# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2231 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.002 0.009 0.005 0.006 0.975 2 S 0.014 0.015 0.010 0.031 0.010 0.030 0.890 3 D 0.024 0.020 0.093 0.054 0.102 0.203 0.504 4 N 0.013 0.001 0.148 0.014 0.110 0.309 0.404 5 S 0.014 0.004 0.183 0.009 0.157 0.428 0.205 6 K 0.044 0.006 0.052 0.002 0.268 0.197 0.432 7 T 0.158 0.006 0.009 0.001 0.193 0.049 0.584 8 R 0.720 0.007 0.001 0.001 0.052 0.008 0.213 9 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 10 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 11 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 13 M 0.911 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.074 14 S 0.440 0.009 0.008 0.002 0.099 0.020 0.423 15 G 0.090 0.005 0.015 0.003 0.453 0.053 0.381 16 G 0.030 0.010 0.080 0.060 0.387 0.179 0.256 17 V 0.006 0.007 0.154 0.493 0.103 0.168 0.070 18 D 0.002 0.002 0.100 0.776 0.017 0.061 0.041 19 S 0.001 0.001 0.012 0.974 0.001 0.007 0.006 20 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 21 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 22 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 27 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 28 E 0.001 0.001 0.003 0.951 0.002 0.044 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.004 0.148 0.005 0.841 0.002 30 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.958 0.028 31 Y 0.007 0.001 0.001 0.001 0.039 0.005 0.948 32 D 0.512 0.010 0.002 0.001 0.084 0.010 0.381 33 V 0.940 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.056 34 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 35 G 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 36 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 37 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 38 M 0.880 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.112 39 K 0.497 0.004 0.002 0.001 0.097 0.018 0.382 40 N 0.196 0.007 0.016 0.005 0.190 0.054 0.532 41 W 0.120 0.027 0.137 0.042 0.178 0.147 0.350 42 D 0.072 0.014 0.187 0.070 0.161 0.217 0.279 43 D 0.053 0.015 0.188 0.079 0.175 0.249 0.241 44 T 0.072 0.028 0.087 0.075 0.197 0.166 0.373 45 D 0.044 0.012 0.093 0.087 0.223 0.352 0.189 46 E 0.027 0.009 0.085 0.076 0.142 0.547 0.113 47 N 0.039 0.018 0.068 0.056 0.202 0.372 0.244 48 G 0.042 0.019 0.026 0.027 0.129 0.094 0.662 49 V 0.103 0.062 0.024 0.026 0.065 0.055 0.665 50 C 0.118 0.078 0.029 0.038 0.130 0.073 0.533 51 T 0.058 0.026 0.023 0.038 0.172 0.088 0.596 52 A 0.032 0.015 0.030 0.092 0.202 0.089 0.540 53 T 0.010 0.005 0.069 0.580 0.095 0.090 0.150 54 E 0.006 0.005 0.060 0.740 0.059 0.066 0.065 55 D 0.004 0.007 0.028 0.791 0.027 0.040 0.104 56 Y 0.001 0.001 0.006 0.981 0.001 0.005 0.006 57 K 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 58 D 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 59 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.003 0.001 60 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.002 0.970 0.001 0.027 0.001 66 I 0.001 0.001 0.005 0.597 0.007 0.387 0.004 67 G 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.927 0.048 68 I 0.007 0.002 0.001 0.001 0.031 0.001 0.958 69 P 0.128 0.004 0.001 0.001 0.035 0.003 0.829 70 Y 0.844 0.009 0.003 0.001 0.026 0.005 0.113 71 Y 0.969 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.022 72 S 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 73 V 0.931 0.005 0.001 0.002 0.006 0.001 0.054 74 N 0.443 0.006 0.001 0.002 0.047 0.008 0.492 75 F 0.062 0.005 0.048 0.079 0.101 0.186 0.520 76 E 0.031 0.009 0.108 0.292 0.108 0.146 0.306 77 K 0.006 0.001 0.148 0.687 0.045 0.056 0.056 78 E 0.005 0.003 0.067 0.837 0.011 0.047 0.029 79 Y 0.004 0.002 0.029 0.895 0.007 0.047 0.017 80 W 0.002 0.001 0.015 0.941 0.005 0.023 0.013 81 D 0.001 0.001 0.009 0.963 0.003 0.020 0.004 82 R 0.001 0.001 0.009 0.960 0.003 0.019 0.006 83 V 0.001 0.001 0.008 0.957 0.004 0.022 0.007 84 F 0.002 0.001 0.008 0.956 0.004 0.023 0.006 85 E 0.001 0.001 0.008 0.959 0.005 0.022 0.004 86 Y 0.002 0.001 0.008 0.942 0.006 0.026 0.015 87 F 0.005 0.002 0.009 0.896 0.010 0.041 0.037 88 L 0.002 0.001 0.015 0.943 0.005 0.016 0.018 89 A 0.002 0.001 0.016 0.954 0.006 0.011 0.011 90 E 0.003 0.001 0.023 0.945 0.004 0.017 0.008 91 Y 0.009 0.003 0.022 0.901 0.010 0.040 0.015 92 R 0.015 0.005 0.030 0.764 0.018 0.125 0.041 93 A 0.005 0.002 0.023 0.277 0.019 0.656 0.018 94 G 0.004 0.002 0.007 0.026 0.045 0.858 0.059 95 R 0.024 0.039 0.009 0.008 0.249 0.093 0.578 96 T 0.046 0.053 0.003 0.001 0.252 0.022 0.623 97 P 0.040 0.051 0.006 0.003 0.261 0.200 0.438 98 N 0.027 0.025 0.007 0.006 0.237 0.137 0.562 99 P 0.033 0.021 0.025 0.061 0.205 0.183 0.472 100 D 0.076 0.025 0.038 0.150 0.167 0.115 0.428 101 V 0.144 0.066 0.056 0.250 0.238 0.061 0.184 102 M 0.150 0.036 0.045 0.356 0.075 0.101 0.237 103 C 0.080 0.029 0.037 0.396 0.086 0.167 0.205 104 N 0.032 0.010 0.040 0.425 0.142 0.096 0.255 105 K 0.012 0.002 0.026 0.757 0.075 0.083 0.046 106 E 0.007 0.001 0.015 0.905 0.010 0.044 0.018 107 I 0.025 0.014 0.008 0.891 0.016 0.014 0.033 108 K 0.016 0.003 0.004 0.907 0.010 0.019 0.042 109 F 0.002 0.001 0.002 0.979 0.003 0.007 0.006 110 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 111 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 112 F 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 117 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 118 T 0.001 0.001 0.001 0.972 0.001 0.026 0.001 119 L 0.001 0.001 0.001 0.502 0.003 0.492 0.001 120 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.980 0.010 121 A 0.012 0.002 0.001 0.001 0.015 0.005 0.965 122 D 0.126 0.001 0.007 0.002 0.684 0.006 0.174 123 Y 0.945 0.001 0.011 0.003 0.015 0.007 0.018 124 V 0.990 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 125 A 0.990 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 126 T 0.893 0.001 0.001 0.005 0.007 0.004 0.089 127 G 0.357 0.003 0.008 0.010 0.186 0.065 0.370 128 H 0.160 0.011 0.026 0.030 0.361 0.133 0.280 129 Y 0.068 0.016 0.100 0.220 0.173 0.160 0.262 130 A 0.048 0.006 0.091 0.576 0.066 0.087 0.126 131 R 0.042 0.004 0.084 0.681 0.035 0.070 0.084 132 V 0.070 0.006 0.079 0.669 0.034 0.062 0.081 133 A 0.114 0.012 0.051 0.642 0.030 0.104 0.048 134 R 0.120 0.012 0.049 0.495 0.045 0.224 0.055 135 D 0.104 0.005 0.038 0.355 0.055 0.241 0.202 136 E 0.107 0.017 0.036 0.352 0.107 0.150 0.232 137 D 0.068 0.013 0.045 0.242 0.112 0.356 0.163 138 G 0.062 0.006 0.046 0.151 0.191 0.352 0.191 139 T 0.098 0.016 0.050 0.392 0.095 0.108 0.242 140 V 0.125 0.028 0.092 0.455 0.066 0.064 0.169 141 H 0.105 0.010 0.159 0.444 0.042 0.102 0.138 142 M 0.088 0.009 0.133 0.496 0.037 0.123 0.113 143 L 0.111 0.021 0.099 0.407 0.078 0.158 0.127 144 R 0.063 0.011 0.058 0.236 0.075 0.441 0.115 145 G 0.058 0.008 0.074 0.116 0.136 0.303 0.305 146 V 0.087 0.029 0.087 0.164 0.173 0.139 0.321 147 D 0.060 0.022 0.140 0.167 0.115 0.242 0.254 148 N 0.029 0.010 0.116 0.126 0.132 0.449 0.138 149 G 0.038 0.012 0.096 0.121 0.145 0.303 0.285 150 K 0.073 0.034 0.119 0.165 0.143 0.213 0.254 151 D 0.095 0.017 0.125 0.130 0.113 0.278 0.242 152 Q 0.118 0.019 0.130 0.153 0.128 0.196 0.256 153 T 0.149 0.032 0.096 0.181 0.141 0.121 0.280 154 Y 0.152 0.030 0.108 0.220 0.150 0.130 0.211 155 F 0.140 0.023 0.101 0.272 0.077 0.111 0.275 156 L 0.065 0.019 0.196 0.347 0.059 0.078 0.236 157 S 0.040 0.008 0.208 0.307 0.101 0.205 0.131 158 Q 0.032 0.011 0.158 0.276 0.092 0.287 0.144 159 L 0.030 0.028 0.037 0.168 0.179 0.055 0.502 160 S 0.020 0.011 0.037 0.146 0.048 0.042 0.697 161 Q 0.003 0.001 0.139 0.710 0.020 0.104 0.024 162 E 0.003 0.001 0.157 0.687 0.013 0.119 0.020 163 Q 0.008 0.004 0.168 0.636 0.019 0.115 0.051 164 L 0.021 0.008 0.062 0.693 0.030 0.083 0.103 165 Q 0.070 0.011 0.080 0.552 0.065 0.063 0.159 166 K 0.157 0.011 0.085 0.505 0.072 0.088 0.084 167 T 0.264 0.016 0.051 0.392 0.059 0.124 0.094 168 M 0.433 0.028 0.036 0.196 0.059 0.068 0.179 169 F 0.500 0.027 0.020 0.083 0.137 0.031 0.201 170 P 0.276 0.036 0.031 0.059 0.053 0.044 0.502 171 L 0.024 0.008 0.436 0.181 0.037 0.139 0.174 172 G 0.017 0.004 0.413 0.078 0.091 0.318 0.079 173 H 0.017 0.006 0.323 0.036 0.116 0.316 0.186 174 L 0.036 0.062 0.010 0.028 0.236 0.028 0.600 175 E 0.021 0.017 0.004 0.022 0.071 0.015 0.850 176 K 0.002 0.001 0.024 0.913 0.010 0.015 0.035 177 P 0.001 0.001 0.019 0.967 0.001 0.007 0.005 178 E 0.001 0.001 0.027 0.964 0.001 0.003 0.004 179 V 0.003 0.001 0.015 0.972 0.001 0.005 0.003 180 R 0.005 0.001 0.023 0.950 0.003 0.015 0.004 181 R 0.009 0.001 0.032 0.863 0.005 0.083 0.008 182 L 0.012 0.003 0.033 0.743 0.014 0.129 0.067 183 A 0.018 0.007 0.026 0.303 0.098 0.055 0.493