# TARGET T0316 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2231 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.010 0.014 0.016 0.017 0.020 0.017 0.005 0.001 0.002 0.823 2 S 0.029 0.002 0.005 0.017 0.030 0.031 0.080 0.002 0.001 0.002 0.802 3 D 0.039 0.001 0.004 0.014 0.012 0.018 0.060 0.001 0.001 0.003 0.849 4 N 0.019 0.001 0.001 0.016 0.013 0.016 0.150 0.001 0.001 0.003 0.780 5 S 0.083 0.001 0.001 0.008 0.005 0.006 0.188 0.001 0.001 0.015 0.693 6 K 0.210 0.002 0.001 0.015 0.006 0.007 0.201 0.001 0.001 0.033 0.524 7 T 0.242 0.001 0.008 0.059 0.027 0.021 0.229 0.001 0.001 0.042 0.370 8 R 0.052 0.001 0.018 0.300 0.117 0.109 0.155 0.001 0.001 0.016 0.233 9 V 0.001 0.001 0.002 0.519 0.215 0.227 0.015 0.001 0.001 0.001 0.021 10 V 0.001 0.001 0.001 0.634 0.162 0.194 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 11 V 0.001 0.001 0.001 0.678 0.141 0.173 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 12 G 0.001 0.001 0.001 0.813 0.065 0.115 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 13 M 0.001 0.001 0.001 0.792 0.078 0.111 0.007 0.001 0.001 0.001 0.013 14 S 0.001 0.001 0.001 0.549 0.100 0.204 0.043 0.001 0.001 0.003 0.099 15 G 0.004 0.002 0.001 0.179 0.038 0.110 0.173 0.001 0.001 0.009 0.483 16 G 0.038 0.002 0.002 0.037 0.011 0.020 0.307 0.001 0.001 0.026 0.556 17 V 0.079 0.011 0.037 0.022 0.006 0.014 0.290 0.001 0.001 0.014 0.526 18 D 0.014 0.023 0.002 0.017 0.006 0.013 0.194 0.001 0.001 0.002 0.728 19 S 0.042 0.051 0.001 0.004 0.002 0.003 0.077 0.001 0.001 0.003 0.817 20 S 0.017 0.178 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.001 0.001 0.001 0.701 21 V 0.007 0.404 0.001 0.001 0.001 0.001 0.236 0.002 0.001 0.002 0.346 22 T 0.003 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.031 23 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 24 L 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 28 E 0.088 0.877 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.016 29 Q 0.071 0.564 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.325 0.001 0.001 0.033 30 G 0.490 0.036 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.389 0.001 0.002 0.068 31 Y 0.003 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 32 D 0.003 0.001 0.018 0.390 0.050 0.034 0.094 0.001 0.001 0.001 0.409 33 V 0.006 0.001 0.010 0.236 0.008 0.015 0.016 0.001 0.001 0.001 0.708 34 I 0.001 0.001 0.001 0.896 0.041 0.050 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 35 G 0.002 0.001 0.001 0.597 0.026 0.039 0.023 0.001 0.001 0.001 0.311 36 I 0.001 0.001 0.001 0.887 0.047 0.054 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 37 F 0.001 0.001 0.001 0.544 0.086 0.152 0.038 0.001 0.001 0.002 0.177 38 M 0.002 0.001 0.001 0.430 0.141 0.219 0.031 0.001 0.001 0.003 0.172 39 K 0.003 0.001 0.001 0.135 0.121 0.302 0.100 0.001 0.001 0.005 0.331 40 N 0.016 0.002 0.001 0.060 0.070 0.138 0.103 0.001 0.001 0.011 0.596 41 W 0.030 0.005 0.002 0.030 0.050 0.084 0.179 0.001 0.001 0.014 0.605 42 D 0.045 0.008 0.002 0.014 0.047 0.057 0.181 0.001 0.001 0.014 0.633 43 D 0.098 0.025 0.002 0.013 0.056 0.059 0.234 0.002 0.001 0.018 0.494 44 T 0.123 0.083 0.003 0.012 0.064 0.078 0.272 0.003 0.001 0.020 0.341 45 D 0.099 0.184 0.004 0.013 0.072 0.069 0.201 0.005 0.001 0.020 0.332 46 E 0.146 0.192 0.007 0.006 0.033 0.053 0.244 0.007 0.001 0.035 0.276 47 N 0.221 0.168 0.018 0.010 0.034 0.047 0.200 0.017 0.001 0.034 0.249 48 G 0.225 0.108 0.031 0.013 0.032 0.030 0.169 0.018 0.001 0.028 0.346 49 V 0.115 0.063 0.101 0.014 0.028 0.048 0.179 0.005 0.001 0.016 0.430 50 C 0.033 0.040 0.013 0.035 0.047 0.092 0.115 0.005 0.001 0.005 0.615 51 T 0.068 0.026 0.005 0.026 0.042 0.067 0.104 0.003 0.001 0.007 0.651 52 A 0.091 0.033 0.005 0.013 0.017 0.034 0.133 0.003 0.001 0.006 0.665 53 T 0.074 0.041 0.003 0.016 0.008 0.015 0.212 0.004 0.001 0.010 0.616 54 E 0.084 0.048 0.006 0.008 0.003 0.005 0.277 0.002 0.001 0.013 0.555 55 D 0.101 0.111 0.004 0.007 0.004 0.006 0.446 0.005 0.001 0.009 0.308 56 Y 0.148 0.340 0.005 0.009 0.002 0.004 0.106 0.008 0.001 0.010 0.368 57 K 0.023 0.567 0.002 0.001 0.001 0.001 0.101 0.001 0.001 0.002 0.300 58 D 0.029 0.561 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.007 0.001 0.001 0.339 59 V 0.014 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 60 V 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 61 A 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 62 V 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 63 A 0.007 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.032 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.008 66 I 0.099 0.809 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.001 0.001 0.007 67 G 0.384 0.067 0.028 0.001 0.001 0.001 0.003 0.451 0.001 0.002 0.063 68 I 0.003 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 69 P 0.001 0.001 0.005 0.019 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.964 70 Y 0.005 0.001 0.006 0.149 0.006 0.011 0.034 0.001 0.001 0.001 0.787 71 Y 0.017 0.001 0.001 0.752 0.028 0.040 0.059 0.001 0.001 0.003 0.100 72 S 0.021 0.001 0.001 0.461 0.012 0.019 0.042 0.001 0.001 0.003 0.441 73 V 0.004 0.001 0.001 0.845 0.016 0.033 0.027 0.001 0.001 0.001 0.072 74 N 0.015 0.002 0.001 0.390 0.025 0.050 0.165 0.001 0.001 0.005 0.348 75 F 0.014 0.004 0.002 0.136 0.021 0.042 0.079 0.001 0.001 0.006 0.695 76 E 0.013 0.010 0.001 0.060 0.033 0.084 0.331 0.001 0.001 0.007 0.461 77 K 0.055 0.034 0.001 0.013 0.007 0.016 0.160 0.001 0.001 0.010 0.703 78 E 0.127 0.223 0.001 0.004 0.006 0.007 0.097 0.002 0.001 0.004 0.529 79 Y 0.161 0.470 0.003 0.006 0.013 0.022 0.098 0.004 0.001 0.009 0.213 80 W 0.081 0.726 0.006 0.005 0.008 0.023 0.021 0.003 0.001 0.002 0.125 81 D 0.035 0.617 0.002 0.002 0.004 0.009 0.009 0.008 0.001 0.001 0.313 82 R 0.170 0.626 0.002 0.002 0.004 0.004 0.007 0.014 0.001 0.001 0.170 83 V 0.178 0.623 0.012 0.003 0.005 0.006 0.019 0.020 0.001 0.002 0.132 84 F 0.051 0.642 0.031 0.011 0.012 0.018 0.019 0.009 0.001 0.001 0.206 85 E 0.070 0.436 0.005 0.011 0.006 0.019 0.031 0.010 0.001 0.001 0.409 86 Y 0.232 0.377 0.013 0.010 0.007 0.010 0.017 0.008 0.001 0.001 0.325 87 F 0.122 0.452 0.010 0.015 0.007 0.013 0.037 0.008 0.001 0.002 0.336 88 L 0.030 0.356 0.010 0.020 0.010 0.031 0.059 0.003 0.001 0.002 0.479 89 A 0.027 0.354 0.001 0.007 0.006 0.008 0.025 0.002 0.001 0.001 0.570 90 E 0.133 0.541 0.001 0.007 0.011 0.018 0.056 0.009 0.001 0.002 0.222 91 Y 0.112 0.687 0.004 0.005 0.006 0.013 0.018 0.008 0.001 0.002 0.145 92 R 0.118 0.665 0.011 0.002 0.005 0.009 0.012 0.004 0.001 0.001 0.172 93 A 0.080 0.469 0.005 0.007 0.015 0.025 0.019 0.029 0.001 0.001 0.350 94 G 0.308 0.058 0.002 0.008 0.014 0.006 0.016 0.139 0.001 0.002 0.447 95 R 0.321 0.025 0.487 0.007 0.002 0.003 0.018 0.005 0.001 0.005 0.127 96 T 0.028 0.006 0.021 0.085 0.059 0.050 0.220 0.011 0.001 0.002 0.519 97 P 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.988 98 N 0.012 0.001 0.001 0.109 0.023 0.050 0.444 0.001 0.001 0.003 0.358 99 P 0.033 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 0.943 100 D 0.035 0.002 0.001 0.106 0.008 0.013 0.261 0.001 0.001 0.005 0.570 101 V 0.229 0.003 0.002 0.079 0.008 0.015 0.129 0.001 0.001 0.018 0.519 102 M 0.065 0.033 0.001 0.165 0.017 0.026 0.240 0.001 0.001 0.004 0.448 103 C 0.058 0.040 0.003 0.040 0.012 0.029 0.187 0.001 0.001 0.006 0.625 104 N 0.060 0.185 0.002 0.053 0.015 0.046 0.151 0.002 0.001 0.006 0.481 105 K 0.052 0.230 0.001 0.005 0.005 0.008 0.131 0.002 0.001 0.004 0.561 106 E 0.068 0.534 0.002 0.003 0.003 0.006 0.092 0.003 0.001 0.003 0.286 107 I 0.033 0.755 0.002 0.002 0.002 0.002 0.022 0.002 0.001 0.001 0.179 108 K 0.023 0.901 0.002 0.001 0.001 0.002 0.019 0.002 0.001 0.001 0.049 109 F 0.010 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.029 110 K 0.005 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.047 111 A 0.011 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.025 112 F 0.002 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 113 L 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 114 D 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 115 Y 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 116 A 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 117 I 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 118 T 0.026 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 119 L 0.095 0.726 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.001 0.001 0.020 120 G 0.602 0.069 0.030 0.001 0.001 0.001 0.005 0.220 0.001 0.004 0.067 121 A 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 122 D 0.004 0.003 0.007 0.389 0.064 0.051 0.068 0.003 0.001 0.001 0.412 123 Y 0.045 0.002 0.009 0.550 0.020 0.022 0.025 0.001 0.001 0.003 0.324 124 V 0.003 0.006 0.001 0.746 0.040 0.084 0.044 0.001 0.001 0.001 0.075 125 A 0.003 0.003 0.001 0.849 0.035 0.049 0.020 0.001 0.001 0.001 0.040 126 T 0.008 0.014 0.001 0.612 0.038 0.074 0.055 0.001 0.001 0.002 0.195 127 G 0.031 0.017 0.002 0.375 0.066 0.098 0.061 0.002 0.001 0.008 0.340 128 H 0.033 0.028 0.003 0.083 0.027 0.060 0.334 0.001 0.001 0.012 0.418 129 Y 0.045 0.028 0.005 0.043 0.031 0.055 0.203 0.003 0.001 0.012 0.574 130 A 0.059 0.125 0.010 0.027 0.020 0.044 0.118 0.002 0.001 0.006 0.590 131 R 0.055 0.194 0.002 0.014 0.021 0.051 0.096 0.005 0.001 0.009 0.553 132 V 0.194 0.324 0.005 0.004 0.008 0.016 0.045 0.004 0.001 0.004 0.395 133 A 0.113 0.531 0.003 0.006 0.015 0.014 0.020 0.009 0.001 0.001 0.286 134 R 0.096 0.592 0.006 0.009 0.024 0.034 0.023 0.010 0.001 0.003 0.204 135 D 0.072 0.523 0.008 0.009 0.022 0.036 0.048 0.016 0.001 0.003 0.263 136 E 0.183 0.462 0.013 0.008 0.008 0.014 0.037 0.022 0.001 0.003 0.249 137 D 0.217 0.334 0.030 0.010 0.009 0.012 0.077 0.023 0.001 0.008 0.280 138 G 0.138 0.206 0.064 0.019 0.023 0.026 0.144 0.013 0.001 0.015 0.353 139 T 0.060 0.215 0.029 0.027 0.023 0.044 0.188 0.006 0.001 0.007 0.401 140 V 0.035 0.214 0.005 0.032 0.030 0.026 0.060 0.005 0.001 0.003 0.592 141 H 0.082 0.324 0.004 0.015 0.020 0.038 0.131 0.004 0.001 0.009 0.372 142 M 0.098 0.485 0.008 0.026 0.047 0.091 0.074 0.011 0.001 0.008 0.152 143 L 0.116 0.531 0.007 0.022 0.027 0.054 0.030 0.015 0.001 0.005 0.192 144 R 0.132 0.292 0.014 0.012 0.015 0.026 0.038 0.023 0.001 0.004 0.445 145 G 0.246 0.105 0.020 0.017 0.020 0.019 0.043 0.042 0.001 0.007 0.483 146 V 0.177 0.094 0.137 0.021 0.011 0.018 0.107 0.008 0.001 0.009 0.419 147 D 0.024 0.051 0.010 0.028 0.020 0.027 0.151 0.006 0.001 0.003 0.680 148 N 0.065 0.045 0.004 0.019 0.012 0.016 0.092 0.003 0.001 0.006 0.738 149 G 0.137 0.047 0.003 0.011 0.012 0.015 0.322 0.005 0.001 0.024 0.423 150 K 0.262 0.113 0.022 0.015 0.010 0.017 0.207 0.004 0.001 0.022 0.328 151 D 0.066 0.174 0.004 0.027 0.017 0.022 0.141 0.012 0.001 0.009 0.528 152 Q 0.264 0.197 0.008 0.018 0.020 0.022 0.098 0.014 0.001 0.023 0.336 153 T 0.319 0.191 0.016 0.016 0.017 0.024 0.113 0.022 0.001 0.014 0.268 154 Y 0.079 0.104 0.060 0.035 0.030 0.036 0.054 0.008 0.001 0.006 0.588 155 F 0.037 0.064 0.009 0.044 0.068 0.104 0.159 0.005 0.001 0.007 0.502 156 L 0.107 0.102 0.013 0.066 0.081 0.149 0.072 0.006 0.001 0.010 0.394 157 S 0.069 0.169 0.004 0.106 0.087 0.142 0.093 0.012 0.001 0.005 0.312 158 Q 0.142 0.073 0.008 0.038 0.034 0.044 0.093 0.012 0.001 0.010 0.545 159 L 0.218 0.097 0.019 0.071 0.055 0.086 0.153 0.010 0.001 0.015 0.276 160 S 0.061 0.054 0.009 0.037 0.035 0.038 0.231 0.008 0.001 0.010 0.518 161 Q 0.039 0.040 0.005 0.010 0.009 0.010 0.146 0.002 0.001 0.009 0.731 162 E 0.092 0.053 0.004 0.009 0.009 0.016 0.394 0.005 0.001 0.034 0.385 163 Q 0.256 0.065 0.007 0.010 0.018 0.020 0.393 0.008 0.001 0.045 0.178 164 L 0.146 0.207 0.021 0.021 0.031 0.045 0.147 0.005 0.001 0.013 0.364 165 Q 0.068 0.230 0.009 0.044 0.072 0.105 0.050 0.004 0.001 0.004 0.413 166 K 0.083 0.125 0.004 0.054 0.120 0.139 0.040 0.009 0.001 0.003 0.422 167 T 0.096 0.105 0.008 0.065 0.125 0.185 0.050 0.014 0.001 0.004 0.349 168 M 0.074 0.088 0.018 0.167 0.132 0.262 0.045 0.011 0.001 0.004 0.198 169 F 0.022 0.026 0.008 0.171 0.120 0.245 0.059 0.002 0.001 0.002 0.346 170 P 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.965 171 L 0.017 0.005 0.001 0.131 0.063 0.249 0.102 0.001 0.001 0.004 0.426 172 G 0.151 0.020 0.001 0.075 0.035 0.059 0.061 0.002 0.001 0.004 0.591 173 H 0.239 0.049 0.001 0.035 0.020 0.021 0.055 0.004 0.001 0.003 0.574 174 L 0.305 0.031 0.015 0.051 0.019 0.050 0.068 0.003 0.001 0.007 0.452 175 E 0.090 0.016 0.007 0.044 0.023 0.044 0.155 0.004 0.001 0.003 0.613 176 K 0.038 0.005 0.013 0.015 0.004 0.014 0.054 0.001 0.001 0.002 0.855 177 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.987 178 E 0.015 0.004 0.001 0.017 0.009 0.014 0.354 0.001 0.001 0.003 0.583 179 V 0.208 0.107 0.001 0.015 0.006 0.017 0.113 0.001 0.001 0.006 0.526 180 R 0.059 0.688 0.001 0.026 0.016 0.028 0.039 0.001 0.001 0.002 0.140 181 R 0.100 0.619 0.001 0.004 0.003 0.012 0.028 0.002 0.001 0.002 0.230 182 L 0.137 0.711 0.001 0.006 0.009 0.010 0.004 0.011 0.001 0.001 0.109 183 A 0.102 0.734 0.011 0.004 0.005 0.007 0.006 0.009 0.001 0.001 0.121