# TARGET T0316 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0316.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2231 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.108 0.231 0.367 0.069 0.109 0.027 0.025 0.012 0.037 0.015 0.001 2 S 0.141 0.194 0.518 0.055 0.017 0.044 0.005 0.002 0.016 0.004 0.004 3 D 0.222 0.228 0.249 0.181 0.024 0.038 0.015 0.006 0.029 0.008 0.001 4 N 0.096 0.084 0.132 0.177 0.045 0.044 0.294 0.036 0.067 0.025 0.001 5 S 0.157 0.031 0.113 0.220 0.038 0.020 0.268 0.105 0.009 0.037 0.001 6 K 0.133 0.116 0.171 0.293 0.050 0.029 0.128 0.059 0.013 0.006 0.001 7 T 0.036 0.444 0.339 0.075 0.060 0.017 0.010 0.002 0.014 0.001 0.001 8 R 0.004 0.531 0.350 0.006 0.072 0.018 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 9 V 0.001 0.805 0.157 0.001 0.020 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 10 V 0.001 0.806 0.160 0.001 0.008 0.015 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 11 V 0.001 0.841 0.108 0.001 0.006 0.028 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 12 G 0.002 0.768 0.111 0.001 0.043 0.043 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 13 M 0.017 0.633 0.163 0.021 0.087 0.043 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 14 S 0.024 0.290 0.165 0.030 0.425 0.021 0.007 0.003 0.012 0.021 0.001 15 G 0.084 0.052 0.130 0.220 0.209 0.016 0.077 0.066 0.023 0.121 0.002 16 G 0.074 0.031 0.302 0.023 0.155 0.021 0.026 0.078 0.009 0.273 0.008 17 V 0.789 0.021 0.025 0.126 0.004 0.014 0.009 0.005 0.003 0.003 0.001 18 D 0.805 0.019 0.050 0.064 0.010 0.020 0.014 0.004 0.007 0.006 0.001 19 S 0.986 0.001 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.931 0.002 0.005 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.190 0.004 0.020 0.780 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 G 0.009 0.001 0.004 0.006 0.003 0.001 0.167 0.755 0.002 0.053 0.001 31 Y 0.028 0.187 0.658 0.030 0.052 0.025 0.005 0.001 0.009 0.004 0.001 32 D 0.035 0.165 0.470 0.087 0.020 0.163 0.029 0.003 0.024 0.001 0.003 33 V 0.003 0.678 0.258 0.001 0.025 0.022 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 34 I 0.031 0.822 0.051 0.023 0.019 0.020 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 35 G 0.003 0.660 0.249 0.001 0.065 0.014 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 36 I 0.002 0.884 0.036 0.001 0.034 0.012 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 37 F 0.009 0.596 0.237 0.005 0.023 0.078 0.002 0.001 0.048 0.001 0.001 38 M 0.026 0.568 0.183 0.015 0.062 0.067 0.004 0.001 0.075 0.001 0.001 39 K 0.147 0.134 0.437 0.058 0.013 0.163 0.012 0.001 0.028 0.003 0.005 40 N 0.112 0.227 0.136 0.158 0.103 0.052 0.126 0.010 0.069 0.004 0.004 41 W 0.342 0.157 0.219 0.084 0.091 0.028 0.022 0.018 0.016 0.019 0.004 42 D 0.308 0.170 0.192 0.159 0.039 0.062 0.018 0.010 0.034 0.006 0.002 43 D 0.331 0.127 0.169 0.211 0.035 0.049 0.031 0.009 0.030 0.006 0.002 44 T 0.332 0.114 0.171 0.210 0.029 0.062 0.025 0.009 0.040 0.006 0.001 45 D 0.530 0.043 0.132 0.145 0.016 0.044 0.054 0.007 0.017 0.011 0.001 46 E 0.695 0.029 0.032 0.174 0.006 0.016 0.032 0.006 0.008 0.001 0.001 47 N 0.234 0.032 0.062 0.616 0.007 0.006 0.033 0.003 0.007 0.001 0.001 48 G 0.042 0.009 0.067 0.038 0.037 0.006 0.340 0.406 0.004 0.052 0.001 49 V 0.280 0.304 0.235 0.126 0.016 0.024 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 50 C 0.131 0.228 0.363 0.104 0.046 0.065 0.019 0.003 0.034 0.007 0.001 51 T 0.151 0.136 0.326 0.215 0.072 0.039 0.026 0.012 0.013 0.007 0.001 52 A 0.124 0.211 0.393 0.042 0.160 0.013 0.008 0.007 0.016 0.027 0.001 53 T 0.673 0.047 0.150 0.066 0.022 0.015 0.005 0.008 0.005 0.007 0.002 54 E 0.809 0.022 0.065 0.063 0.018 0.004 0.006 0.006 0.003 0.004 0.001 55 D 0.637 0.028 0.147 0.064 0.018 0.051 0.007 0.004 0.032 0.010 0.001 56 Y 0.979 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 K 0.989 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.966 0.001 0.002 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 59 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Q 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 I 0.116 0.001 0.003 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.567 0.426 0.001 0.003 0.001 68 I 0.001 0.290 0.652 0.001 0.005 0.023 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 69 P 0.009 0.010 0.846 0.002 0.001 0.122 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 70 Y 0.028 0.631 0.174 0.016 0.094 0.028 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 71 Y 0.012 0.807 0.064 0.005 0.055 0.021 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 72 S 0.013 0.423 0.472 0.011 0.016 0.051 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 73 V 0.023 0.714 0.115 0.016 0.059 0.037 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 74 N 0.009 0.123 0.371 0.011 0.034 0.330 0.013 0.001 0.106 0.002 0.001 75 F 0.576 0.050 0.061 0.241 0.014 0.028 0.012 0.003 0.012 0.001 0.001 76 E 0.570 0.077 0.242 0.057 0.014 0.018 0.004 0.002 0.011 0.005 0.001 77 K 0.936 0.004 0.014 0.031 0.002 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 78 E 0.932 0.005 0.015 0.037 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 79 Y 0.888 0.006 0.009 0.082 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 80 W 0.954 0.006 0.013 0.019 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.963 0.002 0.009 0.019 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 R 0.896 0.005 0.009 0.077 0.002 0.003 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 83 V 0.905 0.012 0.016 0.055 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 84 F 0.925 0.013 0.026 0.021 0.002 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 85 E 0.946 0.006 0.010 0.026 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.909 0.009 0.012 0.061 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 87 F 0.889 0.017 0.024 0.048 0.002 0.007 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 88 L 0.943 0.010 0.024 0.013 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 89 A 0.959 0.003 0.016 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.882 0.007 0.014 0.088 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 91 Y 0.708 0.032 0.088 0.134 0.007 0.013 0.008 0.002 0.007 0.001 0.001 92 R 0.654 0.063 0.084 0.098 0.011 0.019 0.042 0.007 0.017 0.005 0.001 93 A 0.256 0.045 0.220 0.368 0.015 0.014 0.059 0.005 0.014 0.004 0.001 94 G 0.027 0.003 0.017 0.024 0.018 0.001 0.145 0.711 0.001 0.053 0.001 95 R 0.161 0.227 0.298 0.206 0.030 0.046 0.013 0.003 0.013 0.003 0.001 96 T 0.006 0.324 0.405 0.001 0.037 0.019 0.010 0.001 0.197 0.001 0.001 97 P 0.492 0.004 0.375 0.031 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 98 N 0.054 0.171 0.313 0.028 0.062 0.099 0.011 0.001 0.259 0.001 0.001 99 P 0.621 0.021 0.258 0.059 0.002 0.024 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 100 D 0.597 0.054 0.147 0.131 0.014 0.026 0.007 0.008 0.013 0.002 0.001 101 V 0.499 0.197 0.123 0.090 0.036 0.024 0.005 0.004 0.020 0.002 0.001 102 M 0.579 0.050 0.167 0.104 0.004 0.064 0.013 0.002 0.014 0.002 0.001 103 C 0.622 0.063 0.081 0.144 0.023 0.021 0.016 0.009 0.014 0.007 0.001 104 N 0.795 0.010 0.049 0.055 0.008 0.012 0.046 0.013 0.003 0.009 0.001 105 K 0.896 0.007 0.012 0.055 0.002 0.006 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 106 E 0.924 0.011 0.008 0.048 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 107 I 0.912 0.032 0.021 0.024 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 108 K 0.962 0.009 0.009 0.008 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 109 F 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 F 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 Y 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 T 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 L 0.202 0.001 0.004 0.792 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.751 0.001 0.003 0.001 121 A 0.002 0.041 0.907 0.001 0.007 0.041 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 122 D 0.655 0.001 0.006 0.335 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 Y 0.002 0.691 0.007 0.001 0.294 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 124 V 0.008 0.925 0.025 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 125 A 0.022 0.689 0.107 0.008 0.092 0.048 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 126 T 0.041 0.617 0.081 0.043 0.122 0.042 0.004 0.001 0.047 0.002 0.001 127 G 0.142 0.122 0.193 0.067 0.253 0.032 0.039 0.064 0.014 0.073 0.002 128 H 0.312 0.226 0.154 0.157 0.074 0.027 0.029 0.003 0.011 0.006 0.001 129 Y 0.265 0.244 0.200 0.103 0.060 0.048 0.035 0.011 0.026 0.006 0.001 130 A 0.508 0.158 0.172 0.041 0.049 0.017 0.023 0.006 0.014 0.011 0.001 131 R 0.744 0.042 0.082 0.068 0.011 0.024 0.015 0.005 0.007 0.002 0.001 132 V 0.682 0.102 0.074 0.092 0.012 0.020 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 133 A 0.574 0.156 0.095 0.115 0.018 0.021 0.006 0.002 0.012 0.001 0.001 134 R 0.370 0.243 0.133 0.154 0.048 0.020 0.011 0.002 0.018 0.002 0.001 135 D 0.291 0.109 0.279 0.093 0.107 0.041 0.030 0.019 0.014 0.015 0.001 136 E 0.600 0.121 0.049 0.174 0.017 0.016 0.005 0.003 0.013 0.002 0.001 137 D 0.302 0.052 0.113 0.383 0.021 0.010 0.089 0.005 0.021 0.004 0.001 138 G 0.085 0.004 0.044 0.035 0.030 0.002 0.067 0.603 0.001 0.129 0.001 139 T 0.296 0.213 0.342 0.064 0.029 0.026 0.005 0.002 0.019 0.004 0.001 140 V 0.596 0.064 0.198 0.069 0.012 0.030 0.013 0.003 0.010 0.005 0.002 141 H 0.571 0.097 0.117 0.125 0.015 0.037 0.017 0.002 0.017 0.001 0.001 142 M 0.473 0.105 0.166 0.183 0.016 0.030 0.011 0.002 0.013 0.001 0.001 143 L 0.371 0.181 0.207 0.135 0.030 0.030 0.017 0.004 0.021 0.003 0.001 144 R 0.214 0.072 0.217 0.181 0.089 0.014 0.112 0.055 0.020 0.026 0.001 145 G 0.164 0.030 0.173 0.049 0.092 0.007 0.040 0.235 0.003 0.207 0.001 146 V 0.479 0.174 0.189 0.094 0.026 0.016 0.004 0.003 0.010 0.005 0.001 147 D 0.430 0.102 0.145 0.149 0.023 0.058 0.047 0.006 0.031 0.007 0.001 148 N 0.337 0.050 0.121 0.279 0.024 0.027 0.123 0.010 0.023 0.004 0.001 149 G 0.338 0.026 0.126 0.123 0.047 0.011 0.081 0.183 0.005 0.058 0.002 150 K 0.615 0.099 0.164 0.074 0.013 0.015 0.008 0.002 0.009 0.002 0.001 151 D 0.343 0.068 0.233 0.190 0.019 0.051 0.059 0.010 0.023 0.003 0.001 152 Q 0.291 0.155 0.227 0.164 0.047 0.037 0.044 0.011 0.020 0.004 0.001 153 T 0.282 0.290 0.210 0.120 0.039 0.024 0.009 0.002 0.020 0.003 0.001 154 Y 0.318 0.226 0.259 0.059 0.054 0.028 0.016 0.004 0.029 0.006 0.001 155 F 0.221 0.102 0.317 0.080 0.022 0.165 0.035 0.004 0.047 0.003 0.003 156 L 0.522 0.095 0.098 0.223 0.009 0.030 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 157 S 0.628 0.082 0.118 0.090 0.038 0.012 0.010 0.008 0.006 0.009 0.001 158 Q 0.361 0.072 0.111 0.245 0.026 0.052 0.080 0.013 0.036 0.002 0.001 159 L 0.253 0.166 0.337 0.149 0.014 0.040 0.010 0.001 0.029 0.001 0.001 160 S 0.228 0.099 0.440 0.057 0.061 0.050 0.015 0.008 0.017 0.024 0.001 161 Q 0.845 0.009 0.026 0.088 0.005 0.005 0.010 0.006 0.002 0.004 0.001 162 E 0.789 0.010 0.032 0.135 0.005 0.005 0.010 0.009 0.004 0.002 0.001 163 Q 0.771 0.017 0.033 0.140 0.004 0.008 0.015 0.003 0.007 0.001 0.001 164 L 0.665 0.034 0.110 0.117 0.006 0.029 0.027 0.003 0.007 0.002 0.002 165 Q 0.542 0.117 0.142 0.110 0.034 0.016 0.022 0.007 0.009 0.002 0.001 166 K 0.537 0.134 0.172 0.058 0.033 0.023 0.024 0.004 0.012 0.002 0.001 167 T 0.488 0.297 0.110 0.059 0.017 0.017 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 168 M 0.378 0.265 0.173 0.095 0.012 0.044 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 169 F 0.130 0.358 0.232 0.003 0.043 0.012 0.013 0.001 0.204 0.005 0.001 170 P 0.447 0.005 0.431 0.006 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 171 L 0.400 0.036 0.233 0.269 0.004 0.033 0.009 0.003 0.008 0.001 0.003 172 G 0.199 0.040 0.114 0.102 0.102 0.004 0.121 0.197 0.003 0.118 0.001 173 H 0.080 0.055 0.101 0.397 0.020 0.072 0.229 0.014 0.028 0.002 0.001 174 L 0.005 0.323 0.589 0.007 0.025 0.029 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 175 E 0.003 0.061 0.836 0.002 0.004 0.083 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 176 K 0.609 0.065 0.267 0.004 0.021 0.009 0.001 0.002 0.017 0.005 0.001 177 P 0.996 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 E 0.980 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 179 V 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 R 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 R 0.978 0.003 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 L 0.683 0.004 0.011 0.293 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 183 A 0.475 0.055 0.254 0.085 0.026 0.016 0.030 0.021 0.022 0.015 0.001