001 54 E 0.477 0.133 0.097 0.123 0.064 0.045 0.033 0.014 0.009 0.004 0.001 55 D 0.049 0.267 0.088 0.127 0.121 0.116 0.098 0.071 0.042 0.016 0.006 56 Y 0.004 0.008 0.011 0.033 0.059 0.146 0.321 0.171 0.120 0.076 0.052 57 K 0.255 0.073 0.442 0.162 0.046 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 58 D 0.008 0.037 0.087 0.235 0.218 0.205 0.150 0.045 0.011 0.003 0.001 59 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.042 0.197 0.333 0.415 60 V 0.001 0.005 0.027 0.077 0.238 0.307 0.260 0.056 0.018 0.009 0.002 61 A 0.006 0.012 0.872 0.076 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.008 0.015 0.024 0.073 0.357 0.247 0.147 0.083 0.044 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.093 0.220 0.330 0.315 64 D 0.005 0.030 0.352 0.308 0.169 0.073 0.047 0.008 0.004 0.002 0.001 65 Q 0.026 0.053 0.450 0.179 0.119 0.089 0.052 0.021 0.007 0.004 0.001 66 I 0.005 0.003 0.003 0.006 0.010 0.031 0.149 0.205 0.240 0.205 0.144 67 G 0.295 0.321 0.058 0.141 0.089 0.049 0.021 0.016 0.006 0.002 0.001 68 I 0.003 0.003 0.003 0.004 0.012 0.030 0.070 0.144 0.218 0.255 0.257 69 P 0.273 0.351 0.054 0.189 0.089 0.030 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 70 Y 0.009 0.006 0.004 0.019 0.020 0.033 0.098 0.095 0.193 0.258 0.264 71 Y 0.076 0.133 0.042 0.159 0.134 0.097 0.118 0.079 0.067 0.053 0.042 72 S 0.017 0.029 0.020 0.118 0.099 0.119 0.200 0.133 0.128 0.087 0.049 73 V 0.073 0.043 0.068 0.077 0.085 0.100 0.131 0.127 0.119 0.110 0.068 74 N 0.112 0.187 0.073 0.270 0.144 0.089 0.067 0.032 0.017 0.006 0.003 75 F 0.005 0.008 0.005 0.008 0.013 0.027 0.091 0.138 0.213 0.255 0.237 76 E 0.159 0.198 0.068 0.213 0.175 0.096 0.055 0.020 0.010 0.004 0.002 77 K 0.404 0.134 0.191 0.148 0.066 0.032 0.014 0.005 0.004 0.002 0.001 78 E 0.169 0.091 0.078 0.162 0.135 0.127 0.134 0.056 0.029 0.014 0.006 79 Y 0.018 0.036 0.028 0.040 0.039 0.067 0.181 0.178 0.190 0.133 0.090 80 W 0.017 0.040 0.103 0.132 0.144 0.161 0.188 0.094 0.058 0.040 0.021 81 D 0.118 0.084 0.487 0.161 0.078 0.041 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 82 R 0.077 0.072 0.099 0.196 0.147 0.149 0.156 0.060 0.027 0.012 0.004 83 V 0.014 0.019 0.020 0.023 0.025 0.044 0.133 0.172 0.223 0.190 0.138 84 F 0.029 0.039 0.058 0.114 0.137 0.162 0.214 0.109 0.070 0.043 0.025 85 E 0.173 0.105 0.478 0.145 0.060 0.024 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 86 Y 0.035 0.040 0.057 0.112 0.116 0.159 0.242 0.113 0.067 0.039 0.021 87 F 0.028 0.047 0.029 0.044 0.043 0.067 0.176 0.185 0.174 0.123 0.084 88 L 0.040 0.059 0.078 0.167 0.161 0.147 0.161 0.082 0.051 0.034 0.019 89 A 0.261 0.125 0.359 0.132 0.068 0.032 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 90 E 0.103 0.074 0.072 0.195 0.151 0.130 0.146 0.064 0.038 0.019 0.008 91 Y 0.016 0.015 0.015 0.019 0.028 0.054 0.166 0.167 0.199 0.180 0.142 92 R 0.064 0.144 0.142 0.279 0.156 0.086 0.070 0.030 0.015 0.009 0.004 93 A 0.138 0.115 0.224 0.149 0.121 0.097 0.070 0.040 0.023 0.015 0.007 94 G 0.344 0.154 0.093 0.138 0.096 0.068 0.050 0.026 0.018 0.009 0.004 95 R 0.266 0.164 0.039 0.108 0.103 0.094 0.085 0.065 0.043 0.022 0.010 96 T 0.062 0.049 0.018 0.041 0.063 0.089 0.123 0.168 0.163 0.123 0.101 97 P 0.213 0.218 0.079 0.185 0.115 0.078 0.048 0.030 0.019 0.009 0.007 98 N 0.079 0.076 0.046 0.118 0.113 0.109 0.119 0.093 0.097 0.084 0.065 99 P 0.041 0.057 0.018 0.074 0.083 0.097 0.144 0.127 0.145 0.115 0.099 100 D 0.037 0.044 0.020 0.115 0.108 0.124 0.171 0.118 0.120 0.083 0.061 101 V 0.052 0.040 0.046 0.104 0.099 0.103 0.150 0.119 0.120 0.100 0.065 102 M 0.039 0.058 0.058 0.155 0.121 0.103 0.146 0.106 0.096 0.068 0.050 103 C 0.005 0.009 0.009 0.016 0.021 0.036 0.112 0.147 0.219 0.229 0.197 104 N 0.059 0.107 0.095 0.182 0.181 0.140 0.111 0.055 0.037 0.022 0.012 105 K 0.113 0.120 0.150 0.204 0.135 0.111 0.087 0.038 0.025 0.012 0.004 106 E 0.181 0.095 0.096 0.172 0.144 0.117 0.099 0.051 0.029 0.013 0.004 107 I 0.018 0.014 0.017 0.028 0.029 0.062 0.176 0.181 0.192 0.165 0.117 108 K 0.013 0.106 0.132 0.152 0.161 0.156 0.123 0.073 0.047 0.024 0.011 109 F 0.003 0.008 0.040 0.056 0.065 0.132 0.252 0.132 0.127 0.110 0.075 110 K 0.114 0.064 0.257 0.236 0.143 0.091 0.060 0.019 0.009 0.005 0.001 111 A 0.006 0.017 0.032 0.123 0.094 0.136 0.288 0.152 0.083 0.049 0.020 112 F 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.006 0.033 0.081 0.228 0.324 0.317 113 L 0.002 0.006 0.031 0.066 0.144 0.229 0.298 0.110 0.063 0.037 0.014 114 D 0.027 0.037 0.699 0.133 0.060 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 115 Y 0.002 0.003 0.010 0.040 0.052 0.114 0.419 0.191 0.094 0.050 0.025 116 A 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.005 0.033 0.066 0.200 0.319 0.364 117 I 0.007 0.028 0.174 0.191 0.197 0.161 0.167 0.039 0.019 0.012 0.005 118 T 0.037 0.080 0.611 0.123 0.074 0.042 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 119 L 0.018 0.013 0.011 0.030 0.044 0.118 0.299 0.221 0.125 0.076 0.046 120 G 0.346 0.314 0.085 0.113 0.068 0.035 0.017 0.013 0.007 0.002 0.001 121 A 0.003 0.003 0.004 0.010 0.018 0.044 0.117 0.130 0.200 0.224 0.246 122 D 0.075 0.127 0.101 0.242 0.205 0.125 0.070 0.027 0.016 0.007 0.005 123 Y 0.001 0.003 0.007 0.033 0.040 0.064 0.199 0.152 0.175 0.188 0.138 124 V 0.002 0.003 0.009 0.018 0.022 0.026 0.072 0.126 0.184 0.252 0.287 125 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.015 0.058 0.134 0.263 0.276 0.242 126 T 0.004 0.012 0.037 0.065 0.096 0.108 0.151 0.160 0.152 0.119 0.097 127 G 0.005 0.007 0.016 0.028 0.043 0.070 0.147 0.144 0.215 0.175 0.150 128 H 0.018 0.025 0.019 0.067 0.072 0.088 0.183 0.150 0.155 0.125 0.098 129 Y 0.019 0.033 0.021 0.071 0.070 0.087 0.182 0.143 0.147 0.125 0.101 130 A 0.031 0.031 0.026 0.062 0.074 0.100 0.176 0.133 0.143 0.123 0.101 131 R 0.168 0.143 0.106 0.206 0.149 0.095 0.068 0.029 0.021 0.011 0.005 132 V 0.059 0.044 0.041 0.094 0.089 0.106 0.193 0.117 0.111 0.088 0.058 133 A 0.084 0.074 0.051 0.110 0.099 0.099 0.162 0.105 0.093 0.070 0.053 134 R 0.083 0.097 0.085 0.138 0.109 0.108 0.145 0.085 0.071 0.049 0.030 135 D 0.123 0.146 0.135 0.186 0.141 0.100 0.081 0.039 0.025 0.016 0.009 136 E 0.196 0.120 0.070 0.134 0.113 0.107 0.112 0.062 0.046 0.026 0.013 137 D 0.268 0.161 0.078 0.148 0.112 0.082 0.063 0.039 0.028 0.014 0.007 138 G 0.057 0.064 0.040 0.078 0.094 0.123 0.168 0.134 0.116 0.077 0.050 139 T 0.048 0.071 0.062 0.140 0.131 0.127 0.144 0.099 0.082 0.056 0.040 140 V 0.040 0.035 0.065 0.103 0.106 0.120 0.172 0.111 0.109 0.084 0.054 141 H 0.045 0.056 0.091 0.181 0.138 0.117 0.143 0.084 0.066 0.049 0.031 142 M 0.007 0.011 0.017 0.032 0.036 0.055 0.148 0.145 0.193 0.199 0.158 143 L 0.032 0.041 0.044 0.087 0.095 0.105 0.168 0.140 0.120 0.101 0.068 144 R 0.111 0.114 0.109 0.183 0.138 0.111 0.099 0.055 0.041 0.025 0.015 145 G 0.198 0.143 0.082 0.132 0.112 0.097 0.093 0.056 0.046 0.027 0.015 146 V 0.153 0.097 0.029 0.106 0.105 0.107 0.146 0.094 0.079 0.050 0.034 147 D 0.278 0.137 0.061 0.106 0.088 0.079 0.085 0.059 0.052 0.033 0.022 148 N 0.171 0.184 0.076 0.198 0.134 0.090 0.071 0.036 0.021 0.011 0.007 149 G 0.121 0.099 0.057 0.084 0.084 0.086 0.118 0.102 0.107 0.081 0.059 150 K 0.166 0.121 0.049 0.165 0.138 0.112 0.105 0.057 0.043 0.026 0.017 151 D 0.209 0.160 0.120 0.172 0.119 0.083 0.059 0.030 0.026 0.014 0.007 152 Q 0.037 0.049 0.037 0.113 0.114 0.129 0.192 0.119 0.093 0.071 0.046 153 T 0.045 0.042 0.040 0.078 0.081 0.102 0.160 0.139 0.140 0.104 0.068 154 Y 0.037 0.042 0.072 0.119 0.115 0.122 0.157 0.110 0.098 0.075 0.051 155 F 0.033 0.066 0.078 0.149 0.132 0.124 0.158 0.102 0.074 0.052 0.033 156 L 0.012 0.011 0.014 0.032 0.042 0.061 0.145 0.145 0.193 0.189 0.156 157 S 0.149 0.082 0.096 0.150 0.124 0.103 0.116 0.062 0.058 0.037 0.022 158 Q 0.135 0.131 0.121 0.227 0.140 0.089 0.077 0.037 0.024 0.014 0.006 159 L 0.024 0.024 0.013 0.026 0.039 0.070 0.174 0.182 0.177 0.149 0.124 160 S 0.215 0.240 0.069 0.161 0.105 0.073 0.061 0.036 0.022 0.011 0.007 161 Q 0.364 0.174 0.117 0.143 0.094 0.052 0.029 0.013 0.009 0.004 0.002 162 E 0.500 0.134 0.080 0.101 0.075 0.048 0.031 0.014 0.010 0.005 0.002 163 Q 0.130 0.131 0.049 0.137 0.115 0.118 0.146 0.077 0.055 0.027 0.014 164 L 0.032 0.059 0.067 0.102 0.099 0.117 0.174 0.125 0.101 0.075 0.050 165 Q 0.058 0.065 0.161 0.171 0.137 0.128 0.126 0.065 0.043 0.029 0.017 166 K 0.071 0.086 0.182 0.216 0.162 0.122 0.084 0.039 0.022 0.011 0.004 167 T 0.009 0.012 0.022 0.039 0.047 0.074 0.166 0.158 0.189 0.169 0.114 168 M 0.012 0.013 0.020 0.041 0.057 0.090 0.183 0.165 0.174 0.142 0.103 169 F 0.021 0.040 0.108 0.144 0.130 0.120 0.150 0.101 0.083 0.063 0.040 170 P 0.020 0.035 0.052 0.095 0.093 0.106 0.180 0.151 0.114 0.092 0.062 171 L 0.018 0.016 0.013 0.031 0.042 0.061 0.127 0.148 0.200 0.180 0.163 172 G 0.154 0.113 0.086 0.162 0.127 0.101 0.108 0.053 0.051 0.029 0.017 173 H 0.183 0.131 0.089 0.218 0.148 0.085 0.070 0.035 0.021 0.013 0.006 174 L 0.081 0.042 0.019 0.037 0.046 0.083 0.167 0.166 0.159 0.114 0.087 175 E 0.102 0.413 0.066 0.165 0.098 0.063 0.042 0.027 0.015 0.006 0.003 176 K 0.057 0.067 0.038 0.110 0.127 0.165 0.192 0.097 0.072 0.046 0.029 177 P 0.571 0.125 0.096 0.111 0.055 0.023 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 178 E 0.051 0.086 0.038 0.242 0.205 0.169 0.137 0.049 0.016 0.005 0.001 179 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 0.022 0.055 0.205 0.328 0.377 180 R 0.004 0.009 0.052 0.088 0.183 0.240 0.263 0.081 0.044 0.027 0.010 181 R 0.008 0.027 0.583 0.191 0.081 0.052 0.033 0.013 0.007 0.004 0.001 182 L 0.001 0.003 0.017 0.024 0.034 0.087 0.303 0.223 0.142 0.105 0.062 183 A 0.005 0.004 0.012 0.008 0.011 0.025 0.102 0.174 0.251 0.242 0.165